rna

文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究

引言基因表达特征：时空特异性转录层面研究基因表达的技术：PCR、基因芯片、转录组测序（RNA-seq）、Nanostring等高通量技术：检测样品中的大量基因表达情况，目前的热门研究领域。
生信分析笔记·2023-10-13 20:48

数据类型的转换2021-01-28

在网络上找到的代码###先下载对应关系，得到一个个单独的表格rm(list=ls())#####################################downloadmiRNA_RNA_interaction
流光溢彩426·2023-10-13 16:57

外泌体介绍 - MedChemExpress

走近外泌体此前，小M已经给大家介绍过外泌体了，它是由细胞分泌的包含RNA和蛋白质的小囊泡，广泛存在于血液、唾液、尿液及乳汁等体液中，具有细胞信使功能，参与细胞通讯。
MedChemExpress·2023-10-13 13:26

学术爆款“空间转录组技术”，都有哪些技术？ | 空间转录组学方法综述

本综述中提及的已发表方法的简要时间表空间转录组技术的比较基于微解剖基因表达的技术捕捉空间基因表达信息的方法只是通过从样本中分离出目标区域，然后将这些区域单独放入试管中进行RNA提取和后续的
尐尐呅·2023-10-13 04:49

二代测序文库构建-概述与挑战（1）

本文，我们研究了影响测序文库质量的关键因素，以及，在DNA来源和RNA来源文库准备过程中存在的挑战。
Juan_NF·2023-10-13 03:49

2021-12-17

单细胞RNA测序和多重免疫荧光分析显示，p-ER
图灵基因·2023-10-12 14:22

matlab 图片中花体字母,banal(26字母花体英文可复制)

rna?t]v.结果是；生产；出现；关闭；翻转；证明是okay核心词汇英[???'ke?]美[o?'ke?]
731英语第一·2023-10-12 09:09

那么多的基因，我只想要mRNA和lncRNA（或者miRNA）怎么办？

这个功能在GDCRNATools里好像上不支持的，因为这个包都是下载全部的RNA数据（包括其他的TCGA工具基本都是只下载RNA数据），具体要区分mRNA和lncRNA是要有专门注释文件的。
欧阳松·2023-10-12 07:47

生信知识补充

serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和MPSS(massivelyparallelsignaturesequencing)；（3）基于第二代测序技术的转录组测序，又称为RNA-Seq
Bio_Learner·2023-10-12 05:10

空转旋转 seurat spatial rotate 图片 翻转 数据结构 对象 seurat的空转数据存储

如果取的一级结构Assays的下属内容：无差别>class(pbmc[['RNA']])[1]"Assay"attr(
Young.Dr·2023-10-11 11:44

2022-01-06

IF：66.675推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本综述总结了当前与circRNA在细胞内产生和降解，以及癌症中circRNA失调的生物过程；概述了circRNA在癌症发生发展过程中的多种作用机制，并讨论了这些RNA
图灵基因·2023-10-11 04:08

The pipeline of RNA-seq（菜鸟教学）

一、准备工作1.1设置好专门的用于RNA分析的环境在SRA中下载目标序列，使用wget指令使用conda激活rna分析环境1.2工作目录管理##示例如下：├──database#数据库存放目录，包括参考基因组
理想吃饭没·2023-10-11 04:00

转录组测序原理

RNA-seq应用通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿
Peng_001·2023-10-11 04:32

单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC

SCENIC(Single-CellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering)是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。
清竹饮酒·2023-10-11 02:27

2021-06-25 点亮RNA——CRISPR/Cas系统

点亮RNA——RNA可视化与追踪的方法有很多，其中基于CRISPR/Cas系统的活细胞RNA可视化是近年来随着CRISPR相关技术发展而衍生的。
NAome·2023-10-11 01:11

核酸结果背后的检测人员

核酸检测实验室分为三个区：一区扩增试剂配制区，正常压力；二区核酸提取区（负压区），检测检测人员首先将标本放在震荡器剧烈震荡五分钟，然后用加样枪将保存液转移到含有磁珠的提取液96孔板，然后放到放进提取仪，通过酶和剧烈震荡将RNA
墨清_·2023-10-10 07:53

MC：m6A相关lncRNA组织特异性

m6A是癌症研究的热点，而今天小编要和大家分享的是今年一月份发表在MolecularCancer（IF:15.302）杂志上的关于泛癌中m6A相关长非编码RNA的文章。
概普生信·2023-10-10 04:30

小RNA ----计算miRNA 表达量

https://www.biostars.org/p/302465/https://www.biostars.org/p/297272/啊啊啊啊啊啊选取唯一比对的序列uniqereadnohupls*sam|whilereadid;dosamtoolsview-S-F4$id|grep-v"XS:">${id%%%_*}.sam;done&比对到miRNAbase上的reads数目的统计，没有好办
Weiyx·2023-10-09 15:09

第三代慢病毒载体系统

第三代慢病毒载体系统又增加了两个安全特性：一是构建了自身失活的慢病毒载体，即删除了U3区的3’LTR，使载体失去HIV-1增强子及启动子序列，即使存在所有的病毒蛋白也不能转录出RNA；二是去除了tat基因
实验小助手·2023-10-09 00:51

RNA m6A甲基化检测方法

前面给大家简单介绍过m6A甲基化的概念，也给大家介绍了☞m6A甲基化数据分析流程☞corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值☞m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制boxplot并显示p值m6A检测方法最近几年来m6A研究迅速发展，正是得益于meRIP-seq技术的开发及应用。meRIP-seq高通量测序技术的出现，能够高效精确检测全转录组不同的
生信交流平台·2023-10-08 13:48

定量PCR Taqman探针设计与体系优化

第一步：在第一步目的基因查找比对过程中可以利用NCBIgenbank序列以及DNAstar等软件完成目的DNA或者RNA的查找与比对——这在分析测序报告的时候相信很多人操作过，这一步需要注意的就是要保证所分析的序列在一个
weixinsuoxian·2023-10-08 01:39

启动子作用功能以及分类介绍

启动子可以被RNA聚合酶辨认，并开始转录合成RNA。
期待未来·2023-10-07 20:18

【scRW】[4]Single-cell RNA-seq: Quality control set-up

Understandhowtobringindatafromsingle-cellRNA-seqexperimentsQualitycontrolset-up1.Exploringtheexampledataset在本次研讨会上，我们将使用单细胞RNA-seq
RachaelRiggs·2023-10-07 12:48

#日常#-2022-09-18

用pct做个miRNA线性，再提个血清的外泌体RNA吧。平凡科研狗的日常，明天认真干活吧。嗐，今天没有扫地拖地。
Lilliandoing·2023-10-07 11:52

2021-04-04若新住院第二天

医生说这么高的情况下是需要住院了，裴群和若新做了核酸的咽拭子采集以及抽血的核酸RNA的检测，也因为疫情的缘故，只能有一个人陪着，所以我就不用做了。
Seteven__Ma·2023-10-06 15:17

m6A相关lncRNAs做预后分析，效果怎么样？

目前已知的RNA修饰有100多种，其中RNA甲基化修饰占60%以上，而m6A(N6-甲基腺嘌呤)作为高等生物RNA上最为普遍的修饰，近几年的热度只增不减。
概普生信·2023-10-06 11:08

Graphpad绘制基因散点图

如下图所示，可以直观地呈现不同试验处理组之间，或者正常人群与疾病人群个体之间的某些基因表达水平的不同，所来源的表达谱数据可以是RNA-seq、芯片或者是qPCR定量。
纪伟讲测序·2023-10-06 04:10

三十六策 第 10 策 举一反三

三十六策第10策举一反三三十六策第10策举一反三把分子的不同形态当作一个独立的角度来处理把分子，包括基因DNA、基因的转录产物mRNA、以及基因的表达产物蛋白，还有在DNA、RNA和蛋白三个层面上所有的修饰变化
Kururu1799·2023-10-06 04:22

遇到了一次colorspace的测序数据

我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自illumina测序平台（自认为擅长RNA测序数据的个性化分析），但是最近学习ChIP-seq的时候，碰巧下载了一组SOLiDcolorspaceformat
果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57

motif到底是什么

有特征的短序列，一般认为它是拥有生物学功能的保守序列，并不局限于基因组DNA序列还是RNA序列，甚至蛋白质序列也可以提取出相应的motif当某一个大类的序列中，大量重复出现相同的序列结构的时候，就可能存在探索它意义的价值可能包含特异性的结合位点
一只小脑斧·2023-10-05 16:27

2022-11-27 成长是具体的

缘起最近在做蛋白质组的检测和RNA-seq的检测，在送样时候，有一些小的想法，写一个帖子记录一下。华大公司负责湘雅医院业务的赵渊经历以及景杰公司负责湘雅医院的梅颖经理给我留下非常好的印象。
小牛学生信·2023-10-05 13:44

【连载11】吸引力法则的基石：新生物学的观点

如果你学过生物，你或许对下面这段来自百度百科的话很熟悉：基因（遗传因子）是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。基因支持着生命的基本构造和性能。
她禅·2023-10-05 10:22

CRISPR 靶点抑制剂 - MedChemExpress

CRISPR/CasCRISPR/Cas系统——由一小段RNA和一种高效的DNA切割酶(Cas核酸酶)组
_MedChemExpress·2023-10-04 20:08

【现学现卖】绿色荧光蛋白3-真菌病毒抑制寄主RNA沉默的一个案例

AmycoreovirussuppressesRNAsilencinginthewhiterootrotfungus,Rosellinianecatrix(Yaegashietal.,2013)真菌病毒抑制白纹羽病菌的RNA
乔伊nikkie·2023-10-04 20:28

linux-P14-sam和bam格式文件的shell小练习

20190617095608215image-20190617095552042image-20190617095644389image-20190617095815332image-20190617095840379#创建名为rna
小梦游仙境·2023-10-04 20:27

2021-08-08 基于mRNA display技术的蛋白质-蛋白质互作鉴定

传统针对蛋白质-蛋白质的互作鉴定多依赖于蛋白质质谱的鉴定，而PROPER-seq将蛋白质-蛋白质互作的的鉴定转换为RNA-RNA的嵌合鉴定，通过高通量测序可以实现大规模的蛋白质-蛋白质互作鉴定。
NAome·2023-10-04 17:53

seurat to h5ad scanpy anndata对象转换20231004seurattoscanpyseuratscanpy

#在R中把数据导出成scanpy可以读取的格式geneinfocellinfocounts###geneinfo=All.merge@assays$RNA@meta.features#write.csv
Young.Dr·2023-10-04 17:44

RNA 14. SCI 文章中差异表达基因之 蛋白互作网络 (PPI)

蛋白互作网络分析同样也是SCI文章中出现频率最高的分析方法，下面就给大家梳理一下流程！前言蛋白质互作网络（PPI,Protein-ProteinInteractionNetworks）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理
90066456ace6·2023-10-04 16:13

miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

前面给零星的给大家介绍过一些miRNA相关的数据库，包括1.miRBase数据库介绍及miRNA数据下载2.miRBase物种名缩写3.miRNA靶向预测软件targetscan4.RNA相互作用神器—
生信交流平台·2023-10-04 01:36

学习与遗传

作者边写边看线虫的神经系统通过神经元与生殖细胞进行信息交流生殖细胞中包含传递给后代的信息由控制基因表达的小RNA分子的控制会将来自神经元的信息传递给后代并影响各种生理过程如后代的觅食行为这些学习的信息可持续遗传到第四代
相看敬亭·2023-10-03 18:38

linux安装标准c库,在Linux上从源码安装和使用C库

在Linux上从源码安装和使用C库Sat,Jan16,2016为了准备超算竞赛，我被分配在实验室的cluster上跑通RNA序列构建工具Trinity(SC15SCC题目)。
quan zhizun·2023-10-02 23:54

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

利用单细胞功能基因组学分析技术(单细胞RNA-Seq转录组分析、单细胞DNA甲
刘小泽·2023-10-02 19:08

外泌体多组学13-EVs转录组综述：cargo内含物以及占比情况讨论

多项研究一致表明，ev可以在不同的细胞类型之间转移蛋白质、脂质和RNA，从而介导细胞间的通信和信号转导。重要的是，ev中的小非编码rna被认为是在受体细胞中发生的分子事件的主要贡献者。
_十三·2023-10-02 17:20

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data

rna3'与rna全长
周运来就是我·2023-10-02 09:23

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定

这是原帖http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlhttp://www.bio-info-trainee.com/2218.html准备工作：安装WSL，并将源换成国内源；在D盘建立文件夹bs用来放生信软件，文件夹data用来放下载的数据，data下建立文件夹fastq用来放测序数据，gtf用来放注释文件，hg19用来放index文件，map用来放比对排序等
北极光_0424·2023-10-02 05:10

公开数据库纯生信：铁死亡联合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq强势回归

之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪，铁死亡常规分析的文章基本都已发表，但是铁死亡热度依然没有减退，小编也一直在寻找铁死亡新思路出，这不，FrontImmunol（Q2,IF=7.561）铁死亡bulkRNA+scRNA分析的新思路就见刊了，bulkRNA+scRNA的分析也是近来的趋势，单独分析bulkRNA毕竟太过片面。公开数据库纯生信铁死亡bulkRNA+scRNA方案铁死亡激活评分模型有助
概普生信·2023-10-01 03:30

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，
单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

使用DEseq2计算FPKM后计算TPM

使用DEseq2对RNA-seq数据进行分析，并计算FPKM和TPM。该过程使用GenomicFeatures包获取外显子长度，并计算非重叠外显子长度之和作为基因长度。
纵纵纵小鸮·2023-09-30 00:32

单细胞测序CITE-seq cell hashing

Cellhashing是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多线程和超负载的方法，由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室合作开发。
KK_f2d5·2023-09-29 22:08

RNA 21. SCI 文章中单基因富集分析

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你88篇原创内容公众号今天就来剖析一下单基因到底怎么做？这个事情也算困扰好多老师的一个难题，总有有老师来问我，我就有这么一个基因，正在研究，但是我觉得实验的时间长，效率低，能否通过生信的方式找到该基因的一些特性，之后补充一些实验的验证，发一篇SCI文
桓峰基因·2023-09-28 23:10
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