rna 第7页

空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力

尐尐呅·2023-11-24 07:08

Kallisto原理及应用

Kallisto简介首先，这款软件是2016年发表在NBT上的一款RNA-seq的计数软件，文章标题为《Near-optimalprobabilisticRNA-seqquantification》（http

小潤澤·2023-11-23 09:44

学习：StatQuest-RNA-seq

RNA-seq的建库过程image.png上图是RNA建库的步骤RNA测序过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq

小潤澤·2023-11-23 06:32

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。

Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

,WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

[endif]为什么要进行RNA测序机体DNA是一个相对静态的过程，RNA是一个动态变化的过程，其在生理病理或者外在条件下，会发生相应变化，影响调控疾病发生。

不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

生物学重复与技术重复

生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。

wangchuang2017·2023-11-21 22:02

核酸的检测与性质

核酸分脱氧核糖核酸和核糖核酸，包括DNA和RNA，核酸的最小组成成分是核苷酸，包含脱氧核苷酸和不脱氧核糖核酸，基因是DNA的一部分，不同的人DNA不同，核苷酸的含氮碱基包括腺嘌呤，鸟嘌呤等等。

爱你的常青藤·2023-11-21 15:41

2021-02-17 RNA-seq 流程

1前期准备1.1安装conda下载wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh安装bashMiniconda2-latest-Linux-x86_64.shsource~/.bashrc#激活conda添加镜像源condaconfig--addchann

diyidaoguang·2023-11-21 04:40

R语言绘制配对样品箱线图

随后，通过qPCR或RNA-seq等方法定量基因表达后，以箱线图呈现特定基因在肿瘤组织和正常组织中的整体表达水平，并在箱线图中以

纪伟讲测序·2023-11-20 20:40

普通PCR、原位PCR、反向PCR和反转录PCR的基本原理和操作步骤（四）

在RT-PCR中，一条RNA链被逆

天明豆豆·2023-11-20 06:08

单细胞分析最佳实践

单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（上）单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（中）单细胞RNA-s

FionaMoon·2023-11-20 03:02

出版级PCA美图，轻松拿捏（主成分分析利器，建议收藏备用）

工具位置UseGalaxy.cn>RNA-seq>PCAplotwithFactoMineR数据准备文件1：矩阵文件第1列：特征，如基因。第2-最后一列：样本的值，如表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 20:51

Exosomal long noncoding RNA LNMAT2 promotes lymphatic metastasis in bladder 1 cancer

我们鉴定了外泌体长非编码RNA（lncRNA）

一个没有感情的文献阅读机·2023-11-19 13:17

用Seurat做RNA Velocity

介绍：https://www.jianshu.com/p/63071b368be5安装：注意：velocyto需要python版本>=3.6.0gitclonehttps://github.com/velocyto-team/velocyto.py.gitcdvelocyto.pypipinstall-e.#notethetrailingdot其他安装方式https://velocyto.org/

生信编程日常·2023-11-19 06:01

测序原理碎碎念

加接头的示意图如上图所示大致步骤如下：用酶或者激光或者超声波将GenomicDNA或者由RNA反转组得到的双链cDNA打断成小片段；打断是随机打断，有可能末端不平整，还需要用酶补平；补平之后，需要在3’

BINBINCC·2023-11-19 04:12

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法

Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析方法

排在外侧，碱基排列在内侧；两条链上的碱基通过氢键想结合，形成碱基对于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶©配对，这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的中心法则遗传信息从DNA传递给RNA

JamSlade·2023-11-11 06:11

5+m6A+预后模型+WGCNA，简单又高效，学习下这篇思路吧

结果解读：在训练集中，基于3个与m6A相关的长非编码RNA建立了一个预后标志在基于276个m6A相关lncRNA的表达水平对EC

生信风暴·2023-11-10 19:12

RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具-学习笔记

之前我用cufflink系列进行了一次RNA-seq分析，这一次是在学习了一种新的分析方法。在整个过程中，也参照了一些生信宝典公众号（这真的对于生信小白来说很nice，强烈推荐）的许多知识。

leo12354·2023-11-10 00:09

基因工程-7-基因表达谱研究技术

基因表达谱研究技术胚胎原位杂交技术胚胎抗体染色技术基因芯片技术蛋白质组学技术.7.1.1胚胎原位杂交技术原位杂交（insituhybridization,ISH），是利用碱基互补配对的原理，用带有标记的目的DNA或RNA

_玻璃晴朗_·2023-11-09 10:23

Android 多语言对照表 \ 国际化语言

Android多语言对照表语言地区文件夹名称南非荷兰语南非values-af-rNA南非荷兰语纳米比亚values-af-rZA阿肯语加纳values-ak-rGH阿姆哈拉语埃塞俄比亚values-am-rET

Mars-xq·2023-11-08 01:16

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供

爱基百客·2023-11-07 22:54

羊驼免疫流程及技巧

单域抗体普遍通过免疫羊驼获得，羊驼体内免疫系统自身的抗体成熟后，分离B淋巴细胞，提取RNA，反转录获取cDNA，以cDNA为底物PCR扩增获取多样化纳米抗体基因片段，然后将多样化纳

卡梅德生物·2023-11-07 20:28

2019-10 文献阅读报告

这篇文献详细介绍了一个典型的单细胞RNA-seq分析

xianmao123·2023-11-06 16:19

可变剪接文章套路（一）

PSI(Percent-spliced-in，拼接百分比)可以针对isoform,exon,ASE进行计算，对于ASE来说，PSI=splice_in/(splice_in+splice_out),在RNA-seq

cHarden13·2023-11-05 17:04

上游分析学习笔记

RNA-seq数据分析我们对工具和技术的评估落脚点在它们鉴定出的差异基因的准确性。为了完成这个评估，至少需要四个不同的分析阶段（图2;表2）。第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。

jiarf·2023-11-05 16:56

RPKM, FPKM 和 TPM

在RNA-seq中，某一段基因区域内的readcounts取决于测序的深度和基因的长度；基因越长、测序深度越深，比对到该基因所在区域的readcounts数目就会相对越多。

顺昕如意·2023-11-05 15:25

谷歌AlphaFold模型迎来重大突破！可以预测生物分子、配体

据悉，AlphaFold可以对蛋白质数据库(PDB)中的几乎所有分子进行预测，包括配体、蛋白质、核酸（DNA和RNA）以及含有翻译后修饰(PTM)的分子，达到原子精度实验室级别水准，这对于医药研究至关

RPA中国·2023-11-04 22:50

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。

飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

二代测序之SNV基础知识笔记总结

DNA（codingDNA）c.2.非编码DNA（non-codingDNA）n.3.基因组（genomic）g.4.线粒体（mitochondrial）m.5.环形DNA（circularDNA）：o.RNA

唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

测序是测量你的遗传信息

原来的科学家们通过老鼠死没死，最终得到的结论是DNA是主要的遗传物质，部分物种的遗传物质是RNA。

wangchuang2017·2023-11-04 09:32

[高中生物]必修一知识点（超全！）

病毒的遗传物质：DNA或者RNA（一种病毒只含一种核酸）。2.细胞是生物体结构和功能的基本单位。除病毒外，生物界的生物体都是由细胞构成的；包括病毒在内，生物的各项生命活动都

文木木happiness·2023-11-04 02:17

2022-03-03

NatBiotech|环状向导RNA募集内源性ADAR进行高效RNA编辑原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学技术RNA编辑技术作为治疗遗传性疾病的基因疗法具有巨大的前景。

图灵基因·2023-11-04 01:51

2022-04-17

图灵基因·2023-11-03 18:45

生信分析结合湿实验构建ccRCC预后模型发8+SCI

本文作者基于ccRCC患者的RNA-seq数据构建预后模型，可以准确预测ccRCC患者的总生存期和对抗PD-1的反应。

概普生信·2023-11-03 18:53

RNA-seq 分析流程 —— 概述

前言接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程，根据RNA-seq测序技术的不同，可以分为三种：Starketal.NatRevGenet(2019)short-readlong-readdirectRNA-seq

名本无名·2023-11-03 17:45

16S和ITS(internal transcribed spacer)

一、16S16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。

小王的学习杂记·2023-11-03 06:56

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片

单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图

DimPlot(b,reduction="umap",label=TRUE,group.by="RNA_snn_res.0.4")还可以根据ident画图等等

小羊小羊，遇事不难·2023-11-03 01:22

Seurat对象数据结构整理-1

#Seurat对象中的Assay:RNA数据槽：@counts:未作任何处理的原始RNA表达矩阵。

Nh_code·2023-11-03 01:06

关于RNA-SEQ中GO分析的几个名词

问题一：GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment）如何计算见链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/264504322问题二：如何利用EXCEL计算Q值BH算法的公式为：Qvalue=p*(m/k)其中，m是检验的次数，k是这次检验的pvalue在所有检验中的排名。例如，我们对10000个基因进行表达差异分析。那么每个基因都会得到一个pvalue。现在，我要估算

ShanSly·2023-11-02 19:29

生物情话

的能量你的嘴唇像叶绿体一样吸着光吐气芬芳你的鼻子像高尔基体一样顺面、反面、小巧、好看你就是那半乳糖呀扯走了我启动子前的阻遏蛋白爱你的基因将要表达一万年多想成为一条互补链和你旋转成一条美妙双螺旋多想成为一个抗体你就是我生命中唯一的抗原可你的心呀却像RNA

米兰_9076·2023-11-02 12:53

RNA的暗恋

今天的生物课上，老师讲解了RNA，说它有一个特定的碱基――尿嘧啶U，RNA是单链，而我前段时间刚读过一首关于RNA的三行情书。

最爱麻薯·2023-11-02 09:40

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA

QomolangmaH·2023-11-02 05:04

【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第10讲分子生物学操作技术

PCR)技术7.1.4实时定量PCR(realtimequantitativePCR，Q-PCR)7.1.5重亚硫酸盐测序技术(BisulfiteSequencing)7.1.6基因组DNA文库构建7.2RNA

taotaotao7777777·2023-11-01 21:05

医学分子生物学试题答案

名词解释：基因是核酸中贮存遗传信息的遗传单位，是贮存有功能的蛋白质多肽链或RNA序列信息及表达这些信息所必需的全部核苷酸序列。

答案资料·2023-11-01 21:02

RNA-seq学习：No.5富集分析--ORF过表达

1、基础知识（1）基本概念富集分析(enrichmentanalysis)简单来说就是将成百上千个基因、蛋白或者其他分子分到不同的类中，以减少分析的复杂度。比如之前差异分析得到几百个显著差异基因，如果一个一个单独研究未免太复杂，若按照一定的准则将差异基因归类即可较为快速，方便的了解某一类基因的变化情况。（2）分类标准分类的标准即人们根据目前研究建立的基因注释库，目前常用的有两个：GO与KEGG；G

小贝学生信·2023-11-01 20:45

推荐频道

rna