rna 第7页

可变剪接文章套路（一）

PSI(Percent-spliced-in，拼接百分比)可以针对isoform,exon,ASE进行计算，对于ASE来说，PSI=splice_in/(splice_in+splice_out),在RNA-seq

cHarden13·2023-11-05 17:04

上游分析学习笔记

RNA-seq数据分析我们对工具和技术的评估落脚点在它们鉴定出的差异基因的准确性。为了完成这个评估，至少需要四个不同的分析阶段（图2;表2）。第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。

jiarf·2023-11-05 16:56

RPKM, FPKM 和 TPM

在RNA-seq中，某一段基因区域内的readcounts取决于测序的深度和基因的长度；基因越长、测序深度越深，比对到该基因所在区域的readcounts数目就会相对越多。

顺昕如意·2023-11-05 15:25

谷歌AlphaFold模型迎来重大突破！可以预测生物分子、配体

据悉，AlphaFold可以对蛋白质数据库(PDB)中的几乎所有分子进行预测，包括配体、蛋白质、核酸（DNA和RNA）以及含有翻译后修饰(PTM)的分子，达到原子精度实验室级别水准，这对于医药研究至关

RPA中国·2023-11-04 22:50

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。

飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

二代测序之SNV基础知识笔记总结

DNA（codingDNA）c.2.非编码DNA（non-codingDNA）n.3.基因组（genomic）g.4.线粒体（mitochondrial）m.5.环形DNA（circularDNA）：o.RNA

唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

测序是测量你的遗传信息

原来的科学家们通过老鼠死没死，最终得到的结论是DNA是主要的遗传物质，部分物种的遗传物质是RNA。

wangchuang2017·2023-11-04 09:32

[高中生物]必修一知识点（超全！）

病毒的遗传物质：DNA或者RNA（一种病毒只含一种核酸）。2.细胞是生物体结构和功能的基本单位。除病毒外，生物界的生物体都是由细胞构成的；包括病毒在内，生物的各项生命活动都

文木木happiness·2023-11-04 02:17

2022-03-03

NatBiotech|环状向导RNA募集内源性ADAR进行高效RNA编辑原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学技术RNA编辑技术作为治疗遗传性疾病的基因疗法具有巨大的前景。

图灵基因·2023-11-04 01:51

2022-04-17

图灵基因·2023-11-03 18:45

生信分析结合湿实验构建ccRCC预后模型发8+SCI

本文作者基于ccRCC患者的RNA-seq数据构建预后模型，可以准确预测ccRCC患者的总生存期和对抗PD-1的反应。

概普生信·2023-11-03 18:53

RNA-seq 分析流程 —— 概述

前言接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程，根据RNA-seq测序技术的不同，可以分为三种：Starketal.NatRevGenet(2019)short-readlong-readdirectRNA-seq

名本无名·2023-11-03 17:45

16S和ITS(internal transcribed spacer)

一、16S16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。

小王的学习杂记·2023-11-03 06:56

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片

单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图

DimPlot(b,reduction="umap",label=TRUE,group.by="RNA_snn_res.0.4")还可以根据ident画图等等

小羊小羊，遇事不难·2023-11-03 01:22

Seurat对象数据结构整理-1

#Seurat对象中的Assay:RNA数据槽：@counts:未作任何处理的原始RNA表达矩阵。

Nh_code·2023-11-03 01:06

关于RNA-SEQ中GO分析的几个名词

问题一：GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment）如何计算见链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/264504322问题二：如何利用EXCEL计算Q值BH算法的公式为：Qvalue=p*(m/k)其中，m是检验的次数，k是这次检验的pvalue在所有检验中的排名。例如，我们对10000个基因进行表达差异分析。那么每个基因都会得到一个pvalue。现在，我要估算

ShanSly·2023-11-02 19:29

生物情话

的能量你的嘴唇像叶绿体一样吸着光吐气芬芳你的鼻子像高尔基体一样顺面、反面、小巧、好看你就是那半乳糖呀扯走了我启动子前的阻遏蛋白爱你的基因将要表达一万年多想成为一条互补链和你旋转成一条美妙双螺旋多想成为一个抗体你就是我生命中唯一的抗原可你的心呀却像RNA

米兰_9076·2023-11-02 12:53

RNA的暗恋

今天的生物课上，老师讲解了RNA，说它有一个特定的碱基――尿嘧啶U，RNA是单链，而我前段时间刚读过一首关于RNA的三行情书。

最爱麻薯·2023-11-02 09:40

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA

QomolangmaH·2023-11-02 05:04

【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第10讲分子生物学操作技术

PCR)技术7.1.4实时定量PCR(realtimequantitativePCR，Q-PCR)7.1.5重亚硫酸盐测序技术(BisulfiteSequencing)7.1.6基因组DNA文库构建7.2RNA

taotaotao7777777·2023-11-01 21:05

医学分子生物学试题答案

名词解释：基因是核酸中贮存遗传信息的遗传单位，是贮存有功能的蛋白质多肽链或RNA序列信息及表达这些信息所必需的全部核苷酸序列。

答案资料·2023-11-01 21:02

RNA-seq学习：No.5富集分析--ORF过表达

1、基础知识（1）基本概念富集分析(enrichmentanalysis)简单来说就是将成百上千个基因、蛋白或者其他分子分到不同的类中，以减少分析的复杂度。比如之前差异分析得到几百个显著差异基因，如果一个一个单独研究未免太复杂，若按照一定的准则将差异基因归类即可较为快速，方便的了解某一类基因的变化情况。（2）分类标准分类的标准即人们根据目前研究建立的基因注释库，目前常用的有两个：GO与KEGG；G

小贝学生信·2023-11-01 20:45

Linux上如何安装ViennaRNA软件

先从官网https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/下载编译原文件CompilefromSourceCode，wgethttps://www.tbi.univie.ac.at/RNA

bioinfo2011·2023-11-01 19:53

转录因子的研究思路

转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一种能与特异DNA序列结合的蛋白，可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特定基因对RNA聚合酶的招募，调控基因的表达。

博士苑·2023-11-01 16:52

焦虑症应该吃什么药焦虑症引起的症状长见识了

补充RSHWHO渡氧，它可以有效地阻止大脑细胞中核糖核酸酶破坏RNA的作用，因而可促进大脑功能，使人放松，减轻忧虑，让心灵平静安抚情绪、释

乐观的小李·2023-11-01 14:58

【健康】三七粉这么火是有原因的：12种功效为健康保驾护航!

各单体皂苷的功效人参皂甙Rb2：抑制中枢神经，促进DNA，RNA合成，抗溶血，抗糖尿病；人参皂甙Rd：增强免疫功能，抑制

参柒三七_db3d·2023-11-01 07:30

2022-06-27

图灵基因·2023-10-31 23:37

BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒

产品简介BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒（BIOGHSCSuperMultiProbeOneStepKit）专为以RNA为模板的定量PCR检测而设计，适合荧光探针法定量PCR

砚无声88·2023-10-31 22:01

2021-06-03 RNA剪接新模型——随机剪接位点选择模型

真核生物基因是不连续性的（间断基因，Splitgene），通过RNA剪接实现内含子的去除与外显子的拼接，最终产生功能性RNA与蛋白质。

NAome·2023-10-31 20:43

生物信息学之序列比对

针对DNA、RNA以及蛋白质序列，我们需要对其进行序列相似性搜索，来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异相似性【similarity】/一致性【identity】双序列比对（PairwisesequenceAlignment

BHHANt·2023-10-31 09:51

RNA-seq实战(下)_数据可视化、GO/KEGG分析

前言：写这篇文章的目的是为了梳理一下学习思路，按部就班地仿生信菜鸟团和：Y大宽教程大纲，做归纳整理，即便再次运行，仍然遇到代码出错或者软件使用等诸多问题，是以为之记。MAplot详细关于Bland-Altman图具体含义，请移步至R语言：Bland-Altman分析连续变量的一致性评价>plotMA(res,ylim=c(-2,2))>topGenewith(res[topGene,],{+poi

谢俊飞·2023-10-31 01:49

学习笔记

这周实在没什么写的就一直在复习只能把笔记在这里打一遍一.DNA是绝大多数生物体内遗传信息的储存者和传递者,主要在遗传信息的储存和传递中发挥作用二.RNA作用是参与蛋白质的生物合成,同时还起着遗传信息载体的作用三

姓荣·2023-10-31 00:13

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

在这里，使用10X单核RNA测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据（单

单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

DNA甲基化数据分析(二)

它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DML/DMR）。

杨博士聊生信·2023-10-30 10:21

流感病毒如何提取

流感病毒提取可以用BIOG拭子RNA磁珠法提取操作步骤1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、生理盐水、1.5mL去RNA酶离心管。

清风拂面vv·2023-10-30 07:49

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文：在这篇工作流程文章中，我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA

程凉皮儿·2023-10-30 05:34

多篇论文报道CasRx在动物体内靶向沉默RNA的应用新成果

RNA编辑技术迎来新飞跃：CasRx展现非凡RNA编辑能力从简单地剪切致病基因，到开发出不再传播疾病的工程动物，基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。

xmu_zhang_lab·2023-10-29 12:18

2021-12-10

本文作者使用单细胞RNA测序的方法，分析了35个早期NSCLC病变中的36

图灵基因·2023-10-29 09:18

全球最大疫苗生产车间首现中国，百余新冠疫苗上演“生死时速”，多重利好助力医药板块迎接牛股浪潮

110个新冠疫苗竞速：中国位居世界8个已经进入临床试验的疫苗中，4个来自中国研发团队，3个来自美国，一个来自英国，采用的技术平台分别是非复制性病毒载体、RNA、灭活疫苗和DNA。

爱吃柚子的思绪猫·2023-10-29 07:31

斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因测序

转自：机器之心在世界范围内，RNA疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大，这些疫苗中的mRNA正在成为人类世界中的新物种。

开源前哨·2023-10-29 03:06

RNA-seq 详细教程：分析准备（3）

学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中，RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。

冷冻工厂·2023-10-28 11:56

何坤松：做核酸检测为什么不用抽血不用唾液，而是要捅喉咙？

之前生物课上说，核酸就是病毒体内的一段密码，可能是DNA也可能是RNA，而对于新冠病毒来说，它的密码是RNA。

何坤松·2023-10-27 15:07

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

通过单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用

六博说·2023-10-26 13:45

RNAvelocity系列教程5：scVelo 的基本知识

设置后，后续教程将可以直接分析RNA速率、潜在时间、驱动基因识别等。

Seurat_Satija·2023-10-25 17:18

核酸

核酸是一种遗传物质，其中核糖核酸RNA，脱氧核酸DNA病毒按遗传物质清分类，二者都包含有多种的不同病毒。常见的

空谷幽兰youIan·2023-10-25 16:20

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。

冷冻工厂·2023-10-25 15:43

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

本文知乎地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/645770755stringtie工具进行转录本组装与定量软件介绍StringTie是一种快速高效的RNA-Se

CYH-BI·2023-10-25 12:37

电泳迁移率变动（EMSA）实验原理

基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中有不同迁移率的原理，当转录因子与特异的DNA或RNA结合后，其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA

今日之森·2023-10-25 05:19

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