基因组第15页

《自私的基因》——我们只是进行着复制、变异和淘汰的机器

我们的身体只是一群基因组所暂时构建以延续它们自己的机器，不朽的不是构成我们自己的基因组而是基因本身。

17级吴子萱·2023-10-23 07:33

了不起的盖茨比。·2023-10-23 07:00

学习小组Day7——林瑶

一代测序（Sanger测序）：利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化基因组学（核酸序列分析）转录组学（基因表达分析）蛋白质组学代谢组学Day7.png

瑶_4ff9·2023-10-23 05:18

经典珍藏Plus：癌症的标志（2）

在保留肿瘤六个获得性特征的前提下，引入了四个新的特征，分别是：能量代谢异常（Deregulatingcellularenergetics）、免疫逃逸（Avoidingimmunedestruction）、基因组不稳定

概普生信·2023-10-22 19:25

8+ 基因与疾病百年研究进展

随着技术的不断进步，基因组学领域发

概普生信·2023-10-22 18:12

叶绿体基因组四分体结构鉴定

B站视频序列获取组装过程.pnggetorganelle和Spades等组装软件，得到的fastg或者gfa文件解环得到fasta文件序列调整共线性分析.png由于IR区域的存在，因此叶绿体基因组具有四分体结构

就叫啵啵吧·2023-10-22 17:42

文章复现-全外显子数据分析学习7-bam文件载入igv可视化

记录了每一条reads比对到参考基因组的结果，主要有11列比较重要的信息（每一列以制表符分开）：bam文件的格式，如今我们的染色体那一列没有chr了，只有数字更多的说明可以

jiarf·2023-10-22 16:30

基因组重测序数据分析脚本

生成的文件说明：1.~/Process/fastqc_result用于存放质量评估的结果2.~/Process/trim_out用于存放过滤的结果3.~/Process/result/depth.txt将测序深度保存为depth.txt4.~/Process/result/T_result.txt将比对结果保存为T_result.txt5.变异注释生成avinput.variant_functio

lizg·2023-10-22 06:42

本周最新文献速递20210516

橙子牛奶糖·2023-10-22 04:20

10X Genomics 建立自己的参考基因组

10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。

Seurat_·2023-10-22 00:24

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

（非编码RNA由基因组上非基因区转录出

Drone_xjw·2023-10-21 20:42

2021-12-31

前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：人们对肿瘤克隆在组织内是如何组织的，以及癌症的发展在多大程度上是由克隆特异性遗传畸变或环境线索驱动的仍然知之甚少，依然需要有新的方法来整合基因组

图灵基因·2023-10-21 17:17

2022-04-02

高通量单细胞分析胶质母细胞瘤异质性原创骄阳似我图灵基因2022-04-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：作者及其研究团队使用高通量单细胞基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和转录组异质性

图灵基因·2023-10-21 16:12

重测序基因组：Pi核酸多样性计算

基因组Pi核酸多样性（Pinucleicaciddiversity）是一种遗传学研究中用来描述种群内核酸序列多样性的指标，通常用π（pi）符号表示。

生信分析笔记·2023-10-21 04:12

近乎全文翻译：Somatic Evolution in Non-neoplastic IBD Affected Colon

研究人员对来自46个IBD患者的446个结肠隐窝进行了全基因组测序，并将其与他们以前发表的有关正常结肠突变情况的41个非IBD对照的412个隐窝进行了比较。文章发现受炎症性肠病影响的结肠上皮细胞的平

宛廿庚·2023-10-21 03:13

通过HipSTR 对二代测序（NGS）数据进行短串联重复序列（short tandem repeats，STR）检测

人类基因组DNA有30亿个碱基（bp），其中10%是串联重复序列，称为卫星DNA。按重复单位的长短，又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。

风风是超人·2023-10-21 02:26

NBT：快准全！geNomad——宏病毒组鉴定新工具

geNomad使用227897个标记蛋白图谱的数据集来提供病毒基因组的功能基因注释和分类匹配。geNomad还使用条件随机场模型高精度检测整合到宿

SHANGHAILINGEN·2023-10-20 18:52

基因ID类型

GeneID（EntrezGeneID）：来源于Entrez基因数据库的编号系统，Entrez基因数据库归属于NCBI的子数据库，整合了核酸、蛋白、基因组等生物信息检索系统。

翾格格·2023-10-20 17:23

单端测序 paired-end mate-paired测序的区别

单端测序我的理解就是一条序列测到头paired-end测序正常的illumina测序，如图下mate-paired测序先把基因组打成2-10KB的样子，序列比较长，然后双端修复环化，添加生物素，然后在把环化后的基因

Amelie_ec72·2023-10-20 14:59

WGDI之深入理解blockinfo输出结果

blockinfo其中16列非常容易裂解，描述如下id即共线性的结果的唯一标识chr1,start1,end1即参考基因组（点图的左边）的共线性范围（对应GFF1的位置）chr2,start2,end2

xuzhougeng·2023-10-20 09:46

生信教程 | 基于PSMC估计有效群体大小

它最初于2011年发布，现已成为基因组学领域非常流行的工具。在本教程中，我们将逐步完成为PSMC生成必要的输入数据的步骤，并在发布的猛犸象数据上运行它。

冷冻工厂·2023-10-20 07:20

多组学高分文献11-横纹肌肉瘤的综合多组学确定治疗靶标

IdentificationofTherapeuticTargetsinRhabdomyosarcomathroughIntegratedGenomic,Epigenomic,andProteomicAnalyses通过整合的基因组

纪伟讲测序·2023-10-20 05:07

把基因画在染色体上

其它方法简单地记录在这里（反正也是学了的，万一以后有用呢）生物实验室的日常-表情包一、画基因和染色体的R包RIdeogram：画染色体很好看gggenes：画基因的结构ggbio：可以把基因画在染色体上Gviz：把基因组坐标和其它数据用相同

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-20 02:14

2022-08-03

Nature|恶性前列腺癌深层全基因组ctDNA进化动力学原创风不止步图灵基因2022-08-0309:05发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=69.504推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点

图灵基因·2023-10-19 23:12

ATAC-seq分析干货-2

ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点，其分析从本质上来说和ChIP-seq区别不大，核心都是peak-calling。

生信阿拉丁·2023-10-19 22:45

宿主基因组-微生物关联（mGWAS）新思路！

SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:23

文章必备| 叶绿体基因组高级分析内容汇总

叶绿体普遍存在于植物体中，叶绿体基因组是一个典型的双链环状DNA分子，一个植物当中含有多个叶绿体，一个叶绿体中含有12个cpDNA分子。

SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:21

一文读懂 ChIPseq

DNA互相作用情况原理：染色质免疫共沉淀+二代测序应用：常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究二、测序原理1、使用甲醛将目标蛋白（组蛋白，转录因子等）与染色质交联固定起来mark2、从细胞裂解液分离基因组

白墨石·2023-10-19 15:32

生物信息学——文件格式 pileup详解

一、pileup文件格式概述：pileup格式是一种常见的文本文件格式，用于描述基因组测序数据中每个碱基的信息。它通常

福旺旺·2023-10-18 18:09

基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗

菌小落·2023-10-18 18:07

全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）初探。图1水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块1、LD的概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率

菌小落·2023-10-18 18:06

BSA研究方案——如何从容不迫的进行性状定位

具体是利用差异目标性状的两个亲本构建家系，在子代分离群体中选取目标性状个体构建DNA混合池，采用高通量测序技术对混池DNA进行建库测序，开发全基因组范围内的SNP、InDel分子标记，以通过计算SNP、

菌小落·2023-10-18 17:29

Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读

生成的文件可以导入到SeqMonk等基因组

生信start_site·2023-10-18 11:54

Nature Genetics|东亚肺腺癌的基因组全景

作者对东亚人群的肺腺癌的基因图谱进行了系统地描述和分析，并和欧洲人群的肺腺癌基因组特征进行比较，为更好理解肺腺癌种族差异的全貌并探索其起源进化规律提供理论指导。

概普生信·2023-10-18 11:21

生信工作流框架搭建 | 从零开始入门指南 - 00工作流之华山论剑

导语小白生信工程师一枚，写这样的系列其实是个大工程，出发点很简单，工作是宏基因组相关，我司长期使用的流程pipeline是用perl脚本封装的，流程监控、代码维护不是非常方便。

郑二狗·2023-10-18 09:08

用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理

生信技工·2023-10-17 23:55

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2做堆积柱形图展示群体基因组学的结果

Genomicinsightsintolocaladaptationandfutureclimate-inducedvulnerabilityofakeystoneforesttreeinEastAsiahttps://www.nature.com/articles/s41467-022-34206-8#Sec23完整的数据分析代码涉及到群体基因组学作图数据

小明的数据分析笔记本·2023-10-17 21:23

全基因组甲基化分析-基本流程图

http://www.biomarker.com.cn/technology-services/methylation

桁_COLA·2023-10-17 17:08

易基因：基于类器官的转录和表观基因组分析揭示肠上皮成熟的关键调节因子｜Science子刊

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。胎儿肠道经历巨大的扩张和重塑，在发育过程中形成初级绒毛和连续的绒毛间隙。绒毛形成后，相同潜能的上皮祖细胞（equipotentepithelialprogenitors）产生功能明确的成体干细胞（adultstemcells，ASC）。这些细胞主要存在于肠隐窝底部，并在整个生命过程中负责上皮补充。尽管从胎儿肠道到成年肠道转换过程中的组织

易基因科技·2023-10-17 10:41

易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究

各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定的甲基转移酶，其中一些可能属于保护入侵DNA宿主的限制性修饰（restriction-modificat

易基因科技·2023-10-17 10:11

易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组

第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。

易基因科技·2023-10-17 10:38

bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同？

参考：孟浩巍的知乎zhn第23题转录组的比对与基因组的比对有何不同？Hello大家好！我们今天又见面了！

RachaelRiggs·2023-10-16 23:49

生信教程：使用拓扑加权探索基因组进化（3）

使用Twisst探索整个基因组的进化关系的拓扑加权教程[1]。简介拓扑加权是量化不一定是单系群之间关系的一种方法。

冷冻工厂·2023-10-16 20:39

基因组- genome survey（1）

尚未进行基因组测序的物种，在进行基因组测序前，首先需对该物种进行genomesurvey。

Zhigang_Han·2023-10-16 18:52

致敬！最美逆行者

最初新型冠状病病毒是在二月爆发的，但新型冠状病毒最早被发现是在2019年12月，然后，武汉陆续出现一些不明原因肺炎病例，接着，医生发现后按常规进行了上报，中国医学科学院从其上报的病例中发现这种新的病毒，获得全基因组序列

602班25号李皓然·2023-10-16 17:20

ensemble使用教程

ensemble数据库的功能非常多，在此主要介绍用ensemble下载目标物种的全基因组文件和基因注释文件，以及如何用ensemble进行blast

花舞lala·2023-10-16 16:55

一文理清常见的基因富集分析

前言对于很多小伙伴来说，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，即在基因组层面可以算突变率差异，转录组层面可以算基因表达水平差异，表观组可以观察甲基化水平差异，蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度差异，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度

生信宝库·2023-10-16 13:51

杨幂《宝贝儿》电影观后感

在科学的层面什么试管婴儿，什么基因组排感觉现在难度都会越来越小，以至于有一天人类可以精确的通过基因来决定自己子女的高低、胖瘦、美丑，更不用说

沙舟狼客·2023-10-16 13:46

美国计算机生物学要求,美国研究生生物信息学与计算生物学学校列表

QuantitativeandComputationalBiologyPhD自然科学部生物信息学与计算生物学Bioinformatics&ComputationalBiologyMS、PhD计算机科学系2生物信息学与基因组学

琉璃与大大·2023-10-16 10:42

生物信息学基础知识Day1

文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.RNA3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。

抱紧我自己·2023-10-16 10:09

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