基因组

进博会再现上亿大单 EZZ携手HIC海橙嗨选签署2024年度合作备忘录

11月6日，在澳大利亚新南威尔士州政府代表的见证下，澳交所基因组龙头上市公司EZZ生命科学和中国跨境社交电商龙头HIC海橙嗨选签署2024合作备忘录，在未来的一年，EZZ与HIC将达成近亿人民币的合作意向
唐天下文化·2023-11-15 22:50

GWAS全基因组关联分析实战——基于Plink转换vcf数据为二进制

vcf数据是保存变异信息的主要数据格式，plink是进行全基因组关联分析（GWAs）分析的常用工具包，同时提供一系列数据转换、裁剪和遗传统计量计算工具。本文以实际数据提供基因组关联分析方法。
Odd_guy·2023-11-15 22:15

火山图——直观的特征差异可视化

Volcanoplots）是散点图的一种，根据变化幅度（FC，FoldChange）和变化幅度的显著性（Pvalue）进行绘制，其中标准化后的FC值作为横坐标，P值作为纵坐标，可直观的反应高变的数据点，常用于基因组学分析
Odd_guy·2023-11-15 22:44

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

10月客户文章盘点——累计IF 141.5

现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验，打造出成熟的科研服务平台，以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在国际期刊上发表了大量文章。
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:01

宏基因组分析项目再创新，汞元素循环

汞（Hg）是一种具有强烈神经毒性的元素，其单质以及多种化合物都有不同程度的毒性，会造成慢性中毒。汞是一种全球性污染物，大气中的汞可通过干湿沉降进入地表水和土壤，环境因素的变化可导致汞的转化。从无机汞转化而来的甲基汞（MeHg）可通过食物链进行生物积累，对人类健康构成威胁。微生物活动在汞生物地球化学循环中发挥关键作用，例如，merA基因编码的汞还原酶能够将Hg²﹢还原为HgO。已有研究表明[1]，即
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:54

2020.8.24丨生信工作站硬盘选择

SolidStateDisk或SolidStateDrive，简称SSD）基于闪存的固态硬盘基于DRAM类机械硬盘即是传统普通硬盘（HDD），固态硬盘与机械硬盘的区别固态硬盘的选购选购因素参考产品结语最近根据老板要求，新增基因组组装业务
穆易青·2023-11-14 10:00

2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 上）

进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同；理解进行基准研究的重要性，并且理解关于MSA的几个基本结论；理解关于基因组区域的
穆易青·2023-11-14 01:43

2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 下）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除
穆易青·2023-11-14 01:42

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除
穆易青·2023-11-14 01:12

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）

目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测（abinitio）基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构，识别保守和可变区域。常用查询数据库:PDB数据库：https://www.rcsb.org/CATH：http://ca
穆易青·2023-11-14 01:12

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第四节 隐马尔可夫模型）

5.4谱搜索：隐马尔可夫模型（HMMs）谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时，比PSSMs更通用，如语音检测，声纳等一系列信号检测问题；在生信领域，HMMs已经被用于各式各样的应用：序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等；优势：谱HMMs是一个概率模型，它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实（空位）的可能性
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）

5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性：BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤：使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）

学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;理解BLASTE值和分数的数学关系；阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用：通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种，确定其存
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的
穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）

Dayhoff模型第一步：可接受点突变（PAM）概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况：基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步：氨基酸出现的频率
穆易青·2023-11-14 01:40

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。
穆易青·2023-11-14 01:10

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 引言）

可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后
穆易青·2023-11-14 00:40

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导
穆易青·2023-11-14 00:36

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。
简佐义的博客·2023-11-12 22:32

华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践

Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台，主要用于高性能计算场景，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ·2023-11-11 21:27

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析 方法

相关背景DNA结构DNA分子的一级结构：A,C,G,T四种核苷酸的线性多聚体；DNA分子由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成；DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，碱基排列在内侧；两条链上的碱基通过氢键想结合，形成碱基对于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶©配对，这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的中心法则遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，
JamSlade·2023-11-11 06:11

Busco-真核生物为主基因组质量评估

文章目录简介Install必须参数谱系数据集输出结果自动谱系选择结果解读完整片段化缺失自动选择：多domain和污染匹配注意BUSCO报告常用脚本真核Ref简介Busco评估基因组质量的核心原理在于通过计算基因组的通用单拷贝标记基因的比例来估计基因组的完整性
Neptuneyut·2023-11-10 03:24

手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组
Neptuneyut·2023-11-10 03:53

prokka-原核及病毒基因组高效便捷注释

文章目录简介安装使用下游分析提取16S序列物种注释统计5S/16S/23S/tRNA数量统计基因的数量、位置等信息注意参考简介Prokka:rapidprokaryoticgenomeannotation全基因组注释是在一组基因组
Neptuneyut·2023-11-10 03:48

A Survey on Neural Network Interpretability

此外，可解释性是深度网络成为其他研究领域强大工具的理想属性，例如，药物发现和基因组学。在本次调查中，我们对神经网络可解释性研究进行了全面回顾。
今我来思雨霏霏_JYF·2023-11-10 01:45

基因预测软件prodigal的使用

Prodigal是一款常用的基因预测软件，可以用于预测原核生物基因组中的开放阅读框（ORF），并根据不同的编码调用方式（如起始密码子和终止密码子）对其进行注释。
小果运维·2023-11-09 23:04

转座子注释

转座子-知乎名词讲解：转座子（TE）、LTR、假基因-简书转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响-简书(jianshu.com)名词讲解：转座子（TE）、LTR、假基因-简书如何进行基因组注释_genscan
zq_Shen·2023-11-09 11:34

植物突变体库（一）

背景1分子生物学的迅速发展，基因组学研究也随之进入后基因组时代。功能基因组学是在研究生物有机体内各种基因功能的基础上，进一步解析所有基因协调发挥作用的机制。
赛思基因科技·2023-11-09 11:32

玉米转座子插入型突变体”五折优惠

联系方式：中国农业科学院作物科学研究所孙老师18645149460突变体介绍突变体是植物功能基因组学研究的基础材料，转座子作为一类可移动的D
生信宝典·2023-11-09 10:24

基因组WGD的鉴定与分化时间

1.WGD简介全基因组复制(Wholegenomeduplications,WGD)是生物进化的重要因素之一（导致基因组扩增的因素包括全基因组复制和转座子TEs）,所以WGD分析也是基因组分析经常用到的一种分析方法
生信学习小达人·2023-11-09 10:22

转座子的简介

1.转座子的概述芭芭拉·麦克林托克（BarbaraMcClintock，1902年6月16日－1992年9月2日），美国著名女性细胞遗传学家，她首次发现并重点研究了玉米转座子一个转座子由基因组的一个位置移动到另一个位置的过程称为转座
生信学习小达人·2023-11-09 10:22

转座子的鉴定

其中，从头算法又包括基于基因组序列比对的方法、K—mer方法和基于结构特征的方法；基于同源性的方法包括基于同源序列比对的方法和基于隐马尔柯夫模型(HMM)的方法。
生信学习小达人·2023-11-09 10:44

【动植物研究动态】20220605文献解读

克隆调控大豆籽粒大小和品质的重要基因NaturalallelicvariationofGmST05controllingseedsizeandqualityinsoybean该研究通过对1800多份大豆种质资源籽粒厚度性状的全基因组关联分析
生物信息与育种·2023-11-06 10:05

10x scaffolding系列3：使用tigmint纠错并进行基因组scaffolding

背景介绍这篇应该是10xgenomics数据辅助基因组组装的最后一篇，tigmint也是这些软件之中效果最好的一个，属于压箱底的好工具。
卖萌哥·2023-11-05 20:56

NATURE COMMUNICATIONS|肿瘤PARP和PD-1联合抑制

上的一篇文章ImmunogenomicprofilingdeterminesresponsestocombinedPARPandPD-1inhibitioninovarianCancer，文章主要讲的是从免疫基因组的角度对使用
概普生信·2023-11-05 11:14

2022-12-22

NatMacInt|深度学习表观遗传预测评价体系原创图灵基因图灵基因2022-12-2209:10发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析人类基因组由30亿个密码字母组成，每个人都有数百万种变异。
图灵基因·2023-11-05 11:21

人类基因组拷贝数变异图谱

摘要对个体间基因组变异的一个主要贡献来自于缺失和复制——统称为拷贝数变异（CNV）——它们改变了DNA的二倍体状态。这些改变可能没有表型效应，可以解释
亦是旅人呐·2023-11-05 10:31

ccRCC独特的基因组特征和免疫微环境特征对治疗反应和预后具有复杂的意义（IF8+）

IntegrativeAnalysisoftheGenomicandImmuneMicroenvironmentCharacteristicsAssociatedWithClearCellRenalCellCarcinomaProgression:ImplicationsforPrognosisandImmunotherapy与透明细胞肾细胞癌进展相关的基因组和免疫微环境特征的综合分析
生信学霸·2023-11-05 07:47

转录组笔记（5）序列比对

HISAT2：比对到基因组TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。
韦巍_e3f3·2023-11-05 01:56

基因组组装数据分析专题

得到一个物种的参考基因组是开展后续结构和功能基因挖掘的前提，通过高通量测序可以快速的拼接得到基因组，本文整理了基因组组装相关的数据分析资料。
生信修炼手册·2023-11-04 13:27

kalign:适用于基因组规模的多序列比对工具

之前提到的clustalo,muscle,mafft适用于几千到几万条序列的多序列比对，在比较基因组学的分析中，需要对不同基因组的序列进行多序列比对。
生信修炼手册·2023-11-04 12:57

二代测序之SNV基础知识笔记总结

基础知识笔记总结SNV基础知识SNVsMutationvs.Variant[变异和突变]不同层次的突变DNA：1.编码DNA（codingDNA）c.2.非编码DNA（non-codingDNA）n.3.基因组
唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术，它的出现为基因组学、转录组学及DNA甲基化等研究
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

7种测序平台

1.illumina测序化学原理2.HiSeq测序仪工作原理3.PacBio单分子超长测序4.IonTorrent测序5.X10人全基因组测序6.illumina公司的NanoWell测序技术7.第一代
acoikw2620·2023-11-04 09:55

基于Edman降解的蛋白质测序法的用途详解

随着全基因组测序的发展，我们离获知所有基因（也可以说是所有蛋白质）序列的不远了。然而，就目前我们对基因序列的了解，并不
Li_yuntalkBio·2023-11-04 09:53

Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱

PITFALLS.jpgNatureReviewsGenetics|在基因组学中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet
木舟笔记·2023-11-04 06:28

BWA和Bowtie的安装使用及区别

本学期在学习谈老师讲的基因组重测序数据比对和变异检测软件这一章时，我们了解到了短序列比对软件主要有以下几种：主要短序列比对软件其中，BWA和Bowtie的使用较为普遍，接下来对这两个软件的安装使用进行介绍
可堪醉卧_b370·2023-11-04 05:24

欧洲科学家在实验室重组出新冠病毒

生物学论文预发布平台BioRxiv1月21日发表一篇名为RapidreconstructionofSARS-CoV-2usingasyntheticgenomicsplatform（利用合成基因组学平台快速重建新冠病毒
一一休·2023-11-04 03:30
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