基因组

2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）

5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性：BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤：使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）

学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;理解BLASTE值和分数的数学关系；阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用：通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种，确定其存
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的
穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）

Dayhoff模型第一步：可接受点突变（PAM）概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况：基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步：氨基酸出现的频率
穆易青·2023-11-14 01:40

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。
穆易青·2023-11-14 01:10

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 引言）

可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后
穆易青·2023-11-14 00:40

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导
穆易青·2023-11-14 00:36

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。
简佐义的博客·2023-11-12 22:32

华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践

Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台，主要用于高性能计算场景，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ·2023-11-11 21:27

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析 方法

相关背景DNA结构DNA分子的一级结构：A,C,G,T四种核苷酸的线性多聚体；DNA分子由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成；DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，碱基排列在内侧；两条链上的碱基通过氢键想结合，形成碱基对于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶©配对，这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的中心法则遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，
JamSlade·2023-11-11 06:11

Busco-真核生物为主基因组质量评估

文章目录简介Install必须参数谱系数据集输出结果自动谱系选择结果解读完整片段化缺失自动选择：多domain和污染匹配注意BUSCO报告常用脚本真核Ref简介Busco评估基因组质量的核心原理在于通过计算基因组的通用单拷贝标记基因的比例来估计基因组的完整性
Neptuneyut·2023-11-10 03:24

手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组
Neptuneyut·2023-11-10 03:53

prokka-原核及病毒基因组高效便捷注释

文章目录简介安装使用下游分析提取16S序列物种注释统计5S/16S/23S/tRNA数量统计基因的数量、位置等信息注意参考简介Prokka:rapidprokaryoticgenomeannotation全基因组注释是在一组基因组
Neptuneyut·2023-11-10 03:48

A Survey on Neural Network Interpretability

此外，可解释性是深度网络成为其他研究领域强大工具的理想属性，例如，药物发现和基因组学。在本次调查中，我们对神经网络可解释性研究进行了全面回顾。
今我来思雨霏霏_JYF·2023-11-10 01:45

基因预测软件prodigal的使用

Prodigal是一款常用的基因预测软件，可以用于预测原核生物基因组中的开放阅读框（ORF），并根据不同的编码调用方式（如起始密码子和终止密码子）对其进行注释。
小果运维·2023-11-09 23:04

转座子注释

转座子-知乎名词讲解：转座子（TE）、LTR、假基因-简书转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响-简书(jianshu.com)名词讲解：转座子（TE）、LTR、假基因-简书如何进行基因组注释_genscan
zq_Shen·2023-11-09 11:34

植物突变体库（一）

背景1分子生物学的迅速发展，基因组学研究也随之进入后基因组时代。功能基因组学是在研究生物有机体内各种基因功能的基础上，进一步解析所有基因协调发挥作用的机制。
赛思基因科技·2023-11-09 11:32

玉米转座子插入型突变体”五折优惠

联系方式：中国农业科学院作物科学研究所孙老师18645149460突变体介绍突变体是植物功能基因组学研究的基础材料，转座子作为一类可移动的D
生信宝典·2023-11-09 10:24

基因组WGD的鉴定与分化时间

1.WGD简介全基因组复制(Wholegenomeduplications,WGD)是生物进化的重要因素之一（导致基因组扩增的因素包括全基因组复制和转座子TEs）,所以WGD分析也是基因组分析经常用到的一种分析方法
生信学习小达人·2023-11-09 10:22

转座子的简介

1.转座子的概述芭芭拉·麦克林托克（BarbaraMcClintock，1902年6月16日－1992年9月2日），美国著名女性细胞遗传学家，她首次发现并重点研究了玉米转座子一个转座子由基因组的一个位置移动到另一个位置的过程称为转座
生信学习小达人·2023-11-09 10:22

转座子的鉴定

其中，从头算法又包括基于基因组序列比对的方法、K—mer方法和基于结构特征的方法；基于同源性的方法包括基于同源序列比对的方法和基于隐马尔柯夫模型(HMM)的方法。
生信学习小达人·2023-11-09 10:44

【动植物研究动态】20220605文献解读

克隆调控大豆籽粒大小和品质的重要基因NaturalallelicvariationofGmST05controllingseedsizeandqualityinsoybean该研究通过对1800多份大豆种质资源籽粒厚度性状的全基因组关联分析
生物信息与育种·2023-11-06 10:05

10x scaffolding系列3：使用tigmint纠错并进行基因组scaffolding

背景介绍这篇应该是10xgenomics数据辅助基因组组装的最后一篇，tigmint也是这些软件之中效果最好的一个，属于压箱底的好工具。
卖萌哥·2023-11-05 20:56

NATURE COMMUNICATIONS|肿瘤PARP和PD-1联合抑制

上的一篇文章ImmunogenomicprofilingdeterminesresponsestocombinedPARPandPD-1inhibitioninovarianCancer，文章主要讲的是从免疫基因组的角度对使用
概普生信·2023-11-05 11:14

2022-12-22

NatMacInt|深度学习表观遗传预测评价体系原创图灵基因图灵基因2022-12-2209:10发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析人类基因组由30亿个密码字母组成，每个人都有数百万种变异。
图灵基因·2023-11-05 11:21

人类基因组拷贝数变异图谱

摘要对个体间基因组变异的一个主要贡献来自于缺失和复制——统称为拷贝数变异（CNV）——它们改变了DNA的二倍体状态。这些改变可能没有表型效应，可以解释
亦是旅人呐·2023-11-05 10:31

ccRCC独特的基因组特征和免疫微环境特征对治疗反应和预后具有复杂的意义（IF8+）

IntegrativeAnalysisoftheGenomicandImmuneMicroenvironmentCharacteristicsAssociatedWithClearCellRenalCellCarcinomaProgression:ImplicationsforPrognosisandImmunotherapy与透明细胞肾细胞癌进展相关的基因组和免疫微环境特征的综合分析
生信学霸·2023-11-05 07:47

转录组笔记（5）序列比对

HISAT2：比对到基因组TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。
韦巍_e3f3·2023-11-05 01:56

基因组组装数据分析专题

得到一个物种的参考基因组是开展后续结构和功能基因挖掘的前提，通过高通量测序可以快速的拼接得到基因组，本文整理了基因组组装相关的数据分析资料。
生信修炼手册·2023-11-04 13:27

kalign:适用于基因组规模的多序列比对工具

之前提到的clustalo,muscle,mafft适用于几千到几万条序列的多序列比对，在比较基因组学的分析中，需要对不同基因组的序列进行多序列比对。
生信修炼手册·2023-11-04 12:57

二代测序之SNV基础知识笔记总结

基础知识笔记总结SNV基础知识SNVsMutationvs.Variant[变异和突变]不同层次的突变DNA：1.编码DNA（codingDNA）c.2.非编码DNA（non-codingDNA）n.3.基因组
唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术，它的出现为基因组学、转录组学及DNA甲基化等研究
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

7种测序平台

1.illumina测序化学原理2.HiSeq测序仪工作原理3.PacBio单分子超长测序4.IonTorrent测序5.X10人全基因组测序6.illumina公司的NanoWell测序技术7.第一代
acoikw2620·2023-11-04 09:55

基于Edman降解的蛋白质测序法的用途详解

随着全基因组测序的发展，我们离获知所有基因（也可以说是所有蛋白质）序列的不远了。然而，就目前我们对基因序列的了解，并不
Li_yuntalkBio·2023-11-04 09:53

Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱

PITFALLS.jpgNatureReviewsGenetics|在基因组学中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet
木舟笔记·2023-11-04 06:28

BWA和Bowtie的安装使用及区别

本学期在学习谈老师讲的基因组重测序数据比对和变异检测软件这一章时，我们了解到了短序列比对软件主要有以下几种：主要短序列比对软件其中，BWA和Bowtie的使用较为普遍，接下来对这两个软件的安装使用进行介绍
可堪醉卧_b370·2023-11-04 05:24

欧洲科学家在实验室重组出新冠病毒

生物学论文预发布平台BioRxiv1月21日发表一篇名为RapidreconstructionofSARS-CoV-2usingasyntheticgenomicsplatform（利用合成基因组学平台快速重建新冠病毒
一一休·2023-11-04 03:30

精选| 2020年7月R新包推荐(第44期）

此次整理了七个类别，分别为计算方法、数据、基因组学、机器学习、科学、统计学、效率工具。以下是本期（总第44期
黄小伟Yeah·2023-11-04 00:58

宏基因组知识点

为了克服传统纯培养技术的不足，研究者们发展了宏基因组学的研究方法，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
斗战胜佛oh·2023-11-03 21:32

病毒载体的基本元件

第一代载体所携带的转基因的两侧是2个完整的LTR,由增强子(U3)、R区（即转录起始区，在病毒颗粒中的载体基因组两端均存在）及U5区构成。
实验小助手·2023-11-03 15:25

【动植物研究动态】20220320文献解读

NatureGenetics|抗条锈病小麦品种Kariega基因组组装与抗病基因Yr27挖掘Long-readgenomesequencingofbreadwheatfacilitatesdiseaseresistancegenecloning
生物信息与育种·2023-11-03 13:01

生物信息学与功能基因组学（1）

随着基因组学、蛋白质组学、微生物组学等各组学的发展，生物信息数据呈指数级增长；对这些数据的存储、处理、分析变得越来越重要。
顺昕如意·2023-11-03 06:22

生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换

制表符分隔（tab-delimited）的文本文件，一般存储基因组注释信息。自1997年以来，这些格式有了
万木春❀·2023-11-03 04:54

生物信息数据格式：bed格式

文章目录BEDformat（基因组的注释文件）基本列附加列示例[Bedtools简介](https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html)下载安装演示版的
sunchengquan·2023-11-03 04:18

转录组分析（五）--王通老师讲解

重中之重来了）A为对照组，B为处理组，A和B都采用illumina测序，reads读长分别为70bp，插入片段大小为200bp，reads之间的距离为200-70-70=60bp，将这个两个样品分别与人全基因组参考序列进行比对
不如好好学生信吧·2023-11-02 20:40

生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记1.Hi-C原理简介1.1Hi-C技术高通量染色体构象捕获技术(High-throughputchromosomeconformationcapture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术
生信卷王·2023-11-02 20:06

生信 | 基因组组装实战（五）：三代数据纠错gcpp、racon

写在前面以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记1.三代数据纠错：gcpp，封装到了pb-assembly中，使用conda安装condainstall-cbiocondapb-assembly-y使用方法，一轮纠错就差不多了pbmm2indexcontig.fastaref.mmipbmm2alignref.mmi*subreadset.xmlcontigs
生信卷王·2023-11-02 19:53

胆汁酸-肠道菌群在肠道炎症和肿瘤生成中的互作

宿主的基因组和微生物的基因组共同产生各种各样的代谢物，可以作为重要的信号分子和能量物质。
Deepgener·2023-11-02 16:37

【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第10讲 分子生物学操作技术

7.1.3聚合酶链式反应(PCR)技术7.1.4实时定量PCR(realtimequantitativePCR，Q-PCR)7.1.5重亚硫酸盐测序技术(BisulfiteSequencing)7.1.6基因组
taotaotao7777777·2023-11-01 21:05
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