基因组

2021-09-09

Nature|从体细胞突变推断胚胎克隆动力学原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=49.963推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：探索了334个单细胞集落的全基因组，并针对379
图灵基因·2023-11-29 03:29

多组学结合基因组来增加基因组预测（GP）的准确性

最近参加了EAAP会议，听了OleF.Christensen报告了将多组学数据加入到GP中的报告。image.png其测试的结果是：微生物组(https://doi.org/10.3168/jds.2022-22948)没有帮助提高GS和GP的准确性；但是代谢组也没有提高GS的准确性，但是提高了GP的准确性。代谢组整合到GP的文章最近发表在了GSE上，现在整理出，让我们使用其他组学进行测试和借鉴。
Hello育种·2023-11-29 01:21

【报告笔记】基因组组装的最后挑战-T2T

长读长组装发展2012：三代组装、二代校正；耗资源，适合小基因组，如细菌，4-15%错误率2013：三代组装、三代校正；仍然只适用小的2014：华夏一号（中国人三代参考基因组）2016：Falcon/Falcon-Unzip
生物信息与育种·2023-11-29 01:57

linux系统配置sftp服务器,linux配置sftp服务器配置

linux配置sftp服务器配置内容精选换一换简要介绍miRanda是一种用于寻找microRNA基因组靶标的算法。该算法已用C语言编写，可以作为GPL下的开源方法使用。
foolcage·2023-11-28 20:08

2021-12-14

NatRev|基因组学中应用机器学习可能遇到的陷阱原创huacishu图灵基因2021-12-1407:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=53.243推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：
图灵基因·2023-11-28 16:30

全基因组关联分析GWAS专题1——群体结构

一.GWAS与群体结构（1）群体遗传结构：群体水平大尺度遗传差异，亚群水平等位基因频率差异，不同祖先来源，个体间亲缘关系，家系等不同的群体结构。图1群体结构类型（2）群体结构对GWAS的影响：GWAS的研究对象包括自然群体、种质资源，半同胞家系，混合家系，MAGIC/NAM家系等。自然群体内性状变异和遗传变异丰富，群体内积累许多重组和突变信息，使用GWAS定位的分辨率大大提高；使用人工设计群体进行
felix108·2023-11-28 14:20

DNA 11. 识别肿瘤蛋白质三维结构上突变热点(HotSpot3D)

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你125篇原创内容-->公众号桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程
90066456ace6·2023-11-28 14:46

基因组组装练习

上GenomeAnnouncements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号；QQ图片20211108211549.pngimage.png从SRA
月时有青天·2023-11-28 05:54

文章被分享的感觉真的很不错

最近在写一些干货类的文章，关注基因组学和生信分析相关的。前几天刚申请的公众号，目前写了2篇了。
基因组学研究生·2023-11-28 02:20

基因家族分析（6）：基因家族顺势作用元件可视化

本文主要工作：对SBT基因家族的顺式作用元件进行可视化4.3顺式作用元件可视化顺式作用元件是位于基因组上的非编码序列，它一般位于基因序列的附近，主要作用是调控基因的表达。
逐鸿·2023-11-28 02:06

《谷物大脑》要点梳理

2、基因组的显著改变需要4万至7万年的时间，所以虽然我们不再被称呼为狩猎者和采集者，但我们的基因还是几万年前的模式。3、确实，现代人比我们的祖先活得长，但是这大部分归功于意外事故和儿童时期存活率
振涛_老鹰中尉·2023-11-27 23:47

metawrap宏基因组数据处理流程（亲测有用）

1.metaWRAP简介MetaWRAP旨在成为一个易于使用的宏基因组数据分析软件包，从头到尾完成宏基因组分析的核心任务：序列质量控制、组装、可视化、分类分析、提取基因组草图（又称分箱binning）和功能注释
不锈铁·2023-11-27 21:44

GDAS004-Bioconductor与基因组级数据分析简介

title:GDAS004-Bioconductor与基因组级数据分析简介date:2019-09-0312:0:00type:"tags"tags:Bioconductorcategories:GenomicsDataAnalysisSeries
backup备份·2023-11-27 15:57

【R语言】maftools包计算肿瘤突变负荷（TMB）

相信很多小伙伴都听过肿瘤突变负荷（tumormutationburden,TMB），它是指肿瘤基因组去除胚系突变后的体细胞突变数量。
生信交流平台·2023-11-27 06:13

Paper_5: 子宫内膜癌的蛋白基因组学特征

HighlightsProteogenomicsprovidesnewinsightsintooncogenicsignalinginendometrialcarcinomaGlobalacetylomeandphosphoproteomesurveysidentifynewregulatorymechanismsQKI,circRNAs,andmiRNAsformapotentialfeedba
TOP生物信息·2023-11-27 06:13

【新闻】基因编辑不管是啥，单词要背

1.germlinegenomeediting生殖细胞系基因组编辑germlinen.生殖细胞；genome['dʒiːnəʊm]n.基因组2.embryo['embrɪəʊ]n.胚胎3.outra
大汪小喵·2023-11-27 03:31

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--03

除性染色体上的基因外，大多数的基因组在雄性和雌性之间是共享的，所以性二态往往是由基因在性别间差异性表达引起的。
百迈客生物·2023-11-27 03:40

一行命令批量修改染色体和位置为RS号

注意以下教程展示的是修改hg19基因组版本的RS号，如果你的数据是其他版本的，请修改为对应版本的数据。
橙子牛奶糖·2023-11-27 00:18

全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）20210313更新版

同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的**「你们」**~by「橙子牛奶糖（陈文燕）」1.前言很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。
橙子牛奶糖·2023-11-27 00:17

在没有系谱信息的情况下对热带肉牛进行多品种基因组评估

背景在多品种热带肉牛群体中实施基因组选择一直具有挑战性。如果可以在这些基因组评估的参考群体中使用商业（通常是杂交）动物，则可以允许非常大的参考群体。在热带牛肉系统中，此类动物通常没有谱系信息。
Hello育种·2023-11-26 23:57

组织细胞DNA提取中如何使基因组DNA更容易释放出来

操作步骤：请自行准备：无水乙醇、异丙醇、1.5mL离心管，生理盐水。1取出洗涤液，按70%比例加入无水乙醇，9mL加入21mL无水乙醇，18mL加入42mL无水乙醇，混匀。2.样本处理：A.组织样本：取10-20mg左右的组织，用液氮研磨为粉末，转入1.5mL离心管内，加入100μL生理盐水，振荡15秒（或直接在100μL生理盐水中将组织匀浆为细胞悬液）；B.细胞样本：取1.5mL离心管，直接加入
清风拂面vv·2023-11-26 22:00

Rfam本地安装教程

Rfam简介Rfam是Rfam是用来鉴定non-codingRNAs的数据库，常用于注释新的核酸序列或者基因组序列。
小杜的生信筆記·2023-11-26 20:08

如何NCBI上传Genbank数据

此处就不再重复了，登录完成后同样点击首页的submit进入即可，进入后往下翻页，看到Genbank提交数据，选择对应的选项即可，根据提交的数据不同，进行选择即可，后续的步骤都是类似的，此处以提交叶绿体基因组为示例
生信阿拉丁·2023-11-26 18:44

WDL语言入门

WDL最初是由BroadInstitute为基因组分析管道开发的。语法简单，易于表达，能很好的描述流程；且跨平台。GATK首选的pipeline解决方案：WDL+cromwell****。
基因组分析·2023-11-26 15:38

血液DNA提取试剂盒主要特点有哪些？

产品介绍BIOG剂盒采用独特的裂解液配方，可直接从新鲜、冷冻或陈旧的全血中提取高质量的基因组DNA，也可以直接提取得到血液中感染的细菌或转移的肿瘤细胞DNA，省去了一般血液DNA提取试剂盒所需
清风拂面vv·2023-11-26 13:51

基因组在动物的实际应用综述

image.png关键点•获取牲畜高维基因组信息的速度正在加快。•基因分型的投资回报取决于生成的信息。•个体动物的基因组信息的用途越来越多。•未来可能涉及（几乎）所有动物出生时的基因分型。
Hello育种·2023-11-26 05:17

CDS和ncRNA的分物种数据库

EnsemblFTP网站(ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta)收集了大多数物种的DNA,protein,CDS,ncRNA信息1.DNA不用说，就是基因组信息
bioinfo2011·2023-11-26 02:09

GeNets：发表在nature上的基因组分析网站平台工具

2018年6月NatureMethods上发表了一篇关于机器学习分析特定基因集内部关系工具的文章，简单来说就是，通常我们做了差异基因分析得到一个基因集合，然后会用GO/KEGG富集进行进一步分析，但是该工具给我们提供了另一种可能，通过对差异基因集进行机器学习训练最终得到部分关键的基因以及基因间相互作用。该工具以网站的形式方便大家使用，目前只支持人的基因集输入，笔者输入数据后的运行结果如下图所示，如
斗战胜佛oh·2023-11-26 00:46

Smart-seq total 2021

Single-cellquantificationofabroadRNAspectrumrevealsuniquenoncodingpatternsassociatedwithcelltypesandstates期刊：PNAS通讯作者：StephenR.Quake1.背景每个细胞转录了近85%的基因组
韧_7e6f·2023-11-25 15:36

基因组控制鸡模型中腹部脂肪沉积的多个因素

GenomicInsightsIntotheMultipleFactorsControllingAbdominalFatDepositioninaChickenModel摘要肉鸡过快的生长速度伴随着过多的腹部脂肪沉积，这些对肉质特性和饲料成本产生不利的影响，基因组学技术确定了与腹部脂肪沉积相关的多种遗传因素
奶盐味·2023-11-25 09:27

基因工程实验Ⅱ大肠杆菌质粒DNA的抽提及检测『Protocol』

一、实验原理：质粒的抽提与纯化实质上是将质粒DNA与细菌的基因组染色体DNA、RNA、蛋白质、细胞膜等细胞器及其他大分子物质分离的过程，因此质粒的抽提大致可分为：细菌的培养、收集与裂解；质粒DNA的分离与纯化
生菜小科狗·2023-11-25 00:37

万份水稻样本，挖掘罕见变异

2023年10月，基因组所联合崖州湾实验室、中国水稻研究所和河南大学等单位在《NucleicAcidsResearch》（IF=14.9）上在线发表了题为“Aricevariationmapderive
SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:28

【无标题】

泛基因组（pangenome）泛基因组是一个多基因组组合而成的综合性参考基因组，具备全面捕获各染色体位点上更广泛的可变性和多样性信息的能力。
SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:58

真菌基因组研究高分策略（一）：比较基因组揭示真菌菌丝和多细胞的起源

随着测序技术的发展，高通量测序揭示了真菌群落巨大的系统发育和功能多样性，高质量真菌基因组的组装已经成为研究菌丝和潜在基因的进化起源的有力工具。
SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:58

单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组测序

单细胞测序技术(singlecellsequencing)，简单来说，就是在单个细胞水平上，对基因组、转录组及表观基因组进行测序分析的技术（图1）。图1.单细胞测序技术◆为什么做单细胞转录组测序？
爱基百客·2023-11-24 23:27

文献阅读 | GAM：基于ligation-free方法捕获基因组中增强子间的复杂互作 (Part III：SLICE model）

文章梳理：文献阅读|GAM：基于ligation-free方法捕获基因组中增强子间的复杂互作(PartI：文章梳理）原文链接：BeagrieRA,ScialdoneA,SchuelerM,etal.Complexmulti-enhancercontactscapturedbygenomearchitecturemapping.Nature
阿狸的窝·2023-11-24 22:15

【金猿案例展】某国家级研究所——组学大数据分析平台建设

生物信息学经过近30年的发展，从最初的基因组数据的收集和存储，到利用数学建模和人工智能思想，挖掘数据背后的生物学意义、对样本数据进行合理分类、建立合理的二级和三级数据库，
数据猿·2023-11-24 20:46

【分子指纹】化学分子指纹的概念和应用

DrugDiscovToday｜化学分子指纹的概念和应用2022年9月13日，哈尔滨医科大学药物基因组信息学教研室陈秀杰教授、哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院解洪波副教授团队在期刊DrugDiscoveryToday
DJ.马·2023-11-24 12:45

53.《Bioinformatics Data Skills》之实战：统计落在外显子区域dbSNP数目

寻找区域间的overlap算得上是基因组最常见的操作，貌似简单的寻找overlap追究细节之后也会变得非常复杂，比如为了解决RNA-seq表达定量的问题就衍生出一系列专业的工具或者R包（例如RSEM，TopHat
DataScience·2023-11-24 08:34

文献翻译--哺乳动物器官发育中的选择性剪切模式

摘要：选择性剪接(AS)在哺乳动物基因组中普遍存在，但跨物种比较主要局限于成体组织，大多数AS事件的功能仍不清楚。研究人员评估了六种哺乳动物和一只鸟类的七个器官产前和产后发育中的AS模式。
ECHO1216·2023-11-24 04:23

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（1）

“文献阅读”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning摘要：病毒宏基因组数据增长快速，
乔伊nikkie·2023-11-24 02:57

等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理

在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！
生物信息与育种·2023-11-23 22:43

2022-12-02

《基因组学与个性化医疗》基因的序列是固定的，但是他的改变却是多样的。有些疾病就是因为基因的改变而导致无法治愈。在我们的日常生活中。基因的检测异常重要。
九字班·2023-11-23 20:41

PheWAS(全表型组关联分析)----GWAS and PheWAS(一)

1.GWASGWAS，全基因组关联分析，是对不同个体的全基因组遗传变异进行研究，以了解任何变异(基因)是否与某一性状(表型)有关。
bcl_hx·2023-11-23 14:59

GATK4.0的更新

从去年开始，就一直在使用GATK（GenomeAnalysisToolkit）进行人类基因组的SNVCalling工作。
栽生物坑里的信息汪·2023-11-23 13:07

基因组组装----k-mer

1.什么是k-mer？k-mer：在生物信息学中，k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。比如序列：GTAGAGCTGT,根据k值不同，可得到以下k-mer。注：长度为L的序列对于一个给定的K可以得到L-k+1个k-mers。file2.可视化k-mers----k-merspectrumk-merspectrum：显示了序列中的每个k-mer的多重性(例:8-mers'frequenc
bcl_hx·2023-11-23 12:16

每日文献：2018-01-22

植物基因组的同线性和共线性原文题目：SyntenyandCollinearityinPlantGenomes先明确两个概念，虽然synteny和collineraity翻译之后都有线性，但是要注意两者的联系和区别
xuzhougeng·2023-11-23 08:26

Kraken2安装与数据库构建2022-01-02

Kraken2是一款快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序数据以及序列是否有污染。
土雕艺术家·2023-11-23 08:28

学习：StatQuest-RNA-seq

image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq原始文件是fastq文件:image.png过滤掉一些低质量的readsimage.png把参考基因组分成若干小的
小潤澤·2023-11-23 06:32

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（2）

文献阅读”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning接上文：【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析
乔伊nikkie·2023-11-23 01:56
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