基因组第14页

ccRCC独特的基因组特征和免疫微环境特征对治疗反应和预后具有复杂的意义（IF8+）

IntegrativeAnalysisoftheGenomicandImmuneMicroenvironmentCharacteristicsAssociatedWithClearCellRenalCellCarcinomaProgression:ImplicationsforPrognosisandImmunotherapy与透明细胞肾细胞癌进展相关的基因组和免疫微环境特征的综合分析

生信学霸·2023-11-05 07:47

转录组笔记（5）序列比对

HISAT2：比对到基因组TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。

韦巍_e3f3·2023-11-05 01:56

基因组组装数据分析专题

得到一个物种的参考基因组是开展后续结构和功能基因挖掘的前提，通过高通量测序可以快速的拼接得到基因组，本文整理了基因组组装相关的数据分析资料。

生信修炼手册·2023-11-04 13:27

kalign:适用于基因组规模的多序列比对工具

之前提到的clustalo,muscle,mafft适用于几千到几万条序列的多序列比对，在比较基因组学的分析中，需要对不同基因组的序列进行多序列比对。

生信修炼手册·2023-11-04 12:57

二代测序之SNV基础知识笔记总结

基础知识笔记总结SNV基础知识SNVsMutationvs.Variant[变异和突变]不同层次的突变DNA：1.编码DNA（codingDNA）c.2.非编码DNA（non-codingDNA）n.3.基因组

唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术，它的出现为基因组学、转录组学及DNA甲基化等研究

wangchuang2017·2023-11-04 09:02

7种测序平台

1.illumina测序化学原理2.HiSeq测序仪工作原理3.PacBio单分子超长测序4.IonTorrent测序5.X10人全基因组测序6.illumina公司的NanoWell测序技术7.第一代

acoikw2620·2023-11-04 09:55

基于Edman降解的蛋白质测序法的用途详解

随着全基因组测序的发展，我们离获知所有基因（也可以说是所有蛋白质）序列的不远了。然而，就目前我们对基因序列的了解，并不

Li_yuntalkBio·2023-11-04 09:53

Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱

PITFALLS.jpgNatureReviewsGenetics|在基因组学中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet

木舟笔记·2023-11-04 06:28

BWA和Bowtie的安装使用及区别

本学期在学习谈老师讲的基因组重测序数据比对和变异检测软件这一章时，我们了解到了短序列比对软件主要有以下几种：主要短序列比对软件其中，BWA和Bowtie的使用较为普遍，接下来对这两个软件的安装使用进行介绍

可堪醉卧_b370·2023-11-04 05:24

欧洲科学家在实验室重组出新冠病毒

生物学论文预发布平台BioRxiv1月21日发表一篇名为RapidreconstructionofSARS-CoV-2usingasyntheticgenomicsplatform（利用合成基因组学平台快速重建新冠病毒

一一休·2023-11-04 03:30

精选| 2020年7月R新包推荐(第44期）

此次整理了七个类别，分别为计算方法、数据、基因组学、机器学习、科学、统计学、效率工具。以下是本期（总第44期

黄小伟Yeah·2023-11-04 00:58

宏基因组知识点

为了克服传统纯培养技术的不足，研究者们发展了宏基因组学的研究方法，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

斗战胜佛oh·2023-11-03 21:32

病毒载体的基本元件

第一代载体所携带的转基因的两侧是2个完整的LTR,由增强子(U3)、R区（即转录起始区，在病毒颗粒中的载体基因组两端均存在）及U5区构成。

实验小助手·2023-11-03 15:25

【动植物研究动态】20220320文献解读

NatureGenetics|抗条锈病小麦品种Kariega基因组组装与抗病基因Yr27挖掘Long-readgenomesequencingofbreadwheatfacilitatesdiseaseresistancegenecloning

生物信息与育种·2023-11-03 13:01

生物信息学与功能基因组学（1）

随着基因组学、蛋白质组学、微生物组学等各组学的发展，生物信息数据呈指数级增长；对这些数据的存储、处理、分析变得越来越重要。

顺昕如意·2023-11-03 06:22

生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换

制表符分隔（tab-delimited）的文本文件，一般存储基因组注释信息。自1997年以来，这些格式有了

万木春❀·2023-11-03 04:54

生物信息数据格式：bed格式

文章目录BEDformat（基因组的注释文件）基本列附加列示例[Bedtools简介](https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html)下载安装演示版的

sunchengquan·2023-11-03 04:18

转录组分析（五）--王通老师讲解

重中之重来了）A为对照组，B为处理组，A和B都采用illumina测序，reads读长分别为70bp，插入片段大小为200bp，reads之间的距离为200-70-70=60bp，将这个两个样品分别与人全基因组参考序列进行比对

不如好好学生信吧·2023-11-02 20:40

生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记1.Hi-C原理简介1.1Hi-C技术高通量染色体构象捕获技术(High-throughputchromosomeconformationcapture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术

生信卷王·2023-11-02 20:06

生信 | 基因组组装实战（五）：三代数据纠错gcpp、racon

写在前面以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记1.三代数据纠错：gcpp，封装到了pb-assembly中，使用conda安装condainstall-cbiocondapb-assembly-y使用方法，一轮纠错就差不多了pbmm2indexcontig.fastaref.mmipbmm2alignref.mmi*subreadset.xmlcontigs

生信卷王·2023-11-02 19:53

胆汁酸-肠道菌群在肠道炎症和肿瘤生成中的互作

宿主的基因组和微生物的基因组共同产生各种各样的代谢物，可以作为重要的信号分子和能量物质。

Deepgener·2023-11-02 16:37

【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第10讲分子生物学操作技术

7.1.3聚合酶链式反应(PCR)技术7.1.4实时定量PCR(realtimequantitativePCR，Q-PCR)7.1.5重亚硫酸盐测序技术(BisulfiteSequencing)7.1.6基因组

taotaotao7777777·2023-11-01 21:05

医学分子生物学试题答案

基因组（gencme）：细胞或生物中，一套完整单倍体遗传物质的总和（包括一种生物所需的全套基因及间隔序列）称为基因组。基因组的功能是贮存和表达遗传信息。

答案资料·2023-11-01 21:02

西南大学优势学科再有新进展：构建家蚕全基因组编辑筛

5月19日，国际知名的《基因组研究》杂志在线发表了西南大学前沿交叉研究所生物研究中心夏庆友教授团队的最新研究成果。

厉景轩小谭·2023-11-01 08:41

【动植物研究动态】20220918文献解读

InternationalJournalofMolecularSciences（IF=6.208）|中科院植物研究所孙小芹：“常香粳1813“染色体水平基因组揭示香粳和非香粳稻间的基因组变异Chromosome-LevelGenomeAssemblyofaFragrantJaponicaRiceCultivar

生物信息与育种·2023-11-01 05:39

基因功能分析——哈佛大学

文章目录描述学习目标一、安装数据集读取数据文件加载R包二、基因组注释数据库通用数据库注释用数据库基因组构建访问数据库的工具AnnotationHubAnnotationDbiorg.Hs.eg.db为什么有如此多重复

零级伪码农·2023-11-01 04:18

WGBS vs RRBS

基于NGS的DNA甲基化分析的目的是研究基因组DNA，发现基因组中单个胞嘧啶或整个区

生信start_site·2023-11-01 03:21

Jellyfish-2的安装与使用

计算输入的基因组数据（fasta）、测序数据（fastq）等，长度为k的DNA序列的频数分布。相当于把input当作一个很大的集合，kmer就相当于一个子集，去遍历整个集合。

陈有朴·2023-10-31 23:46

如何摆脱原生家庭对孩子的影响？（深度好文）

羽贝·2023-10-31 04:20

【动植物研究动态】20220403文献解读

PBJ|西北农林：苹果优良砧木富平楸子高质量基因组，揭示楸子遗传起源及嫁接介导的抗性机理AChromosome-ScaleReferenceGenomeProvidesInsightsintotheGeneticOriginandGrafting-MediatedStressToleranceofMalusprunifolia

生物信息与育种·2023-10-31 03:07

使用MAKER进行基因注释(基础入门）

maker在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测，并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。

xuzhougeng·2023-10-30 16:23

基因组denovo测序与meta联合分析

已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。

花生学生信·2023-10-30 11:19

三维基因组 | 棉花《Nature Plants》 2018

目前基因组测序获取了大量物种的染色体的一级结构（通俗讲DNA序列），对于基因功能研究起到了重要的作用，但染色体的高级结构（3D结构）对于基因功能研究也是不可或缺的。下面小编介绍一讲3D结构

生信师姐·2023-10-30 07:53

心血管疾病药物不良反应不容忽视，华大基因基因检测辅助降低风险！

在此趋势下，华大基因基因检测基于药物基因组学的药物选择和个性化用药方案，为心血管疾病患者的临床治疗提供了新机会，同时可以更好地帮助患者控制心血管疾病，提高药物使用的安全性和有效性，实现优化剂量、增强疗效

ZAKER科技动态·2023-10-30 04:15

2021-10-22

NatBiotech|单细胞Hi-C数据分析识别多尺度3D基因组特征原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞Hi-C可以识别3D染色质组织的细胞间变异性，这是有关细胞中基因组折叠和基因表达作用的关键信息

图灵基因·2023-10-29 22:11

2022-07-30

NatComm|更大时空背景下的病原体研究：古代和现代鞭虫种群基因组学原创图灵基因图灵基因2022-07-3009:30发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制来自WellcomeSanger研究所、哥本哈根大学和其他机构的研究人员报告说

图灵基因·2023-10-29 17:40

高通量测序技术与转基因分子特征

所谓分子特征是指转基因植物中外源DNA片段在受体基因组中的整合情况：其中包括插入外源基因的拷贝数、插入位点的侧翼序列、插入序列的完整性、是否有载体骨架序列的插入、表达以及遗传稳定

天明豆豆·2023-10-29 16:24

多篇论文报道CasRx在动物体内靶向沉默RNA的应用新成果

随着研究的深入，科学界还发现，除了编辑具有遗传讯息的DNA片段，编辑RNA可以在不改变基因组的情况下，帮助调整基因表达方式，此外，RNA的寿命是相对短暂的，这也意味着它的变化是可以逆转的，从而避免基因工程中的巨大风险

xmu_zhang_lab·2023-10-29 12:18

202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream

MetaPhlAn4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。

小果运维·2023-10-29 11:03

尊重自然，方可长久

他进行了实验，并在一篇题为“创造化学合成基因组控制的细菌细胞”的著名论文中进行了阐述。我对克莱格·文特尔非常尊重，我认为他是这个世界上最聪明的人，而且是一个完全意义上的“实干家”，但是这种做法很危险。

木子悠悠·2023-10-29 11:21

生信课程笔记8-序列特征和基因模型

基因组特征（GenomicFeatures）包括基因组上的基因模型（genemodel）或其他序列特征（genefeature），如genes、exons、UTRs、transcripts等。

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-29 07:34

人类基因组的外显子区域到底有多长

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt#!usr/bin/perlopen(FILE,"CCDS.CURRENT.TXT");while(){nextif/^#/;@F=split;/\[(.*?)\]/;#匹配到[]的任意内容@tmp=split/,/,$1;foreach(@tmp){$_=~s/-/

白云梦_7·2023-10-28 23:49

在线作图|你不知道的绘制带聚类树的堆叠柱状图的方法

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。imageQue

维凡生物·2023-10-28 23:28

2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析

exportPHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/condaactivatephyloflashforidin`ls/nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64/metacleandata/*.filtered.fq1.gz`doid=${id/*\//}id=${id/.filtered.fq

dashan1928·2023-10-28 19:00

转座子

介绍转座子是在整个原核和真核基因组的广泛，显着地影响生物学的许多方面，其中包括基因组进化，基因组的组合物，和人类健康的移动重复遗传元件1-5。

黄粱一梦贰十年·2023-10-28 16:51

我们的身体过半组成不是人类？地球，生命的奥秘

人类基因组大约由2万个基因组成，但人体中的微生物群的基因大约在200万到2000万之间。而这些微生物主要聚集地是肠道。--------人活着真是奇迹啊，狂妄自大的人类，知道多少地球，生命的奥秘呢？

一字之师顿悟·2023-10-28 09:08

保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）

一、软件下载http://software.broadinstitute.org/software/igv/download这里以下载Windows版本为例，下载带有Java的版本，方便安装。img由于大部分数据是通过服务器跑出的结果，所以也有小伙伴有在Linux服务器端使用的需求。这里推荐几种方式：配合远程控制软件来使用，国产推荐Todesk，向日葵话说目前有部分单位禁止远程软件，推荐结合Jup

白墨石·2023-10-28 02:06

如何做GWAS关联分析

全基因组关联分析(genomewideassociationstudy,GWAS)是利用全基因组范围内筛选出高密度的分子标记对所研究的群体进行扫描,分析扫描得出的分子标记数据与表型性状之间关联关系的方法

组学大讲堂·2023-10-27 15:39

基因家族分析1

1.数据下载1）基因家族模型下载在pfam（http://pfam.xfam.org/）中下载已知的蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型（HMM）model.pnghmm下载.png2）基因组数据下载1.下载基因组文件

雪碧好喝吗·2023-10-27 10:02

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