基因组第14页

医学分子生物学试题答案

基因组（gencme）：细胞或生物中，一套完整单倍体遗传物质的总和（包括一种生物所需的全套基因及间隔序列）称为基因组。基因组的功能是贮存和表达遗传信息。

答案资料·2023-11-01 21:02

西南大学优势学科再有新进展：构建家蚕全基因组编辑筛

5月19日，国际知名的《基因组研究》杂志在线发表了西南大学前沿交叉研究所生物研究中心夏庆友教授团队的最新研究成果。

厉景轩小谭·2023-11-01 08:41

【动植物研究动态】20220918文献解读

InternationalJournalofMolecularSciences（IF=6.208）|中科院植物研究所孙小芹：“常香粳1813“染色体水平基因组揭示香粳和非香粳稻间的基因组变异Chromosome-LevelGenomeAssemblyofaFragrantJaponicaRiceCultivar

生物信息与育种·2023-11-01 05:39

基因功能分析——哈佛大学

文章目录描述学习目标一、安装数据集读取数据文件加载R包二、基因组注释数据库通用数据库注释用数据库基因组构建访问数据库的工具AnnotationHubAnnotationDbiorg.Hs.eg.db为什么有如此多重复

零级伪码农·2023-11-01 04:18

WGBS vs RRBS

基于NGS的DNA甲基化分析的目的是研究基因组DNA，发现基因组中单个胞嘧啶或整个区

生信start_site·2023-11-01 03:21

Jellyfish-2的安装与使用

计算输入的基因组数据（fasta）、测序数据（fastq）等，长度为k的DNA序列的频数分布。相当于把input当作一个很大的集合，kmer就相当于一个子集，去遍历整个集合。

陈有朴·2023-10-31 23:46

如何摆脱原生家庭对孩子的影响？（深度好文）

羽贝·2023-10-31 04:20

【动植物研究动态】20220403文献解读

PBJ|西北农林：苹果优良砧木富平楸子高质量基因组，揭示楸子遗传起源及嫁接介导的抗性机理AChromosome-ScaleReferenceGenomeProvidesInsightsintotheGeneticOriginandGrafting-MediatedStressToleranceofMalusprunifolia

生物信息与育种·2023-10-31 03:07

使用MAKER进行基因注释(基础入门）

maker在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测，并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。

xuzhougeng·2023-10-30 16:23

基因组denovo测序与meta联合分析

已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。

花生学生信·2023-10-30 11:19

三维基因组 | 棉花《Nature Plants》 2018

目前基因组测序获取了大量物种的染色体的一级结构（通俗讲DNA序列），对于基因功能研究起到了重要的作用，但染色体的高级结构（3D结构）对于基因功能研究也是不可或缺的。下面小编介绍一讲3D结构

生信师姐·2023-10-30 07:53

心血管疾病药物不良反应不容忽视，华大基因基因检测辅助降低风险！

在此趋势下，华大基因基因检测基于药物基因组学的药物选择和个性化用药方案，为心血管疾病患者的临床治疗提供了新机会，同时可以更好地帮助患者控制心血管疾病，提高药物使用的安全性和有效性，实现优化剂量、增强疗效

ZAKER科技动态·2023-10-30 04:15

2021-10-22

NatBiotech|单细胞Hi-C数据分析识别多尺度3D基因组特征原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞Hi-C可以识别3D染色质组织的细胞间变异性，这是有关细胞中基因组折叠和基因表达作用的关键信息

图灵基因·2023-10-29 22:11

2022-07-30

NatComm|更大时空背景下的病原体研究：古代和现代鞭虫种群基因组学原创图灵基因图灵基因2022-07-3009:30发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制来自WellcomeSanger研究所、哥本哈根大学和其他机构的研究人员报告说

图灵基因·2023-10-29 17:40

高通量测序技术与转基因分子特征

所谓分子特征是指转基因植物中外源DNA片段在受体基因组中的整合情况：其中包括插入外源基因的拷贝数、插入位点的侧翼序列、插入序列的完整性、是否有载体骨架序列的插入、表达以及遗传稳定

天明豆豆·2023-10-29 16:24

多篇论文报道CasRx在动物体内靶向沉默RNA的应用新成果

随着研究的深入，科学界还发现，除了编辑具有遗传讯息的DNA片段，编辑RNA可以在不改变基因组的情况下，帮助调整基因表达方式，此外，RNA的寿命是相对短暂的，这也意味着它的变化是可以逆转的，从而避免基因工程中的巨大风险

xmu_zhang_lab·2023-10-29 12:18

202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream

MetaPhlAn4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。

小果运维·2023-10-29 11:03

尊重自然，方可长久

他进行了实验，并在一篇题为“创造化学合成基因组控制的细菌细胞”的著名论文中进行了阐述。我对克莱格·文特尔非常尊重，我认为他是这个世界上最聪明的人，而且是一个完全意义上的“实干家”，但是这种做法很危险。

木子悠悠·2023-10-29 11:21

生信课程笔记8-序列特征和基因模型

基因组特征（GenomicFeatures）包括基因组上的基因模型（genemodel）或其他序列特征（genefeature），如genes、exons、UTRs、transcripts等。

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-29 07:34

人类基因组的外显子区域到底有多长

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt#!usr/bin/perlopen(FILE,"CCDS.CURRENT.TXT");while(){nextif/^#/;@F=split;/\[(.*?)\]/;#匹配到[]的任意内容@tmp=split/,/,$1;foreach(@tmp){$_=~s/-/

白云梦_7·2023-10-28 23:49

在线作图|你不知道的绘制带聚类树的堆叠柱状图的方法

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。imageQue

维凡生物·2023-10-28 23:28

2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析

exportPHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/condaactivatephyloflashforidin`ls/nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64/metacleandata/*.filtered.fq1.gz`doid=${id/*\//}id=${id/.filtered.fq

dashan1928·2023-10-28 19:00

转座子

介绍转座子是在整个原核和真核基因组的广泛，显着地影响生物学的许多方面，其中包括基因组进化，基因组的组合物，和人类健康的移动重复遗传元件1-5。

黄粱一梦贰十年·2023-10-28 16:51

我们的身体过半组成不是人类？地球，生命的奥秘

人类基因组大约由2万个基因组成，但人体中的微生物群的基因大约在200万到2000万之间。而这些微生物主要聚集地是肠道。--------人活着真是奇迹啊，狂妄自大的人类，知道多少地球，生命的奥秘呢？

一字之师顿悟·2023-10-28 09:08

保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）

一、软件下载http://software.broadinstitute.org/software/igv/download这里以下载Windows版本为例，下载带有Java的版本，方便安装。img由于大部分数据是通过服务器跑出的结果，所以也有小伙伴有在Linux服务器端使用的需求。这里推荐几种方式：配合远程控制软件来使用，国产推荐Todesk，向日葵话说目前有部分单位禁止远程软件，推荐结合Jup

白墨石·2023-10-28 02:06

如何做GWAS关联分析

全基因组关联分析(genomewideassociationstudy,GWAS)是利用全基因组范围内筛选出高密度的分子标记对所研究的群体进行扫描,分析扫描得出的分子标记数据与表型性状之间关联关系的方法

组学大讲堂·2023-10-27 15:39

基因家族分析1

1.数据下载1）基因家族模型下载在pfam（http://pfam.xfam.org/）中下载已知的蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型（HMM）model.pnghmm下载.png2）基因组数据下载1.下载基因组文件

雪碧好喝吗·2023-10-27 10:02

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理

结构变异的定义与其研究的重要性变异是导致基因组差异的最重要因素，具体可分为单个碱基对的变异（SNVs/SNPs）、小的插入或缺失（InDe

lakeseafly·2023-10-27 06:49

2021-11-18

2020-05-2610:17某物种基因组被测序后，大部分课题组都会发表一些基因家族分析的文章，此举常常被误解为“灌水”，其实不然，理清基因组内基因家族成员分类组成，是挖掘和物种特性相关的生物学问题的第一步工作

844ed84ba80d·2023-10-27 01:04

用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding

背景介绍在得到初步的组装结果之后，如果手上有10xgenomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的往期推送10x基因组数据的组装)

卖萌哥·2023-10-27 01:33

重新思考〔共生菌—肠—脑连接〕

伦敦大学学院演化生物学博士AlannaCollen写了《我们只有10%是人类：认识主宰你健康与快乐的90%细菌》，书中指出，在〔人类基因组计划〕完成后，科学家发现人类基因总数为2.1万个，竟然跟线虫（2.1

若木lulu·2023-10-26 18:36

【文献】对人类癌症中HPV整合的全基因组分析揭示了复发性局灶性基因组不稳定

image.png研究背景：人类乳头瘤病毒（HPV）每年在全世界范围内引起610,000例癌症（Forman等，2012）。具有里程碑意义的研究表明，HPV是几乎所有子宫颈癌（Walboomers等，1999）以及其他肛门生殖器和头颈癌的子集（Gillison等，2000；IARC对人类致癌风险评估的工作组，2007）的主要原因。）。尤其是与HPV相关的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的发病率正在以

XuningFan·2023-10-26 16:07

宏基因组，代谢组：高分文章中物种与代谢物相关性热图是怎么画的？

微生物多组学贯穿分析策略十分丰富：如常见的16s与宏基因组贯穿分析，可以验证物种的特征、丰富功能的探究；而16s与代谢组的贯穿分析思路同样常见于高分文章中，通过16s探究不同处理/环境下菌群的物种组成变化

Seurat_Satija·2023-10-26 15:49

获得染色体水平的基因组

NG.玉米.Genomeassemblyofatropicalmaizeinbredlineprovidesinsightsintostructuralvariationandcropimprovement组装流程：image.png利用重组自交系的高密度连锁图，将scaffolds安装到染色体:Thisresult,togetherwithahigh-densitylinkagemapfroma

野生拟南芥·2023-10-26 15:46

宏基因组学研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱

1.高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息；利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解

JarySun·2023-10-26 09:10

第七次霍乱大流行致病弧菌的两个防御系统

环境弧菌转变为致病的弧菌是由于获取了一系列的基因组岛，包括含有编码霍

沈序摇·2023-10-25 21:18

参考基因组下载 hg19 索引文件 grch38 reference genome infercnv 安装cellranger

DownloadCellRanger-Official10xGenomicsSupportnohupwget-c-Ocellranger-7.2.0.tar.gz"https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-7.2.0.tar.gz?Expires=1698207417&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRP

Young.Dr·2023-10-25 08:17

一文看懂三代组装软件——Flye

作者：童蒙编辑：angelica一、介绍Flye是用于单分子组装数据的denovo基因组装的软件。这个软件可以用于各种数据集，从小的细菌到大的哺乳动物。

生信阿拉丁·2023-10-25 05:30

引物设计

NC表示人类基因组DNA的RefSeq，NM表示mRNA的RefSeq，NP表示蛋白质的RefSeq，LncRNA信息我们参考RefSeq数据库中的数据，RefSeq数据库中的数据参考数据，是经过人工审核

谢某丶·2023-10-25 02:55

肿瘤HRD的产生、检测和临床应用

DNA双链损伤修复当DNA发生损伤和突变时，为了维持正常的生命活动，细胞内有多种DNA损伤修复机制维持细胞基因组的稳定性；一旦细胞丧失了有效修复DNA损伤的能力，就可能发生三种反应：细胞衰老、细胞凋亡和细胞癌变

evolisgreat·2023-10-25 01:53

最完整的人参考基因组

最近看了一篇人基因组组装的文章，和大家分享一下。

xiaoji_hb·2023-10-24 22:37

基因组位置匹配，提取gff文件信息

有一个文件weizhi，里面是三列数据，以”_“分割，第一列是染色体，第二列是开始位置，第三列是终止位置，另一个文件是H7L1_maker.gff文件，第一列是染色体，第四列是开始位置，第五列是终止位置，匹配两个文件的内容，打印出所有匹配上的，第二个文件中第一、四、五、九列内容，并输出到新文件中，perl实现。#!/usr/bin/perlusestrict;usewarnings;#打开weiz

花生学生信·2023-10-24 16:33

python 字典dict和列表list的读取速度问题, range合并

嗨喽，大家好呀~这里是爱看美女的茜茜呐python字典和列表的读取速度问题最近在进行基因组数据处理的时候，需要读取较大数据（2.7G）存入字典中，然后对被处理数据进行字典key值的匹配，在被处理文件中每次读取一行进行处理后查找是否在字典的

茜茜是帅哥·2023-10-24 16:35

宽瓣重楼基因组

AnenormousParispolyphyllagenomeshedslightongenomesizeevolutionandpolyphyllinbiogenesis——宽瓣重楼巨型基因组揭示基因组大小进化和重楼皂苷合成原文链接

假装_学霸·2023-10-24 13:01

基因组学5-利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序列

安装从该网址下载其安装脚本：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/我一般都是保存在bin目录下，cd到该目录运行命令行：$chmod+xfaSomeRecords#赋予文件可执行权限，为Linux系统下执行写到环境变量echoexport"PATH=~/bin/faSomeRecords/:$PATH">>~/.bashrc.~

blue_unique·2023-10-24 07:31

基因组组装项目的十二步建议

2.收集目标基因组信息考虑的因素：基因组大小、倍性、杂合性、GC含量和重复。

生物信息与育种·2023-10-23 23:23

2019-08-26

建库有三种方式进行打断：基因组打断，超声波打断和酶切打断。而酶切打断和超声波打断都属于机械打断。

参错·2023-10-23 20:18

了尘兰若的小坑上线啦

边玩边学，对，博客主要是生信文，微生物基因组，比较基因组，功能基因组，扩增子，宏基因组等都有所涉猎。边想，边编程，边分析，边记录是我的范儿。

了尘兰若·2023-10-23 17:29

组间差异分析神器-STAMP | 分析技能

在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（只能用于两组之间的差异比较）、LEfSe、秩和检验等。

斗战胜佛oh·2023-10-23 15:27

构建一个近乎完整的植物基因组

前言植物基因组大小跨越几个数量级，倍性和杂合性变化，以及新旧基因组转座子变化等带来组装挑战。三代和物理图谱提供了新机会，单倍型定相、结构变异分析、从头泛基因组研究成为新兴组装热点。

生物信息与育种·2023-10-23 14:47

推荐频道

基因组