基因组第17页

每周文献 2021-06-05

AnintegratedframeworkreinstatingtheenvironmentaldimensionforGWASandgenomicselectionincrops（一款可以生成环境指数用于GWAS分析和作物基因组选择的模型

杨博士聊生信·2023-10-12 05:00

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

一、BWA1、介绍简介：用于建立index；基于BWT算法，将reads比对到参考基因组；最新版本bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。

weixin_43664814·2023-10-12 04:11

微卫星不稳定性（MSI）

微卫星序列以1-6bp为一个重复单元，重复次数不超过60次，人类基因组中有数以万计的微卫星位点，这些微卫星位点近似均匀的分布在各个染色体上，所有的微卫星序列约占整个基因组的3%，微卫星序列按照

Seurat_Satija·2023-10-11 20:38

生信学习笔记：用gmap将dna的片段mapping到基因组上

gmap是一款可以用于将DNA片段mapping到基因组上的软件，相对于bowie和bwa有其优点，同学们可以比较下。

ccArtermices·2023-10-11 13:59

The pipeline of RNA-seq（菜鸟教学）

、准备工作1.1设置好专门的用于RNA分析的环境在SRA中下载目标序列，使用wget指令使用conda激活rna分析环境1.2工作目录管理##示例如下：├──database#数据库存放目录，包括参考基因组

理想吃饭没·2023-10-11 04:00

宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结

首先需要说明一点，我做的是菌株层面(StrainLevel)的数据分析，Strainlevel是Specieslevel的下一层级的分类；而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容，主要包括三块：SNPCalling

Candle_light·2023-10-10 18:10

重测序分析

重测序：是对已对已知基因组的物种进行测序，去挖掘不同个体和群体之间的差异性。重测序分析内容：SNP，INDEL,SV,SNV进化分析，群体结构：LD,FST分析数据和流程。

每天都想睡觉的阿源·2023-10-10 13:41

GDAS005-基因组实验中的数据结构与管理

title:GDAS005-基因组实验中的数据结构与管理date:2019-09-0512:0:00type:"tags"tags:Bioconductorcategories:GenomicsDataAnalysisSeries

backup备份·2023-10-10 10:43

2022-03-08

现在，内华达大学的一个团队报告了黑腿蜱中首次成功的CRISPR-Cas9基因组编辑。由于研究人员开发了一种新

图灵基因·2023-10-10 03:37

单细胞ChIP-seq技术（CoBATCH）

文献翻译：CoBATCH一个基于单细胞的ChIP-seq技术image.png>SUMMARY缺乏一种有效的，可推广的全基因组方法单细胞组蛋白修饰或染色质结合蛋白的定位方法。

caokai001·2023-10-09 23:37

《首例“基因编辑婴儿”遭社会声讨此实验是对伦理和法律的挑战》

本报讯(记者×××)11月26日年11月26日，南方科技大学的贺建奎副教授在第二届国际人类基因组编辑峰会召开前一天宣布，世界首例免疫艾滋病的基因编辑婴儿露露和娜娜诞生。

张容嘉·2023-10-09 20:28

基因工程-3-基因工程载体-课堂随记（PPT、补充）

溶源周期：随着细菌进行复制溶菌周期：细菌最后裂解基因组大小>重组λ噬菌体的基因组DNA太大或太小会影响其存活能力。

_玻璃晴朗_·2023-10-09 19:57

本周最新文献速递20211205

20211205一、精细解读文献一文献题目：Large-scaleintegrationoftheplasmaproteomewithgeneticsanddisease不想看英文题目：血浆蛋白质组、基因组

橙子牛奶糖·2023-10-09 12:20

Seurat4.0系列教程14：整合scRNA-seq and scATAC-seq数据

这种分析尤其具有挑战性，因为scATAC-seq数据集难以注释，单细胞分辨率收集的基因组数

Seurat_Satija·2023-10-09 09:11

序列回帖与multi-mapped reads的处理

通常的解决方法是使用后缀树，在之前的文章中写过方法：后缀树练习实例：从目标串S中查找串T重复次数在生物信息中，根据有无已知的基因组信息可以将mapping分成两类。这里只谈m

YangRiriri·2023-10-09 04:05

用verkko组装基因组

卖萌哥·2023-10-09 03:47

第三代慢病毒载体系统

一是构建了自身失活的慢病毒载体，即删除了U3区的3’LTR，使载体失去HIV-1增强子及启动子序列，即使存在所有的病毒蛋白也不能转录出RNA；二是去除了tat基因，代之以异源启动子序列，这样原始的HIV基因组中的

实验小助手·2023-10-09 00:51

跟着Nature学作图：R语言ggplot2画带有置信区间的折线图展示核心基因和非必需基因的数量

Achickpeageneticvariationmapbasedonthesequencingof3,366genomesimage.png本地存储s41586-021-04066-1.pdf鹰嘴豆基因组重测序论文

小明的数据分析笔记本·2023-10-08 19:33

植物基因组测序二十年:成就与挑战

在过去的20年里，已经公布了1000多个植物基因组的序列，代表了788个不同的物种，具有高度的多样性。

Bioture·2023-10-08 11:01

三维基因组【一】

转自：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/111691514随着基因组学研究的发展，由结构基因组学过渡到功能基因组学，科学家对于基因组各种元件的功能及其调控关系有了进一步的了解

生信师姐·2023-10-08 08:07

HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果

手动修改后，再使用3D-DNA软件进行最终基因组序列的获得。安装

彼岸花128·2023-10-08 08:00

使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据

使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据NCBI数据库储存的常用数据有：Nt库，Nr库，Swissprot库，以及物种的基因组数据（Genome数据库）等。

彼岸花128·2023-10-08 08:29

2022-10-14 基因组常用的数据下载网站

基因组常用的数据下载网站有以下三种：NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）；ENSEMBLE（http://asia.ensembl.org/index.html）；Phyzome

染山·2023-10-08 02:35

北邮人工智能学院刘勇教授实验室，招聘博士后研究人员

图片来自官网因实验室建设需要，实验室现面向国内外公开招聘博士后2名，岗位研究方向为脑影像大数据、模式识别与智能系统、认知神经科学、认知神经影像基因组学等相关领域。

我爱计算机视觉·2023-10-08 01:57

文献笔记三十四：两款新的叶绿体基因组注释工具

,andflexiblebatchannotationofplastomes2019年PlantMethods4.269大类分区生物2区完成单位：中科院昆明植物所对应的微信推送中科院昆明植物所在叶绿体基因组注释软件开发取得重要进展第二篇

小明的数据分析笔记本·2023-10-08 01:20

hi-c 文献导读-3 Hi-C analysis

文献：Hi-Canalysis:fromdatagenerationtointegration文章首先回顾与论述了3D基因组学发展的必然性，以及3C、4C、5C，Hi-C的发展以及Hi-C的基本步骤，这里就不在叙述

小贝学生信·2023-10-07 22:05

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子

RachaelRiggs·2023-10-07 22:15

2018年7月30日，刘慈欣《魔鬼积木》读书笔记

这次的故事是名为“创世”工程的人类与动物基因组合实验引发的种种故事。读这篇小说时，我感受到了以前没有明确表述出的刘慈欣的作品的魅力。

兔兔是淑女·2023-10-07 17:30

GWAS-1 简介-翻译

其思想是利用覆盖全基因组的高度密度SNP标记，通过对每个SNP标记或SNP单倍型与性状的关联分析，直接找到影响性状的QTN或与数量性状核苷酸(quantitativetraitnucleotide,QTN

Hello育种·2023-10-07 03:42

西安封城，疫情近在咫尺，副业才是最强刚需！

据悉，陕西疾控共对36例本土病例本进行全基因组测序，全部为德尔塔变异株，均与12月4日巴基斯坦入境航班PK854（伊斯兰堡——西安）旅客中发现的境外输入病例高度同源。

柚子_d0d2·2023-10-06 20:10

细菌完成图+比较基因组分析再添好文！

期刊：《FrontiersinMicrobiology》影响因子：5.640近日，派森诺生物与上海交通大学农业与生物学院合作，在微生物基因组领域《FrontiersinMicrobiology》发表研究成果

felix108·2023-10-06 18:12

基因组比对结果的可视化

IGV（IntegrativeGenomicsViewer）是一款本地使用的基因组可视化神器，不管你用何种系统基本上都可找到对应的安装包，方便且实用。

EwanH·2023-10-06 08:06

motif到底是什么

有特征的短序列，一般认为它是拥有生物学功能的保守序列，并不局限于基因组DNA序列还是RNA序列，甚至蛋白质序列也可以提取出相应的motif当某一个大类的序列中，大量重复出现相同的序列结构的时候，就可能存在探索它意义的价值可能包含特异性的结合位点

一只小脑斧·2023-10-05 16:27

如果你做乳腺癌研究，请查收这波多组学数据+分析工具

多组学数据中国乳腺癌基因组图谱2020年11月，来自中国的研究团队在《NatureCommunications》发布中国乳腺癌最大的基因组图谱、突变特征和

尐尐呅·2023-10-05 16:26

参考基因组的选择

基因组的研究都离不开参考基因组，本文带大家了解参考基因组的组成，及如何选择参考基因组。

BeeBee生信·2023-10-05 07:24

TCGA数据库中癌症名称缩写

TCGA（TheCancerGenomeAtlas,癌症基因组图谱，https://portal.gdc.cancer.gov/）是美国国家癌症研究所(NationalCancerInstitute)和美国人类基因组研究所

生信交流平台·2023-10-05 07:59

【比较基因组】共线性分析（WGDI）

如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。

jjjscuedu·2023-10-05 06:11

2022-01-17

CellReports|细胞衰老机制如何成为癌症防火墙原创图灵基因图灵基因2022-01-1710:26收录于话题#前沿分子生物学机制巴塞罗纳科学技术研究所基因组调控中心（CRG）的研究人员对支持人体抵御皮肤癌发展的自然防御的分子机制有了重要的新见解

图灵基因·2023-10-05 04:28

2021年12月13日，天津发布我国首次检出奥密克戎变异株病例，我国疫情防控面临严峻挑战。

12月13日，天津市疫情防控指挥部发布，12月9日对从境外输入新冠病毒无症状感染者，呼吸道标本进行新冠病毒全基因组测序和序列分析。

知足常乐_34ef·2023-10-04 21:05

基因家族成员鉴定

所研究物种的基因组序列；genome.fa所研究物种蛋白序列；pep.fa所研究物种gff文件目标基因家族的隐马科夫模型orRefSeq对应基因家族的蛋白序列对应基因组信息可根据发表文章中提供的路径进行下载即可

斩毛毛·2023-10-04 18:39

文献阅读Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor

最近的技术发展已经能够在单个细胞中分析大量的基因组特征。然而，单细胞数据存在独特的挑战，需要开发专门的方法和软件，以成功获得生物学发现。

生信start_site·2023-10-04 15:15

这些生长在阴道里的细菌，你和她有必要了解

马里兰大学医学院基因组科学研究所的教授兼基因组学副主任JacquesRavel说，细菌群落（被科学地称为微生物群或微生物群落）存在于全身，包括阴道内。

文译世界·2023-10-04 09:15

Nature Genetics发布最大规模生菜全基因组重测序研究

深圳华大生命科学研究院、深圳国家基因库在四年前启动了生菜重测序计划，与荷兰遗传资源中心合作，对该中心保有的2500多份生菜及野生育种材料展开种质数字化。项目团队对一期的445份重测序数据进行了分析，4月12日，研究成果以“Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedl

尐尐呅·2023-10-04 02:22

Hi-C辅助基因组组装原理｜主流软件

导语Hi-C是高通量染色体构象捕获（High-throughputChromosomeConformationCapture,Hi-C）技术的简称，开发于2009年，最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息

lixingze·2023-10-03 22:59

全外显子组测序——壹.简介

欢迎关注公众号oddxix1.技术原理在人类基因中大约有180,000个外显子，占人类全部基因组的1%，约30MB。人类基因组的蛋白编码区大约包含85%的致病突变。

oddxix·2023-10-03 17:14

如何下载NCBI refseq？

NCBI是个宝藏网站，内含大量基因组。

韩小早儿·2023-10-03 08:24

基因组学

基因组概论基因组（Genome）指的是细胞内全套染色体及其所携带的全部基因，包括基因序列和基因间序列。C值（CValue）：在每一种生物中其单倍体基因组的DNA总量。

没有眼镜·2023-10-03 06:29

2022-06-12

数字孪生多网络模型可以帮助个性化治疗、生物标志物和药物发现原创图灵基因图灵基因2022-06-1215:27发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析一个国际研究团队已经开发出先进的计算机模型，即“数字双胞胎”，可以识别动态基因组和细胞组范围内的疾病相关细胞随时间的变化

图灵基因·2023-10-03 03:17

牛商争霸赛带给企业的基因优化

就如同人一样，每一代都有新的基因组合方式，但基因的最后结果都来自于父亲母亲同环境变化，这带来基因不断的自我优化。现在市场中变化的趋

胡老师的逆袭·2023-10-03 02:59

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

利用单细胞功能基因组学分析技术(单细胞RNA-Seq转录组分析、单细胞DNA甲

刘小泽·2023-10-02 19:08

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