基因组第12页

第十三讲视野：基因组暗物质不是“垃圾DNA”

01暗物质是基因组里重要的缓冲区，它们用自身的暗流汹涌，保障了基因的安全。02艰难时刻，暗物质减缓蛋白质的合成，延缓能量的消耗。03人高等的原因在于基因的开关特殊，而非基因本身。

寒冬之城·2023-11-22 20:34

New Phytologist | 解析无细胞壁“裸藻”超级生命力的分子遗传机制

尐尐呅·2023-11-22 19:43

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了在单细胞分辨率下的全基因组基因表达水平的高通量信息

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

本周最新文献速递20211205

20211205一、精细解读文献一文献题目：Large-scaleintegrationoftheplasmaproteomewithgeneticsanddisease不想看英文题目：血浆蛋白质组、基因组

橙子牛奶糖·2023-11-22 03:09

综述机器学习方法从基因组到网络再到解码疾病的应用

综合利用实验技术产生的大量的人类基因组序列数据和相关的分子表型、基因组表达、表观基因组学等相关数据，理解变异的影响，阐明异常

GenomicAI·2023-11-22 03:08

经典工具 | 使用SIFT预测错义突变的有害性

SIFT就是这样一个应用于基因组学研究的经典工具。SIFT可预测多种生物体的基因组变异，主要是错义突变的影响与效应，最大的特点是物种丰富，是一个经典的、普适性的研究工具。

生信宝典·2023-11-22 03:03

从头测序+重测序 | 利用细菌二/三代测序组装全基因组草图，注释，并应用于遗传分析...

这个问题部分地解决了：仍存在的"Error"可能与原核特殊的密码子使用、基因组存在gap区、snpEff的进一步参数选择有关。那么我们完成了什么？

生信宝典·2023-11-22 03:03

外显子和基因组基本概念(二)

上接：外显子和基因组基本概念(一)（补）细胞周期（Cellcycle）：含间期（Interphase）与分裂期（即M期：Mitosis有丝分裂；Meiosis减数分裂）两个阶段。

生信宝典·2023-11-22 03:02

GEO数据挖掘-数据下载

储存有基因芯片数据，新一代测序数据以及其他形式的高通量功能基因组数据。详细参考菜鸟青盐：https://www.

活捉一只Sophie·2023-11-22 03:49

生物信息学之抗癌药物反应论文阅读六：DNN整合基因组谱

论文地址：Predictingdrugresponseoftumorsfromintegratedgenomicprofilesbydeepneuralnetworks利用深度神经网络预测整合基因组谱的肿瘤药物反应作者信息

Programming_miao·2023-11-22 03:58

annovar对非模式生物建库注释

annovar简介在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在callsnp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多，但是我们所研究的物种却不仅限于人类

小潤澤·2023-11-22 03:04

【转】单倍型基因组组装方法

目前，大多数二倍体基因组组装都忽略了同源染色体之间的差异，将基因组组装成一个假的单倍体序列，这是二倍体类型的组装的人为共识。这种人为的共识可能导致基因注释的不精确和生物学解释的错误。

生物信息与育种·2023-11-22 02:02

IGV-基因组浏览器-改造记录（二）

写在前面还有两个小时....似乎还是有点紧张。想想，那就写写微信推文。IGV改造系列，一直会继续，直到或许是我们觉得似乎没有改造的必要。在前述的改造记录中（https://www.jianshu.com/p/7e90e454d487），我们主要是给IGV增加了一个ReadLenTrack，这样就可以实时地查看任何区域的sRNA读段的丰度和分布情况，在鉴定PHAS和数据观察上，有较大的用处。但是很多

生信石头·2023-11-22 01:45

相似基因序列问题 ——查找

通过比较不同生物的基因特征及基因组结构，可以大致确定生物之间的亲缘关系，并建立系统进化树。在比较过程中，可能有一些遗

OLDERHARD·2023-11-22 01:42

通过远古“口香糖”提取人类基因组，复原5700年前女孩

桦树沥青这项成果标志着科学家首次从人类骨骼以外的样本中提取到完整的古人类基因组研究人员还提取到了口腔微生物和几种重要人类病原体的DNA，这是古代DNA一个极具价值的来源，尤其是在没有留下人类遗骸的时期。

奋斗中_恒涛·2023-11-22 01:22

综合基因组分析表明，CNV可能驱动tRCC侵袭性并且与预后相关（IF12+）

Comprehensivegenomicanalysisoftranslocationrenalcellcarcinomarevealscopynumbervariationsasdriversofdiseaseprogression易位肾细胞癌的综合基因组分析揭示拷贝数变异是疾病进展的驱动因素发表期刊

生信学霸·2023-11-21 17:26

山核桃的基因组测序

题目：ThegenomesofpecanandChinesehickoryprovideinsightsintoCaryaevolutionandnutnutrition作者：肖力宏黄见钦单位：浙江农林大学文章地址：https://academic.oup.com/gigascience/article/8/5/giz036/5484800主要内容：利用二代和三代测序技术对美国山核桃和中国山核桃的

香波地海·2023-11-21 12:03

贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件等，也可公开下载。

生信石头·2023-11-21 10:57

使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集分析

葡萄的参考基因组下载自NCBI，下载链接是https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/基本流程是

小明的数据分析笔记本·2023-11-21 04:20

利用R处理基因组数据

基本操作比方说我们读入人类基因组文件左半部分右半部分genes=read.table("hg19_gene_table.txt",comment="",header=TRUE)#统计基因数量nrow(genes

小潤澤·2023-11-21 00:15

2019-02-23 QTL（转自知乎）

顾名思义就是基因组上的一些位点，对一些特定

守望_0bf7·2023-11-20 16:58

基因组重测序与转录组联合分析简介

基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段，转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联分析（GWAS）、数量性状基因座（QTL）等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。

花生学生信·2023-11-19 20:29

基因组与群体进化，解析物种进化历程-04

基于高质量的基因组和不同茶树基因组重测序来探索基因组变异，将有助于更好地利用这些宝贵的基因组资源，

百迈客生物·2023-11-19 18:45

2022-01-30

Science|基于影像的高速细胞分选实现复杂表型的基因组研究原创图灵基因图灵基因2022-01-3009:20收录于话题#前沿分子生物学技术荧光激活细胞分选技术最早是在52年前发展起来的。

图灵基因·2023-11-19 16:51

GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具

三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。

花生学生信·2023-11-19 15:12

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

NGS测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

富集分析原理和clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析详细说明

概念：基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。

Tian問·2023-11-19 15:49

干货分享 | 如何解读非编码区变异？Nature|Science|NC等来支招！

自人类基因组计划完成后，数千项的GWAS研究揭示了与特定性状或疾病相关的常见遗传变异93％都位于非编码区。

诺禾致源·2023-11-19 12:00

BarleyVarDB：首个大麦遗传变异库 | 数据库推荐

2020年11月28日，澳大利亚默多克大学西澳洲大麦联盟主任李承道教授团队在《Database》发布首个大麦基因组变异公开数据库。

尐尐呅·2023-11-19 10:51

「干活」基因组组装之前要做的：Genome Survey

基因组组装之前，有一些问题还是需要注意的，genomesize是多少？评估得到的genomeheterozygosity是多少？重复序列的占比是多少？

陈有朴·2023-11-19 04:46

Wang2014 SUPER

etal.ASUPERPowerfulMethodforGenomeWideAssociationStudy(YLi,Ed.).PLoSONE,2014,9(9):e107684.DOI:10.1371/journal.pone.0107684.一种超强的全基因组关联研究方法摘要全基因组关联研究揭示了人类疾病和农业重要性状基因的鉴定

董八七·2023-11-19 03:30

批量截取基因序列

很多基因组数据库中只有基因组，CDS和蛋白质序列，而没有基因的序列，这就需要我们自己去提取1.输入文件首先我们需要知道所有基因在染色体上的位置信息，这个可以在基因组注释gff文件中找到，gff文件格式如下

多啦A梦的时光机_648d·2023-11-19 03:49

一文看懂植物单细胞测序怎么做？

2018年单细胞基因组学被science评为年度突破技术，2020年单细胞多组学技术被NatureMethods评为2020年年度技术。

生信阿拉丁·2023-11-19 02:36

宏基因组 - (1)基因预测与基因相对丰度的计算

-3.仅作笔记使用我所用到的所有脚本可以+Q840842906索简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～注明来意，请实名学校+名字-2.两组样品，目的是通过宏基因组找到两组间的差异以及差异的成因-

深山夕照深秋雨OvO·2023-11-17 16:22

玩转基因组浏览器之查看CNV分析结果

来评估基因的变化情况，识别loss还是gain,流程示意如下对于CNV分析的结果，提出了SEG这种存储格式，内容示意如下第一列为样本ID,第二列到第四列为segmentation分析后划分好的拷贝数相同的基因组区域

生信修炼手册·2023-11-16 11:34

CNV数据分析专题

CNV全称为CopyNumberVariatiosn,即拷贝数异常，是广泛存在于基因组上的一种结构变异现象。

marraybug·2023-11-16 11:27

拷贝数变异(Copy number variation, CNV)分析简介

拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV)分析简介拷贝数变异简介（CNV）CNV，即拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV),是由基因组发生重排而导致的,一般指长度为

荞麦agan·2023-11-16 11:23

进博会再现上亿大单 EZZ携手HIC海橙嗨选签署2024年度合作备忘录

11月6日，在澳大利亚新南威尔士州政府代表的见证下，澳交所基因组龙头上市公司EZZ生命科学和中国跨境社交电商龙头HIC海橙嗨选签署2024合作备忘录，在未来的一年，EZZ与HIC将达成近亿人民币的合作意向

唐天下文化·2023-11-15 22:50

GWAS全基因组关联分析实战——基于Plink转换vcf数据为二进制

vcf数据是保存变异信息的主要数据格式，plink是进行全基因组关联分析（GWAs）分析的常用工具包，同时提供一系列数据转换、裁剪和遗传统计量计算工具。本文以实际数据提供基因组关联分析方法。

Odd_guy·2023-11-15 22:15

火山图——直观的特征差异可视化

Volcanoplots）是散点图的一种，根据变化幅度（FC，FoldChange）和变化幅度的显著性（Pvalue）进行绘制，其中标准化后的FC值作为横坐标，P值作为纵坐标，可直观的反应高变的数据点，常用于基因组学分析

Odd_guy·2023-11-15 22:44

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

10月客户文章盘点——累计IF 141.5

现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验，打造出成熟的科研服务平台，以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在国际期刊上发表了大量文章。

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:01

宏基因组分析项目再创新，汞元素循环

汞（Hg）是一种具有强烈神经毒性的元素，其单质以及多种化合物都有不同程度的毒性，会造成慢性中毒。汞是一种全球性污染物，大气中的汞可通过干湿沉降进入地表水和土壤，环境因素的变化可导致汞的转化。从无机汞转化而来的甲基汞（MeHg）可通过食物链进行生物积累，对人类健康构成威胁。微生物活动在汞生物地球化学循环中发挥关键作用，例如，merA基因编码的汞还原酶能够将Hg²﹢还原为HgO。已有研究表明[1]，即

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:54

2020.8.24丨生信工作站硬盘选择

SolidStateDisk或SolidStateDrive，简称SSD）基于闪存的固态硬盘基于DRAM类机械硬盘即是传统普通硬盘（HDD），固态硬盘与机械硬盘的区别固态硬盘的选购选购因素参考产品结语最近根据老板要求，新增基因组组装业务

穆易青·2023-11-14 10:00

2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章多重序列比对上）

进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同；理解进行基准研究的重要性，并且理解关于MSA的几个基本结论；理解关于基因组区域的

穆易青·2023-11-14 01:43

2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章高级数据库搜索下）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除

穆易青·2023-11-14 01:42

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）