基因组

一文读懂 ChIPseq

DNA互相作用情况原理：染色质免疫共沉淀+二代测序应用：常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究二、测序原理1、使用甲醛将目标蛋白（组蛋白，转录因子等）与染色质交联固定起来mark2、从细胞裂解液分离基因组
白墨石·2023-10-19 15:32

生物信息学——文件格式 pileup详解

一、pileup文件格式概述：pileup格式是一种常见的文本文件格式，用于描述基因组测序数据中每个碱基的信息。它通常
福旺旺·2023-10-18 18:09

基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗
菌小落·2023-10-18 18:07

全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）初探。图1水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块1、LD的概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率
菌小落·2023-10-18 18:06

BSA研究方案——如何从容不迫的进行性状定位

具体是利用差异目标性状的两个亲本构建家系，在子代分离群体中选取目标性状个体构建DNA混合池，采用高通量测序技术对混池DNA进行建库测序，开发全基因组范围内的SNP、InDel分子标记，以通过计算SNP、
菌小落·2023-10-18 17:29

Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读

生成的文件可以导入到SeqMonk等基因组
生信start_site·2023-10-18 11:54

Nature Genetics|东亚肺腺癌的基因组全景

作者对东亚人群的肺腺癌的基因图谱进行了系统地描述和分析，并和欧洲人群的肺腺癌基因组特征进行比较，为更好理解肺腺癌种族差异的全貌并探索其起源进化规律提供理论指导。
概普生信·2023-10-18 11:21

生信工作流框架搭建 | 从零开始入门指南 - 00工作流之华山论剑

导语小白生信工程师一枚，写这样的系列其实是个大工程，出发点很简单，工作是宏基因组相关，我司长期使用的流程pipeline是用perl脚本封装的，流程监控、代码维护不是非常方便。
郑二狗·2023-10-18 09:08

用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理

（全文5058字）【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查
生信技工·2023-10-17 23:55

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2做堆积柱形图展示群体基因组学的结果

Genomicinsightsintolocaladaptationandfutureclimate-inducedvulnerabilityofakeystoneforesttreeinEastAsiahttps://www.nature.com/articles/s41467-022-34206-8#Sec23完整的数据分析代码涉及到群体基因组学作图数据
小明的数据分析笔记本·2023-10-17 21:23

全基因组甲基化分析-基本流程图

http://www.biomarker.com.cn/technology-services/methylation
桁_COLA·2023-10-17 17:08

易基因：基于类器官的转录和表观基因组分析揭示肠上皮成熟的关键调节因子｜Science子刊

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。胎儿肠道经历巨大的扩张和重塑，在发育过程中形成初级绒毛和连续的绒毛间隙。绒毛形成后，相同潜能的上皮祖细胞（equipotentepithelialprogenitors）产生功能明确的成体干细胞（adultstemcells，ASC）。这些细胞主要存在于肠隐窝底部，并在整个生命过程中负责上皮补充。尽管从胎儿肠道到成年肠道转换过程中的组织
易基因科技·2023-10-17 10:41

易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究

各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定的甲基转移酶，其中一些可能属于保护入侵DNA宿主的限制性修饰（restriction-modificat
易基因科技·2023-10-17 10:11

易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组

第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。
易基因科技·2023-10-17 10:38

bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同？

参考：孟浩巍的知乎zhn第23题转录组的比对与基因组的比对有何不同？Hello大家好！我们今天又见面了！
RachaelRiggs·2023-10-16 23:49

生信教程：使用拓扑加权探索基因组进化（3）

使用Twisst探索整个基因组的进化关系的拓扑加权教程[1]。简介拓扑加权是量化不一定是单系群之间关系的一种方法。
冷冻工厂·2023-10-16 20:39

基因组- genome survey（1）

尚未进行基因组测序的物种，在进行基因组测序前，首先需对该物种进行genomesurvey。
Zhigang_Han·2023-10-16 18:52

致敬！最美逆行者

最初新型冠状病病毒是在二月爆发的，但新型冠状病毒最早被发现是在2019年12月，然后，武汉陆续出现一些不明原因肺炎病例，接着，医生发现后按常规进行了上报，中国医学科学院从其上报的病例中发现这种新的病毒，获得全基因组序列
602班25号李皓然·2023-10-16 17:20

ensemble使用教程

ensemble数据库的功能非常多，在此主要介绍用ensemble下载目标物种的全基因组文件和基因注释文件，以及如何用ensemble进行blast
花舞lala·2023-10-16 16:55

一文理清常见的基因富集分析

前言对于很多小伙伴来说，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，即在基因组层面可以算突变率差异，转录组层面可以算基因表达水平差异，表观组可以观察甲基化水平差异，蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度差异，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度
生信宝库·2023-10-16 13:51

杨幂《宝贝儿》电影观后感

在科学的层面什么试管婴儿，什么基因组排感觉现在难度都会越来越小，以至于有一天人类可以精确的通过基因来决定自己子女的高低、胖瘦、美丑，更不用说
沙舟狼客·2023-10-16 13:46

美国计算机生物学要求,美国研究生生物信息学与计算生物学学校列表

QuantitativeandComputationalBiologyPhD自然科学部生物信息学与计算生物学Bioinformatics&ComputationalBiologyMS、PhD计算机科学系2生物信息学与基因组学
琉璃与大大·2023-10-16 10:42

生物信息学基础知识Day1

文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.RNA3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。
抱紧我自己·2023-10-16 10:09

生物信息学的研究方向

NCBI是推动基因组、计算生物学和数据分析方面的软件开发，发布生物医学领域的信息，为生物医学和生命科学研究提共了大量
终是蝶衣梦晓楼·2023-10-16 10:34

生物信息学研究方向

目录一、生信的两个大类研究方向：前者偏理论，后者偏向证明第一类研究方向：第二类研究方向：二、具体的研究方向1、序列分析2、计算进化生物学3、生物多样性的度量4、蛋白质结构预测5、蛋白质表达分析6、比较基因组学
conch0329·2023-10-16 10:02

2022-02-27

NatComm|碱基编辑修改活体小鼠线粒体基因组原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制事实证明，编辑哺乳动物线粒体DNA的能力具有挑战性。
图灵基因·2023-10-16 09:45

转录组数据标准化--Normalization

转录组数据经过比对到参考基因组获得对应基因count值后，因为测序深度以及基因长度的关系，在进行差异分析之前，还需要进行标准化。标准化是转录组数据差异分析必不可少的一步。
陈洪瑜·2023-10-16 06:31

中国科学家获得最大冰川微生物组的基因组和基因目录

兰州大学为第一单位）在NatureBiotechnology在线发表题为“Agenomeandgenecatalogofglaciermicrobiomes”的研究论文，该研究通过对来自21个西藏冰川的85个宏基因组和
笺牒九州的怪咖·2023-10-16 01:49

2022-11-15

病毒糖蛋白新抗体对病毒血症和淋巴瘤提供完美保护原创图灵基因图灵基因2022-11-1510:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制893个EB病毒（Epstein-Barrvirus，EBV）是疱疹病毒科嗜淋巴细胞病毒属的成员，基因组为
图灵基因·2023-10-15 19:18

2022-05-01

Nature|人类泛基因组计划揭示基因组多样性原创骄阳似我图灵基因2022-05-0111:07收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：人类泛基因组参考的目标是创建一个更复杂
图灵基因·2023-10-15 14:26

2022-02-09

在癌症中变异体的大规模平行单细胞表型分析原创苏安图灵基因2022-02-0909:24收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：苏安IF：54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：精准医疗的关键是需要预测每个患者的特定基因变异是如何发挥作用的，虽然目前基因组测序研究已经确定了癌症中的数百万个体细胞变异
图灵基因·2023-10-15 13:55

转录组数据分析在生物医学领域的应用

转录组（transcriptome）是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容。RNA-Seq利用高通
荞麦agan·2023-10-15 09:37

python-gffutils 修改gff3文件基因名称

gff3格式基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终止位置，得分，正负链，相位，属性。
biolearn·2023-10-15 06:49

OBIA：900+ 患者、193w+ 影像，中科院基因组所发布我国首个生物影像共享数据库

看病就医，拍片已是常例。CT、核磁、X光等影像资料可以用非侵入式手段透过人体，使内部器官、组织状况清晰可见，为临床诊断和疾病治疗提供可靠依据。随着医学影像技术广泛发展，影像资料已占据国内医疗数据的80%以上，影像科医生供不应求、各级医院诊断结果存在差异、医疗资源分配不均等痛点也日益凸显。AI结合医学影像具有非常大的想象空间，感觉认知及深度学习技术在识别医疗影像诊断结果方面拥有人类无可比拟的优势，可
HyperAI超神经·2023-10-15 05:41

2022-10-21

发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了MultiVelo，一种基因表达的微分方程模型，它扩展了RNA速率框架，以纳入表观基因组数据
图灵基因·2023-10-15 04:08

全外显子组测序技术WES简介及结题报告解读

一、外显子组测序技术简介外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后，再进行高通量测序的基因组分析方法。外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右，与人类85%致病基因突变相关。
Seurat_·2023-10-15 03:25

9月客户文章盘点——累计IF 103.2

现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验，打造出成熟的科研服务平台，以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

病毒组研究新进展 | 当三代测序邂逅宏病毒组研究

高通量技术的发展为人们获取数据提供了便捷高效的途径，然而，基于短读长测序的NGS技术未能很好的解决复杂微生态群体中病毒组的研究难点——以往的研究手段，人们对病毒基因组数据的获取和组装效果的提升依旧没有更大的突破
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

全球尺度下原核基因组关键基因共进化无标题

微生物是群落型的生存方式，高通量测序时代到来后，掀起了针对微生物群落整体研究的高潮，比如基于功能基因/16S/ITS/扩增子、宏基因组等进行群落多样性分析。
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

基础知识复习之比对

序列比对的话可以选择参考基因组、参考转录本，目的就是看看测序的reads分布在什么位置，然后根据这个去找变异或者看表达量多少；拼接的话可以拼接转录本或者构建基因组序列比对就是将测序reads重新定位到基因组
刘小泽·2023-10-14 17:59

TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)

文献题目：TT-seqmapsthehumantransienttranscriptome发表时间：2016杂志：Science摘要基因组的普遍转录产生稳定的和不稳定的RNA（瞬时的）。
生信start_site·2023-10-14 15:34

基于R和gephi做宏基因组与代谢组等多组学联合network相关性网络图

写在前面拿到多组学的数据后一直在找合适的方法将二者进行关联，比如我这里是三种体液的代谢组与一种体液的宏基因组。
twocanis·2023-10-14 13:50

宏基因组研究工具 | 小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)

近日，来自德国的研究人员在《CellReports》杂志发布了一个宏基因组研究的综合资源：小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)，为宏基因组研究提供高度集成的数据资源，并促进分类学、功能学以及小鼠肠道和其他生态系统群落结构的深入探索
尐尐呅·2023-10-14 07:27

ChIP-Seq分析流程记录

ChIP-seq简介概念:ChIP-Seq是用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构
Zhai1994·2023-10-14 06:01

高通量测序中的read、contig和scaffold的关系

基因组denovo测序，通过read
一只烟酒僧·2023-10-14 00:41

Zhang2010 压缩MLM P3D

etal.Mixedlinearmodelapproachadaptedforgenome-wideassociationstudies.NatureGenetics,2010,42(4):355–360.DOI:10.1038/ng.546.已证明混合线性模型（MLM）方法可用于控制全基因组关联研究中的群体结构和相关性
董八七·2023-10-13 23:39

miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述

提取建库测序2.miRNA的生物学功能3.miRNA的生信分析模块3.1miRNA鉴定3.2miRNA表达量计算和差异表达miRNA分析3.3miRNA靶基因注释3.4另一个miRNA生信分析模块——寻找基因组上的
彼岸花128·2023-10-13 20:26

linux下载TCGA数据,TCGA数据库讲解与数据下载

TCGA(Thecancergenomeatlas)是一个非常重要的癌症数据库，其主要收录各种人类癌症(包括亚型在内的肿瘤)的临床数据，基因组变异
四十不是十四·2023-10-13 20:55

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码
twocanis·2023-10-13 20:54

miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理

测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理1.Rfam数据库1.1Rfam数据库——简单概述1.2Rfam数据库——下载整理：两种情况1.2.1用于注释基因组上的
彼岸花128·2023-10-13 20:46
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