基因组第27页

秦岭大熊猫的脾气怎么样？

2009年，中国科学家完成了大熊猫的基因组测序，结果发现大熊猫一共有21对染色体（比人类少2对），共有2万多个基因（跟人类差不多），最重要的是大熊猫应该属于食肉目熊科的一个亚种。那么，为

人生不正经·2023-07-16 13:12

maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）

随着癌症基因组学的进步,突变注释格式(MAF)被广泛用于存储检测到的somaticvariants。TheCancer

生信补给站·2023-07-16 08:00

2022-01-08每日文献

方法利用来自癌症基因组图谱（TCGA）和国际癌症基因组联

橘子味儿的小蜜蜂·2023-07-16 06:42

易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq

将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定

E_GENE·2023-07-15 23:10

01 甲基化基础知识——学习于生信技能树公众号

甲基化基础知识基础知识甲基化是表观修饰的一种表观遗传修饰是指对基因组功能的相关修饰，通过一系列生物学修饰改变基因的活性而不是DNA的核苷酸序列影响基因的表达。

whykm·2023-07-15 21:08

易基因 | 单细胞多组学研究破译小鼠原肠胚形成机制

在小鼠的原肠胚中，精确的表观基因组和转录组指令引导多能干细胞分化为三个主要胚层（内胚层，中胚层和外胚层）的细胞，从而有助于脊椎动物“身体计划”的构建。

E_GENE·2023-07-15 17:22

circRNA对基因调控起到怎么样的作用？基因敲除细胞株来揭秘！

CircRNA最早是在上世纪70年代在病毒中被发现，但是由于早期RNA文库制备广泛使用polyA富集的方式（circRNA没有游离的5’和3’末端），以及RNA-seq读数要求以线性方式与基因组对齐的计算算法

源井生物b·2023-07-15 17:59

结核分枝杆菌复合物抗生素耐药相关基因的系统发育信息突变（耐药基因案例速览）

上海唯那生物·2023-07-15 16:37

2021-11-22

NEnglJMed|全基因组测序作为血液病细胞遗传学分析的替代方法原创榴莲不酥图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：榴莲不酥IF=91.245推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：基因组分析对于急性髓细胞白血病

图灵基因·2023-07-15 14:45

运行软件plotsr时报错：“ImportError: Incomplete genomic information”

为了对syri.out（assembly的变异检测结果）进行可视化处理，本人选择了plotsr软件对其基因组重排现象进行可视化：(base)[[email protected]_calling

生信学习小达人·2023-07-15 04:37

R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列

根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游

生信分析笔记·2023-07-15 02:21

2021-10-22

Cell|基因组的自组织：结构和功能原理原创骄阳似我图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：骄阳似我IF：41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：基因组具有复杂的三维结构。

图灵基因·2023-07-14 13:35

纯生信分析工具代谢建模的高效工具箱

尽管知名的建模工具箱COBRA功能强大，但它需要大量的计算时间来进行通量平衡分析，敲除分析和马尔科夫链蒙特卡罗(MCMC)采样，这对于大规模全基因组分析来说是一种局限性。

概普生信·2023-07-14 13:20

Sentieon | 每周文献-Agrigenomics-第四期

农业系列文章-1标题（英文）：Genomicfootprintsofsorghumdomesticationandbreedingselectionformultipleenduses标题（中文）：高粱驯化的基因组足迹和多种最终用途的育种选择发表期刊

毅硕科技·2023-07-14 13:24

基因检测报告都用了哪些数据库？

目前人类基因组中大量变异不断被发现,且已被许多数据库广泛收录。在基因检测机构出具报告时,可在已有的数据库及发表的文献中寻找到有价值的参考信息。

毅硕科技·2023-07-14 13:23

RSeQC使用

geneBody_coverage.pygeneBody_coverage.py-rhg19.bed12-iSRR3589956.bam-ooutput2.read_distribution.py查看统计read分布在基因组上的区域数目

苏牧传媒·2023-07-13 21:43

多组学高分文献9-早发性弥漫性胃癌的多组学表征

尽管已经进行了胃癌（GC）的基因组分析来确定患者亚型和生存的分子特征，但对于早发性EOGC患者却进行了较

纪伟讲测序·2023-07-13 19:28

一文读懂基因富集分析：从小白到SCI

对于小编来讲，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，基因组可以算突变率、转录组可以算基因表达水平、表观组可以观察甲基化水平、蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度。

概普生信·2023-07-13 17:15

派森诺细菌完成图标准分析轻松发文

2021年11月2日，派森诺与上海中医药大学黎万奎老师课题组，在微生物基因组领域的《Pathogens》发表研究成果！

·2023-06-24 11:22

渐进式学习：如何用R和GO富集可视化捕捉生命的关键信号？

在这个领域，GO（GeneOntology）富集分析已成为一种常见的技术，用于识别在给定的基因集合中与特定生物过程和机制有关的基因集合，是研究生物信息学、基因组学和转录组学的重要方法之一[1,2]。

笑不语·2023-06-23 23:14

用组装出来的线粒体序列call SNP

本文的做法不合理，这里仅做流程的记录想用线粒体基因组建一个树，看一下系统发生关系。

深山夕照深秋雨OvO·2023-06-23 17:12

2022-05-05

0510:24收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=11.205推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、开发了一个可快速且低成本地验证和优化抗癌药物的平台，该平台联合基因工程小鼠模型（GEMM）、体细胞基因组编辑和诱导可逆

图灵基因·2023-06-23 10:14

微生物实验之分菌（细菌）

文章目录1.采集实验样本2.对实验样本进行处理1.土壤样本的处理2.植物内生菌样本的处理3.接种4.分离纯化5.测16s6.测全基因组7.保藏菌株分离细菌菌株(分菌)是微生物学实验中，很重要的一环，对于微生物资源来说尤为重要

最怕被温柔以待·2023-06-23 07:41

BUSCO 评估基因组组装质量和完整性工具使用

BUSCO是BenchmarkingUniversalSingle-CopyOrthologs（通用单拷贝同源基因基准）的缩写，基于基因进化（有参比对）评估基因组组装和注释完整性的开源python软件。

吕强强学生信·2023-06-23 01:55

科学家将冰冻了48500年的古代病毒重新唤醒，这是要来活了

这是一种巨大的病毒，它的基因组远远大于其他已知的任何一种，它的直径可以达到1微米。这种病毒最初被发现的时候，因为体积过大，所以被误认为是一种小型的细菌。专家说，这种复苏

花狐谷·2023-06-22 23:34

2021-09-17

NatGen|肺癌的基因组分析确定三种分子亚型原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制对没有吸烟史的人进行的肺癌基因组分析发现，这些肿瘤中的大多数是由体内自然过程引起的突变累积引起的。

图灵基因·2023-06-22 18:33

2022-10-28

Cell|复杂组织的单细胞空间表观基因组学成像原创存在一棵树图灵基因2022-10-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=66.850推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文开发了一种高通量单细胞染色质表观遗传修饰的成像方法

图灵基因·2023-06-22 15:37

多基因风险评分较低的患者，可以优选罕见的致病变异

我们测试了由较便宜的全基因组基因分型数据产生的具有该疾病的常见疾病和低多基因风险评分（PRS）的个体是否更可能携带罕见的致病变异。

无聊先知·2023-06-22 05:19

多快好省！硫元素循环分析内容又升级啦！

凌恩生物强势推出基于宏基因组的硫循环研究方案，构建了完整的硫循环循环模式图，对宏基因组数据进行深入挖掘，各部分结果图可直接用于文章发表，充分满足您对元素循环的各类个性化分析要求！

SHANGHAILINGEN·2023-06-21 23:35

《哥斯拉2：怪兽之王》哥斯拉帮助人类抵抗基多拉，网友：良心发现了！

《哥斯拉2：怪兽之王》将延续上一部的故事，动物基因组学（帝王计划）研究机构将会有更繁重的研究任务，一大堆大小不一的怪物要登场，而哥斯拉也要与魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。

影视娱天下·2023-06-21 10:55

全基因组测序的前世今生

作者：Arno审稿：童蒙编辑：Amethyst基因组代表了遗传研究的起点。自从发现DNA结构以来，科学家们一直致力于以精确的方式确定碱基的排列顺序。

生信阿拉丁·2023-06-21 07:01

宏基因组分箱软件metaWRAP报错记录与解决方法

最近学习微生物宏基因组分箱（binning），按官方文档安装metaWRAP，踩了一堆坑，记录一下报错及解决方法：1.metaWRAP安装安装教程及下载地址：GitHub-bxlab/metaWRAP:

ygyxl·2023-06-21 04:21

生信学习——转录组测序分析的大致流程

转录组测序的分析流程大致可以分成三类，包括基因组比对（Genomemapping）、转录组比对（Transcriptomemapping）、转录组组装（Reference-freeassembly）有大牛写的很好

Lifelrving·2023-06-20 19:50

24.《Bioinformatics-Data-Skills》之案例：数据下载

《Bioinformatics-Data-Skills》之案例：数据下载这里通过下载小鼠的参考基因组与注释数据的案例来巩固一下前面所学内容。

DataScience·2023-06-20 18:08

2020-12-16 seqkit分割phylosuite下载的sequence文件

将其分割为只包含一条序列的单个文件##序列和子序列**seq**转换序列（序列颠倒，序列互补，提取ID）**subseq**从区域/gtf/bed中获得序列，包括侧面的序列**sliding**滑动序列，支持环式基因组

云若蓝·2023-06-20 14:08

Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

如今大量物种参考基因组数据已被公布，对于科研工作者，可以说是一笔巨大“财富”。那么该如何获取这笔“财富”呢？

组学大讲堂·2023-06-19 19:55

二代测序原理的初步了解

454测序技术，这技术是基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统,是二代测序发展技术发展的先驱。2007年又推出了性能更优的第二代基因组测序系统——GenomeSequencerFLXSystem。

上官万尘·2023-06-19 17:47

Day-3 单细胞转录组RCA分析揭示结直肠癌细胞异质性

2017年美国Jaxon实验室、新加坡基因组研究所和新加

刘小泽·2023-06-19 07:22

微生物基因组研究扫盲系列|1

上海唯那生物·2023-06-18 19:51

甲基化知识点

斗战胜佛oh·2023-06-18 16:13

大数据基础平台实施及运维

二、大数据应用领域1.广告广告投放广告策略2.电信深度包检测流失分析网络质量3.金融风险识别（借贷款）预测（12306买票换乘）4.能源生物基因组分析地质分析5

CCTVZHENG·2023-06-18 13:11

走向实用的AI编解码

基于AI的端到端数据压缩方法受到越来越多的关注，研究对象已经包括图像、视频、点云、文本、语音和基因组等，其中AI图像压缩的研究最为活跃。

LiveVideoStack_·2023-06-18 09:59

【生物信息】调控基因组学 (Regulatory Genomics) 和Deep CNN

RegulatoryGenomicsBiologicalmotivationofDeepCNNMulti-taskCNN来自ManolisKellis教授（MIT计算生物学主任）的课《人工智能与机器学习》主要内容就是调控基因组学和深度卷积网络的结合由于这部分在我学习的课程中内容很少

丸丸丸子w·2023-06-18 00:55

项目集锦 | 易基因DNA羟甲基化5hmC测序研究成果

羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。本期以科研内容为序，总结近期易基因羟甲基化合作研究成果。

易基因科技·2023-06-17 10:18

基因组拷贝数变异分析及可视化 (GISTIC2.0)

桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你119篇原创内容公众号桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程

桓峰基因·2023-06-17 08:44

普氏分析在生信中的应用

在宏基因组测

jl老弟·2023-06-16 18:54

vConTACT2病毒分类注释

Taxonomicassignmentofuncultivatedprokaryoticvirusgenomesisenabledbygene-sharingnetworks中文：通过基因分享网络给META中的病毒基因组做分类注释杂志

小白菜学生信·2023-06-16 17:35

CheckV评估病毒序列

标题：CheckVassessesthequalityandcompletenessofmetagenome-assembledviralgenomes中文：checkv评估meta组装病毒基因组的完整性杂志

小白菜学生信·2023-06-16 17:18

Crack6-如何从基因组提取16序列：基于NCBI 2021-06-06

RashidinAbdu·2023-06-16 03:21

凌恩全新育种分析流程！助力种质资源高分文章发表！

凌恩生物基于农业动植物自然群体、分离群体、种质资源等，结合表型性状，全基因组关联（GWAS）以及QTL定位关键农艺性状候选基因，开展农作物功能SN

SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

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