基因组

宏病毒组研究大放异彩！| 凌恩生物1-5月高分宏病毒组文章大盘点！

凌恩生物现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验，打造出成熟的科研服务平台，以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在Nature、Science、PNAS、ISME和
SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

GUT|IF30+的联合分析文章：宏基因加代谢组

●代谢组学是基于LC-MS/MS液质联用技术对生物样本中的小分子代谢物进行定性和相对定量分析；●宏基因组-代谢组的联合分析可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性；●从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系
SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:52

植物启动子分析网站PlantPAN3.0-不可或缺的基因表达调控数据库！

PlantPAN简介在PlantPAN3.0中，收录了78种植物中的17230个TFs，并从662个公开的ChIP－seq数据中捕获了转录因子结合位点的基因组位置信息。从99个调节因子（转录因子
组学大讲堂·2023-06-14 13:53

GWAS分析 (一)

接触全基因组关联分析（GWAS）已经一年半有余，从刚开始对GWAS的全然无知到现在慢慢了解，越来越能体会到这项技术的了不起。
杨博士聊生信·2023-06-13 23:06

GRanges

IRanges用于解决序列在基因组上的位置问题，GRanges在IRanges的基础上增加了染色体和DNA链的信息。
nnlrl·2023-06-13 23:51

基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测，根据预测结果从基因组上提取翻译后的蛋白序列和主流的数据库进行比对，完成功能注释。
xuzhougeng·2023-06-13 22:55

YRCloudFile 分布式存储加速基因测序 解锁生命密码

其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。生信研究主要是围绕DNA展开的，主
·2023-06-13 17:55

PLINK的简单应用和一些常用命令

近些年全基因组关联分析得到广泛的应用，即GWAS。在对复杂疾病的研究和动物经济性状的研究上都有了长足的进步。
要快乐_更要经历山河·2023-06-13 07:58

2020-04-02生信工具网站MyBiosoftware

工具有26页之多，还在不断更新，分类从基因组、转录组到蛋白质组......五花八门！出名的，不出名的.......琳琅满目！
iColors·2023-06-13 06:37

2020-02-17 GWAS进阶备选学习资料（GWAS tutorial）

GWAS进阶备选0原理啊，全基因组关联分析（GWAS）的计算原理，了解一下？
程凉皮儿·2023-06-13 03:08

综述：染色质调控区域分析：ChIP-seq和ATAC-seq发展的见解

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局
笺牒九州的怪咖·2023-06-13 03:30

XP-CLR选择信号分析

检测基因组选择信号的方法有很多种，其中XP-CLR方法是常用的一种。
DumplingLucky·2023-06-13 01:57

每周文献 2022-05-02

大家好，本周给大家分享的是最近发表在NG上与油菜育种中农艺性状的基因组选择和遗传结构相关的一篇文章。
杨博士聊生信·2023-06-12 14:23

比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）

比较基因组学分析目录1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间2：基因家族收缩与扩张分析3：特异节点富集分析1.前言上次讲到基因家族的收缩扩张分析，这次我们以某个节点为切入点，进行特异节点的功能富集分析其实这篇教程适用于所有的非模式物种
周小钊·2023-06-12 01:27

比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）

比较基因组学分析目录1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间2：基因家族收缩与扩张分析3：特异节点富集分析1.前言上次讲到基因家族的收缩扩张分析，这次我们以某个节点为切入点，进行特异节点的功能富集分析其实这篇教程适用于所有的非模式物种
周小钊·2023-06-12 01:27

深度学习实战37-NASNet(具有自动搜索能力的神经网络模型)的搭建与实战应用

NASNet模型的设计灵感来源于基因组序列中的自然选择和突变等机制。本文将介绍NASNet模型的原理，使用PyTorch搭建模型，并通
微学AI·2023-06-12 00:43

人类基因组hg19.fa和hg38.fa下载及基因注释下载

详细先查看：http://www.bio-info-trainee.com/1469.htmlhttps://www.jianshu.com/p/3e545b9a3c68https://blog.csdn.net/leadingsci/article/details/82947869ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/在UCS
Dr家硕的科研之路·2023-06-11 19:20

浮华一世终将落寞，淡然相对才能优雅落幕

图片发自App美女是这个世上不可多得的财富，她们不像产品可以生产，而只能在不确定的基因组合与变异中偶然的出现。她们像璀璨的流星迅速地滑过天空，却在人们的记忆里留下永不磨灭的印象。
山村静听·2023-06-11 18:05

叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取

Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files一、用途从注释好的gb格式（GenBankFlatFile）的叶绿体基因组文件中批量提取基因（包括内含子
小不点打羽毛球·2023-06-11 15:10

RNA-seq小考核前学习笔记（题目答案不一回事勿参考）

记录自己运行使用的代码和过程，并不与题目完全相符#我是菜鸡，还在理解学习记录的代码#正在复习学过的代码，这着学过的代码，能回忆起来就不错了，看着之前的代码想怎么回答问题中#勿复制勿参考，免得被带偏，谢谢Q1:参考基因组及注释文件下载地址列出人
xyn_271100·2023-06-11 09:58

2021-10-18【文献】全基因组关联研究显示葡萄糖基转移酶OsIAGLU调节水稻根系生长

Title:Agenome-wideassociationstudyrevealsthattheglucosyltransferaseOsIAGLUregulatesrootgrowthinrice题目：全基因组关联研究显示葡萄糖基转移酶
Wei_Sun·2023-06-11 06:22

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu
程凉皮儿·2023-06-10 23:48

以拟南芥为例看不同数据库的物种基因组注释文件

本文将以拟南芥相关的基因组注释文件为例，简单探讨一下对于不同的数据库中注释文件的格式的不同数据库：TAIR，EnsemblePlant，NCBIGenome1.TAIRTAIR是研究拟南芥的首选数据库，
不玩手机的蛇佬腔·2023-06-10 10:33

译文：微软 Azure Community 基因组学基础概述

文章目录1基因组学概述2分子生物学中心法则3数据库3.1人类基因组计划3.2基因组学中的子领域4挑战4.1基础设施4.2数据公开性4.3临床基因组学5讨论1基因组学概述基因组学是研究一个人的所有基因（基因组
Bioinfo Guy·2023-06-10 09:36

结构变异，动植物基因组学研究的下一个风口

长期以来单核苷酸多态性（SNP）被认为是遗传变异的重要部分，随着二代测序技术的蓬勃发展，更是展开其研究的霸屏模式，随着测序技术的发展，特别是第三代长读长测序的崛起，越来越多的研究开始关注结构变异，包括模式物种及非模式生物的种内和种间的结构变异，越来越多的研究表明结构变异是个体间基因变异的及群体分化的重要表现。随着大片段结构变异的神秘面纱被逐步揭开，其身影也是频繁登陆各大顶级期刊，作为变异界研究的新
贝瑞科服·2023-06-10 06:19

叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并

1叶绿体的组装1.1GetOrganelle的安装此处默认Anaconda已经安装，那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle：condacreate-ngetorganellepython=3.7#创建名叫getorganelle的环境condainstall-ngetorganelle-cbiocondagetorganelle#安装getorangelle1.2GetOrganell
张振zz·2023-06-10 00:41

文献阅读--植物精卵融合过程粘附因子GEX2的发现

研究兴趣翻译如下：保守的蛋白质组蛋白不仅仅是DNA的简单支架，还参与基因组活动的调节。我们探
每天都想睡觉的阿源·2023-06-09 22:30

7.多关联双亲染色体片段代换系(CSSL)群体的代谢组分析

通过将ACC10（A/Z）、Minghui63（M/Z）和Nipponbare（N/Z）基因组片段引进珍汕97构建的多个相互关联的双亲群体
wangsb_2020·2023-06-09 21:19

易基因：全基因组ChIP-seq分析揭示细菌转录因子PhoB的基因内结合位点｜mBio

然而，基因组规模分析鉴定出大量的TF结合位点位于基因内（with
易基因科技·2023-06-09 18:11

易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传遗传机制和表观遗传机制。2022年03月29日，复旦大学附属眼耳鼻喉科医院何英姿团队和皖南医学院弋矶山
易基因科技·2023-06-09 18:41

易基因：多组学关联分析及组学分子实验验证方法（表观组+转录组+微生物组）｜干货系列

多组学研究是探究生物系统中多种物质之间互作的方法，包括基因组学、
易基因科技·2023-06-09 18:40

易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性 | 植物发育

多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。
易基因科技·2023-06-09 18:08

2021-09-27

Cell|3'UTR变体的全基因组功能筛查--揭示人类疾病与进化驱动因素原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=41.581推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、
图灵基因·2023-06-09 14:10

实用干货 | 单细胞转录组测序分析—10x参考基因组组装

在单细胞转录组数据分析之前，需要做很多准备工作：1）分析环境的搭建以及各个分析软件的安装；2）参考基因组的选择；3）准备待分析的数据；4）搭建分析流程。
百奥益康·2023-06-09 04:10

2022-01-16

通过分析公共基因组数据集，研究人员发现TNBC的一个大的子集表达显著水平的MAPK4。他们的研究
图灵基因·2023-06-09 01:49

利用3D-DNA挂载基因组

一：工作流程使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图，分别为组装，Juicer分析Hi-C数据，3D-DNA进行scaffolding，使用JBAT对组装结果进行手工纠正，最终得到准染色体水平的基因组
多啦A梦的时光机_648d·2023-06-08 22:17

circos 可视化手册- text 篇

不论是heatmap,还是scatter,histogram,反映的都是基因组上某段区域对应的value值的分布，这里的value都是数值。
生信修炼手册·2023-06-08 18:34

【现学现卖·自学生信】链霉菌的全基因组分析（1）

CompletegenomesequencesofStreptomycesspp.isolatedfromdiseasesuppressivesoils(Heinschetal.,2019)在抑制病害土壤中分离的链霉菌的全基因组一
乔伊nikkie·2023-06-08 11:48

拷贝数变异CNV的生物信息学分析（一）

欢迎同行一起交流讨论微信forensic_JSQQ1956238898（一）CNV介绍由基因组发生重排而导致的,一般指长度1kb以上的基因组片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的重复或者缺失。
Dr家硕的科研之路·2023-06-08 08:35

2021-03-23佛手瓜4

活性成分为什么要开展本物种测序：4、同属其他种都测了基因组，但佛手瓜还没测6、基因组测序是很重要的本研究做了什么7、8、9、我们做了什么（使用XX方法进行XX，得到XX）10、强调意义（为后续育种、进化研究提供帮助
八段锦1134·2023-06-07 21:15

利用samtools将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换

主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存在进行下一步的转录本组装时要用到cuff
邱俊辉·2023-06-07 19:04

NC | PRISM4基于微生物基因组序列预测次生代谢产物的结构和生物活性

Comprehensivepredictionofsecondarymetabolitestructureandbiologicalactivityfrommicrobialgenomesequences中文：从微生物基因组序列中综合预测次生代谢产物的结构和生物活性杂志
小白菜学生信·2023-06-07 19:09

R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(五)oncoprint

前言oncoprint是一种通过热图的方式来可视化多个基因组变异事件。ComplexHeatmap包提供了oncoPrint()函数来绘制这种类型的图。
名本无名·2023-06-07 19:13

医学突破的先锋--CRISPR介导的HeLa细胞基因编辑

与许多肿瘤一样，Hela细胞具有错误组成的基因组，其中多个染色体有一个或多个拷贝：正常细胞有46条染色体，而Hela细胞包含76
源井生物b·2023-06-07 16:14

2021-09-11

SciAdv|CRISPR工程细胞植入体内释放药物应对炎症原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术圣路易斯华盛顿大学医学院的研究人员利用CRISPR-Cas9基因组编辑技术设计了诱导多能干细胞
图灵基因·2023-06-07 15:14

Mafft Trimal Fasttree序列对齐修剪建树

导读barrnap预测细菌基因组16S，获取结果文件第二行最长16S，保留>1400bp的16S。mafft做序列对齐。trimal修剪序列。fasttree建树。ggtree可视化。
小白菜学生信·2023-06-07 14:20

ATAC-seq实战 0 Tn5转座

转座概念参与分子转座过程转座(transposition)可移动的DNA片段即可移动因子(Transposableelements)在基因组上自由转移称为转座，DNA与所插入的基因位点可以是非同源的。
安然桑·2023-06-07 11:50

基因组文章 | 生姜 《Horiculture Research》 2021 单倍型基因组

生姜(Zingiberofficinale)是一种极具价值的食药两用园艺作物，既为传统中药的重要成分，又是重要的调味料，在我国有悠久的栽培历史。中国生姜栽培面积、产量和出口量均居全球第一位。长江中上游生姜总面积226万亩，占全国49.7%，是推动乡村振兴的优选产业。姜具有多年生宿根，根茎肉质、肥厚，内含多种营养成分，它除了含有蛋白质、碳水化合物、多种维生素和矿物质外，还含有姜辣素、姜油、姜醇等生物
生信师姐·2023-06-07 10:19

科普：四大学术出版社

这篇文章年代稍微有点久了，一些实际内容也有些不一样了，但这不妨碍粗浅的了解一下：国际学术期刊的四大巨头(360doc.com)(67条消息)iMeta|宏基因组&生物信息期刊-创刊背景和简介_刘永鑫Adam
BI_wan·2023-05-19 14:31

HRD检测与LGR

用于确定HRD评分的3个因素分别为：基因组杂合性缺失(LOH)、端粒等位基因不平衡(TAI)和大片段迁移(LST)。1基因组杂合性缺失(LOH)LOH是指基因的正常拷贝由
生信小书童·2023-05-18 17:27
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