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生物信息
生物信息
百Jia软件(九):Mummer
欢迎订阅微信公众号:基因学苑,更多精彩内容等你发掘!基因学苑QQ群:32798724mummer具有一定的历史了,应该最早发表于1999年,是最早的全局比对软件,因为之前序列都比较短,以局部比对软件为主。mummer的出现,让我们第一次能够比较到不同物种两个完整基因组之间的差别。mummer里面的小工具比较多,有很多非常好用的小工具,例如dnadiff,但这同时也增加了学习成本。mummer的比对
基因学苑
·
2023-08-16 09:53
R语言实现免疫浸润分析(1)
免疫浸润分析是
生物信息
学研究中的一项关键内容,它旨在评估肿瘤微环境中不同类型的免疫细胞组成。免疫细胞在肿瘤发展和治疗中起着至关重要的作用,因为它们可以影响肿瘤的生长、扩散和对治疗的响应。
weixin_49320263
·
2023-08-16 06:21
生信分析
r语言
常见蛋白质种类_[转载]常用蛋白质数据库
该数据库的管理者是结构
生物信息
学合作研究组织(ResearchCollaborationforStructuralBioinfo
weixin_39555715
·
2023-08-16 04:23
常见蛋白质种类
我对生命科学的理解
我一开始就是奔着
生物信息
学来的,最初对这个领域仅仅只有考研目标的概念,其研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学,主要研究方向有基因序列比对、蛋白质比对、基因识别分析、分子进化、序列重叠群装配、遗传密码、
凛然说笑
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2023-08-15 03:58
生物信息
软件/流程dockerfile打包参考
生信软件、流程依赖的东西太多,docker打包镜像一不小心就是上Gb大小。镜像太大很多缺点:上传、拉取慢;费宽带;占空间。。。docker已广泛应用在IT,生信只是沾了点光,所以没有专门的优化,在这方面的资料也比较少(尤其是中文)。这里贴几点资源,供参考。常见生信软件的docker镜像及其dockerfileBioinformaticsDockerImagesProjectBioinformati
米源MY
·
2023-08-14 23:51
生物信息
分析常用文件格式和软件
生物信息
分析常用文件格式和软件文件格式数据格式fastqfasta注释gtfgffbedbcf比对格式sambam工具类数据质控类cutadaptfastptrimmomaticfastx-toolkit
超人立志做国王
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2023-08-14 07:00
生物信息
学:bedGraph文件、Bed文件转、BAM文件转化
目录引言bam文件bed文件bedGraph文件R语言和linux实现从bedgraph到bam的转化从bedgraph到bedgenome.size.txtbed转bam引言BamBedbedGraph是保存测序数据的常用格式。在GEO数据库的文件中,很多都是用bed、bedgraph储存的,如何转变为更为下层的bam呢?,这里说一下如何从bedGraph转化成bam文件。bam文件第一列:QN
茅逗逗
·
2023-08-14 06:32
R语言和生物信息学分析技巧
R语言实战
java
开发语言
概率图模型(Probabilistic Graphical Model,PGM)
它可以用来表示复杂的概率分布,进行有效的推理和学习,以及解决各种实际问题,如图像处理,自然语言处理,
生物信息
学,社会网络分析等。概率图模型有两大类:有向图模型和无向图模型。
子燕若水
·
2023-08-13 19:24
机器学习
数学
算法
elasticsearch
【工具】Galaxy(training)生信平台资源
Galaxy(https://galaxyproject.org/use/)
生物信息
分析平台是目前生物医学研究领域最受欢迎的在线
生物信息
分析工具之一,其后台封装了很多高端的计算工具,并且在网页的前端给这些工具以直观的使用界面而把计算和存储管理的细节隐藏起来
米源MY
·
2023-08-13 13:16
生信+实验:最全单基因研究套路总结
我们可以使用
生物信息
学的方法分析基因在肿瘤中参与的生物过程和行使的功能。本文主要介绍单基因生信分析的思路。
Seurat_Satija
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2023-08-12 06:37
动态规划之斐波拉契数列模型
斐波拉契数列模型1.第N个泰波那契数2.三步问题(easy)3.使⽤最⼩花费爬楼梯(easy)4.解码⽅法(medium)动态规划的介绍:动态规划是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和
生物信息
学中使用的
ly@눈_눈
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2023-08-12 03:45
动态规划
算法
偏最小二乘法的原理与实现
作者:Resther审稿:童蒙编辑:angelica引言近几年来,机器学习在各个领域都有不错的表现,在
生物信息
领域也有相关的应用。
生信阿拉丁
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2023-08-10 09:07
计算机专业
生物信息
方向博士,我是这样拿到宾大
生物信息
学全奖博士offer的
一、学生基本条件学生:H同学毕业院校:北京某211&985院校专业:
生物信息
学GPA:3.6+TOEFL:105+GRE:320+二、学生优劣势分析优势:学生本科来自院校,国内外知名度都很高,且绩点不错
weixin_39715926
·
2023-08-07 20:12
计算机专业生物信息方向博士
生物信息
学三大数据库NCBI-ENSEMBL-UCSC
目的是通过提供在线生物学数据和
生物信息
学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库,包括:PubMed,PubMedCentral,a
hyena_7
·
2023-08-07 15:17
单细胞测序
生物信息学
生物信息
学与功能基因组学(2)
最讨厌周一轮休了,首图不开门,在家里果然不能有效率的学习!该如何保持学习的热情呢?二代测序数据的分析二代测序数据的分析.png
顺昕如意
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2023-08-07 13:43
单细胞分类和预测任务
对于分类和预测任务,在
生物信息
学领域有一些常用的方法和工具可以使用。
来份芒果布丁
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2023-08-07 05:41
数据挖掘
单细胞
预测任务
分类任务
ChatGPT已打破图灵测试,新的测试方法在路上
生信麻瓜的ChatGPT4.0初体验偷个懒,用ChatGPT帮我写段
生物信息
代码代码看不懂?ChatGPT帮你解释,详细到爆!如果ChatGPT给出的的代码不太完善,如何请他一步步改好?
生信宝典
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2023-08-05 10:25
chatgpt
人工智能
奇思妙想
人体是一台精密的生物仪器,不仅可以接收到一些信息当然也是可以发出一些
生物信息
。就如一部手机信号良好,通话就畅通,网络就不卡顿。人体也是这样的,如果接收频率恰好,接受的信息就真切。
沉浮梦醒
·
2023-08-05 08:48
GEO数据挖掘(一)--简单快速下载GEO数据
这种通过对现有公共数据挖掘数据进行分析的研究方式目前正是
生物信息
分析的热门领域。
诺禾致源
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2023-08-03 22:15
2022-10-13
2022大数据、计算机与人工智能国际会议(ICBDCAI2022)征稿主题人工智能与技术自然语言处理计算机视觉
生物信息
学机器人及相关领域专家系统多代理系统语音理解知识工程分布式智能处理并行和并行处理智能数据库系统有监督和无监督学习神经网络理论与结构硬件实施模糊逻辑模糊优化模糊控制用文字进行模糊计算进化算法理论渐进式设计进化调度和优化粗糙集理论
论文小天才
·
2023-08-03 17:19
RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 (ssGSEA)
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你122篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析,
桓峰基因
·
2023-08-02 14:18
临床预测模型构建统计学分析方法
r语言
开发语言
数据挖掘
ggplot2
SCI绘图
植物基因组-基因组分析中的“地图”文件(gff3和gtf文件介绍)
常见的
生物信息
分析中,基因组的注释文件和参考基因组具有相同重要的功能,如果说参考基因组是一个蕴含着所有资源的宝岛,那么基因组的注释文件就是航海路线图。
blue_unique
·
2023-08-02 04:01
mirRNA与lncRNA研究策略
图1miRNA的一般研究策略及相关实验手段1.
生物信息
学预测靶基因要对miRNA进行研究,首先需要采用
生物信息
学的方法预测miRNA的靶基因位点,即被miRNA基因
Ray钱
·
2023-08-01 12:42
高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新
生物信息
学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
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2023-07-31 14:44
大数据
python
人工智能
数据分析
编程语言
单细胞研究 | Cell BLAST:一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具
近日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京未来基因诊断高精尖创新中心(ICG)、北京大学生命科学学院
生物信息
中心
尐尐呅
·
2023-07-30 06:28
生物信息
学
生物信息
学是一个跨学科的领域,开发方法和软件工具来理解生物数据。
生物信息
学结合了计算机科学、生物学、数学和工程学来分析和解释生物数据,并已被用于计算机分析生物查询和使用数学和统计技术。
纵横生长
·
2023-07-29 08:00
2019-12-01
不经意间,发现自己已经在上注册一年的时间了,最近经历了诸多磨难,最后还是兜兜转转,回到做
生物信息
的一个状态里面,再次回来,是以一个新人,外门汉的状态回归。
龙小树
·
2023-07-29 01:27
2021-08-02 M6A 相关
生物信息
学分析表明 HNRNPC 通过 EMT 促进 OSCC 的进展
1627897422(1).png越来越多的证据表明N6-甲基腺苷(m6A)在癌症进展中起着至关重要的作用。因此,我们旨在探索m6A相关基因在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的预后相关性。首先,从癌症基因组图谱(TCGA)下载表达谱,然后提取m6A相关基因。然后,使用聚类分析和主成分分析(PCA)分析m6A相关基因。差异表达分析在R软件中进行。此外,构建了风险模型,并选择了关键的m6A基因来探索其在O
卅衣
·
2023-07-28 22:14
PSP - 使用 MMseqs2 工具快速搜索蛋白质序列数据库 (GMGC)
https://spike.blog.csdn.net/本文地址:https://spike.blog.csdn.net/article/details/131934642MMseq2是非常强大和高效的
生物信息
学软件
SpikeKing
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2023-07-28 18:41
AI
for
Biotech
蛋白质数据库
GMGC
MMseq2
SmallBFD
【文献速递】-cell-颠覆性技术:DBiT-seq空间高分辨率的多组学技术
空间转录组技术在一定程度上提供了基因表达空间异质性信息,但如何在大组织区域内进行高分辨率、多组学、无偏差的
生物信息
分析仍然是一个科学难题。
基因侦探
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2023-07-28 15:53
开展“稳健”的
生物信息
学研究的9个要点
稳健的研究在很大程度上是采取一系列方案,这些方案共同累积了可靠度,我们的目的是防止“无声”的错误混淆结果。01重视实验设计稳健的研究始于良好的实验设计。不幸的是,再多精彩的分析也救不了一个设计糟糕的实验。我见过项目落在我的桌子上准备进行分析,花了数万元测序,但当数据放在这时,其实已经完全“死”了。无论如何,在实验结束后,我们都无法挽救设计糟糕的实验。大多数统计学入门课程和书籍都涵盖了实验设计中的基
沈博士
·
2023-07-28 07:50
4 篇 NAR | 生物大数据时代,如何做好数据管理和再利用,发IF10+的数据库文章?...
生物信息
分析离不开数据资源和数据库,
生物信息
学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。
生信宝典
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2023-07-27 10:38
数据库
生信麻瓜的 ChatGPT 4.0 初体验
ChatGPT4.0体验感想偷个懒,用ChatGPT帮我写段
生物信息
代码代码看不懂?ChatGPT帮你解释,详细到爆!看完后感觉如何?
生信宝典
·
2023-07-27 10:08
chatgpt
生信基础-测序原理
生物信息
分析的前提是获得了测序数据,关于测序原始数据也涉及非常多知识及细节,如果明白了测序原理及测序数据产生的过程,在理解关于原始数据的各个问题上也比较容易。
新欣enjoy
·
2023-07-27 05:54
生物信息
学_玉泉路_课堂笔记_03 第三章 多序列比对与系统发生树构建
课程:
生物信息
学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/6一、多序列比对简介1.1简介1.2多序列比对方法1.2.1启发式:渐进法1.2.2软件ClustalW/X1.2.3
rookie_coder_996
·
2023-07-26 07:49
生物信息学
笔记
生物信息
学_玉泉路_课堂笔记_07 第七章 转录组学:基因芯片及RNA_sep数据分析
第七章转录组学:基因芯片及RNA_sep数据分析大部分是可以转录的大概70-80%可Rna从此区域出来的rna来看编码基因只占据很小的一部分2%左右更多的区域转录出来的是非编码rna转录组学的测序方法基因芯片+RNA-sep基因芯片只是了解思想重点是RNA-sep第一节基因表达芯片数据分析1.1基因芯片概述芯片很小探针对应的序列是已知的同时检测几百万个,所以说是高通量的结合之后会有荧光信号芯片数据
rookie_coder_996
·
2023-07-25 22:52
生物信息学
数据分析
数据挖掘
生物信息
学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章 从头基因组组装与注释
课程:
生物信息
学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/20上周回顾从头基因组组装与注释第一节基因组调查最左边的error-peak是测序错误导致的杂合导致的峰重复序列在纯和峰值的右边
rookie_coder_996
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2023-07-25 22:20
生物信息学
笔记
生物信息
学_玉泉路_课堂笔记_06 第六章 基因组学:遗传变异分析以及FGWAS
课程:
生物信息
学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/21课程回顾第六章基因组学:遗传变异分析以及FGWAS第一节SNP与Indel的鉴定与分析基本概念参考基因组和基因组变异基本概念胚系突变与体细胞突变基本概念纯合杂合常见的遗传变异的类型为什么研究遗传变异
rookie_coder_996
·
2023-07-25 22:20
生物信息学
笔记
随笔 | 为什么不要在课堂上睡觉
这个学期,我开了一门研究生课《园艺植物
生物信息
学实践》。我没有对外宣传,主要是课程第一次开,从课程设计到课程内容,全是“原创”。质量无法完全保证,所以暂时不想让太多人过来。
生信石头
·
2023-07-25 18:42
fasta和fastq格式文件的shell小练习
www.jianshu.com/p/d10a85f21889http://ddrv.cn/a/185067http://www.huanyujianshe.com/p/41b8c87ab9c5这个是有机结合
生物信息
学的
vicLeo
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2023-07-25 18:00
探索miRNA与IncRNA的
生物信息
工具及数据库
miRNA的
生物信息
学资源:miRNA数据库1miRNA数据库2miRNA数据库3IncRNA的
生物信息
学资源:IncRNA数据库1IncRNA数据库2miRNA与IncRNA虽然都是非编码RNA,但是它们对于调控细胞的发育与探索疾病作用机制有着非常重要的作用
米妮爱分享
·
2023-07-25 08:22
Docker封装
生物信息
学甲基化流程
CpGCHGCHH含义p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A,C,T中的任意一种,CHG代表甲基化的C下游的2个碱基是H和G,CHH表示甲基化的C下游的两个碱基都是H。Bismark运行原理:Bisulfite将序列正负链的C全部转换为T,所以也要将基因组序列进行转换。基因组正负链转换很特别。基因组的正链C->T,才能匹配原正链的reads
儒雅随和王小板
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2023-07-24 14:08
julia与
生物信息
小白初体验
我最近刚尝试了julia,特别喜欢1速度比python快2语法不难,会python的话,更简单3交互式的,有四种模式,可以随时查看帮助文档,或者切换路径,例如,在linux上,切换路径用:cd(“path”)而如果是python,就要importosos.chdir(path)4io比python文件简单,eachline直接读取生成迭代器5调用linux命令方便,调用python,R,perl,
柳梦梅
·
2023-07-23 23:58
PSP - Jackhmmer 搜索 EMBL 序列数据库的相似序列
spike.blog.csdn.net/article/details/131817060EMBL(EuropeanMolecularBiologyLaboratory,欧洲分子生物实验室):EMBL数据库是一个由欧洲
生物信息
学研究所
SpikeKing
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2023-07-22 18:15
AI
for
Biotech
数据库
蛋白质序列
Jackhmmer
宏转录组方法_中山大学医学院施莽教授学术讲座:宏转录组方法在病原生物学领域的应用...
宏转录组方法在病原生物学领域的应用主讲人:施莽中山大学医学院教授主持人:杨子峰教授时间:2019年7月8日(星期一)上午10:00地点:广州医科大学越秀校区16号楼五楼大会议室在线直播地址:讲座内容:组学和
生物信息
学在医学和临床研究中日趋重要
weixin_39960145
·
2023-07-22 12:01
宏转录组方法
DNA 3. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你81篇原创内容-->公众号前言随着癌症基因组学的进步
桓峰基因
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2023-07-21 00:56
实用 | Excel.xlsx 文件批量转换为 制表符分隔文件.tab.txt
写在前面绝大多数
生物信息
学分析软件只接受制表符(即键盘上的Tab)分隔的文本文件。而日常表格处理时,我们常常会使用Excel等软件,对应使用的是二进制的.xlsx文件。
生信石头
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2023-07-21 00:55
使用python处理
生物信息
数据(一)
趁疫情被封闭在家,学习一下python,之前尝试过看过perl的书,代码看得我一脸懵逼,python乍看上去和蔼可亲多了,再加上有个师兄鼓励和推荐学习python,找了这本书ManagingYourBiologicalDatawithPython先动起来吧,希望自己能坚持下去。ManagingYourBiologicalDatawithPython1.Anaconda安装和示例数据在笔记本wins
你猜我菜不菜
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2023-07-20 14:57
感动中国人物2018——钟扬
钟扬,我国著名植物学家,援藏学者,生前是复旦大学生命科学学院教授,博士生导师,钟扬长期从事植物学、
生物信息
学研究和教学工作,取得一系列重要创新成果,他胸怀科技报国理想,长期致力于生物多样性研究和保护,率领团队在青藏高原为
cf741001ec69
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2023-07-20 02:12
关于生物数据库定制研发-开发注意事项
专业的
生物信息
Yiyaoshujuku
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2023-07-19 21:11
数据库
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