细胞周期

9.单细胞 RNA-seq：聚类分析

为了确定分群是否代表真实的细胞类型或由于生物或技术差异而形成的群集，如在细胞周期的S期的细胞群，特定批次的簇，或具有高线粒体含量的细胞。

denghb001·2024-09-15 02:52

10.单细胞 RNA-seq：聚类分析

确定分群是否代表真实的细胞类型或由于生物或技术差异而形成的群集，例如处于细胞周期S期

denghb001·2024-02-13 01:02

Seurat -- SCTransform

官方教程的流程整个流程缺少QC部分以及检查细胞周期和线粒体是否对聚类有影响时候regressout。#installglmGamPoi加速sctransform的运算if(!

All_Will_Be_Fine噻·2024-02-09 09:39

免疫衰老

1.免疫衰老的概念衰老细胞是衰老的关键驱动因素，衰老细胞的典型特征是细胞周期停滞，并发展为多方面的衰老相关分泌表型（senescence-associatedsecretoryphenotype，SASP

Hayley笔记·2024-02-08 18:23

Duang！高中同学需要的生物只要知识点记忆口诀来袭！（打印版）

五、细胞周期分五段间前中后末相连间期首先

学思兔·2024-01-14 01:40

生信数据挖掘单细胞测序

其收稿要求涵盖了癌基因的结构和功能的各个方面，尤其是:细胞癌基因及其激活机制，其编码蛋白的结构和功能，DNA和RNA的癌基因，肿瘤病毒，人类肿瘤的分子肿瘤学，肿瘤抑制基因，生长调控基因，细胞周期控制生长

概普生信·2023-12-18 10:06

FlowJo软件的简单介绍掌控流式细胞分析的科技巨匠 FlowJo10

数据分析：FlowJo10提供了多种强大的数据分析工具，如聚类分析、差异分析、细胞周期分析等，可以帮助用户深入挖掘流式细胞数据中的信息。可视化与图形生成：FlowJo10具有强大的可视

Someone_sky·2023-12-02 11:11

Flowjo处理细胞周期

期待未来·2023-11-28 19:16

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

在《cell》文章中，作者还计算了细胞周期评分，因为我们收集到的细胞可能处于不同的分裂时期，所以看周期是很有必要的，尤其是针对具体的研究目的。在示例数据中，可以看到，各个样品细胞周期基本一致。s.g

KS科研分享与服务·2023-11-22 15:15

外显子和基因组基本概念(二)

上接：外显子和基因组基本概念(一)（补）细胞周期（Cellcycle）：含间期（Interphase）与分裂期（即M期：Mitosis有丝分裂；Meiosis减数分裂）两个阶段。

生信宝典·2023-11-22 03:02

三月week2文献阅读(上)：Cell-Cycle-Targeting MicroRNAs as Therapeutic Tools against Refractory Cancers

三月week2文献阅读：Cell-Cycle-TargetingMicroRNAsasTherapeuticToolsagainstRefractoryCancers细胞周期靶向MicroRNAs作为治疗难治性癌症的工具

米妮爱分享·2023-11-05 14:42

细胞衰老

因为在1961年，美国生物学家LeonardHayflick在体外培养正常人的成纤维细胞时发现，即使给予细胞生长最适宜的条件，细胞分裂至一定代数时也会发生衰竭，从而使细胞周期进入了一种“不可逆”的停滞状态

麒麟991·2023-11-05 07:52

国自然研究新宠：O-GlcNAc糖基化修饰 | 应用思路盘点

O-GlcNAc糖基化修饰是指在蛋白质的丝氨酸和/或苏氨酸残基上仅添加一个单糖修饰，它通过影响蛋白质稳定性、亚细胞定位、活性等调控细胞周期、凋亡等多种关键的细胞生物学过程，进而调控机体的生理、病理等过程

中科新生命·2023-10-31 02:50

第十三章细胞周期与细胞分裂

可将细胞分为3类：1，周期中细胞(cyclingcell)；2，G0期细胞；3，终末分化细胞图片发自App图片发自App第十四章细胞增殖调控与癌细胞

操控者·2023-10-16 12:38

三月week2文献阅读(下)：Cell-Cycle-Targeting MicroRNAs as Therapeutic Tools against Refractory Cancers

Cell-Cycle-TargetingmiRNAsInhibitProliferationofCancerCells细胞周期靶向miRNAs抑制癌细胞的增殖Weaskedwhetherothercell-cycle-targetingmiRNAsmightalsohaveananti-proliferativeeffectoncancercells

米妮爱分享·2023-10-10 03:36

95740-26-4|用于体内DNA合成的探针F-ara-EdU

当需要延长细胞存活时间和不受干扰的细胞周期进展时，非常适合进行代谢DNA标记。

XYBMWCR·2023-10-09 19:20

RNA 14. SCI 文章中差异表达基因之蛋白互作网络 (PPI)

前言蛋白质互作网络（PPI,Protein-ProteinInteractionNetworks）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节

90066456ace6·2023-10-04 16:13

Molecular Cancer|CDK9抑制诱导表观遗传重编程，揭示了规避淋巴瘤耐药性的策略

细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）蛋白家族在细胞周期进程（如CDK1/2/4/6）和RNA转录（如CDK7/8/9/11）的调控中起着不可或缺的作用。

爱基百客·2023-09-27 18:53

细胞周期通路

1.细胞周期的时相分类。一般而言，细胞周期可以分为四个时相：G1(DNA合成前期)；S期（DNA合成期）；G2期（DNA合成后期）和M期（有丝分裂期）。

Seurat_Satija·2023-09-23 03:39

简单了解蛋白质互作网络(PPI)

蛋白质互作网络（PPI）蛋白质互作网络（Protein-ProteinInteractionNetworks，PPI）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节

果蝇饲养员的生信笔记·2023-09-19 16:08

去除细胞周期效应——ccRemover包

原文题目：Identifyingandremovingthecellcycleeffectfromsingle-cellRNASequencingdata#####step1##NormalizedDataMatrix#chooseCRANmirror()#install.packages('ccRemover')library(ccRemover)browseVignettes('ccRemov

Forest_Lee·2023-09-14 21:25

细胞周期蛋白在流式细胞仪中的作用

图片.pngCyclin蛋白在流式细胞仪分辨细胞增殖方面有很大的用处：cyclin蛋白结合染色质检测，可以分辨DNA含量相同细胞周期不同的细胞。

victor卡西莫多·2023-09-05 08:08

三十六策第 14 策三才合一

第二类是遗传信息传递，包括基因转录、翻译、蛋白转运、降解等;第三类是环境信息传递，包括膜转运和信号传导，这是疾病中最活跃的一类，跟医学研究息息相关，那些百搭通路基本都在这里面;第四类是细胞生物学过程，包括细胞周期

Kururu1799·2023-09-02 09:13

精选知识点精华版“高中生物”细胞的生命历程

②细胞的核质比二、细胞增殖1.细胞增殖的意义：生物体生长、发育、繁殖和遗传的基础2.真核细胞分裂的方式：有丝分裂、无丝分裂、减数分裂(一)细胞周期（1）概念：指连续分裂的细胞，从一次分裂完成时开始，到下一次分裂完成时为止

橙老师学堂·2023-08-15 18:47

单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则

单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。

seqyuan·2023-08-07 22:41

mirRNA与lncRNA研究策略

一、miRNA的一般研究策略miRNA也称微RNA、microRNA，是真核生物中广泛存在的一种长度为21-23nt的RNA分子，可通过与mRNA的结合，抑制mRNA的转录，因此在基因表达调控、细胞周期

Ray钱·2023-08-01 12:42

用Seurat移除细胞周期的影响

如何用Seurat去除细胞周期对下游分析的影响?首先，我们基于G2/M和S期的标志物表达给每个细胞赋值评分。

阿糖胞苷_SYSU·2023-06-23 11:19

lNCipedia数据库

lncRNA在细胞周期调控，细胞分化调控，疾病的发生与发展等多种生命活动中发挥着重要作用，是研究的热点之一。

victor卡西莫多·2023-04-14 23:24

单细胞36计之14借尸还魂---细胞周期评分和回归

我们演示了如何通过基于规范性标记计算细胞周期阶段评分并在预处理过程中将其从数据中回归来减轻scRNA-seq数据中细胞周期异质性的影响。我们在

Seurat_Satija·2023-04-13 12:13

Seurat亮点之细胞周期评分和回归

其中包括许多个性化的模块，其中我个人比较感兴趣的是Cell-CycleScoringandRegression模块,因为在条件干预的情况下，部分细胞处于非稳定状态下，如增殖类细胞出现由于细胞周期相关基因的不同导致细胞聚类发生一定的偏移

生信宝典·2023-04-12 10:28

2022-12-09

存活超过10年的卵巢癌患者的基因组和免疫全景分析原创夏天图灵基因2022-12-0913:10发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：夏天IF=41.307推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、RB1除了调控细胞周期外

图灵基因·2023-04-12 06:38

2022-02-10

生物体内数以百万计的分子必须按时间和顺序正确定位，并发挥其功能，以协调细胞周期进程、凋亡、迁移和分化中的重要步骤，以形成发

图灵基因·2023-04-12 03:49

文献速递 | Echo显微镜助力对疟原虫独特分裂机制的解析

真核细胞周期通常分为不同的阶段，核分裂后立即进行胞质分裂。为了确保细胞分裂的正确进行，细胞分裂每个阶段都通过检查点的反馈协调控制分裂进程。

深蓝云·2023-04-07 08:51

Seurat4.0系列教程8：细胞周期评分和回归分析

我们展示了如何通过基于传统细胞周期相关marker计算细胞周期得分，并在预处理过程中将这些分数从数据中回归，以消除scRNA-seq数据中细胞周期异质性的影响。

Seurat_·2023-04-03 21:40

Seurat24节气之21大雪---vars.to.regress = "percent.mt"排除线粒体基因

例如，我们可以“消退”与（例如）细胞周期阶段或线粒体污染相关的异质性。这些功能仍然支持[ScaleDa

Seurat_·2023-04-01 10:58

以一篇文章为例，总结单细胞文章分析框架

上一篇我们分享的《一文了解单细胞基因调控网络（GRN）》中有提过:scRNA-seq数据的表达矩阵之后大多数后续分析的重点是:确定组织或癌症中细胞亚群的类型或状态，或研究动态变化过程，例如细胞分化、细胞周期或刺激反应

seqyuan·2023-03-29 22:30

酿酒酵母的繁殖

在酵母的细胞周期中，细胞生长和分裂是紧密关联的，如营养物浓度的调控。受外界环境的刺激，酵母可以选择无性或有性生殖，产生新的细胞。

熊猫人和熊猫猫·2023-03-25 23:36

细胞中解密祛皱、延缓衰老的源头，你值得记笔记的分享！

细胞衰老在生理学上的表现为功能衰退与代谢低下，如细胞周期停滞，细胞复制能力丧失，对促有丝分裂刺激的反应性减弱，对促凋亡因素的反应性改变；细胞内酶活性中心被氧化，酶活性降低，蛋白质合成下降等。

抗衰老学习笔记·2023-03-23 16:10

核纤层蛋白与lamin

核纤层蛋白是一种核膜结构组分，对于维持正常的细胞功能非常重要，如细胞周期控制、DNA复制和染色质组织(1-3)。核纤层蛋白被细分为A型和B型。

牧牧牧之·2023-03-19 15:03

2022-04-16

当DNA损伤或复制压力发生时，检查点信号通路被激活，以阻止细胞周期并启动DNA损伤的修复，或触发细胞凋亡。

图灵基因·2023-03-17 20:07

lipo3000转染HepG2细胞

失败点主要基于2个，（1）我以为难转染的细胞在转染前使用无血清处理，使细胞周期持平，这样会比较好转染。而且在转染时使用opti-DMEM会促进转染效率。

找兔子的小萝卜·2023-03-17 07:01

【实验技术笔记】细胞表型检测之细胞凋亡（Hoechst染色 + PI染色 + TUNEL 染色 + Annexin V-PI 双染）

文章目录1.细胞凋亡2.检测细胞凋亡：Hoechst染色3.检测细胞凋亡：PI染色4.检测细胞凋亡：TUNEL染色5.检测细胞凋亡：AnnexinV-PI双染1.细胞凋亡细胞要增殖分裂出新细胞需要经过完整的细胞周期

taotaotao7777777·2023-01-09 03:48

NBT|45种单细胞轨迹推断方法比较，110个实际数据集和229个合成数据集

这为应用单细胞转录组学、蛋白质组学和表观组学数据研究细胞内的动态过程，如细胞周期、细胞分化和细胞激活等，提供了新的契机。虽然轨迹推断工具已经有了七十多种，不过因为每个方法输

生信宝典·2022-12-24 15:37

单细胞数据挖掘 P 3.1 QC以及细胞周期判断

p=10P3.1QC空细胞及重复细胞质控以及细胞周期判断空细胞质控load("scRNA.Rdata")library(Seurat)##1、detectspecialcells----#emptydroplet

学海溺子·2022-12-07 04:01

单细胞数据高级分析之消除细胞周期因素 | Removal of cell cycle effect

ThenormalizationmethoddescribedaboveaimstoreducetheeffectoftechnicalfactorsinscRNA-seqdata(primarily,depth)fromdownstreamanalyses.However,heterogeneityincellcyclestage,particularlyamongmitoticcellstra

weixin_33670713·2022-12-07 04:00

Seurat之细胞周期评分 cellcircle大小写转换 Hmisc 注意scaledata时候需要把所有的基因都scale

https://www.jianshu.com/p/983658ae7f25getwd()path="G:/silicosis/sicosis/xfy/cell_circle_score/"dir.create(path)setwd(path)getwd()load("D:/Win10System/Documents/WeChatFiles/wxid_f27yna03e0v622/FileStor

YoungLeelight·2022-12-07 04:30

单细胞分析实录(10): 消除细胞周期的影响

实际上，这群细胞只是因为高表达一些与细胞周期相关的基因，才会被单独聚成一群，里面可能包含多种细胞亚群的混合，只要它们处于细胞周期/增殖状态。

TOP生物信息·2022-12-07 04:59

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（细胞周期的影响去除）（三）

1写在前面在scRNAseq数据中，不同细胞处在不同细胞周期，如果不进行异质性校正的话，会对结果有很大的影响。

生信卷·2022-12-07 04:56

读论文(人真皮成纤维细胞受紫外线辐射引起基因表达动态变化)

这篇文献也是用长波紫外线辐射成纤维细胞，在不同的时间点取样，检查成纤维细胞的①细胞外基质合成、②降解基因和跟细胞周期相关、跟衰老相关的基因的动态变化。

黄思博呀·2022-11-30 01:57

单细胞分析：细胞聚类（十）

确定簇是否代表真正的细胞类型或是由于生物学或技术变异而产生的簇，例如细胞周期S期的细胞簇、特定批次的簇或具有高线粒体含量的细胞簇。2.挑战生物

冷冻工厂·2022-11-21 07:57

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