genome

关于 error LNK2001: unresolved external symbol "public: __thiscall Genome::Genome(void)"的解决

源代码为classGenome{public:friendclassGenAlg;//种群全部基因friendclassGenEngine;Genome()Genome(vectorvec,doublef
lalapanda·2025-02-25 18:08

生物信息名词汇总|生物信息基础知识

生物信息名词汇总|生物信息基础知识GWAS-Genome-wideassociationstudies，全基因组关联研究：用于识别遗传区域（基因组）和性状/疾病之间关联的方法。
Red Red·2024-09-11 09:31

蛋白质组学基础知识12-20

它是一个合成词，可以拆分为两个单词，proteins和genome，分别取两个单词的前半部分和后半部分，proteins意思是蛋白质，gen
为什么都被用过了·2024-08-30 05:32

Structural variation in the human genome

Correspondingauthor:StephenW.SchererTheCentreforAppliedGenomicsandPrograminGeneticsandGenomicBiology,TheHospitalforSickChildrenandDepartmentofMolecularandMedicalGenetics,UniversityofToronto,MaRSCentre
小米羊爱学术·2024-08-30 03:28

基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus
felix108·2024-08-21 21:30

2023-04-06

part1软件和数据准备软件：bwasamtoolspicard文件准备：参考基因组：genome.fasta测序数据文件:S1_1.fq.gz和S1_2.fq.gzpart2构建基因组index重测序很多软件不能直接读取基因组
小谷头·2024-02-11 21:58

用k-mer分析进行基因组调查(genome survey)：（三）用KMC进行k-mer频数统计

（全文约1100字）【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查。1.k-mer进行基因组调查的软件概况k-mer进行基因组调查分为k-mer频数统计和基因组特征评估两步。KMC可以实现第一步k-mer频数统计。KMC的结果sample.histo可以
生信技工·2024-02-07 13:33

表观遗传研究常用数据库

基本数据库1.UCSC数据库网站：http://genome.ucsc.edu/index.html简介：UCSC数据库给浏览基因组数据提供了可靠和迅速的方式；支持数据库检索和序列相似性搜索。
笺牒九州的怪咖·2024-02-07 11:40

基因组学（课程笔记）-- 基因型与表型关联分析

遗传学中具体使用的基因型往往是指某一性状的基因型表型（Phenotype）：具有特定基因型的个体，在一定环境条件下，所表现出来的性状特征（形态、结构、生理、生化、行为等）或疾病状态表型=基因型+环境GWAS基本概念全基因组关联分析（Genome-wideAssociationStudy
懒猪曼达·2024-02-06 08:30

2023-04-07

•软件：GATK•文件准备：基因组文件：genome.fasta比对结果文件：S1.sort.markdup.bam•参考脚本：第一步：创建tmp目录创建临时文件目录$mkdi
小谷头·2024-02-05 00:49

使用3D-DNA流程，结果不升反降怎么破？

经@上海欧易生物-鲍志贵的提醒，我检查了genome.0.hic,也就是初步组装的结果，发
xuzhougeng·2024-02-04 12:26

双CpG位点DNA甲基化特征为LGG患者提供准确的生存风险分层(IF5+)

Genome-widemethylomicanalysesidentifyprognosticepigeneticsignatureinlowergradeglioma全基因组甲基组学分析确定低级别胶质瘤的预后表观遗传特征发表期刊
生信学霸·2024-01-31 01:39

生物信息网站集合

美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.ukUCSCGenome：http://genome.ucsc.edu
庐山星晖·2024-01-30 16:27

Genome-wide association studies in R

全基因组关联（GWA）研究扫描整个物种基因组，寻找多达数百万个SNPs与特定感兴趣特征之间的关联。值得注意的是，感兴趣的性状实际上可以是归因于群体的任何类型的表型，无论是定性的（例如疾病状态）还是定量的（例如身高）。本质上，给定p个SNP和n个样本或个体，GWA分析将拟合p个独立的单变量线性模型，每个模型基于n个样本，使用每个SNP的基因型作为感兴趣特征的预测因子。每个P检验中的关联显著性（P值）
m1chiru·2024-01-29 09:21

GWAS——Genome-Wide Association Study

全基因组关联研究（Genome-WideAssociationStudy，GWAS）是一种广泛用于寻找复杂遗传疾病关联基因的重要手段。
m1chiru·2024-01-29 09:51

GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the Genome Taxonomy Database, 物种注释和进化树构建工具使用及介绍

资源介绍：GTDB-Tkv2:memoryfriendlyclassificationwiththegenometaxonomydatabase|Bioinformatics|OxfordAcademic(oup.com)GTDB-GenomeTaxonomyDatabase(ecogenomic.org)大家自己看吧，不在解释了，直接上安装和配置，然后再使用。github地址：GitHub-Ec
小果运维·2024-01-24 07:59

2019-08-20 ISO-Seq 注释等后续处理，说不定能替代IGV的浏览器

一个整合的iso-seq和genome浏览器，可以把数据中和ref中相似的isoforms聚合到一起，方便查看是哪个对应哪个https://www.biorxiv.org/content/biorxiv
老_Z·2024-01-22 15:34

第1篇：人类的卷曲乳杆菌分离物的比较基因组学揭示了糖基化和糖原降解的基因：阴道微生物群的体内优势

阴道微生物菌群失调的阴道微生物群Comparativegenomics：比较基因组学EPS：胞外多糖contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为contig（重叠群）pan-genome
不愧是你_a·2024-01-20 17:28

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

前言最近做的项目要对referencegenome基于突变进行一些modify，制作personalizedgenome或者说是psuedo-genome伪基因组。
dulunar·2024-01-20 01:58

bismark 识别甲基化位点-比对篇

我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试，命令如下bismarkhg19_bismark_db/test_data.fastq-otest第一个参数为bismark_genome_preparation
生信修炼手册·2024-01-13 04:11

全基因组关联分析(GWAS)protocol

全基因组关联分析（Genome-wideassociationstudy，GWAS）是应用基因组中数以百万级别的单核苷酸多样性（SingleNucleotidePloymorphism，SNP）作为分子遗传标记
只看不写_nathan·2024-01-12 17:06

root 用户安装anaconda后普通用户也可使用

weixin_39518984/article/details/111766550首先，root用户安装anaconda的时候，需要安装在普通用户可以访问的目录下.然后普通用户需要运行以下命令/nfs_genome
dashan1928·2024-01-12 13:54

宏基因组序列分析工具EukRep

文章：Genome-reconstructionforeukaryotesfromcomplexnaturalmicrobialcommunities|bioRxiv仓库：patrickwest/EukRep
小果运维·2024-01-06 09:00

Debian9 Dash to Dock 安装

Genome桌面美化可以通过Tweaktool来设置Debian中的侧边栏的设置可以通过安装DashtoDock来实现。
基因玩家GenePlayer·2024-01-06 03:50

基因组survey——K-mer频谱

K值使用满足以下公式计算的最大奇数：4^K/genome>200做kmer有几种软件：SOAPdenovo2的Kmer
徐诗芬·2024-01-01 16:52

Multiz 使用陷阱

REF:https://www.biochen.org/cn/blog/axtToMaf处最终命名为maf/${TARGET_GENOME}.
杨康chin·2023-12-28 18:39

read_counts转FPKM（基于gtf和read_counts文件）（exon）

spm=1001.2014.3001.5501首先我们要把gtf文件中的exon抓取出来grep"exon"genome.gtf>genome_exon.gtf然后提取genome_exon.gtf文件中的
离子回旋·2023-12-27 15:46

GWAS--基本概念(未完待续...)

全基因组关联分析GWAS(Genome-wideassociationstudy)应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略
晓佥·2023-12-18 21:05

Structural Variation in the Human Genome and its Role in Disease

Correspondingauthor:JamesR.LupskiBoardCertifiedClinicalGeneticistandClinicalMolecularGeneticistTexasChildren'sHospital1.INTRODUCTIONCopy-NumberVariationCNVsof1–50kbinsizehavebeenunder-ascertainedbecau
小米羊爱学术·2023-12-17 11:37

人类基因组探索（1）

版本间转换UCSC上有展示历次人的基因组版本大致情况，其网址：http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQreleases.html部分内容截图如下：当然也有其它物种的基因组版本，此处未列出可
小学生笔记本·2023-12-06 22:56

超详Chip-seq分析流程

一、Chip-seq分析流程二、数据、参考基因组、所需软件下载1、参考基因组下载：以二穗短柄草为例：https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf
想要学好生信的小白·2023-12-06 20:07

转录组重建系统发育（三）使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因

/database/chloroplast_genome/gesneriaceae_chloroplast.fasta../04.trinity_longest/SRS7102777_trinity
惊鸿影·2023-12-04 21:57

全基因组CNV分析

-f${genome}.chrom.sizes];thenfetchChromSizes$genome>${genome}.chrom.sizesfibinsize=200000stepsize=40000fasta
bred·2023-12-04 04:36

基于html 和javascript搭建基因组浏览器 ---Jbrowse（附代码，并说清楚踩坑之处）

禁止直接搬运，违者必究我是根据官方文档学习的：https://jbrowse.org/jb2/docs/tutorials/embed_linear_genome_view/01_introduction
佛系盼毕业·2023-12-01 11:25

【新闻】基因编辑不管是啥，单词要背

1.germlinegenomeediting生殖细胞系基因组编辑germlinen.生殖细胞；genome['dʒiːnəʊm]n.基因组2.embryo['embrɪəʊ]n.胚胎3.outra
大汪小喵·2023-11-27 03:31

「干活」基因组组装之前要做的：Genome Survey

基因组组装之前，有一些问题还是需要注意的，genomesize是多少？评估得到的genomeheterozygosity是多少？重复序列的占比是多少？可以系统性地称为genomesurvey，这是一个非常简单的分析，但是其实有一些问题是值得注意的GenomeSurvey一般基于Illuminashortreads进行分析，因为二代测序便宜，先测出来试试水，再判断三代的数据量，这应该算是一个非常经济
陈有朴·2023-11-19 04:46

IMAX在中国的影院网络将近一千家；乐高计划2021年在中国开设80家品牌零售店 | 美通企业日报...

Genome&Company与德国达姆施塔特默克集团和辉瑞再次签署协议
美通社·2023-11-09 13:08

学习GTEx数据库

（1）GTEx简介访问链接：Genotype-TissueExpressionProject(GTEx)(genome.gov)GTEx（Genotype-TissueExpression，基因型-组织表达
QFIUNE·2023-11-05 12:44

5+非肿瘤+细胞凋亡相关生信思路，请自行查阅

今天给同学们分享一篇生信文章“Genome-wideidentificationandfunctionalanalysisofdysregulatedalternativesplicingprofilesinsepsis
生信风暴·2023-11-05 04:54

生物信息数据格式：bed格式

基本列附加列示例[Bedtools简介](https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html)下载安装演示版的bed文件(demo.bed)我们的基因组文件（genome.txt
sunchengquan·2023-11-03 04:18

Cell—Engineering Quantitative Trait Variation for Crop Improvement by Genome Editing

结果（上）：使用CRISPR/Cas9突变顺式作用元件（CRE）重新创建果实形状的QTL番茄驯化的主要特征是在果实大小方向上的显著增加。而果实的大小在很大程度是由花中心皮数量的增加和后面种子隔室的增加。影响番茄心室数目的QTL包括参与经典的CLAVATA-WUS茎细胞回环的基因。CLV-WUS调控着分生组织的大小。在CLV-WUS途径中的突变，如在信号肽基因SLV3的突变，能够导致分生组织增大由于
种地书生·2023-11-02 04:36

GWAS软件：GEMMA的安装和使用教程

1.GEMMA名字来源GEMMA名称来源：G：Genome-wideE：EfficientMM：Mixed-modelA：Association2.GEMMA下载地址GEMMA的github地址：http
育种数据分析之放飞自我·2023-11-01 20:28

2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析

exportPHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/condaactivatephyloflashforidin`ls/nfs_genome/home/zhaoshanzhong
dashan1928·2023-10-28 19:00

RIdeogram: drawing SVG graphics to visualize and map genome-wide data on idiograms

ZhaodongHao2020-01-20IntroductionRIdeogramisaRpackagetodrawSVG(ScalableVectorGraphics)graphicstovisualizeandmapgenome-widedataonidiograms.CitationIfyouusethispackageinapublishedpaper,pleasecitethispap
喜欢吃土豆的彭某人·2023-10-28 10:43

用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding

背景介绍在得到初步的组装结果之后，如果手上有10xgenomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的往期推送10x基因组数据的组装)，还可以借助10x的数据把contig序列给连成更长的片段，做一个初步的scaffolding。scaff10x的开发者来自于大名鼎鼎的桑格研究所的高性能算法团队(HighPerformanceAl
卖萌哥·2023-10-27 01:33

易基因：WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关｜Genome Biol

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在一些真核生物中，DNA甲基化发生在基因编码区，称为基因体甲基化(genebodymethylation，GbM)。尽管DNA甲基化在转座子和重复DNA沉默中的作用已得到很好的表征，但基因体甲基化与转录抑制无关，其生物学重要性尚不清楚。2023年10月12日，美国加州大学伯克利分校植物与微生物生物学系BenP.Williams团队在《G
易基因科技·2023-10-25 10:33

参考基因组下载 hg19 索引文件 grch38 reference genome infercnv 安装cellranger

DownloadCellRanger-Official10xGenomicsSupportnohupwget-c-Ocellranger-7.2.0.tar.gz"https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-7.2.0.tar.gz?Expires=1698207417&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRP
Young.Dr·2023-10-25 08:17

生信教程 | 基于PSMC估计有效群体大小

数据Genome：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000001905.1/Bam：https://www
冷冻工厂·2023-10-20 07:20

③ valr实例计算ChIP-seq中Upstream + GeneBody + Downstream上下游reads的分布

Summarizingintervalcoverageacrossgenomicfeaturesbedfile%filter(strand=="+")%>%mutate(end=start+1)#1000bpupanddownstreamregion_size%bed_slop(genome
热衷组培的二货潜·2023-10-18 22:10

基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus
菌小落·2023-10-18 18:07
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