illumina测序

【生信】全基因组测序（WGS）

【生信】全基因组测序（WGS）文章的文字/图片/代码部分/全部来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。
朝荣·2022-12-04 02:07

时序预测 | MATLAB实现LM线性机器学习模型时间序列预测（COVID19预测-病例预测）

要预测序列的未来时间步长的值，可以训练回归机器学习，其中响应是训练序列，其值移动了一个时间步长。也就是说，在输入序列的
机器学习之心·2022-12-01 10:12

通俗理解循环神经网络----深度学习小白入门随笔

jojozhangju/article/details/51982254前言循环神经网络（RecurrentNeuralNetworks，RNN），一类用于处理可变长度的序列数据的神经网络，其主要用途是处理和预测序列数据
weixin_41065383·2022-11-30 23:01

转录本counts，FPKM，TPM相互转化

RPKM的诞生是针对早期的SE测序，FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要
qq_27390023·2022-11-30 16:07

单细胞RNA测序揭示小鼠肺纤维化中注射的ADSCs与肺源细胞的相互作用

用流式细胞术成功地回收气管内注射的ADSCs，并与肺源细胞一起进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）。ADSC治疗显著改变了肺细胞，尤其是巨噬细胞的转录组特征和组成。
yingyonghui·2022-11-30 09:34

GEO数据库学习一(简介 数据下载 芯片知识)

GEO数据库简介2.从GEO数据库下载数据2.1使用GEOquery包从GEO数据库下载数据2.2了解下载函数返回的对象2.3ExpressionSet对象简单讲解3.芯片基础知识3.1基础介绍3.2illumina
你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:32

基因组重测序全流程(简易版)

已知达松维尔拟诺卡氏菌亚种是会导致人类放线菌瘤的环境生物，该样本是来自Keddieii血根杆菌DSM10542的通用样品，旨通过基因组重测序探索其和参考基因组有何不同，找出基因组变异信息。
你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:02

python做马尔科夫模型预测法_python 日常笔记 hmmlearn 隐性马尔科夫模型案例分析...

大家可以参考这篇简书python实现关于HMM有两个主要问题：已知上述三个参数，和当前观测序列，求解隐藏状态的变化所有参数未知，只有数据，如何获得三个参数需要使用hmmlearn包导入需要的库importrandomimportdatetime
weixin_39723899·2022-11-29 20:00

16s扩增子测序分析及解读报告的制作

我目前通过自学懂得了利用qiime2做出了多样性分析和注释，但是看各大生物公司的16s解读报告上有的东西实在不知道怎么做出来，求问：各路大神有没有16s全套生信分析的教程？希望向各路大神学习学习！！！
生信小白到大神·2022-11-29 07:37

Nature Plants|植物基因组测序20年回顾与展望：三代HiFi基因组时代

“Representationandparticipationacross20yearsofplantgenomesequencing”综述，系统阐述了在过去的20年间，对陆地植物基因组学组装质量、已测序物种的分类和地理分布的评估
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:26

扩增子分析全面升级！加量不加价，数据更多新玩法

基于markergene的扩增子测序可以反映系统中的微生物多样性的组成。常见Markergene包括细菌16SrRNA，真菌ITS和18S，功能基因包括AOA、AOB、nirK、nifH、McrA等。
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:55

10x单细胞分析流程

参考：单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记_橙子榴莲巧克力的博客-CSDN博客_seurat单细胞测序#下载Seurat官网给的pbmc数据，解压tar.gz文件后生成三个文件，包括features
wuxintang123·2022-11-28 20:49

Reticulate | 如何在Rstudio中优雅地调用Python！？

1写在前面最近遇到一个大名鼎鼎的包叫Scanpy，用于单细胞测序的分析，不过需要在Python中运行。于是，我就研究了一下如何在Rstudio中调用这个神包。
生信卷·2022-11-28 20:46

单细胞测序数据整合

一、单细胞测序数据整合的原理单细胞测序数据的整合，有点类似于基因组的拼接和比对过程。
FF在努力·2022-11-28 20:45

单细胞测序数据分析——细胞通讯 CellChat

一、CellChat介绍特别好的文章：CellChat细胞通讯分析（上）--文献解读-知乎(zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/525115168CellChat细胞通讯分析（中）--实操代码（单个样本）-知乎(zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/525365897基本流程：cellchat的导入的数据分为两个部分
FF在努力·2022-11-28 20:45

单细胞测序数据分析-seurat使用（自学整理版）

一、数据准备10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析，分别是barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx，文件barcodes.tsv和genes.tsv，就是表达矩阵的行名和列名就会发现，matrix.mtx文件里面的33694、2049、1878957数值，分别是细胞数量，基因数量，以及有表达量的值的数量。下游处理的时候，一定要保证这3个文件同时
FF在努力·2022-11-28 20:44

【推荐算法论文阅读】BERT4Rec: Sequential Recommendation with Bidirectional Encoder Representations from Trans

为了避免信息泄露，高效的训练双向模型，我们采用Cloze目标来进行顺序推荐，预测序列中的随机mask项，通过对其上下文
CC‘s World·2022-11-28 13:07

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq实验

目录第五课RNAseq样品提取与处理第六课RNAseq建库测序第7课链特异性文库第五课RNAseq样品提取与处理RNA-Seq实验流程总RNA提取样品检测(主要检测样品是否合格,是否发生降解等)样品要求合格的样品
Drone_xjw·2022-11-28 04:04

StatQuest学习笔记23——RNA-seq简介

StatQuest系列教程的58到62节是协录组测序的内容。RNA-seq研究的是什么我们先来看一个案例，在下面的这个案例中，蓝色的细胞是一群正常的神经细胞，红色的细胞是一群突变的神经细胞。
wangchuang2017·2022-11-28 04:01

RNA-seq 详细教程：分析流程介绍（1）

在本教程中，将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中，所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。RNA-seqworkflow2.RNA提取与文库制备在对RNA进行测序前，必须从
冷冻工厂·2022-11-28 04:00

基因组 组装教程 (T2T)

简介[1]随着物种基因组研究的不断发展，测序技术的不断提升，物种基因组的连续性和完整性也都得到大幅提升。
冷冻工厂·2022-11-28 04:00

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2022-11-28 04:28

转录组RNA-seq分析前沿进展综述

RNA测序（RNA-seq）已经成为分析基因差异表达和mRNAs差异剪接不可或缺的工具。随着下一代测序技术的发展，RNA-seq也在发展。
生物数据处理小白·2022-11-28 04:57

RNA-seq中的生物学重复

增强结果可靠性：测序的样本数越多，越能够降低背景差异。检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过计算样本间的相关性可以发现异常样本，将其排除。
bannerDr·2022-11-28 04:57

RNA-seq 详细教程：实验设计（2）

学习目标了解设置重复对于RNA-seq分析的重要性了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系了解如何设计RNA-seq实验，以避免批次效应1.注意事项了解RNA提取和RNA-seq文库制备实验过程中的步骤
冷冻工厂·2022-11-28 04:55

基于机器学习的量化投资策略

背景tushareID=399224机器学习已经广泛地应用在数据挖掘、计算机视觉、生物特征识别、证券市场分析和DNA序列测序等领域。机器学习算法可以分为有监督学习，无监督学习，强化学习3种类型。
superhake·2022-11-27 21:31

一招解决Conda安装卡在solving environment这一步！

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2022-11-27 19:52

单细胞数据分布 ZINB的理解

单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation)。
Maria254·2022-11-27 03:09

手撸HMM实现词性标注（Part-of-speech）

Part-of-speech）1.环境准备2.使用HMM实现词性标注2.1句子开始和结束标记2.2问题2--HMM参数估计：统计词频计算概率（1）发射概率估计（2）转移概率估计（3）初始状态概率分布问题1--求解观测序列概率
咕叽咕叽小菜鸟·2022-11-27 03:05

著名结构生物科学家颜宁宣布辞去美国普林斯顿大学教职，回国出任深圳医学科学院创始院长所谓何？

细胞分析|分子图谱|IND生物识别|基因测序|膜蛋白前几天，著名的结构生物科学家颜宁宣布将辞去美国普林斯顿大学教职，回国出任深圳医学科学院创始院长的消息在网上刷屏，并迅速冲上了热搜第一。
高性能服务器·2022-11-26 17:37

生命科学领域下的“全球突破性十大技术”干货与分享

细胞分析|分子图谱|IND生物识别|基因测序|AlphaFold在细胞分析、视觉识别、生物识别、基因测序、IND、AlphaFold快速发展的大背景下，各项造福于人类的新兴技术开始展现。
高性能服务器·2022-11-26 17:07

2022-08-20 | 全基因组重测序揭示东亚驯化牛的全球祖先和适应性渗入事件

●英文题目《Whole-genomeresequencingrevealsworld-wideancestryandadaptiveintrogressioneventsofdomesticatedcattleinEastAsia》●期刊：NatureCommunications●影响因子：2022_IF=17.694；中科大类:综合性期刊1区;中科小类:综合性期刊1区;JCR分区:Q1●发文单位
千万别加香菜·2022-11-26 15:23

10X单细胞测序分析软件:Cell ranger，从拆库到定量

大型测序工厂的螺丝钉，统计草原上的游牧者。
生信宝典·2022-11-26 13:41

收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-11-26 13:41

matlab聚类热图,不用 R 语言，学会这两招，科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制...

想必大家对聚类热图Heatmap并不陌生，聚类热图是我们展示基因芯片或测序结果比较常用的方式，可以直观地反映样品间的相似程度。
weixin_39833469·2022-11-26 13:23

R语言pheatmap包绘制热图

废话不多说，我们先导入数据和R包library(pheatmap)bc<-read.csv("E:/r/test/heatmap.csv",sep=',',header=TRUE)这是一个西红柿的RNA测序数据
天桥下的卖艺者·2022-11-26 13:49

如何成为0级生物信息学者

如何成为0级生物信息学者2014-12-116:29|发布者:小小测序君|查看:182|评论:0|来自:科学网摘要:昨天到广州参加广东省高性能计算学会2014年会暨第三届基于高性能计算的生物医药应用研讨会及
海骆驼·2022-11-26 03:33

【机器学习】根据特征预测序列-2022李宏毅作业HW1

记录一个pytorch训练机器学习模型的代码，代码内容包括：数据库建立、数据预处理、特征分析与提取、神经模型定义、模型训练与验证、模型拟合结果输出等部分，模拟效果见下图。目录一、数据介绍二、构建数据库与数据预处理三、模型定义四、模型训练与验证五、模型结果输出六、完整代码七、部分运行结果展示八、参考资料一、数据介绍数据长度为116列2699行，记录了美国各州与新冠相关的一些特征。前一部分为各州编码，
汉语言文学23A·2022-11-26 00:56

单细胞测序原理10X UMI Barcode

什么是单细胞测序单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的transcriptionalprofiling。
hs6605015·2022-11-25 15:06

从Cell学单细胞转录组分析(一):开端

单细胞测序的发展时至今日，已经非常成熟了，无论是细胞的捕获、还是建库、后期数据分析等都趋于完善。
TS的美梦·2022-11-25 13:05

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

（二）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得-限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC得到单细胞RNA-seq测序数据后
生信宝典·2022-11-25 13:33

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）

关于课程采用高通量测序技术获取单细胞水平的
生信宝典·2022-11-25 13:32

单细胞测序系列之三：单细胞转录组测序

个人博客：https://www.horosama.com同步发布相关文章链接：单细胞测序系列之一：测序技术的发展单细胞测序系列之二：单细胞基因组测序文章目录1.单细胞转录组学的发展历程2.单细胞转录组学测序技术介绍
萌萌哒赫萝·2022-11-25 13:32

芯片、二代测序的差别及GEO数据库界面

一、GEO基本界面GEO主要的四类数据：1、GEODataset(GDS)：人工整理的某个类别的GSM集合2、★GEOSeries(GSE)：所有样本的实验数据集合3、GEOSample(GSM)：样本的实验数据4、GEOPlatform(GPL)：GPL是芯片的平台，如Affmetrix,Aglent等一篇文章可有多个GSE数据集，一个GSE可有多个GSM样本；多个GSM可根据研究目的整合为一个
医道无名·2022-11-25 01:54

FASTQ文件质控

：(1)去除含接头的reads；(2)过滤去除低质量值数据，确保数据质量；(3)去除含有N（无法确定碱基信息）的比例大于5%的reads；同时我们也可以主要排除是否核糖体RNA过多,获得我们读长的信息测序得到的原始序列含有接头序列或低质量序列
yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

单细胞测序的入门操作

（一）数据读入在GEO数据库中下载数据，分别有三种文件1.barcodes条形码，这是drop-seq进行细胞标记，每一个细胞都有自己的barcode2.features里面包含了基因的特征，ensembleid以及与之相对应的symleid3.matrix里每个细胞基因所对应的count数library(SingleR)library(dplyr)library(Seurat)library(p
yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:15

使用北鲲云在AWS上运行基因分析HPC任务

生物信息学产生和迅猛发展的主要推动力来自于新一代测序等高通量技术在生命科学领域越来越广泛的应用。
北鲲云_beikun·2022-11-24 19:09

二代测序技术之illumina测序技术原理简介

现今的生信领域几乎就是和无数的序列打交道，而这些序列的来源就是如今风靡的高通量测序技术，现今的测序不论是测RNA、DNA、miRNA还是ChIP-Seq等等，都是基于NGS(二代测序，next-generationsequencing
你大佬来啦·2022-11-24 09:37

测序平台和测序技术是怎么对应的？

测序平台和测序技术是怎么对应的？可能问了个非常基础甚至有点蠢的问题。真的没有搞懂平台和技术名字的对应关系。首先，平台其实就是机器名字，而技术是指代不同原理吗？
wangchuang2017·2022-11-24 05:12

生信分析是个什么玩意儿？

生信小白：老板最近说，要搞搞高大上的全基因组测序，让我去做测序数据分析，可我都不懂哇...生信猿：这不就是生物信息分析嘛，搭建集群，搭建流程，跑跑数据...生信小白：听说你有一个朋友很厉害，可以让他教教我吗
wangchuang2017·2022-11-24 05:41
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