linux+基因组字符替换第12页

BUSCO 做基因组评价

BenchmarkingUniversalSingle-CopyOrthologs(BUSCO)是用于评估基因组组装和注释的完整性的工具。

Bioinfor生信云·2023-12-01 16:18

使用三代 Hifi Reads 进行基因组 Gap Filling...

简单找了一些链接https://academic.oup.com/gigascience/article/9/9/giaa094/5902284https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.08.483466v1.full.pdfhttps://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/11769343209138

生信石头·2023-12-01 15:47

2020-07-31

经过科学家近二十年的努力，人类染色体基因组序列迄今为止是最准确和完整的脊椎动物基因组序列，但仍有数百个未知的空白或缺失的DNA序列。

TOM_5462·2023-12-01 14:25

EasyMicrobiome-易扩增子、易宏基因组等分析流程依赖常用软件、脚本文件和数据库注释文件

小果运维·2023-12-01 14:17

dbCAN碳水化合物酶基因数据库及run_dbCAN4工具安装配置及使用

dbCAN（碳水化合物酶基因数据库）是一个专门用于在基因组中预测碳水化合物酶基因的在线工具。

小果运维·2023-12-01 14:46

SMC++进行有效种群分析

CSDN博主「生信菜鸟1号」的原创文章，原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45694863/article/details/126801831SMC++是一个用于从全基因组序列数据中估计种群大小历史的程序

Making·2023-12-01 13:36

基于html 和javascript搭建基因组浏览器 ---Jbrowse（附代码，并说清楚踩坑之处）

由于自己的项目缺少一部分可以展示的基因组浏览器，看到很多网站都用了jbrowse这个浏览器，所以我也跟着学习了一下，并放在了自己的项目里。下面说下学习方法：！！！

佛系盼毕业·2023-12-01 11:25

JBrowse基因组浏览器1-安装步骤

JBrowse基因组浏览器1-安装步骤某些工具安装nodenpm安装nignx配置jbrowse某些工具sudoyumgroupinstall"DevelopmentTools"sudoyuminstallzlib-develperl-ExtUtils-MakeMaker

yanyanxiaobaobei·2023-12-01 11:24

JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除

JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除初始化导入FASTA文件的导入删除GFF的导入和删除以下是通过学习官方文档，然后总结出的初始化导入1.导入FASTA文件bin/prepare-refseqs.pl

yanyanxiaobaobei·2023-12-01 11:54

基因组浏览器使用 (EPGG)

基因组浏览器是高通量测序分析的一个重要的可视化工具。

生信宝典·2023-12-01 11:53

基因组浏览器Jbrowse2使用和配置，支持多种格式的基因组文件

基因组浏览器Jbrowse2使用和配置，支持多种格式的基因组文件1.准备工作2.部署项目3.启动项目4.配置本地基因组信息4.删除配置5.配置默认展示本文严禁转载！如需转载请注明来源！

Opticalproperti·2023-12-01 11:19

jbrowse基因组浏览器部署

1ca文件处理samtools工具安装wgethttps://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2tar-jxvfsamtools-1.9.tar.bz2cdsamtools-1.9/./configure--prefix=/usr/local/samtoolssamtoolsfaidxzdd

运维之美@·2023-12-01 10:16

植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？

期刊《Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候

felix108·2023-12-01 07:01

72. 编辑距离

你可以对一个单词进行如下三种操作：插入一个字符删除一个字符替换一个字符示例1：输入：word1="horse",word2="ros"输出：3解释：horse->rorse(将'h'替换为'r')rorse

Coding+_+·2023-12-01 04:02

基因结构注释（4）：整合预测结果

参考链接如何对基因组进行注释从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集了大量证据，下一步就是通过这些证据定义出更加可靠的基因结构，这一步可以通过人工排查，也可以使用EVidenceModeler

周小钊·2023-12-01 03:57

C语言两个文本相似度的算法,两个文本相似度算法实现和对比

许可的编辑操作包括将一个字符替换成另一个字符，插入一个字符，删除一个字符。这个概念是由俄罗斯科学家V

Bearseason·2023-11-30 21:11

2019-11-15 同构字符串

所有出现的字符都必须用另一个字符替换，同时保留字符的顺序。两个字符不能映射到同一个字符上，但字符可以映射自己本身。

Antrn·2023-11-30 18:42

以后谁可能用上人造器官

例如，在双胎妊娠中，一个胎儿偶尔会把另一个“吸收”掉，最后出生的个体是由具有不同基因组的细胞组成的。2019年，一次法医科

凯dich·2023-11-30 16:23

生信log18|一个上传基因组到NCBI的图文详细教程

开篇废话一下：>这篇日志分享的实际上是我总结了NCBI基因组上传流程并分享给组内同学参考的PPT教程，当然我们PPT上面还有16SrRNA基因的上传教程，因为是师兄做的，此处不作分享，仅分享基因组上传的部分

周芷希Hazel·2023-11-30 14:24

【现学现卖】宏基因组数据与深度学习

一些研究中，测序样品很多是采集于环境或者寄主的某个组织，包含多种微生物的基因组，又称为宏基因组。

乔伊nikkie·2023-11-30 13:34

甲基化-全基因组甲基化测序WGBS & RRBS

回顾表观基因组中5mC(DNA甲基化)概述：在甲基转移酶的作用下，DNA序列中的胞嘧啶(C)5`碳位结合一个甲基基团形成5`-甲基胞嘧啶的现象。

b2ad98a9e7bd·2023-11-30 08:43

基因组学（课程笔记）第十章-表观基因组学

内容提纲内容提纲表观基因组学（Epigenomics）定义：在核苷酸序列不发生改变的情况下，研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科研究内容：1）化学修饰：DNA、RNA

懒猪曼达·2023-11-30 05:48

基因组与群体进化，解析物种进化历程-05

案例八研究背景穿山甲(pangolin)是鳞甲目穿山甲科物种的统称。由于穿山甲肉常被作为奢侈消费品，穿山甲甲片长期作为传统中药材等原因，使穿山甲成为“世界上偷猎和贩卖最严重的哺乳动物”，其非法贸易占野生动物非法跨国贸易总数的20%，导致穿山甲濒临灭绝。所有现存的8种穿山甲均被列为CITES附录I物种。但是，环境因素和人类活动究竟是如何导致其急剧缩减以及这种急剧缩减对遗传水平上带来的后果和其生存潜力

百迈客生物·2023-11-30 01:00

学习小组Day7笔记--阿星

学习小组Day7测序和组学思维导图.png测序和组学1.测序重点关注三代测序的原理和优缺点2.组学初步了解基因组学和转录组学的意义和应用场景3.七天总结这七天用最快的方法入门和学习了生信的核心内容。

阿星爱小羊·2023-11-29 23:51

Racon三代数据纠错2021-01-19

使用minimap2将三代数据比对到基因组，再使用racon纠错。做3次。一、软件安装minimap2安装：直接github上下载make安装。

candel·2023-11-29 19:42

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）目录零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）1.之前章节结果的查看1.构建参考基因组索引2.序列比对3.压缩和排序XXX.sam文件4.构建bam文件的索引（

呆猪儿·2023-11-29 18:50

2020转录组RNA-SEQ上游分析

qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组

super_qun·2023-11-29 18:20

不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程

下边上干货.1.分析流程：2.分析步骤2.1数据预处理，质控过程，与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的：将预处理后reads进行拼接，得到拼接结果。原理：应用deBruijngraphpath算法对reads进行denovo拼接；对上一步的拼接结果，再用HamiltonPath算法拼接。结果：UniGene序列，UniGene统计信息，序列长度分布图2.3数据库注释目的：对拼接得到

师敬超·2023-11-29 18:49

C语言基因序列比对,转录组入门（5）：序列比对

顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从

Valkla·2023-11-29 18:49

Cufflinks --转录组组装有参考基因组

一.简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二.安装Cufflinks下载网页。1.为了安装Cufflinks，必须有BoostC++libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。$tarjxvfboost_1_53_0.tar.bz2

g863402758·2023-11-29 18:45

转录组学习第5弹-比对参考基因组

比对参考基因组在构建文库的过程中需要将DNA片段化，因此测序得到的序列只是基因组的部分序列。

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

人工智能与我们的生活

医疗影像分析、基因组学研究等都受益于人工智能技术，为医学领域带来了突破性的进展。b.金融领域在金融领域，人工智能被广泛应用于风险管理、投资策略、反欺诈等方面。

qing_ti_xx·2023-11-29 18:04

2021-01-04根据SNP验证自然选择—XPEHH分析

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw背景选择清除分析是常用于鉴定群体基因组水平受选择区域的一种方法，其背后的理论是：在受选择群体中，会出现有利等位基因的频率快速上升

麦冬花儿·2023-11-29 17:22

61.《Bioinformatics Data Skills》之SAM文件格式(1)

我们已经知道BED与GTF文件用于存储基因组区域与基因组特征注释信息。

DataScience·2023-11-29 06:36

皮尔逊相关系数php,生信分析网站（相关性分析）

ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库)，很重要；Kaplan-MeierPlotter从临床意义的角度阐明其重要性；cBio-portal数据库做基因组学的分析

weixin_39599097·2023-11-29 03:02

探针寻找之旅（5）——拆分长探针到短探针的 python脚本

故事起源，我们想知道35bp序列中有几个15bp的片段，用这些15bp的片段比对到基因组，并统计情况。因此想要写一个python脚本实现由35bp的序列文件生成所有可能包含的的15bp片段序列。

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-11-29 03:10

2021-09-09

Nature|从体细胞突变推断胚胎克隆动力学原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=49.963推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：探索了334个单细胞集落的全基因组，并针对379

图灵基因·2023-11-29 03:29

多组学结合基因组来增加基因组预测（GP）的准确性

最近参加了EAAP会议，听了OleF.Christensen报告了将多组学数据加入到GP中的报告。image.png其测试的结果是：微生物组(https://doi.org/10.3168/jds.2022-22948)没有帮助提高GS和GP的准确性；但是代谢组也没有提高GS的准确性，但是提高了GP的准确性。代谢组整合到GP的文章最近发表在了GSE上，现在整理出，让我们使用其他组学进行测试和借鉴。

Hello育种·2023-11-29 01:21

【报告笔记】基因组组装的最后挑战-T2T

长读长组装发展2012：三代组装、二代校正；耗资源，适合小基因组，如细菌，4-15%错误率2013：三代组装、三代校正；仍然只适用小的2014：华夏一号（中国人三代参考基因组）2016：Falcon/Falcon-Unzip

生物信息与育种·2023-11-29 01:57

linux系统配置sftp服务器,linux配置sftp服务器配置

linux配置sftp服务器配置内容精选换一换简要介绍miRanda是一种用于寻找microRNA基因组靶标的算法。该算法已用C语言编写，可以作为GPL下的开源方法使用。

foolcage·2023-11-28 20:08

2021-12-14

NatRev|基因组学中应用机器学习可能遇到的陷阱原创huacishu图灵基因2021-12-1407:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=53.243推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：

图灵基因·2023-11-28 16:30

linux shell 字符替换命令

sed文本2.txt内容如下：1234511121abcabcc1.替换文本指定字符或字符串，不更改原文件将文本内容替换并输出，但不直接在原文档中修改:sed"s/旧字符串/新字符串/g"文档范例,将文本中的1替换为broot@heihei:/#sed"s/1/b/g"2.txtb2345bbb2babcabccroot@heihei:/#2.替换文本指定字符或字符串，不更改原文件，存储更改的内容

零时搞学习·2023-11-28 15:17

全基因组关联分析GWAS专题1——群体结构

一.GWAS与群体结构（1）群体遗传结构：群体水平大尺度遗传差异，亚群水平等位基因频率差异，不同祖先来源，个体间亲缘关系，家系等不同的群体结构。图1群体结构类型（2）群体结构对GWAS的影响：GWAS的研究对象包括自然群体、种质资源，半同胞家系，混合家系，MAGIC/NAM家系等。自然群体内性状变异和遗传变异丰富，群体内积累许多重组和突变信息，使用GWAS定位的分辨率大大提高；使用人工设计群体进行

felix108·2023-11-28 14:20

DNA 11. 识别肿瘤蛋白质三维结构上突变热点(HotSpot3D)

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你125篇原创内容-->公众号桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程

90066456ace6·2023-11-28 14:46

基因组组装练习

上GenomeAnnouncements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号；QQ图片20211108211549.pngimage.png从SRA

月时有青天·2023-11-28 05:54

文章被分享的感觉真的很不错

最近在写一些干货类的文章，关注基因组学和生信分析相关的。前几天刚申请的公众号，目前写了2篇了。

基因组学研究生·2023-11-28 02:20

基因家族分析（6）：基因家族顺势作用元件可视化

本文主要工作：对SBT基因家族的顺式作用元件进行可视化4.3顺式作用元件可视化顺式作用元件是位于基因组上的非编码序列，它一般位于基因序列的附近，主要作用是调控基因的表达。

逐鸿·2023-11-28 02:06

vim使用快捷键

Esc普通模式-》底行模式:普通模式下的操作：dd按行删除ndd（n为数字）删除n行yy按行复制nyy（n为数字）复制n行p粘贴dw删除单词x删除字符D删除光标后的数据u撤销操作ctrl+r反向撤销r字符替换

无聊星期三·2023-11-28 01:37

《谷物大脑》要点梳理

2、基因组的显著改变需要4万至7万年的时间，所以虽然我们不再被称呼为狩猎者和采集者，但我们的基因还是几万年前的模式。3、确实，现代人比我们的祖先活得长，但是这大部分归功于意外事故和儿童时期存活率

振涛_老鹰中尉·2023-11-27 23:47

1071 Speech Patterns （巧用字符流逃课）

我有一计，可以很方便地将单词分割出来：我们可以将除了数字与英文字母的所有其他字符替换成空格，并且将字符全换成小写，然后将处理后的字符串传入stringstream字符流中，这样就可以一个单词一个单词地读取了

呆鱼敲代码·2023-11-27 22:20

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