nrrd

影像组学学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算

importSimpleITKassitkimportnumpyasnp将文件读入程序中maskFilePath="C:/Users/RONG/Desktop/ROI_calculation/lung1_label.nrrd"reader

北欧森林·2024-01-15 16:45

nrrd转bmp格式代码

importosimportglobimportcodecsimportSimpleITKassitkfromPILimportImage#定义文件夹路径folder_path=r'C:\My_Dataset_\USplus\exing'#遍历所有子文件夹forroot,dirs,filesinos.walk(folder_path):forsubdir

猫的玖月·2023-11-22 00:03

Li‘s 影像组学视频学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算

importSimpleITKassitkimportnumpyasnp2、将文件读入程序中maskFilePath="C:/Users/RONG/Desktop/ROI_calculation/lung1_label.nrrd"reader

有Li·2023-10-12 19:12

three.js+vue浏览器端展示nrrd+vtk3D模型（截图功能+颜色功能）

前言前面做了vue+three.js展示nrrd+vtk3D模型-vue框架集成后，想给我们的项目加一些功能，因为目前考虑的只是展示，没有需求，所以做一些功能尝试添加，样式以及实现比较简单实现了点击进行截图下载和选择颜色修改

Best_卡卡·2023-09-28 17:25

医学影像中用python 将NRRD批量转换成NIFTI

用python将NRRD批量转换成NIFTI3Dslicer,MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。

Alexa2077·2023-08-25 17:11

影像组学特征提取 — 原始图像为dicom格式，mask图像为nrrd格式

原始图像为dicom格式，mask图像为nrrd格式1.读取dicom和nrrd2.设置logger和setting3.初始化特征提取器，设置图像空间和特征类型4.特征提取和保存显示单个subject影像组学特征提取

要奋斗的人儿~·2023-04-05 15:58

Python DCM转NRRD及NRRD转NII

使用radiomics等库对病理信息进行分析时，可能需要用到NRRD格式的原文件与NII格式的MASK掩膜文件，所以还需要掌握DCM转NRRD以及NRRD转NII的方法DCM转NRRD可参考这位博主的博客

渺邈·2023-02-01 13:45

vue+three.js展示nrrd+vtk3D模型-vue框架集成(下)

nrrd3D模型文件、vtk3D模型文件vue如何使用话不多说，直接上图小白的坎坷路程网上资源视频关于nrrd模型和vtk模型是真的少，公司都没有接触过这方面，职场小白，累死了要。

Best_卡卡·2023-01-13 13:58

vue+three.js展示nrrd+vtk3D模型-html展示(上)

nrrd3D模型文件、vtk3D模型文件静态html页面显示浏览器端展示话不多说先上图上代码医疗影像数据预处理-nrrd-three.jswebgl-loaders-NRRDloader#inset{width

Best_卡卡·2023-01-13 13:27

求助-影像组学 for循环连续提取影像受阻

本人正在学习影像组学forminlist_1:imgname='C:/Users/swift/image2/fortest'+str(m)+'.nrrd'maskname='C:/Users/swift

yy0083yy·2023-01-09 03:47

【Python影像组学】医疗图像格式转换—nrrd格式转为png格式

pipinstallnumpypipinstallpynrrdpipinstallopencv-pythonpipinstallopencv-contrib-pythonimportnumpyasnpimportnrrdimportosimportcv2#nrrd_filename

cxxx_1·2022-12-29 23:22

医疗影像分割

介绍内容：医学影像常用图像格式：（1）DICOM（2）MHD/RAW（3）NRRD1.1U-Net的架构U-Net的U形结构如下图所示。网络是一个经典的全卷积网络（即网络中没有全连接操作）。

HammerHe·2022-12-28 17:44

Python JPG转DCM,DCM转JPG,DCM转NRRD,NRRD转NII

PythonDCM转JPG转NRRD转NII方法本文将介绍以下文件格式间的转换DCM→JPGJPG→DCMDCM→NRRDNRRD→NIIDCM文件是一种医学影像文件，除了文件信息，还包含影像数据，即图像信息

渺邈·2022-12-27 20:46

可视化分割体积seg.nrrd（切片为例）

目录步骤拓展：CT值/HU值步骤不能直接可视化的原因：seg.nrrd保存的是标签类别值，如下图标签类别值是[1,6]，没有标记的部分值为01.将seg.nrrd保存为nrrd格式，并读取2.将数组*int

luemeon·2022-12-20 15:42

ITK对应python中SimpleITK库的常用函数举例

importSimpleITKassitk1、sitk.Cast(sitk.ReadImage(),sitk.sitkFloat32)图像转换数据类型2、sitk.ReadImage(图像路径）读取图像，如.mhd.nii.nrrd

jancis·2022-12-16 07:14

Python中SimpleITK库的常用函数

在医学图像上经常使用的一个Python库SimpleITK，下面介绍其常用的函数:importSimpleITKassitk#1.读取图像，如.mhd.nii.nrrd等sitk.ReadImage(图像路径

Joker 007·2022-12-16 07:11

3D-Resnet-50 医学图像分类（二分类任务）torch代码（精简版）-图像格式为NIFTI

.\3.nrrd0E:\...\4.nrrdE:\...\4.nrrd1训练代码importtorchfromtorchi

dr_yingli·2022-12-14 23:29

3D-Resnet-50 医学图像分类（二分类任务，需要mask）训练代码-图像格式为nrrd（附带验证代码）

.\3.nrrd0E:\...\4.nrrdE:\...\4.nrrd1训练代码importtorchfromtorchimportnnimportosimportnumpyasnpfromtorch.utils.dataimportDatasetfromscipyimportndimagefromtorchimportoptimfrom

dr_yingli·2022-12-14 23:54

nnUNet框架小结（CUDA9.0+torch1.1\使用nrrd数据集）

nnUNet框架小结（CUDA9.0+torch1.1\使用nrrd数据集）nnUNet框架效果很好，依靠一些技巧，将分割任务进行了大统一，并在很多任务上得到了非常好的成绩。

苏东坡哦哦·2022-12-12 22:32

使用Pyradiomics提取图像影像组学特征

使用Pyradiomics（Python）提取图像（.nrrd）影像组学特征一、首先要安装Python和Pyradiomics需要注意的的是Pyradiomics需要C++支持，MicrosoftC++

dr_yingli·2022-12-08 16:52

3DSlicer入门操作教程

目录简介用户界面数据探针应用程序菜单工具栏状态栏查看加载的数据选择显示的数据与视图交互查看交叉引用鼠标模式3D视图切片视图数据格式DICOM格式NIFTI格式DICOM和NIFTI的区别Nrrd格式.mhd

luemeon·2022-12-06 23:20

医学图像——数据读取和预处理（含代码）

目录3D图像读取与存储1、ITK-SNAP软件2、python包读取（1）nii数据——SimpleITK（2）nrrd数据3、数据存储——h5py图形预处理1、归一化处理2、裁剪、旋转、翻转3D图像读取与存储

阿里云小仙女·2022-12-01 05:34

python医学图像读取,医学图像——数据读取和预处理

医学图像——数据读取和预处理医学图像——数据读取和预处理目录3D图像读取1、ITK-SNAP软件2、python包读取(1)nii数据——SimpleITK(2)nrrd数据图形预处理1、归一化处理2、

苹果秋律师·2022-11-30 10:01

python3环境下“No module named nibabel”的解决办法

目录一、问题二、根本原因三、解决办法一、问题目前，尝试着通过python读取医学三维图像nrrd格式，运行代码，出现的错误如下importnibabelasnibModuleNotFoundError:

Expected future·2022-11-26 03:59

医学影像中用 python 读取 nrrd 文件，nrrd转nii，以及遇到的一些问题和解决方法

遇到的问题：TypeError:Cannothandlethisdatatype:(1,1,237),nrrd文件：用python读取nrrd文件一般使用

Admiral~·2022-11-25 18:03

8月26日计算机视觉理论学习笔记——医疗影像分割

文章目录前言一、影像存储方式1、DICOM医学数字成像和通信标准2、MHD/RAW3、NRRD二、医学影像任务三、改进的U-NET1、目标函数-Dice系数2、U-NET未能解决的一些问题四、3DU-NET

Ashen_0nee·2022-11-25 16:39

python中一些算法总结

copy2\vessel-rebuild-auto\BOX\utils\connect_domain.py实现包：SimpleITK#膨胀importSimpleITKassitkdefdilate(nrrd_data

挨打且不服66·2022-11-22 19:14

Python JPG文件或DCM文件Mask掩膜ROI手动圈画轮廓

关于DCM文件如何转化为JPG文件，请参考此博客：PythonDCM转JPG转NRRD转NII方法将DCM转JPG需用

渺邈·2022-11-21 17:00

系统问题解决

dcm图片到nrrd的格式转换（二维到三维）dcm：DICOM（DigitalImagingandCommunicationsinMedicine）即医学数字成像和通信，是医学图像和相关信息的国际标准（

tensorflow222·2022-11-19 03:04

python读取nrrd数据并显示

1.python中opencv读取的彩色图片默认三通道[，维度为w,h,c]，类型uint8；读取的灰度图默认单通道，维度为[w,h]，类型uint8.2.nrrd数据使用python库nrrd读取，得到

TensorFlowBoys·2022-11-19 03:01

dcm图片到nrrd的格式转换（二维到三维）

调用sitk库的writeImage成为nrrd文件importSimpleITKassitkimportos#直接用hndata里的ct图像dcm变成nrrddefdcmtonrrd(pp,cpa,nb

just-run·2022-11-19 03:56

nrrd格式的读取

1.NRRD文件NRRD文件介绍官网http://teem.sourceforge.net/nrrd/format.html灵活的NRRD格式包含了一个单独的头文件和若干个可以被结合在一起或者分开的图像文件

蔷薇hhh·2022-11-19 03:19

NII文件和nrrd文件的随意转换

importosfromglobimportglobimportnumpyasnpimportvtkdefreadnrrd(filename):"""Readimageinnrrdformat."""reader=vtk.vtkNrrdReader()reader.SetFileName(filename)reader.Update()info=reader.GetInformation()ret

Mario cai·2022-11-19 03:19

Python医学图像处理：理论学习和nii图像预处理

学习目录医疗图像像素深度光度学解释元数据像素数据医疗图像格式DICOM格式NIFTI格式NRRD格式MINC格式格式转换nii文件预处理SimpleITKMatplotlibPlt.imshow()与plt.show

小连吃柠檬·2022-05-10 08:07

【影像组学pyradiomics教程】(二) 简单的使用-调用类方法

/brain1_image.nrrd"lab=".

loving灬漠然丶·2020-12-09 17:46

3DSlicer将.seg.nrrd文件导出为.obj文件

具体来说首先是读取自带的CTA-cardio.nrrd文件，然后对其进行分割得到.seg.nrrd文件，最后是导出obj文件。

weixin_44587573·2020-09-12 14:06

Radiomics组学分析初始化

/'ori_name='brain1_image.nrrd'lab_name='brain1_label.nrrd'para_name='default.yaml'#文件全部路径ori_path=main_path

qq_37172182·2020-08-17 14:15

ITK阈值分割nrrd图像

#include"itkImage.h"#include"itkImageFileReader.h"#include"itkImageFileWriter.h"#include"itkNrrdImageIOFactory.h"#include"itkThresholdImageFilter.h"#include"itkImageToVTKImageFilter.h"#include"vtkSmar

csdn_1HAO·2020-08-05 16:36

3Dslicer学（在slicer中编程）

**加载一个MRI数据，名字是name，格式是nrrd。4.在控制

Monologue_thl·2020-07-30 08:27

疗效预测中的影像组学特征提取

介绍最近一直在做关于肿瘤的放疗疗效预测相关的工作，遇到了一些问题主要是关于影像组学特征提取相关的问题，在这里做一个总结，主要是关于基于python提取影像组学特征：需要的module：主要需要的是SimpleITK，NRRD

为什么四川人喜欢日李先人·2020-07-09 22:45

https 证书配置

spm=a2c4g.11186623.4.2.6ba76e7b4nrrD9nginx+tomcat配置https的两种

jiezzy·2019-06-19 14:59

【SimpleITK教程】SimpleITK读取Dicom序列

医学图像数据常用的格式为dcm或者nrrd。

JianJuly·2018-07-26 09:02

影像组学学习之路 pyradiomics 使用示例

测试用的图片：pyradiomics\data\brain1_image.nrrd和pyradiomics\data\brain1_label.nrrd’测试用的配置文件：pyradiomics\examples

北海尚易·2018-07-16 14:04

【影像组学pyradiomics教程】（二） pyradiomics 使用示例