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qpcr
RNAseq终极篇章
qPCR
RNAseq对于生信达人来说已经烂熟了,但是相信好多人分析做好了,最后验证却验证不出来,愁的不行!呵呵,今天好了,小编给你一弹,做好验证工作的基本功-荧光定量PCR介绍。一、实时荧光定量PCR简介聚合酶链式反应(PCR)是分子生物学领域功能最强大的技术之一,在实时荧光定量PCR中,每次循环结束后通过荧光染料检测DNA的量,荧光染料产生的荧光信号与生成的PCR产物分子(扩增片段)数直接成正比。利用反
天道昭然
·
2024-02-04 23:47
LUC项目文章|14-3-3蛋白BdGF14a增加了BdbZIP62的转录调控活性,从而在烟草中赋予了抗旱和抗盐能力
中,我们介绍了几种验证转录因子与靶基因启动子互作的方法:ChIP-
qPCR
、双荧光素酶报告实验(LUC)、酵母单杂交(Y1H)点对点验证和凝胶阻滞实验EMSA。
爱基百客
·
2024-02-02 15:16
客户文章
转录因子
学习
【现学现卖】实时荧光定量PCR——
qPCR
今天说一说
qPCR
。1
qPCR
简介之前写过一篇文章笼统地介绍过PCR(【现学现卖】实验-PCR),多数是定性PCR,感兴趣的话可以看看。这里先捋一下相关PCR的缩写吧。
乔伊nikkie
·
2024-01-27 15:38
【现学现卖】实时荧光定量PCR——
qPCR
(2)
昨天写了篇关于
qPCR
的推送【现学现卖】实时荧光定量PCR——
qPCR
,主要是简单介绍以及
qPCR
的相对定量实验,今天再说说
qPCR
绝对定量。
乔伊nikkie
·
2024-01-08 10:02
点成分享丨
qPCR
仪的原理与使用——以Novacyt产品为例
作为世界领先的制造商之一,Novacyt公司为来自全球多个国家和行业的用户提供了优质的
qPCR
仪。
点成生物科技
·
2023-12-30 19:45
生命科学
技术文章
生物科技
qPCR
qPCR仪
RT-PCR、
QPCR
、Real-time PCR、real-time RT-PCR你真的区分的开吗?
多少同学能将RT-PCR、Realtime-PCR、
QPCR
区分开?有多少同学还在犯晕?什么是RT-PCR?
喵喵456
·
2023-12-06 12:27
长文讲清荧光定量PCR(最新版)q-pcr rt-pcr
为讲透
qPCR
,我会持续更新本文,点关注追踪查看。
生信小博士
·
2023-11-25 15:03
人工智能
算法
pcr
qPCR
(荧光定量PCR)的Ct值
今天我们要说的问题,也是对
qPCR
的更高阶的认识。1、Ct值到底是不是YYDS?2、Ct值跟哪些因素有关?3、同样的模板,Ct值大试剂盒就差吗?要不要换试剂盒?还是从这个盗版来的图说起。
生信小博士
·
2023-11-25 15:02
pcr
qRT-PCR相对定量计算详解
qPCR
相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t
做完转录组分析之后,一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。荧光定量PCR是一种相对表达定量的方法,他的计算方法有很多,常用的相对定量数据分析方法有双标曲线法,ΔCt法,2^-ΔΔCt法(Livak法),用参照基因的ΔCt法和Pfaffl法。这里主要讲解常用的2^-ΔΔCt法(Livak法)如何计算;qRT-PCR原理:以基因的cDNA为模板进行PCR扩增,在PCR扩增过
生信小博士
·
2023-11-25 15:01
算法
R语言绘制配对样品箱线图
随后,通过
qPCR
或RNA-seq等方法定量基因表达后,以箱线图呈现特定基因在肿瘤组织和正常组织中的整体表达水平,并在箱线图中以
纪伟讲测序
·
2023-11-20 20:40
【经验分享】NCBI设计引物——最详细说明及教程!!!适合0基础~
引物设计参数红色的表示需要改绿色的表示不需要改箭头表示普通PCR接下来,我们需要简单地为引物设计设定一些参数1.输入目的模板:2.引物位置和产物大小(
qPCR
可以设置跨越两端的外显子的长度,PCR也可以控制左右引物位置
码农耕地人~go
·
2023-11-17 12:50
经验分享
学习
引物设计
引物设计——
QPCR
一、序列查找参考汉恒生物技术文档常用数据库NCBI-GeneBankNucleotideGeneNCBI不多做介绍。
谢某丶
·
2023-10-25 02:55
新冠疫情下病毒采样原料,Medbio时刻准备着!
小编带你涨知识核酸检测(PT-
qPCR
荧光法)是当前检测新型冠状病毒肺炎(CoronaVirusDisease2019,COVID-19),简称“新冠肺炎”的主要方法,试剂盒对于新冠肺炎的诊断、整个疫情防控起到至关重要的作用
MedBio活性分子化合物
·
2023-10-20 21:37
spss分析
qpcr
数据_qRT-PCR差异分析及P值计算
qRT-PCR是一种相对表达定量的方法,他的计算方法有很多,常用的相对定量数据分析方法是KJLivak(AppliedBiosystems)等人在2001年提出的“比较Ct法相对定量”,即:利用ΔCt值差异来推算基因表达差异(Ct目的基因–Ct内参基因=ΔCt),该方法的具体计算方法请参见文章:qRT-PCR相对定量计算详解。一般在相对定量的最终结果中,样本间的差异是以表达差异倍数(Foldcha
贺仙
·
2023-10-20 15:51
spss分析qpcr数据
spss分析
qpcr
数据_手把手教你使用 SPSS 分析实时荧光定量数据
大数据时代的到来,各领域都需要处理大量的信息。SPSS作为统计软件为高效的处理各种信息提供了便利。作为一名非专业分析数据的学生,我认为无需将某软件的前因后果刨根问底,只要掌握最基本的使用过程足以。掌握了使用步骤,如果想再深入了解,在返回来看一些课程理论介绍,个人认为会轻松许多。本文主要用SPSS软件分析实时荧光定量数据。(以本人数据为例,每个月份包括三个个体「生物学重复」,每个个体又有三个技术重复
宽客也
·
2023-10-20 15:51
spss分析qpcr数据
利用R语言做基因表达图RT-
qPCR
(一):数据的准备及整理
1、对数据进行整理。将Cq值按照下列格式,在excel中整理好,并将其另存为Cq.csv。注:NA,表示没有Cq值。2、计算基因的Cq的平均值及SDsetwd("D:/R/data")##设定数据所在的路径。Gene.cq<-read.csv("Cq.csv")##读取数据到内存。library(plyr)##调用程序Gene.mcq<-ddply(Gene.cq,c("Target","Samp
orchidlove
·
2023-10-20 15:16
r语言
数据
基因RT-qPCR
qPCR
那些曲线都代表什么?
在
qPCR
中会与各式各样的曲线打交道,每种曲线都有其不同的意义,甚至能够通过看曲线来发现实验中的一些问题。我们知道PCR的本质其实就是一变二、二变四、四变十六······产物呈指数增长的数字游戏。
科研小行星
·
2023-10-20 15:44
1024程序员节
干货 | 一文学会
qPCR
耗材的选择(二)
导读在前一片干货中,我们了解了
qPCR
耗材相关的术语和特性,还不了解的小伙伴可以去学习一下。今天我们进一步了解一下如何选择合适的
qPCR
耗材,我们的仪器该使用什么样的耗材。
爱博泰克生命科学
·
2023-10-20 15:13
qPCR
生命科学
科研服务
大数据
学习
安全
云计算
健康医疗
【科研】
qPCR
数据计算——2^(-ΔΔCt)法
1、整理
qPCR
数据如下。Sample为模板名称,595为引物扩增的基因名称,actin为内参。2、计算ΔCt。ΔCt=基因值-内参值。3、计算均值。以野生型SY4D表达量为1,只需计算SY4D均值。
空若
·
2023-10-15 16:10
qPCR
效果好不好,这6个要素要知道~
实时荧光定量PCR:在PCR反应体系中加入荧光基团(探针或染料),利用荧光信号积累实时监测整个PCR反应过程,最后通过Cq或Ct值和标准曲线对起始模板进行绝对定量或相对定量分析。而评估荧光定量PCR反应效果好坏,可以从以下几个方面来评估:1.扩增效率及相关系数良好的PCR扩增是指数级的,理论上以100%的效率进行,但实际上并不是所有的PCR反应都表现出相同的高效率,所以需要验证实际的扩增效率E。当
深蓝云
·
2023-10-10 15:34
Graphpad绘制基因散点图
如下图所示,可以直观地呈现不同试验处理组之间,或者正常人群与疾病人群个体之间的某些基因表达水平的不同,所来源的表达谱数据可以是RNA-seq、芯片或者是
qPCR
定量。
纪伟讲测序
·
2023-10-06 04:10
理性阐述
qPCR
实验的Ct值的合理范围。
理性阐述
qPCR
实验的Ct值的合理范围。(附Ct值过大或过小的解决方法)Ct值是什么?Ct值具有什么样的作用?Ct值的正常范围是多少?Ct值太大或者太小的原因?
xiaosine
·
2023-10-02 13:12
总结
主要通过
QPCR
(实时荧光定量核酸扩增检测系统)一边对DNA片段进行扩增,一边实时连续检测样本荧光值变化,从而检测DNA浓度。
寒林_4c5c
·
2023-09-22 00:36
RT-PCR、
QPCR
、Real-time PCR、Real-time RT-PCR 你真的区分的开吗?
那什么是
qPCR
、Real-time-PCR?其实Rea-time-PCR和
济南赛傲
·
2023-09-21 05:18
qPCR
检测,你需要知道这些
1.
qPCR
技术起源与背景生物学划分为两个时代:PCR前时代和PCR后时代,这是《纽约时报》对穆利斯先生发明PCR技术的评价。
临窗听风雨
·
2023-09-19 13:03
m6A都有哪些相关验证实验?来看一下吧
话不多说,接下来我们就细数一下MeRIP-seq,都有哪些相关的验证实验吧~一、m6A区域验证首先,如果需要对m6A修饰位点进行严格的验证,可以用下面这个方法:1、m6A-IP-qPCRm6A-IP-
qPCR
嘉因小助手
·
2023-09-17 09:25
ChIP专题 | 如何进行ChIP-
qPCR
富集验证
染色质免疫共沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)是一种适用于在体内研究蛋白质与DNA相互作用的方法。这项技术能够帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰或转录因子结合。目前也是众多学者研究蛋白-DNA互作的主流技术。许多老师在做完ChIP-seq分析后,通常会找到感兴趣的TF/组蛋白修饰的1个或多个靶基因。为了进一步证实TF/组蛋白
爱基百客
·
2023-09-04 06:34
ChIP-seq
其他
【
qPCR
计算工具】使用教程及程序更新
常常有读者朋友在后台问我,我的
qPCR
程序如何使用,程序能不能识别三个样本,四个基因,五个平行之类的所以今天特地出一个教程,顺便给程序增加了一个贴心的小功能!话不多说,我们开始咯!
小折线
·
2023-08-18 16:14
虹科展会丨点成生物在慕尼黑分析生化展上的精彩瞬间
2023年7月,虹科于上海举办慕尼黑上海生化分析展,点成生物携点成多功能实时
qPCR
仪、CRFT程序降温仪等新品,以及众多热销产品出席展会,为期三天的展会上,我们收获了客户的赞美与同行的肯定,感谢各位的到场与支持
虹科电子科技
·
2023-08-10 06:31
健康医疗
扩增子大小对
qPCR
产量影响辣么大~
qPCR
的出现使得扩增小于100bp的基因片段成为可能。本文将为大家介绍扩增子大小对
qPCR
产量的影响,表明使用小片段检测
深蓝云
·
2023-08-09 22:21
RT-PCR、
QPCR
、Real-time PCR、Real-time RT-PCR区别(自用)
那什么是
qPCR
、Real-time-PCR?其实Real-time-PCR
hyena_7
·
2023-08-07 15:17
单细胞测序
生物信息学
7.31
主要通过
QPCR
(实时荧光定量核酸扩增检测系统)一边对DNA片段进行扩增,一边实时连续检测样本荧光值变化,从而检测DNA浓度。
寒林_4c5c
·
2023-07-23 15:02
2021-09-11 基于CRISPR的便携式新冠病毒检测
目前,针对COVID-19的诊断还是主要以基于Taqman探针法的RT-
qPCR
方法进行。但如何根据快速而准确地进行诊断筛选也是研究者们不断探索的方向。
NAome
·
2023-07-17 18:20
科研汪的日常 16 年终考核
后面开始各种
qPCR
,WesternBlot去验证可能的分子在不同样
007木子
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2023-07-15 03:43
Nginx反向代理配置
Nginx下载可从本人百度网盘直接下载链接:https://pan.baidu.com/s/1n8IveBaVui474ONOFUYqug提取码:
qpcr
复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦
让你变好的过程从来都不会很舒服
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2023-04-21 04:38
10x Genomics PBMC(一):单细胞测序分析 (Chromium)概述
image说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了(汤富酬老师2009年的文章使得单细胞测序成为现实,郭国骥老师2010年的文章揭示对500多细胞进行48个基因的单细胞RT-
qPCR
就可以进行细胞类型区分
程凉皮儿
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2023-04-20 13:23
情人节心事
原先说好的,招我过来做
qPCR
伴随诊断,杳杳语音。领导说先在另外一个部门过度半年。这是什么话呢。其二,新部门没有方向。领导像是跟大老板许下了军令状,亚历山大,却又没有方向,于是对下面各种催催催。
Rebeccalove666
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2023-04-13 23:47
RT-
qPCR
基本原理
内容目录:RT-
qPCR
简介起始材料:RNART-
qPCR
的一步法与两步法RT-
qPCR
逆转录过程总RNA与mRNA的选择逆转录引物逆转录酶逆转录酶的RNaseH活性RT-
qPCR
的
qPCR
过程引物设计
evolisgreat
·
2023-04-11 13:16
易基因|一文看懂:ChIP实验和
qPCR
定量分析怎么做
本文对ChIP实验之前的准备、获得理想ChIP结果步骤、ChIP的
qPCR
定量分析和ChIP案例分析进行总结,希望帮助到
易基因科技
·
2023-04-03 12:45
高分文章
高分文献
技术解读
生物信息学
生物学
qPCR
与新冠病毒核酸检测
这篇文章简单记录一下
qPCR
核酸定量的原理以及它在新型冠状病毒检测中的应用,分享给身边好奇核酸检测的朋友,参考视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1454y1Q7U2
熊猫人和熊猫猫
·
2023-04-02 22:51
Dream it. Wish it. Do it.【送给所有支持我的小伙伴们】
这是一篇有点长的学习感悟,和所有关注我的小伙伴们分享~开始自学生信的原因我的专业是生化分子,是做纯wet实验的,比如细胞培养,WB,
qPCR
,IHC,流式等等这
生信start_site
·
2023-03-31 00:09
当
qPCR
实验在加样过程时,八联管中出现气泡,该怎么办?
问题:当
qPCR
实验在加样过程时,八联管中出现气泡,该怎么办?选项:A、轻弹八联管;B、离心机瞬时离心;C、拿针筒刺破;D、不用管,直接上机检测。
医博云天
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2023-03-28 20:04
三十六策 第 11 策 见微知著
三十六策第11策见微知著三十六策第11策见微知著miRNA研究的优势第一,miRNA是非编码RNA,没有蛋白表达差异、验证基因过表达还是沉默的效率,只需要
qPCR
验证第二,miRNA是短片段,直接合成就行
Kururu1799
·
2023-03-27 00:15
使用blast+samtools view+featurecounts对
qpcr
的靶序列在高通量结果中定量
背景我们在进行高通量测序后,会对筛选得到的差异基因进行
qpcr
验证。而在很多器官中,因为基因的特异性表达,有些外显子存在组织特异性。这就会导致
qpcr
的结果可能与高通量得到的结论不同。
一只烟酒僧
·
2023-03-17 20:28
个人感悟
我们在实验室专家的带领下走进微分基因实验室参观了质控上机观摩,主要包括FA检测文库片段大小,
QPCR
检测文库浓度,文库Pooling,文库变性稀释及上机,其中质控环节是整个实验过程中必不可少的的一项工作
龙_兔
·
2023-03-16 09:17
批量设计
qPCR
引物,可最大限度满足
qPCR
引物设计的黄金法则
于是绕不开就要设计
qPCR
引物。听同门说,
qPCR
引物每个基因要设置至少3对,通过PCR验证后再选择最优引物进行
qPCR
。于是赶紧提了RNA做了反转录。可是按照同门教我的办法设计
qPCR
引物就很头疼。
今日之森
·
2023-03-15 18:46
荧光定量PCR介绍
qPCR
分类根据Real-timeqPCR的化学发光原理可以分为2大类:一类为非探针类,其中包括如SYBR@GreenI染料法等,通过染料来指示扩增产物的增加。一类为探针类,包括TaqMan探针和分
微基生物
·
2023-02-07 11:51
学习
经验分享
qpcr
生物实验
Graphpad绘制
qpcr
结果验证转录组数据图
当通过
qpcr
验证基因表达是否与转录组数据一致,通常通过柱形图与折线图叠加的方式呈现,今天记录下步骤。
队长的生物实验室
·
2023-01-28 09:17
Front Immunol 复现 | 4. 使用estimate包评估肿瘤纯度
前几天有同学问了一篇文章里的一个方法的实现,看了一下这篇文章除了
qPCR
验证基本都是纯生信,今天就试着来复现一下。随缘复现哈,如果阅读数据不好看的话,可能就放弃了,希望大家多多点赞、在看,转发支持。
木舟笔记
·
2023-01-17 09:49
人工智能
微软
可视化
数据可视化
webservice
【实验技术笔记】RNA 抽提 + 反转录PCR + PCR引物设计 + RT-
qPCR
文章目录1.RNA抽提2.反转录PCR(rtPCR)3.PCR引物设计4.RT-
qPCR
1.RNA抽提TRIzol作用原理●TRIzol法的优点:快速能抽提多种属总RNA对少量的组织和细胞以及大量的组织和细胞都能有效分离能抽提不同分子量大小的多种
taotaotao7777777
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2023-01-09 03:18
分子生物学
学习
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