转录组（RNA-seq）

个人电脑上SRR数据下载

第一种，在EBI查找，https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home常规转录组可能直接找到下载R1,R2网站信息，复制R1R2的链接即可下载第二种，从NCBI的ftp服务器直接下载
小鹏_哒哒哒·2023-07-19 14:44

超全总结--单细胞+空间转录组的整合分析方法总结

有时间多回家看看吧~~~~~单细胞+空间转录组的整合分析方法总结图片.png图片.png图片.png图片.pngf479ff2a0b6bd1edb961ec351df6d883.g
单细胞空间交响乐·2023-07-18 21:13

空间转录组-肾细胞癌中三级淋巴结构产生浆细胞促进肿瘤抗体产生与传播

首篇FFPE空间转录组文章小读:文献名称:Tertiarylymphoidstructuresgenerateandpropagateanti-tumorantibody-producingplasmacellsinrenalcellcancer.Immunity
大王福不福·2023-07-18 05:22

从单细胞到空间转录组，生物医学进入新时代

编者按：随着10Xgenomics于2019年11月发布VisiumSpatialGeneExpressionSolution，空间转录组学（SpatialTranscriptome，ST）研究如火如荼
ANIMUS爱丽慕斯·2023-07-17 18:44

【零基础练习一个RNA-seq分析】CH1：用Linux安装RNA-seq需要的软件

这一部分主要是关于安装包管理软件miniconda已经miniconda的使用，在徐洲更哥哥的b站教程里有非常非常详细的讲解，跟着做几乎不会踩坑，我这里从安装miniconda开始写，权当做个笔记方便参考了，当然对于从这个教程开始接触生信的同学来说，前面的部分也非常重要。b站链接：https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX顺便也贴一个教程https://
josia_luo·2023-07-17 10:19

10x Genomics RNA-seq 原理详解

近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的再慢一点，让我能把这里的四季再多看一眼，再看清楚一些。记得之前果子老师说过，靠输出倒逼输入，我想尝试着把我的学习过程记录下来，理清思路，同时也许还能认识更多的再学习路上的小伙伴。（我真的考大学都没有这么努力过，倒着时差学习，哈
致知_5974·2023-07-17 00:04

2022-05-20

2022-05-2007:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=53.44推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了Tres（肿瘤恢复T细胞），这是一种计算模型，利用单细胞转录组数据来识别对免疫抑制信号具有恢复性的
图灵基因·2023-07-16 11:09

易基因 | 单细胞多组学研究破译小鼠原肠胚形成机制

在小鼠的原肠胚中，精确的表观基因组和转录组指令引导多能干细胞分化为三个主要胚层（内胚层，中胚层和外胚层）的细胞，从而有助于脊椎动物“身体计划”的构建。
E_GENE·2023-07-15 17:22

circRNA对基因调控起到怎么样的作用？基因敲除细胞株来揭秘！

CircRNA最早是在上世纪70年代在病毒中被发现，但是由于早期RNA文库制备广泛使用polyA富集的方式（circRNA没有游离的5’和3’末端），以及RNA-seq读数要求以线性方式与基因组对齐的计算算法
源井生物b·2023-07-15 17:59

空间转录组第七讲：多样本合并、marker基因分析

前面介绍了利用Seurat对10x空间转录组数据单个样本进行数据预处理、降维、聚类分析。今天来继续分享怎么整合多个空间转录组样本，同时进行聚类和分析marker基因。
邓老师呦·2023-07-15 15:10

2022-04-29

CancerCell|胃肠癌中新抗原反应性T细胞的转录组学特征原创榴莲不酥图灵基因2022-04-2907:03收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：榴莲不酥IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：使用单细胞
图灵基因·2023-07-15 12:21

8.单细胞 RNA-seq 聚类分析：整合

学习目标：使用变异最大的基因进行不同条件的细胞整合，从而识别出最相似的细胞单细胞RNA-seq聚类分析：整合image目标：在不同的条件下，比对同一类型的细胞。
denghb001·2023-07-15 10:52

10X单细胞（10X空间转录组）TCR（BCR）数据分析之混合效应模型（lme4）

hello，大家好，在上一篇分享的文献10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCR内在调控潜力系统（TiRP）中，有很多无法理解的地方，需要我们一一攻克，今天我们来攻克第一个问题，混合效应模型
单细胞空间交响乐·2023-07-15 08:01

文献解读| 单细胞联合空间转录组测序揭示脑神经炎性星形胶质细胞亚型

为探究小鼠大脑中的神经炎性星形胶质细胞亚型，纽约大学的研究人员利用单细胞转录组测序及空间转录组测序技术，对小鼠脑星形胶质细胞进行研究，揭示了小鼠大脑中的神经炎性星形胶质细胞亚型及其空间分布情况，相关成果于
百奥益康·2023-07-15 06:02

单细胞转录组分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境状态

2021年9月6日，清华大学王建斌团队和中国医学科学院肿瘤医院吴晨团队的研究人员在NatureCommunications上发表关于单细胞转录组分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境的文章，研究人员采用单细胞转录测序技术对
晶典教你玩转科研·2023-07-14 21:54

RSeQC使用

官网：http://rseqc.sourceforge.net/ref1：RSeQC使用笔记–生信笔记ref2：RSeQC对RNA-seq数据质控|生信菜鸟团1.geneBody_coverage.pygeneBody_coverage.py-rhg19
苏牧传媒·2023-07-13 21:43

一文读懂基因富集分析：从小白到SCI

对于小编来讲，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，基因组可以算突变率、转录组可以算基因表达水平、表观组可以观察甲基化水平、蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度。
概普生信·2023-07-13 17:15

10X单细胞 & 10XATAC 联合分析表征细胞调控网络（MIRA）

10X单细胞&10XATAC联合之调控网络分析（IReNA）空间转录组+单细胞核+单细胞ATAC联合分析揭示人心肌梗死多组学图谱10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）10X单细胞转录组与
单细胞空间交响乐·2023-07-13 16:18

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：
生信宝典·2023-06-24 11:04

渐进式学习：如何用R和GO富集可视化捕捉生命的关键信号？

在这个领域，GO（GeneOntology）富集分析已成为一种常见的技术，用于识别在给定的基因集合中与特定生物过程和机制有关的基因集合，是研究生物信息学、基因组学和转录组学的重要方法之一[1,2]。
笑不语·2023-06-23 23:14

机器学习识别肿瘤干性指数mRNAsi

2018年发表在Cell上面的一篇文章采用创新的单类逻辑回归(OCLR)机器学习算法，通过对干细胞转录组、甲基化组和转录因子结合位点的多平台分析，得到了两个独立的干性指数，其中mRNAsi可以反映干细胞的基因表达特征
博士苑·2023-06-23 10:46

易基因｜m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下，由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。
易基因科技·2023-06-22 16:18

网络药理学+转录组AD候选药物筛选纯生信分析套路

今天跟大家分享的是六月份发表在Bioinformatics杂志（IF：5.61）上的一篇通过对疾病相关基因和药物靶标进行网络分析，筛选出潜在药物，并根据其基因表达谱进一步过滤获得有效药物的文章。ScreeningnoveldrugcandidatesforAlzheimer’sdiseasebyanintegratednetworkandtranscriptomeanalysis通过整合的网络和转
概普生信·2023-06-22 14:40

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-06-21 12:39

单细胞RNA-seq预处理工具比较分析（bioRxiv）

2020年2月2日，苏黎世大学MarkRobinson团队在预印本bioRxiv上发表题为pipeComp,ageneralframeworkfortheevaluationofcomputationalpipelines,revealsperformantsingle-cellRNA-seqpreprocessingtools的研究内容，并建立了一个评估框架pipeComp，评估包括过滤、dou
生信宝典·2023-06-20 21:36

生信学习——转录组测序分析的大致流程

转录组测序的分析流程大致可以分成三类，包括基因组比对（Genomemapping）、转录组比对（Transcriptomemapping）、转录组组装（Reference-freeassembly）有大牛写的很好
Lifelrving·2023-06-20 19:50

单细胞转录组高级分析五：GSEA与GSVA分析

以下文章来源于生信会客厅，作者Kinesin生信会客厅分享单细胞转录组、空间转录组、转录调控及微生物多样性的分析流程、代码及相关生信知识。
Seurat_·2023-06-20 10:51

玩转ChatGPT：R代码Debug一例

二、踩坑过程（1）先看原始的咒语咒语：我已经使用synapser包计算得到了每个基因的干性权重标准值（第一列是基因名，第二列是权重值），现在需要计算TCGA中HCC的RNA-seq测序数据（第一行是样本名
Jet4505·2023-06-20 09:08

单细胞 Drop-seq数据分析教程

Drop-seq是一种单细胞RNA测序技术，通过在微滴中捕获单个细胞并进行RNA扩增，从而获得单个细胞的转录组数据。该技术通过微滴分离单个细胞并将细胞裂解，随后在微滴中添
11的雾·2023-06-19 15:18

Day-3 单细胞转录组RCA分析揭示结直肠癌细胞异质性

热烈庆祝sci-hub合法化，这下大家可以自由自在使用了之前的单细胞转录组研究中，许多实验检测的肿瘤微环境分辨率不足，或者忽视了肿瘤与对应的正常样品的比较。
刘小泽·2023-06-19 07:22

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

第七节：空间转录组分析在本节教程中，我们将学习空间转录组的一些分析方法。
Davey1220·2023-06-19 00:08

edger多组差异性分析_简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 – 生信笔记

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。
weixin_39640090·2023-06-18 08:54

pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新

***pySCENIC全部往期精彩系列：1、PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析2、PySCENIC（二）：pyscenic单细胞转录组转录因子分析3、PySCENIC（三）：
TS的美梦·2023-06-17 20:24

如何将Seurat聚类结果导入到Loupe Browser

而Seurat作为使用最广泛的单细胞转录组分析软件，可以对数据进行各种质控以及下游分析。然而其官方可视化软件LoupeBrowser对于没有R语言基础的老师来说，是十分方便的分析工具。
生信阿拉丁·2023-06-17 05:56

MultiQC软件安装运行的过程

1.MultiQC介绍不少生信工具都可以给样品生成一个评估结果，如FastQC、Qualimap和RSeQC等(39个转录组分析工具，120种组合评估)。
千万英里·2023-06-16 21:06

VirSorter2识别病毒序列

从宏基因/转录组数据中识别病毒信号缺少1.广谱基因marker2.数据库代表3.有效工具。但VirSorter2很OK。
小白菜学生信·2023-06-16 17:51

CheckV评估病毒序列

checkv评估meta组装病毒基因组的完整性杂志：NatureBiotechnology时间：2020CheckV通过将序列与完整病毒基因组的大型数据库进行比较来估计完整性，其中包括从公开可用的宏基因组、宏转录组和宏病毒组的系统搜索中确定的
小白菜学生信·2023-06-16 17:18

10X单细胞和空间联合分析的方法---cell2location

10X空间转录组和单细胞转录组都在如火如荼的进行当中，单细胞提供了单个细胞的精度来研究组织，而空间转录组则是提供了细胞类型在组织中的具体位置，精度和空间位置几乎具有同等的研究价值，而两种技术上的联合分析正是优势互补的选择
Evil_Genius·2023-06-16 14:53

[R][DiffBind]用Diffbind做RNA-seq差异分析问题记录（持续更新）

官方sample1.Loadingsamplesheet...BT4741BT474ERResistantFull-Media1bedErrorinif(file.info(peaks)$size>0){:missingvaluewhereTRUE/FALSEneeded文件缺失，检查工作目录下peaks/reads文件夹是否存在（我也不知道为什么它会自己删掉）实操1.ResponsiveMock
Scabbards_·2023-06-16 07:28

pySCENIC单细胞转录因子分析更新(2)：python版分析及可视化

****pySCENIC全部往期精彩系列：1、PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析2、PySCENIC（二）：pyscenic单细胞转录组转录因子分析3、PySCENIC（三）
TS的美梦·2023-06-15 20:14

UCell:单细胞评分分析R包及可视化应用

****单细胞评分我们之前说过AUCell和seurat自带的打分函数：跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分我们之前讲过单细胞评分，一个是Seurat自带的打分函AddModuleScore
TS的美梦·2023-06-15 20:14

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

今天接着单细胞文章的内容：从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！
TS的美梦·2023-06-15 20:13

非因解读 | DSP空间转录组+单细胞核测序揭示新辅助疗法后胰腺癌样本中多重区域功能的变化

DSP空间转录组+单细胞核测序揭示新辅助疗法后胰腺癌样本中多重区域功能的变化胰腺导管腺癌（PDAC）作为最为常见的胰腺癌病理亚型，近年来发病率逐步上升，预计到2030年，会成为美国癌症相关死亡的第二大原因
FynnBio·2023-06-15 18:57

干货第一弹！多组学联合分析之代谢组FAQ

通过LC-MS/GC-MS评估生物体或细胞产生的代谢产物的水平以及变化，可以进一步研究这些代谢产物与转录组学差异基因或微生物的关系。在这个系统生物学和功能
SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

单细胞108篇文献解读之6---Decouplinggenetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by singl...

6、天雄星豹子头林冲单细胞RNA-Seq结合大数据分析揭示肿瘤亚型的差异image肿瘤的存在威胁人类的生命健康，研究肿瘤的起源和发生发展的过程有助于为肿瘤的防治提供重要的依据。
Seurat_Satija·2023-06-15 13:25

芯周刊·第2期 | 单细胞&空间转录组测序文献速览导读

本文利用单细胞转录组对四种iPSC细胞不同诱导方法生成的类器官进行了研
SBC生物芯片·2023-06-15 10:17

limma/voom，edgeR，DESeq2分析注意事项，差异分析表达矩阵与分组信息

给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战，所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题，上一期：箱线图的生物学含义这一讲我们来说一下limma/voom，edgeR，DESeq2，转录组差异分析的三大R包!
无香真水_1c6c·2023-06-14 19:43

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

它经常用在分子生物学文章里（尤其是microarray,RNA-seq相关论文）直观地呈现多样本多个基因的全局表达量变化，和呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。
倪桦·2023-06-14 14:17

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(2)

hello,大家好，我们继续我们的TCR数据分析，这一专题会有非常多的内容，我们慢慢分享，文献在QuantifiablepredictivefeaturesdefineepitopespecificTcellreceptorrepertoires，影响因子49（nature）。今天我们的任务还是要多学习一些基础的概念和算法。TCRsfromTcellsthatrecognizethesamepMH
Evil_Genius·2023-06-13 21:23

2020-04-02生信工具网站MyBiosoftware

工具有26页之多，还在不断更新，分类从基因组、转录组到蛋白质组......五花八门！出名的，不出名的.......琳琅满目！
iColors·2023-06-13 06:37
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