RNA-Seq 第2页

那令人困惑的比对工具选择啊~

写在前面的废话我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是HISAT2。

鹿无为·2023-12-27 03:57

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

近期（11月23日-12月4日），高分项目文章频出，涉及物种有梨、腰果、蘑菇、青枯雷尔氏菌和心肌细胞，我们提供的技术支持有ChIP、重测序、RNA-seq和代谢组，发表期刊包括PlantJournal、

爱基百客·2023-12-25 15:34

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

1、首先你应当知道，RNA-seq测序能做什么？如下图所示，可以了解到不同条件下的基因表达变化。比如说，老年人和小孩，不同时期的头发生长相

伍鸿荣·2023-12-25 01:59

研究论文 2022-Oncoimmunology：AI+癌RNA-seq数据识别细胞景观

Wang,Xin,etal."DeeplearningusingbulkRNA-seqdataexpandscelllandscapeidentificationintumormicroenvironment."Oncoimmunology11.1(2022):2043662.https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/2162402X.2022.20

素材积累·2023-12-24 07:11

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。

素材积累·2023-12-24 07:11

一种具有翻译功能的circRNA在肌细胞生成中的作用

Circ-ZNF609isacircularRNAthatcanbetranslatedandfunctionsinmyogenesis期刊：MolecularCell影响因子：14.248主要技术：RNA-Seq

d5c9c866171f·2023-12-24 04:04

ImmuCellAI | 免疫浸润计算工具 R包学习

ImmuCellAIImmuCellAI（ImmuneCellAbundanceIdentifier)是一个从基因表达数据集（包括RNA-Seq和芯片数据）中估计24种免疫细胞丰度的工具，其中24种免疫细胞由

Aech·2023-12-24 03:52

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

RNA-seq下游分析之PCA画图

RNA-seq下游分析之PCA图_欧阳火火的博客-CSDN博客rm(list=ls())mydata1,]head(dds2)rld1<-rlog(dds2)plotPCA(rld1,intgroup=

ECHO1216·2023-12-22 20:28

基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例

DESeq2是一种常用的差异表达基因分析工具，可用于RNA-seq数据的差异表达分析。下面是DESeq2的详细使用步骤和全部脚本示例。

小果运维·2023-12-20 14:23

生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例

assign_deseq2log2FoldChangecolumnnumeric_combinemean在这里，我们使用RNA-Seq数据

小果运维·2023-12-20 14:22

新版TCGA表达矩阵整理简单版

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的

医学和生信笔记·2023-12-19 20:16

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq数据分析4.Chip-seq数据分析5.ATAC-seq数据分析6.单细胞RNA-seq

小潤澤·2023-12-19 19:08

RNA-seq数据如何做PCA

PCAworksbestwhentheinputdataisapproximatelynormallydistributedoneachdimension.Itwouldbeagoodideatodosomeinitialdataqualitycheckstoverifythatthisisthecase(andtransformthedataappropriatelyifnot),oratlea

OmicsAcademy·2023-12-19 08:49

派森诺转录+代谢组联合分析，4.599分的项目文章

文章题目：MetabolomeandTranscriptomeAnalysisofLiverandOocytesofSchizothoraxo’connoriRaisedinCaptivity技术手段：RNA-seq

felix108·2023-12-16 23:08

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!

大桃子技术·2023-12-06 21:11

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

这一节，我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment)library(pheatmap)library(mclust)#读取数据deng<-readRDS("deng/deng-reads.rds")接下来，我们

小潤澤·2023-12-04 18:04

RNAvelocity系列教程1：RNA速率简介及scVelo安装

(Nature,2018)引入了RNA速率的概念，利用新转录的未剪接的前体mRNA和成熟的剪接mRNA可以在常见的单细胞RNA-seq流程中区分的事实，可以恢复定向动态信息，前者可通过内含子的存在检测。

Seurat_Satija·2023-12-02 17:11

学习小组Day3笔记--小黑

链接清华源下载链接bash安装激活conda添加源查看软件image.pngimage.png能打开help即安装成功condaremove软件-ycondainfo--envs查看conda环境创建虚拟环境rna-seq

Great_6450·2023-12-01 11:48

RNA-seq可视化之差异分析得到的FC值，我们能做什么？

首先整理数据datadata2colnames(data2)[2]data2data2[data2$value0&data2$value0.58,][,1]<-"C"image.pngggplot2绘制柱状图ggplot(data2,aes(x=value,fill=V1))+geom_histogram(position="stack",binwidth=0.01)+theme_bw()+xla

热衷组培的二货潜·2023-11-30 02:28

2020转录组RNA-SEQ上游分析

文章目录安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组，g

super_qun·2023-11-29 18:20

RNA-seq分析流程

1、质量控制：fastqc-o./-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc./Trimmomatic修剪去掉前端低质量碱基java-jar\$EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic-0.32.jarPE-phred33$

chaos_z·2023-11-28 04:17

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。snakemake简介：snakemake是一款基于python3的软件snakemake的主要功能是快速搭建分析流程官方网址snakemake优势：支持并行运算支持断点运算支持流程控制支持内存控制支持CPU核心控制支持运行时间控制支持。。

李诚0921·2023-11-27 23:29

Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples

WagnerGP,KinK,LynchVJ.MeasurementofmRNAabundanceusingRNA-seqdata:RPKMmeasureisinconsistentamongsamples[J].TheoryBiosci,2012,131(4):281-285.百度百科：RPKM，ReadsPerKilobaseperMillionmappedreads，代表每百万reads中来自

sunlight_yy·2023-11-27 02:38

纯生物信息学SCI文章好发吗？不好意思，很难了

3-4年前，一套完整的RNA-seq，而且是很简单的那种套路可以发到3-4分文章，好的

医学程序研究·2023-11-26 10:34

53.《Bioinformatics Data Skills》之实战：统计落在外显子区域dbSNP数目

寻找区域间的overlap算得上是基因组最常见的操作，貌似简单的寻找overlap追究细节之后也会变得非常复杂，比如为了解决RNA-seq表达定量的问题就衍生出一系列专业的工具或者R包（例如RSEM，TopHat

DataScience·2023-11-24 08:34

Kallisto原理及应用

Kallisto简介首先，这款软件是2016年发表在NBT上的一款RNA-seq的计数软件，文章标题为《Near-optimalprobabilisticRNA-seqquantification》（http

小潤澤·2023-11-23 09:44

学习：StatQuest-RNA-seq

RNA-seq的建库过程image.png上图是RNA建库的步骤RNA测序过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq

小潤澤·2023-11-23 06:32

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。

Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

YuZ,LuY,WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了在单细胞分辨率下的全基因组基因表达水平的高通量信息，实现了对单个细胞的转录组的精确理解。（单细胞RNA测序数据的意义）不幸的是，快速增长的scRNA

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

生物学重复与技术重复

生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。

wangchuang2017·2023-11-21 22:02

2021-02-17 RNA-seq 流程

1前期准备1.1安装conda下载wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh安装bashMiniconda2-latest-Linux-x86_64.shsource~/.bashrc#激活conda添加镜像源condaconfig--addchann

diyidaoguang·2023-11-21 04:40

R语言绘制配对样品箱线图

随后，通过qPCR或RNA-seq等方法定量基因表达后，以箱线图呈现特定基因在肿瘤组织和正常组织中的整体表达水平，并在箱线图中以

纪伟讲测序·2023-11-20 20:40

单细胞分析最佳实践

单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（上）单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（中）单细胞RNA-s

FionaMoon·2023-11-20 03:02

出版级PCA美图，轻松拿捏（主成分分析利器，建议收藏备用）

工具位置UseGalaxy.cn>RNA-seq>PCAplotwithFactoMineR数据准备文件1：矩阵文件第1列：特征，如基因。第2-最后一列：样本的值，如表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 20:51

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具-学习笔记

之前我用cufflink系列进行了一次RNA-seq分析，这一次是在学习了一种新的分析方法。在整个过程中，也参照了一些生信宝典公众号（这真的对于生信小白来说很nice，强烈推荐）的许多知识。

leo12354·2023-11-10 00:09

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供

爱基百客·2023-11-07 22:54

2019-10 文献阅读报告

这篇文献详细介绍了一个典型的单细胞RNA-seq分析

xianmao123·2023-11-06 16:19

可变剪接文章套路（一）

PSI(Percent-spliced-in，拼接百分比)可以针对isoform,exon,ASE进行计算，对于ASE来说，PSI=splice_in/(splice_in+splice_out),在RNA-seq

cHarden13·2023-11-05 17:04

上游分析学习笔记

RNA-seq数据分析我们对工具和技术的评估落脚点在它们鉴定出的差异基因的准确性。为了完成这个评估，至少需要四个不同的分析阶段（图2;表2）。第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。

jiarf·2023-11-05 16:56

RPKM, FPKM 和 TPM

在RNA-seq中，某一段基因区域内的readcounts取决于测序的深度和基因的长度；基因越长、测序深度越深，比对到该基因所在区域的readcounts数目就会相对越多。

顺昕如意·2023-11-05 15:25

生信分析结合湿实验构建ccRCC预后模型发8+SCI

本文作者基于ccRCC患者的RNA-seq数据构建预后模型，可以准确预测ccRCC患者的总生存期和对抗PD-1的反应。

概普生信·2023-11-03 18:53

RNA-seq 分析流程 —— 概述

前言接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程，根据RNA-seq测序技术的不同，可以分为三种：Starketal.NatRevGenet(2019)short-readlong-readdirectRNA-seq

名本无名·2023-11-03 17:45

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

关于RNA-SEQ中GO分析的几个名词

问题一：GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment）如何计算见链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/264504322问题二：如何利用EXCEL计算Q值BH算法的公式为：Qvalue=p*(m/k)其中，m是检验的次数，k是这次检验的pvalue在所有检验中的排名。例如，我们对10000个基因进行表达差异分析。那么每个基因都会得到一个pvalue。现在，我要估算

ShanSly·2023-11-02 19:29

RNA-seq学习：No.5富集分析--ORF过表达

1、基础知识（1）基本概念富集分析(enrichmentanalysis)简单来说就是将成百上千个基因、蛋白或者其他分子分到不同的类中，以减少分析的复杂度。比如之前差异分析得到几百个显著差异基因，如果一个一个单独研究未免太复杂，若按照一定的准则将差异基因归类即可较为快速，方便的了解某一类基因的变化情况。（2）分类标准分类的标准即人们根据目前研究建立的基因注释库，目前常用的有两个：GO与KEGG；G

小贝学生信·2023-11-01 20:45

RNA-seq实战(下)_数据可视化、GO/KEGG分析

前言：写这篇文章的目的是为了梳理一下学习思路，按部就班地仿生信菜鸟团和：Y大宽教程大纲，做归纳整理，即便再次运行，仍然遇到代码出错或者软件使用等诸多问题，是以为之记。MAplot详细关于Bland-Altman图具体含义，请移步至R语言：Bland-Altman分析连续变量的一致性评价>plotMA(res,ylim=c(-2,2))>topGenewith(res[topGene,],{+poi

谢俊飞·2023-10-31 01:49

DNA甲基化数据分析(二)

它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DML/DMR）。

杨博士聊生信·2023-10-30 10:21

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

资料来源https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文：在这篇工作流程文章中，我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA测序数据，示范了如何使用流行的edgeR包载入、整理、过滤和归一化数据，然后用limma包的voom方法、线性模型和经

程凉皮儿·2023-10-30 05:34

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