cibersort

肺癌相关文献5

IdentifyingprognosticgenesrelatedPANoptosisinlungadenocarcinomaanddevelopingpredictionmodelbasedonbioinformaticsanalysisIF:4.6中科院分区:2区综合性期刊亮点1.免疫得分方法：TIMER,quanTIseq,CIBERSORT
愿航·2024-01-24 14:16

cibersort报错解决

杀杀使用cibersort报错了，提示warning，还有cibersortErrorinh(simpleError(msg,call)):在为'sort'函数选择方法时评估'x'参数出了错:在为't'
不会生信哟·2023-11-20 20:02

肿瘤表达谱分析组织中免疫细胞浸润情况 --- CIBERSORT & xCell

今天介绍两种比较典型的工具，分别是基于前者的CIBERSORT和
Seurat_Satija·2023-10-29 02:36

04--CIBERSORT: Web-tools of deconvolution

OverviewofCIBERSORTCIBERSORTisadeconvolutionmethodforcomplextissuesespeciallyforhumanleukocytesubsets,basedonlinearsupportvectorregression((SVR)fromgeneexpressionprofiles.Itperformedbetterthanothersix
六六_ryx·2023-09-14 16:49

肿瘤免疫浸润细胞在线分析---Cibersort

做肿瘤方向的同学们，现在CAR-T，PD1，TIL治疗这么火热，要不要试试你研究的肿瘤类型，是不是也涉及免疫细胞浸润？不需要复杂的代码，网页工具也能实现。需要先明确几个概念。No.1，免疫浸润细胞。肿瘤组织虽然大部分是由肿瘤细胞组成，但不是100%纯肿瘤，目前已知的有基质细胞、成纤维细胞、内皮细胞还有目前最受关注的免疫细胞构成了肿瘤生长的舒适环境，不同肿瘤其微环境组成也各有特点，而冷肿瘤热肿瘤的概
养猪场小老板·2023-08-29 03:22

肿瘤免疫分析工具网站: EPIC&CIBERSORT

EPIChttps://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/EPIC可根据表达数据分析出8种免疫细胞的浸润比例，分别是：B细胞、肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）、CD4+T细胞、CD8+T细胞、内皮细胞、巨噬细胞和NK细胞。其中，CAFs是肿瘤微环境的重要组成部分，有抑制免疫细胞的功能。可通过分泌生长因子如血管内皮生长因子、血小板衍生因子或其他趋化因子促进肿瘤生长和转移
oncology咕噜·2023-08-28 07:25

免疫浸润结果可视化

就以大家最常见的cibersort为例进行介绍。
医学和生信笔记·2023-08-02 14:49

肿瘤免疫浸润资源汇总

1、GEO数据库免疫细胞浸润(CIBERSORT/小提琴图)https://v.qq.com/x/page/q0839wwfwaf.html2、GEO数据库免疫浸润挖掘方向（应用在非肿瘤方向）http:
CS搬运工·2023-06-14 23:09

七桥上实现CIBERSORT的前期准备工作

在docker中使用shell命令切割文本目的输入文本格式如下：gene_idnormalized_countA1BG|130.5653A1CF|2997499.4377…希望将上述文本中“|”后半部分删除，只保留“|”前部分内容和空格后面部分内容，且将第一行第一列的表头“gene_id”改成“Genesymbol”，最后输出为新的“.txt”文本输出文本内容格式如下：Genesymbolnorm
qq_35822019·2023-06-14 23:38

cibersort源代码的讲解

cibersort下面是cibersort的原始代码，一共200多行，要想了解这个代码，需要将它拆分成三个函数，分别是CoreAlgdoPermCIBERSORTCoreAlg里面有一个核心函数，svm
Jorth_1·2023-06-14 23:08

CIBERSORT进行免疫细胞组成分析

CIBERSORT可以从bulk基因表达数据估计混合细胞群中成员细胞类型的丰度。
qq_27390023·2023-06-14 23:08

CIBERSORT计算免疫细胞丰度

我也是第一次做cibersort分析，刚好看见前辈们写的教程特别好，所以自己总结一下我所需要的，写成教程主要是方便自己。
arrhythmia08·2023-06-14 23:37

CIBERSORT 最全介绍 官网

最全面的免疫浸润分析使用教程，虽晚必到——免疫浸润分析里不得不提的神器CIBERSORtCIBERSORTxCIBERSORT初探input输入output代码详解原理解析免疫浸润反卷积_YoungLeelight的博客-CSDN博客https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/127469758?csdn_share_tail=%7B%22t
Young.Dr·2023-06-14 23:06

量化免疫浸润时CIBERSORT的注意事项

CIBERSORT的注意事项CIBERSORT的使用，我们举了几个例子，但是还有一些疑问，只要有疑问在，就感觉心里不踏实。比如：1.CIBERSORT需要什么样的数据？
Seurat_Satija·2023-06-14 19:37

百用不厌的基质-免疫分析又来啦

基于xCELL和CIBERSORT算法分析基质细胞和免疫细胞的组成并建立神经胶质瘤的风险评分和nomogram预后预测模型。本文分析流程如图1所示。Glioma-
概普生信·2023-04-11 18:05

【块】Cibersort.R计算22种免疫细胞浸润分数

有问题欢迎交流Robustenumerationofcellsubsetsfromtissueexpressionprofiles|NatureMethods以上为Cibersort的文章使用Cibersort
JamesMori·2023-04-08 06:04

肿瘤免疫浸润评估软件—TIMER的使用简介

我们介绍过CIBERSORT，它是一种很有影响力的反褶积方法，利用带有预定义的免疫特征矩阵的微阵列数据来估计给定样本中22个肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)的比例。
Seurat_Satija·2023-03-19 11:15

R语言Cibersort文件获取+代码

在R语言中运行Cibersort共需要三个文件，分别是（1）官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”；（2）自己的表达矩阵；（3）Cibersort代码。
海绵宝宝他们夸我不是常人啦·2023-01-30 23:00

SCI 文章中肿瘤免疫浸润计算方法之 CIBERSORT

前言我们介绍了CIBERSORT，一种从其基因表达谱表征复杂组织的细胞组成的方法。
桓峰基因·2023-01-28 16:02

CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)

目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。
小洁忘了怎么分身·2023-01-27 11:51

cibersortx怎么用_Cibersort实战

rm(list=ls())load(file='../Rdata/@step3_DEG_LN.Rdata')#exprSet=new_exprSet#phe#differentiation=pheno$`histype:ch1`,T_stage=pheno$`depth:ch1`,#N_stage=pheno$`lymphnodemetastasis:ch1`)#phe#phe#phephe$N_
weixin_39894255·2022-12-26 17:05

CIBERSORT 学习笔记

文章目录CIBERSORT一、CIBERSORT是什么二、CIBERSORT怎么用三、CIBERSORT结果可视化CIBERSORTCIBERSORTisananalyticaltoolfromtheAlizadehLabdevelopedbyNewmanetal.toprovideanestimationoftheabundancesofmembercelltypesinamixedcellpo
菠萝西斯·2022-12-26 17:33

cibersortx怎么用_【搬砖】Cibersort p-value含义

使用cibersort对不同的GSE文件进行免疫细胞类别计算，发现得出的p-value各不相同，有的全是0，有的(0，1)之中散在分布。。。
我投三分·2022-12-26 17:33

Cibersort 算法 分析肿瘤样本免疫细胞组分

本研究描述的方法称为Cibersort，在线发表于三月三十日的《自然方法》（NatureMethods）提出CIBERSORT的文章Newman,AaronMetal.
qqgzsws·2022-12-26 17:02

免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea 画图

目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。
YoungLeelight·2022-12-26 17:32

手把手教你R语言CIBERSORT计算免疫浸润+Rproject的使用

写在开头：本文介绍了CIBERSORT两种使用方法，大家可以自行选择，方法二简单些，方法一原始些本文顺便倡议大家使用Rproject来管理代码，感谢生信技能树jimmy老师让我知道了这么方便的玩意，再也不用拼命
18kkk·2022-12-26 17:00

基于R语言利用CIBERSORT分析免疫浸润（一）

第二步：CIBERSORT算法整个算法代码如下，除了此处复制粘贴外，也可
Kevin丶大牛·2022-12-26 17:30

基于R语言利用CIBERSORT分析免疫浸润（二）

引言：本节重点（1）在我写（一）的时候，很多小伙伴相信直接使用遇到了很多问题，本节就主要遇到问题进行回答:①R包版本问题②Data数据格式问题③CIBERSORT官方代码问题并将附上全部代码（2）此外，
Kevin丶大牛·2022-12-26 17:30

SCI 文章中肿瘤免疫浸润计算方法之 CIBERSORT

前言我们介绍了CIBERSORT，一种从其基因表达谱表征复杂组织的细胞组成的方法。
桓峰基因·2022-12-26 17:29

利用CIBERSORT免疫细胞类群分析详细教程

利用CIBERSORT免疫细胞类群分析详细教程现在最火的组学技术是什么，无疑便是单细胞测序了。通过单细胞测序，科研人员可以获得比原来更为精细的细胞图谱。
LazyHaokj·2022-12-09 21:40

CIBERSORT初探

简介CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。
小潤澤·2022-07-05 16:36

CDSeq反卷积求解细胞组分的简单理解

前言之前我们介绍了利用scRNA不同cellcluster的表达特征，利用SVR线性反卷积的手段来估算对应的Bulk-seq中，每个sample相应的细胞组分，传送门：CIBERSORT初探这一次我们来鉴定介绍下利用概率图模型来估算
小潤澤·2022-01-10 18:41

TIMER20和cibersort一个既能分析测序数据（最好是TPM格式），又能分析芯片数据的网站

细胞免疫浸润网站使用1.cibersort数据输入格式：输入数据的要求：1.不可以有负值和缺失值2.不要取log3.如果是芯片数据，昂飞芯片使用RMA标准化，Illumina的Beadchip和Agilent
小白兔和小毛驴·2021-12-29 11:08

R语言包ggplot2绘制多组箱线图

本文记录于2021年6月28日，2021年8月20日更新最近在做cibersort浸润分析，在对结果做可视化的时候遇到一点问题(问题解答蓝字部分)需要的代码和数据参考这个资源：https://download.csdn.net
彩虹色的朝阳·2021-06-28 23:21

【免疫>>TME分型】03.Cibersort+亚型+结直肠癌

核心图Fig.1知识点CIBERSORT：基于线性支持向量回归（linearsupportvectorregression）原理对免疫细胞亚型进行评估。
高大石头·2021-06-06 15:10

不换分析套路换个研究的治疗方式也发了6+分！

Pan-CancerAnalysisofRadiotherapyBenefitsandImmuneInfiltrationinMultipleHumanCancers”，作者对TCGA数据库中的7种癌症数据集样本使用ESTIMATE和CIBERSORT
科研菌·2021-04-18 02:03

基于免疫相关基因的分子分分型：补个免疫组化发3+分

Tumour-InfiltratingImmuneCell-BasedSubtypingandSignatureGeneAnalysisinBreastCancerBasedonGeneExpressionProfiles”，文章中作者使用GEO数据库和CIBERSORT
科研菌·2021-04-18 02:32

构建基因共表达网络鉴定CD8 T细胞浸润相关生物标志物在肾透明细胞癌中的作用

细胞浸润相关生物标志物在肾透明细胞癌中的作用文章目录构建基因共表达网络鉴定CD8T细胞浸润相关生物标志物在肾透明细胞癌中的作用文献信息背景和目的实验流程方法和结果从GSE73731下载CCRCC的数据，并进行预处理使用CIBERSORT
一条兔子·2020-06-26 20:26

定量免疫浸润在单细胞研究中的应用

，于是我也报名参加了果子老师的课程，跑了几个R包，你比如说xCell啊，GSVA啊，MCPcounter啊，ConsensusTME，ImmuneSubtypeClassifier，当然还有大名鼎鼎的CIBERSORT
周运来就是我·2020-06-12 20:55

TCGA—STAD免疫细胞浸润（CIBERSORT）

-#00R包安装~~~Rrm(list=ls())if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)~~~##1.1、临床数据下载和整理##~~~Rcancer_type=pa
养猪场小老板·2020-04-05 13:24

Cibersort实战

/Rdata/@step3_DEG_LN.Rdata')#exprSet=new_exprSet#phequantile(exprSet[gene_name,],0.5),'High','Low')cibersort_result_L
陈宇乔·2020-03-31 09:02

vioplot

#install.packages("vioplot")library(vioplot)#引用包normal=6#正常样品数目tumor=6#肿瘤样品数目rt=read.table("CIBERSORT.filter.txt
天道昭然·2020-03-05 18:12

表达谱分析组织中细胞组分情况 --- CIBERSORT & xCell

今天介绍两种比较典型的工具，分别是基于前者的CIBERSORT和
林枫bioinfo·2020-02-25 14:38

转录组学数据挖掘基本方法

使用CiberSort、xCell（ssGSEA）等
Bio_Learner·2020-02-20 18:17

【CIBERSORT】超详细，从数据下载到数据分析（初学者笔记）

【CIBERSORT】超详细，从数据下载到数据分析全过程(初学者笔记)免疫细胞浸润估计分析工具cibersort是目前引用次数最多的免疫细胞浸润估计分析工具，2015年首次发表于naturemethod
生信小白荼茶·2020-01-08 13:46

Cibersort（单细胞类型分析方法）

本研究描述的方法称为Cibersort，在线发表于三月三十日的《自然方法》（NatureMethods）根据表面蛋白分析并分选单个细胞，是干细胞科学和癌症研究的一个重要组成部分。
又是一只小菜鸟·2018-10-31 16:37
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