rna甲基化

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

1、NCBI-原始SRA数据的下载只会下到电脑上通过WinSCPC传到服务器，其他方法还没试过！后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端测序还是双端测序！！fastq-dump.sra文件然后压缩一下（因为节省空间）gripSRR.fastq3、质控及去接头trim_galore自动检测adapter的质控软件，具体参数--length
pudding815·2023-09-09 02:57

肿瘤拷贝数+甲基化分型预后分析方案

好久好久没给大家分享aging的文章了，虽然期刊被说的不怎么样，但是也有靠谱的文章。今天就跟大家分享的是最近发表在aging-us上的一篇文章，影响因子5.515。Integrativeanalysisofgenomicandepigeneticregulationofendometrialcancer子宫内膜癌的基因组和表观遗传调控的综合分析首先让我们通过摘要了解一下这篇文章的主要内容，子宫内膜
概普生信·2023-09-08 19:37

人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位（一）

本文作者通过人体肺组织单细胞RNA测序数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2，同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。
玫姝儿·2023-09-08 02:14

单细胞RNA-seq+调控网络，深度剖析TNBCSingle-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-neg...

Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks基于基因调控网络的单细胞RNA-seq
生信学霸·2023-09-07 14:08

bismark 识别甲基化位点

在bismark中，根据甲基化的C所处的上下文环境，分成以下3类；CpGCHGCHHp代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。
生信修炼手册·2023-09-07 00:58

Cell Reports | 揭开METTL14在介导m6A修饰中的神秘面纱

METTL3在1997年被发现，其异常表达通常会影响m6A甲基化，METTL14被认为是一种催化不活
爱基百客·2023-09-06 14:39

TCGA数据分析（4）

TCGA数据分析(1):如何从TCGA下载数据TCGA数据分析(2)：如何从TCGA检索数据TCGA数据分析(3)：RNA-seq表达数据预处理这次讲解如何从metadata.json中获得分组信息，如果你有
dming1024·2023-09-06 08:16

生化中的感人故事

蛋白说："你好，我是RNA水解酶。"mRNA沉默了一下，说："没关系，反正我本来也活不了多久，你就陪陪我吧。"蛋白说："好"。于是两个人就手拉手默默地站在一起。
莫屿花开·2023-09-06 07:56

阿里云国外服务器处理转录组数据RNA-seq

#美国弗吉尼亚8核64G，高主频型4.5rmb/h新建用户adduserwuxiaobinpasswdwuxiaobin赋予root权限：usermod-grootwuxiaobin修改/etc/sudoers文件重启准备工作#安装RSEMwget-chttps://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gztar-xzvf..#安装相应配件sud
好风凭借力·2023-09-06 07:31

2021-08-14 头颈部鳞状细胞癌中PD-L1 和 m 6 A RNA 甲基化调节因子的免疫浸润的综合分析

1628943565(1).pngAbstract由于大多数研究都集中在肿瘤的内在致癌途径，因此N6-甲基腺苷(m6A)甲基化在肿瘤免疫微环境(TIME)中的潜在作用仍然难以捉摸。
卅衣·2023-09-06 04:09

seurat单细胞转录组整合分析教程-02

ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140
whitebird·2023-09-06 02:00

【星戈瑞】CY7-COOH在分子生物学研究中的应用

核酸标记：CY7-COOH可以用于标记DNA、RNA等核酸分子，用于分析基因表达、核酸杂交实验等。细胞内示
星戈瑞-荧光居·2023-09-05 03:08

(27分)文献解读：胃癌中m6A调节器介导的甲基化修饰模式和肿瘤微环境浸润特征分析

背景知识和展望m6ARNA甲基化广泛存在于mRNA、lncRNA和miRNA中，且m6A修饰是哺乳动物细胞中一种动态可逆过程，受甲基转移酶、去甲基化酶和结合蛋白的调控。m6A调节因子的表
脱氧核糖核苷酸·2023-09-04 15:21

【文献速递】-science齐发-人类胚胎发育单细胞基因表达及染色质开放图谱

研究人员利用sci-RNA-seq3的技术，在15种类型的胎儿组织中分析了基因表达。这项技术用三个DNA“条形码”的独特组合标记每个细胞，从而使研究人员无需物理分离即可跟踪细胞。
六博说·2023-09-04 15:28

Gene body甲基化

开花植物中可根据甲基化富集的区间将基因分为五类：UM（umethylatedgenes）在genebody上三种甲基化context都不富集gbM（genebodymethylation）CG在转录区间上富集
horsefish·2023-09-04 10:04

DNA甲基化对植物生长发育到底有多重要？

）研究材料：拟南芥2022年3月14日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心，上海植物逆境生物学研究中心的朱健康团队在NatureCommunications杂志在线发表了题为“这篇文章旨在通过对DNA甲基化缺失的拟南芥植株进行全面的表达谱分析和发育研究
爱基百客·2023-09-04 06:04

Nature commun |晚期胰腺导管腺癌中自发进化的祖细胞niches逃避Yap癌基因成瘾

那么，在晚期胰腺导管腺癌(PDAC)中结合RNA-seq和Cut&Tag技术对肿瘤自发复发研究有什么样的影响呢？看看今天我们带来的文章。
爱基百客·2023-09-04 06:04

RNA结合蛋白研究技术：RIP-seq实验分析流程及案例分享

RNA免疫共沉淀—RIP-seq（RNAImmunoprecipititation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物（RBP）沉淀下来，分离纯化捕获的
爱基百客·2023-09-04 06:03

零基础练习一个RNA-seq分析】CH0：准备一个云服务器

写在最前面大概也是受到了【时代灰尘】的重压，原来的实验计划全盘打乱，本来计划利用疫情期间要写完的综述看起来也要虎头蛇尾了。在经历了一个惨淡的保研申请季后，决定重新把精力放到自己的课题上来，一方面听从老板的建议，充实一下自己保研答辩的PPT，另一方面也是冲淡一下夏令营带来的挫败感。作为一个计算机小白，从搭建一个云服务器开始，学习Linux，跟着@Y大宽姐姐和@徐洲更hoptop哥哥的慢慢摸索。到今天
josia_luo·2023-09-04 04:59

生物基础知识---CDS，基因，Matlab生物信息工具箱

编码区是指能够转录信使RNA的部分
素材积累·2023-09-03 09:39

单细胞转录组数据 + 动力学：常见软件包&一般研究内容

目录RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断
素材积累·2023-09-03 09:09

生物大分子 vs 生物小分子

生物大分子包括蛋白质、核酸（包括DNA和RNA）、多糖和脂质。它们是生物体内的重要分子，具有关键的生物功能和结构特征。
素材积累·2023-09-03 09:09

求臻医学：肿瘤免疫微环境+RNA：破解免疫治疗单一biomarker困境

臻话RNA|第7期近年来，肿瘤精准医疗飞速发展，尤其是ALK、ROS1、RET、NTRK、FGFR等以结构变异为主的靶向药物陆续上市，越来越多患者从中获益。
求小臻·2023-09-03 00:35

易基因：结直肠癌诊断和监测的cfDNA甲基化标志物MYO1-G｜精准医学

循环肿瘤DNA（circulatingtumorDNA，ctDNA）是癌症诊断和预后的潜在标志物，先前的研究已经证明ctDNA甲基化标志物在结直肠癌（CRC）诊断和预后的潜在应用。
易基因科技·2023-09-03 00:33

精准医学： 应用脑脊液游离DNA全基因组甲基化测序筛选小儿髓母细 胞瘤早期诊断与预后监测的可靠生物标志物｜液体活检专题

易点评本文是液体活检DNA甲基化标志物发现的典型研究案例。
易基因科技·2023-09-03 00:03

m6A甲基化

前沿表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalenthistonemodification)、DNA甲基化修饰(DNAmethylation)、RNA甲基化修饰(RNAmethylation)、基因组印记
Seurat_Satija·2023-09-02 19:14

甲基化水平计算方法

一、单个位点甲基化水平：单个位点的甲基化水平＝支持甲基化C的reads数/总的reads数对于参考基因组上的C位点，有些reads（reads上此位置处是C）支持此位点是甲基化的C位点，有些reads不支持
笺牒九州的怪咖·2023-09-02 16:20

老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境

单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的
felix108·2023-09-02 00:36

6mA甲基化-DNA甲基化研究新热点

6mA甲基化-DNA甲基化研究新热点原创阿拉雷基迪奥生物表观遗传研究我们常听到这样一种观点：除了先天的基因遗传外，所处的环境与过往的经历对人的塑造同样重要。
天明豆豆·2023-09-01 20:19

RNA-seq 详细教程：样本质控（6）

学习目标了解计数数据变换方法的重要性了解PCA(principalcomponentanalysis)了解如何使用PCA和层次聚类评估样本质量1.质控DESeq2工作流程的下一步是QC，其中包括样本和基因程度上，以对计数数据执行QC检查，以帮助我们确保样本或重复看起来良好。QC2.样本QCRNA-seq分析中一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性：哪些样本彼此相似，哪些不同？这是否符合实
冷冻工厂·2023-09-01 11:23

一个关于机器人的梦

做了个梦，是关于机器人的，感觉很奇怪，起因是下面的这个比喻：“DNA=程序源代码，RNA=源程序编译器，蛋白质=最终用户的应用软件，mRNA=附带一段源程序的编译器。”
白肥大叔兔·2023-08-31 17:49

Ensembl 简介及其参考基因组

BioMart是强大的RNA在线ID转换工具；BLAST是
花色匆匆·2023-08-31 14:06

分子知识

寡核苷酸(Oligonucleotide)是一类只有20个以下碱基的短链核苷酸的总称（包括脱氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA内的核苷酸），寡核苷酸可以很容易地和它们的互补对链接，所以常用来作为探针确定DNA
mini炒年糕·2023-08-31 04:14

miRNA的下一个研究浪潮？A-to-I edited miRNA走起！

提到非编码RNA，大家最熟悉的就是miRNA,miRNA靶基因研究，miRNA-lncRNA研究等等。小编最近发现了一个miRNA的新研究：A-to-IeditedmiRNA。
唯问生物·2023-08-30 19:18

Epigenetics文献学习：Writing, erasing and reading histone lysine methylation

介绍了组蛋白赖氨酸上主要的甲基化位点相关酶，以及不同位点甲基化的功能和作用。笔记内容较长，但不是全文翻译。
生信start_site·2023-08-30 17:00

2022-03-31聊聊抗原检测

看了张医生的介绍视频，就是以往的核酸检测检验的是病毒的基因RNA，需要扩增，什么意思？就是病毒基因太少了，看不出来，需要通过技术去复制。一般德国的标准是复制30轮，我们可以理解为2的30次方。
如月公子·2023-08-30 16:17

瑞禧解析制备步骤--荧光标记外泌体（含荧光标记方向科普）

外泌体(Exosome)是指包含了复杂RNA和蛋白质的膜性膜泡(30-150nm)，其直径在30-150nm左右。
星戈瑞-荧光居·2023-08-30 07:39

肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘文章

Biomamba荐语与这个系列的前面一些论文类似，这次给大家推荐的是一篇纯生物信息学数据挖掘的文章，换句话说，这又是一篇不需要支出科研经费（白嫖）的论文(当然，生信分析用的服务器还是得掏点费用的)。一般来说，纯数据挖掘、没有实验验证的文章影响因子普遍比有实验验证的文章低一些。尤其是肿瘤领域的TCGA数据挖掘，铺天盖地的1分、2分、3分的文章；大量的灌水导致了目前纯生信文章的影响因子贬值。更离谱的是
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:04

识别癌症甲基化驱动基因

MethylMix:anRpackageforidentifyingDNAmethylation-drivengenes.本文参考：识别甲基化驱动的癌症基因GetData函数，怎么爬取数据：https:
Shaoqian_Ma·2023-08-30 05:18

48个实用的生信在线工具

基因结构绘制1.Exon-IntronGraphicMaker工具链接：http://www.wormweb.org/exonintronRNA二级结构2.Mfold工具链接：http://unafold.rna.albany.edu
天明豆豆·2023-08-30 04:44

【珍藏版】热点综述 | 单细胞多组学研究怎么做？

来自韩国的研究团队在《Experimental&MolecularMedicine》发表综述，介绍了单细胞多组学分析技术（mRNA-基因组、mRNA-DNA甲基化、mRNA-染色质可及性、mRNA-蛋白质
尐尐呅·2023-08-29 17:00

RNAseq教程(4.5)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-08-29 14:50

易基因：MeRIP-seq等揭示ALKBH5介导m6A去甲基化调控皮肤创面再上皮化分子机制｜科研进展

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现，这是一个包括凝血、炎症、再上皮化（re-epithelialization）、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素，再上皮化受损是创伤、糖尿病、血管疾病、感染或辐射导致的所有慢性创面无法愈合的原因。因此研究创面再上皮化调控机制具有重要的临床意义
易基因科技·2023-08-29 13:41

易基因：WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制｜科研速递

DNA甲基化变化在调控植物种子发育、茎和叶生长、春化、果实成熟和次级代谢等方面发挥着重要作用。然而丹
易基因科技·2023-08-29 13:41

易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递

先前研究利用850K芯片对哮喘的DNA甲基化变化的靶点特异性分析或DNA甲基化微阵列进行了描述，覆盖人类基因组约28MCpG中的27
易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述

近年来，5-甲基胞嘧啶（m5C）RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。
易基因科技·2023-08-29 13:40

8月14日武汉见 | 易基因与您相约2023年度表观遗传与染色质生物学大会

易基因科技将携RNA修饰研究、DNA甲基化和羟甲基化研究、染色质结构构象与DNA互作研究、单细胞组学研究等表观特色产品亮相本次大会。欢迎各位老师前来易基因13号展位
易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：RNA-BS揭示叶酸调控神经干细胞m5C修饰和mRNA翻译机制｜科研速递

叶酸作为一种必需B族维生素，是一种具有重要生物学功能（包括DNA甲基化调控）的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感，而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。
易基因科技·2023-08-29 13:39

易基因：m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性｜科研进展

RNA结合蛋白（RNA-bindingprotein，RBP）是一类结构和功能多样化的蛋白质，参与多种生物过程。
易基因科技·2023-08-29 13:09

易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinalvesicle，GV)卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizinghormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和早期胚胎发育能力。同时还需要卵母细胞和粒细胞(granulosacell，GC)之间高度复杂的激素和能量互相
易基因科技·2023-08-29 13:09
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