rna聚类分析第2页

MATLAB | 绘图复刻(十五) | 环形聚类树状图

本期复刻效果：感觉出的聚类分析树状图绘制工具也不少了，未来可能会统一整理为一个工具包？

slandarer·2024-02-19 20:48

聚类分析入门：使用Python和K-means算法进行数据聚类

文章标题：聚类分析入门：使用Python和K-means算法进行数据聚类简介聚类分析是机器学习中的一个重要任务，它涉及将数据集中的样本分成多个类别或簇，使得同一簇内的样本相似度较高，不同簇之间的样本相似度较低

Evaporator Core·2024-02-19 19:01

多元统计分析课程论文-聚类效果评价

K-Means-DBSCAN-Hierarchical||Kaggle基于特征合成降维和主成分分析法降维的国家数据集聚类效果评价目录1.特征合成降维2.PCA降维3.K-Means聚类3.1对特征合成降维的数据聚类分析

talle2021·2024-02-19 11:45

宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定

require(GDCRNATools))BiocManager::install("GDCRNATools")library(GDCRNATools)这里使用的是作者给的示例数据，RNA-seq是1000

小洁忘了怎么分身·2024-02-15 09:09

数据分析方法论和分析法

水调歌头_f072·2024-02-15 05:06

生信地基系列--常规分析流程

领域特异性分析包括质量评估、ChIP-seq、差异表达、RNA-seq和其他方法。

可能性之兽·2024-02-14 18:17

遗传学经典选择题

（c）A先天性疾病B家族性疾病C遗传物质改变引起的疾病D不可医治的疾病2.DOWN综合征是（b）A单基因遗传病B多基因遗传病C染色体遗传病D线粒体遗传病3基因表达时，遗传信息的基本流动方向是（d）A.RNA

JQYP·2024-02-14 06:59

Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程

在前面的教程中，我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程，在本节教程中，我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。

Starlitnightly·2024-02-14 06:18

单细胞测序最好的教程（二）：归一化

由于单细胞测序技术的限制，我们在样本中获得RNA的时候，经过了分子捕获，逆转录还有测序。

Starlitnightly·2024-02-14 06:18

Python版RNA-seq分析教程：DEseq2差异表达基因分析

BulkRNA-seq分析的一个重要任务是分析差异表达基因，我们可以用omicverse包来完成这个任务。在omicverse中，除了最简单的ttest外，在这里，我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。原教程地址：https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-bulk/t_deseq2/环境的下载在这里我们只

Starlitnightly·2024-02-14 06:48

python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-转录组测序（差异分析篇）...

原标题：一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。

weixin_39607873·2024-02-14 06:17

SLICER：从单细胞RNA-seq数据推断分支的非线性细胞轨迹

image.pngSLICER是一种构建轨迹的算法，该轨迹描述了某些生物学过程中基因表达的变化。SLICER可以捕获高度非线性的基因表达变化，自动选择与该过程相关的基因，并检测轨迹中的多个分支和loopfeatures。SLICER（SelectiveLocallyLinearInferenceofCellularExpressionRelationships），是一种使用局部线性嵌入（LLE）重

生信编程日常·2024-02-14 00:51

内源性逆转录病毒一(基础知识)

内源性逆转录病毒概念：逆转录病毒属于逆转录病毒科(Retroviridae)，是一类仅感染脊椎动物的单链正义不分节RNA病毒。

吕强强学生信·2024-02-13 21:24

春天长高季，除了补钙，这几种营养也不能缺了

维生素A维生素A参与细胞的RNA、DNA的合成，对细胞的分化、组织更新有一定影响。充足的维生素A有益于增强长骨骨骺软骨中的细胞活

纤云营养师·2024-02-13 21:05

【算法详解】STitch3D：空间转录组数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法，实现更高分辨率的3D结构重建

目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文：Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构，生理过程的进行也很少在二维

yaoyao255·2024-02-13 18:32

2021-06-04 双管齐下——mTORC1调控m6A

研究结果显示，mTORC1通路可以通过调控m6AWriter中的WTAP的表达与m6A的甲基供体SAM的水平调控RNA的m6A修饰。mTOR

NAome·2024-02-13 05:05

10.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：评估是否存在聚类过程产生的技术误差使用PCA和UMAP图确定聚类质量，并了解何时重新聚类评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经进行了整合，我们想知道我们的细胞群中存在哪些不同细胞类型

denghb001·2024-02-13 01:02

新版EvidenceModeler基因组注释方法

EvidenceModeler用于将多种方法的注释结果合并整理从头预测的结果，同源注释结果，RNA-seq辅助注释结果，EST注释结果等等。

在学生信秃头中·2024-02-12 22:41

机器学习原理到Python代码实现之K-Means

神仙盼盼·2024-02-12 18:15

《统计学简易速速上手小册》第6章：多变量数据分析（2024 最新版）

文章目录6.1主成分分析（PCA）6.1.1基础知识6.1.2主要案例：客户细分6.1.3拓展案例1：面部识别6.1.4拓展案例2：基因数据分析6.2聚类分析6.2.1基础知识6.2.2主要案例：市场细分

江帅帅·2024-02-12 11:56

小鼠嗅球的单细胞rna-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查

Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目：小鼠嗅球的单细胞rna-seq

猫姐Lily·2024-02-12 06:26

聚类分析-R语言

1，原始数据，是矩阵，有行头和列名：data2，amap包的聚类分析：library(amap)clu<-hclusterpar(matx)plot(clu,sub="",hang=-1,xlab=NA

育种数据分析之放飞自我·2024-02-12 00:39

链特异性测序及在IGV中的可视结果

dUTP方法是先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉。

LeoinUSA·2024-02-11 09:26

lncRNA转录组分析泌乳母猪热应激机制

长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是，lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。

felix108·2024-02-11 06:37

温故知新之CRISPR/Cas9原理

温故知新之CRISPR/Cas9原理CRISPR/Cas9基因编辑系统由一个具有核酸内切酶功能的Cas9蛋白(或其他同源蛋白)和一条单链向导RNA(singleguide,sgRNA)组成。

Seurat_·2024-02-10 22:19

2021-08-09 iCLIP解析HNRNPC在可变剪接中的调控机制

CLIP-seq（UVcross-linkingandimmunoprecipitationwithhigh-throughputsequencing）是研究RNA结合蛋白（RNAbindingprotein

NAome·2024-02-10 14:10

聚类分析实验报告

聚类分析在市场细分中的目的是构建细分市场，基本思想是“物以类聚”，辨别事物在某些特征上的相似性或相异性，并按照这些特性将事物划分为几个类别，是在同一类别中的事物有较大的相似性，不同类别中的事物有较大的差异

平凡女生的创作·2024-02-10 08:39

【机器学习】Kmeans如何选择k值

确定K值是K-means聚类分析的一个重要步骤。不同的K值可能会产生不同的聚类结果，因此选择合适的K值非常重要。

TwcatL_tree·2024-02-09 15:29

2018 年诺贝尔化学奖「蛋白质进化」在我们生活中实际应用

而后，1912年Sabatier的金属催化加氢反应、1918年Haber的合成氨工业，以及近来的非平衡态热力学、基元反应研究、RNA催化、小分子/

ferrymanzrq·2024-02-09 13:23

三维基因组｜分子生物学简介 (1)

分子生物学涉及生命从组成到活动的所有分子基础，包括DNA、RNA、蛋白质之间的相互作用、它们的生物合成以及这些相互作用的调节。

冷冻工厂·2024-02-09 09:10

mRNA新冠疫苗会制造“转基因人”？没那么容易被“转”

加上最近美国《科学》杂志发表的一篇文章称，有证据证明，如果注射mRNA新冠疫苗，新冠病毒的部分RNA（核糖核酸）可能会整合到人的遗传物质DNA中，虽然不解其意，但许多人也忧心忡忡。

BBCearth·2024-02-08 14:56

看了老大比较基因组学视频后扩展的小内容

老大视频比较基因组在IGV看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlwes：探针捕获rna-seq：不会出现外显子两边下降chip-seq：不会出现整齐，得到的文件是

小梦游仙境·2024-02-08 12:56

非约束排序1—概述（数量生态学：R语言的应用第五章）

非约束排序1—概述（数量生态学：R语言的应用第五章）在这之前我们已经学习了聚类分析，聚类分析的目的在于寻找数据的间断性，排序的目的就在于寻找数据的连续性（通过连续的排序轴展示数据的主要趋势）。

fafu生信小蘑菇·2024-02-08 07:20

生信绘图：在线绘制序列 Logo 图

网站链接：WebLogo3-About(threeplusone.com)1序列Logo图序列Logo是一种常用于可视化DNA、RNA或氨基酸序列中保守性和模式的图形化方法。

Ningbo_JiaYT·2024-02-08 07:09

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

SchlesingerF,etal.STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq

sunlight_yy·2024-02-07 14:29

文献笔记八十六：植物小RNA百科全书

论文PmiREN:acomprehensiveencyclopediaofplantmiRNAshttps://academic.oup.com/nar/article/48/D1/D1114/5585553本地文件名gkz894

小明的数据分析笔记本·2024-02-07 11:43

2022-09-07

-0710:15发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=47.99推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：文章开发第一个通用平台US-align，用于统一对齐不同大分子的单体和复合结构--蛋白质、RNA

图灵基因·2024-02-07 10:48

学习：StatQuest-RNA-seq技术重复

概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复，我们的RNA-seq的data产生差异是正常的，关于差异来自于几个方面：生物学多样性，个体间差异，即便是同一物种（基因组相同），其转录本也未必都相同image.png

小潤澤·2024-02-07 09:11

2022-11-29 RNA-seq差异表达分析

最近看到一篇文章提到当样本量很大的时候差异表达分析使用秩和检验效果较好。文章题目：ExaggeratedfalsepositivesbypopulardifferentialexpressionmethodswhenanalyzinghumanpopulationsamplesGenomeBiol.2022Mar15;23(1):79.doi:10.1186/s13059-022-02648-4.

Zheng_xy·2024-02-06 21:20

RNA-seq-Li

李老师RNA-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff

bred·2024-02-06 17:31

几种RNA和蛋白互作检测的实验技术

今天给大家分享几种RNA和蛋白互作检测的实验技术，实验方法在这里没有详细描述，只是让大家对这几种实验技术原理有个初步的认识了解。感兴趣的可以专门阅读文献去深入学习，下面我们来看下这几种实验技术。

去学习一下啊·2024-02-06 17:45

2022-08-14

上一次写随笔还是两周前八月第一周在玩异度之刃3.....第二周把EGO数据库挖掘的内容结束了，另外学了chip-seq全流程，这一次感觉比rna-seq那一趟顺利多了，当然，数据量也是大多了，分析结束后还要把

佳奥·2024-02-06 09:00

学习：StatQuest-Heatmap

Heatmapimage.png在RNA-seq中热图往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况（主要看上下表达），这个图就是个热图，横坐标表示不同样本，纵坐标表示基因。

小潤澤·2024-02-06 05:17

文献分享-Cas9系统中引导RNA的研究进展

本文是一篇中文综述，于2018年12月发表于《生物技术通报》，文章对CRISPR/Cas9系统中的引导RNA研究进展进行了综述，围绕引导RNA的序列组成、结构特征以及转录产生方式这3方面内容，展望引导RNA

去学习一下啊·2024-02-05 23:40

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access

医学小白学生信·2024-02-05 15:35

一文读懂环状RNA

环状RNA的定义是什么？circRNAs（CircularRNAs，环形RNA分子）是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。

Seurat_Satija·2024-02-05 09:01

比对软件索引构建与效率比较

最近接触下组学的rawdata分析，慢慢学咯~下载参考基因组【直播】我的基因组（五）:测试数据及参考基因组的准备比对原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练比对效率5款流行比对工具大比拼

王诗翔·2024-02-05 08:18

挖掘建模概述

1、概述1.1数据挖掘的基本任务基本任务包括分类与预测、聚类分析、关联规则、时序模式、偏差检测、智能推荐等方法，通过完成这些任务，发现数据的价值，指导商业抉择，带来商业新价值。

三块给你买麻糬_31c3·2024-02-05 07:02

“诺如病毒”爆发导致的腹泻，如何避免宝宝中招？

诺如病毒是属于杯状病毒科的单链正股RNA病毒，是引起全世界病毒性急性胃肠炎散发和暴发的主要病原体之一，也是儿童急性肠胃炎常见诱因之一

小风车儿科·2024-02-05 06:53

机器学习——分级聚类法介绍及其Python实现

目录聚类分析概念1.1为什么聚类1.2聚类到底是什么1.3聚类与分类区别1.4相似性与距离聚类1.5相似性的测度特征相似度测度与聚类准则2.1特征相似度测度2.2聚类准则分级聚类法聚类分析概念1.1为什么聚类之所以要聚类

AI小小白·2024-02-04 22:29

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