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rna聚类分析
机器学习---流形学习
1.流形学习作为机器学习研究的热点问题之一,流形学习是要从高维数据集中发现内在的低维流形,并基于低维流形来实现随后的各种机器学习任务,如模式识别,
聚类分析
。
三月七꧁ ꧂
·
2024-01-13 18:52
机器学习
机器学习
学习
人工智能
KMeans clustering如何验证K点最佳 - silhouette analysis
、TheElbowMethod二、DistortionScoreElbowforKMeansClustering三、silhouetteanalysis介绍:Silhouetteanalysis是一种
聚类分析
的方法
取名真难.
·
2024-01-13 18:42
机器学习
机器学习
支持向量机
人工智能
python
kmeans
模糊控制:MATLAB实现
基于模糊理论的广西城市的分类利用MATLAB的模糊
聚类分析
实现城市分类的智能计算文章简介:利用MATLAB的模糊
聚类分析
实现城市分类的智能计算,使用到了模糊控制算法,有兴趣的友友可以看看。
竹字头虫字底
·
2024-01-13 02:53
大数据
人工智能
数据库
干扰
RNA
-基因沉默
干扰
RNA
进行基因沉默的原理和方法:越来越多的实验室利用siRNA敲低技术来评估细胞内蛋白质的功能。这项技术常被用于确定从细胞中去除蛋白质之后所产生的影响:是否导致细胞死亡?是否为致死敲除?
期待未来
·
2024-01-12 20:19
基于K-Means聚类算法与随机森林模型评估信贷风险客户【500010101】
项目背景本数据集来自一家德国银行,由加州大学霍夫曼教授于2016年收集整理,每条记录代表了一个接受银行信贷的客户,这也就说明了,这些客户都是通过了贷款申请的,通过可视化分析对数据进行初步探索,并利用
聚类分析
将客户分为不同的风险群体
神仙别闹
·
2024-01-12 15:47
Python
教程
算法
kmeans
聚类
随机森林
可视化
叶酸怎样吃才科学合理
叶酸能维持细胞遗传基因,调节细胞分裂,合成DHA、
RNA
等胎儿发育必不可缺的物质。早期胚胎发育过程中,存在着快速的细胞分裂和生长过程,对叶酸的需求增加。叶酸怎么“工作”?叶酸在
欧贝尔曼
·
2024-01-12 13:36
觉得
RNA
研究太普通了?来探索一下增强子吧!
Comprehensivelandscapeofepigenetic-dysregulatedlncRNAsrevealsaprofoundroleofenhancersincarcinogenesisinBCsubtypes表观遗传失调lncRNAs的综合景观揭示了增强子在BC亚型致癌中的深刻作用发表期刊:molthernucleicacids发表日期:2021Jan1影响因子:7.032DOI
生信学霸
·
2024-01-12 03:13
2021-09-08 批次TCGA(1)
样本过滤完后,质控先:样本过滤基因过滤过滤完后,做质控,有下面三个图箱线图,密度图PCA图层次
聚类分析
现在做完后,究竟是先标准化还是先去去除批次差异需要做批次矫正因为在不同样本中,有一些基因的表达量是恒定的
多去看看
·
2024-01-11 06:20
单细胞测序文献阅读及补充
Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract:单个细胞是生物的基本构件,并且每个细胞都是唯一的,单细胞
RNA
瞌睡斋主人
·
2024-01-11 06:33
2021-08-04 mRNA display
在体外利用T7
RNA
聚合酶将DNA转录成
RNA
,把
RNA
的3′端和带有嘌昤霉素的
RNA
NAome
·
2024-01-11 05:18
生命的演化5——真核生物的繁荣
非细胞构成的生命即病毒,它只有一条DNA(或
RNA
)长链,外面包裹着一层蛋白质。因此,病毒既不能自己进行新陈代谢,也无法自我繁殖,它必须借助宿主的细胞来完成这些功能。
数元
·
2024-01-11 01:34
数模学习day11-系统聚类法
本文参考辽宁石油化工大学于晶贤教授的演示文档
聚类分析
之系统聚类法及其SPSS实现。
WenJGo
·
2024-01-10 23:50
数学建模
数学建模
昨天-今天-明天
图片发自App昨天是个好日子,转运
RNA
行使职权的好日子。这一天我一般都会从容不迫的淡定从容的打开“国库”,浏览一下一个月的收获,喜怒不显于色的进行着调拨工作。
栗栋炜
·
2024-01-10 13:20
R语言学习入门(一)
R语言是基于S语言的一种方言,它提供了广泛的统计和图形技术,包括线性和非线性建模、时间序列分析、分类和
聚类分析
、数据可视化等。R语言的特点包括易于使用、开源免费、拥有强大的图形能力和扩展性。
亦旧sea
·
2024-01-10 05:44
r语言
学习
开发语言
10X单细胞(10X空间转录组)数据分析之图神经网络框架
单细胞
RNA
测
单细胞空间交响乐
·
2024-01-09 22:25
RNA
-seq,Ribo-seq数据分析(上)
TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献,从GEO数据库下载原始测序文件,
RNA
-seq
1yon
·
2024-01-09 18:21
累计IF>5000 | m6A
RNA
甲基化文章2021上半年发表汇总
RNA
甲基化作为近年的研究热点,为科研人员解读生物学问题提供了新的观察角度,其相关研究受到国自然科学基金的青睐,同时,文章成果频发。此前,我们分享了“研究思路”和“生信分析流程”等内容。
ee00dc6faab7
·
2024-01-08 21:37
RNA
_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组
比对参考基因组的2种软件:hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引:官网下载:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引:(不推荐)2、关于hisat2:Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。使用--help查看选项和参数hisat2主要参数:-x##索
javen_spring
·
2024-01-08 15:16
聚类分析
模型
聚类面向的是未知的类别,是按照“距离”对已知数据直接分类。优缺点分析优点:算法简单,快捷。处理大数据集的效率较高。缺点必须先确定要生成的类别的数量。对选择的初值较为敏感。容易被噪声干扰。
爱静的龙猫
·
2024-01-08 11:30
数学建模
使用DBscan算法进行密度
聚类分析
使用DBscan算法进行密度
聚类分析
使用DBscan算法进行密度
聚类分析
算法原理Python实现算法特点应用案例结论使用DBscan算法进行密度
聚类分析
DBscan(Density-BasedSpatialClusteringofApplicationswithNoise
OverlordDuke
·
2024-01-08 06:14
聚类算法
算法
机器学习
人工智能
聚类算法
深度解析基于模糊数学的C均值聚类算法
深度解析基于模糊数学的C均值聚类算法模糊C均值聚类(FCM)聚类步骤:FCMPython代码:模糊C均值聚类(FCM)在数据挖掘和
聚类分析
领域,C均值聚类是一种广泛应用的方法。
OverlordDuke
·
2024-01-08 06:13
聚类算法
算法
c语言
均值算法
聚类算法
氨基酸密码子表及偏好性(2022-05-03)
密码子(codon)是指信使
RNA
(mRNA)分子中每相邻的三个核苷酸编成一组,在蛋白质合成时,代表某一种氨基酸的规律。信使
RNA
在细胞中能决定蛋白质分子中的氨基酸种类和排列次序。
会飞的老猫
·
2024-01-07 18:42
机器学习系列 - 9. 主成分分析法 PCA
也可以用来削减回归分析和
聚类分析
中变量的数目。1.2为什么要做主成分分析在很多场景中需要对多变量数据进行观测,在一定程度上
小蘑菇1962
·
2024-01-07 07:20
外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量
目前市面上有很多公司外泌体
RNA
测序推荐的数据量很少,为了合理评价一个合适的有说服力的有效数据量,我们对公开发表的相关外泌体文章和数据进行检索和信息收集,此次文章如下:文章信息文献标题:Characterizationofprotein
_十三
·
2024-01-07 05:24
真核原核生物常用的启动子分类
常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途
RNA
转录本描述表达备注1CMV常规表达用m
巩翔宇Ibrahimovic
·
2024-01-07 00:18
粪便
RNA
该如何提取?
操作步骤:1.请自行准备:无水乙醇、异丙醇、PBS、1.5mLRNase-free灭菌离心管。2.取出洗涤液,按以下操作:a)洗涤液A:21mL加入9mL无水乙醇;42mL加入18mL无水乙醇,混匀。b)洗涤液B:18mL加入42mL无水乙醇;36mL加入84mL无水乙醇,混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀,可在37℃溶解,摇匀后使用。3.取200mg的粪便于1.5mLRNase-free灭菌离心
清风拂面vv
·
2024-01-06 19:52
聚类分析
| Matlab实现基于RIME-DBSCAN的数据聚类可视化
聚类分析
|Matlab实现基于RIME-DBSCAN的数据聚类可视化目录
聚类分析
|Matlab实现基于RIME-DBSCAN的数据聚类可视化效果一览基本介绍程序设计参考资料效果一览基本介绍1.
聚类分析
|
机器学习之心
·
2024-01-06 19:52
聚类分析
RIME-DBSCAN
RIME
DBSCAN
cellranger处理单细胞数据的一些错误记录
不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat:YS2310077_T_C_5/SC_
RNA
_COUNTER_CS
微光**
·
2024-01-06 14:11
数据库
前端
服务器
空间转录组分析流程(使用Seurat对空间数据集进行分析)
使用Seurat对空间数据集进行分析,可视化和集成1、介绍本教程演示了如何使用Seurat(>=3.2)分析空间分布的
RNA
-seq数据。
微光**
·
2024-01-06 14:41
r语言
Bulk-
RNA
-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)
2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)
璐璐璐璐璐952
·
2024-01-06 14:40
RNA-seq
linux
ubuntu
RNA
-seq + 下游分析:一条龙代码
这段时间太多事,生信学习耽误了很长一段时间,这几天终于撸完了生信技能树B站的
RNA
-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜学生信写代码所致,无任何不良嗜好,请大家放心交友。
颗粒神经园
·
2024-01-06 14:08
Bioinformatics
r语言
大数据
python
ggplot2
bulk-
RNA
seq测序数据分析流程
假如有bulk-
RNA
测序的数据:TH1,TH2,TH3三个重复(实验组),TW1,TW2,TW3三个重复(对照组)准备工作需要安装的软件(如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**
·
2024-01-06 14:38
数据分析
数据挖掘
从零开始的“
RNA
-seq“分析(STAR进行mapping)
前言在用trim_galore进行trimming后,要进行
RNA
-seq分析的核心部分:mapping实验室一直购买着CLCGenomicsWorkbench的版权,用户友好,使用简便,但一年大概要花费
YY生物日记
·
2024-01-06 14:38
RNA-seq
STAR
ubuntu
体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa
众所周知,CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组:规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合,可以在引导
RNA
(gRNA)的指引下,靶向基因组中的特定区域并切割DNA,产生DNA双链断裂
Seurat_Satija
·
2024-01-06 13:35
NGS基础概念
来源自:华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子(DNA、
RNA
、蛋白质、代谢物或其他分子)的所有组成内容,称之为“组学”(-omics),”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位
问菊22
·
2024-01-05 22:30
聚类分析
--基本原理、方法(Kmeans,层次聚类)
文章目录
聚类分析
的定义基本原理商业应用场景
聚类分析
步骤
聚类分析
方法层次分析法/系统聚类法(小样本)提问:如何选择合适的分类结果K-means疑问:
聚类分析
的定义
聚类分析
就是将研究对象根据一些特征指标,把比较相似的研究对象
universe_1207
·
2024-01-05 18:38
面试
机器学习
聚类
kmeans
【数据挖掘】聚类趋势估计、簇数确定、质量测定等评估方法详解(图文解释 超详细)
聚类评估主要包括以下任务估计聚类趋势对于给定的数据集聚类趋势估计用于评估该数据集是否存在非随机结构,如果盲目地在数据集上使用聚类方法返回一些簇所挖掘的簇可能是误导因为数据集上的
聚类分析
仅当数据中存在非随机结构时才有意义确定数据集中的划分簇数一些聚类算法需要数据集划分的簇
showswoller
·
2024-01-05 18:37
机器学习
数据挖掘
聚类
数据挖掘
评估
sklearn
聚类分析
-K-means、层次聚类、DBSCAN、簇评估
聚类分析
基本概念
聚类分析
定义
聚类分析
是一种数据分析技术,对大量未知标注的数据集,通过将具有相似数据特性的数据对象分组到一起,使得类别内的数据相似度较大而类别间的数据相似度较小,以便对这些数据对象进行更好的理解和分析
norah2
·
2024-01-05 18:06
聚类
机器学习
python
GEE土地分类:土地分类精度评定和分类后影像进行(Kmeans,Gmeans,SNIC (Simple Non-Iterative Clustering)
聚类分析
和滤波(focal_mode)分析
简介使用
聚类分析
和滤波分析来进一步处理土地分类后的影像数据。
聚类分析
可以帮助您识别影像中的相似区域。您可以使用聚类算法,如K均值聚类或层次聚类,将像素分组到具有相似像素值的群集中。
此星光明
·
2024-01-05 18:07
gee土地分类专栏
GEE案例分析
集群
滤波
聚类
土地分类
kmeans
gmeans
gee
k-means算法的中文名字是什么,是用来干什么的呢。
这是一种常用于
聚类分析
的算法,通过将数据分成k个簇,使得每个数据点都属于离其最近的簇的中心。算法的目标是最小化数据点与其所属簇中心之间的平方距离之和。
神笔馬良
·
2024-01-05 12:26
算法
kmeans
机器学习
病毒的威胁
答:病毒分为DNA病毒(以下简称D病毒)和
RNA
病毒(以下简称R病毒)。
听月_
·
2024-01-05 04:33
数量生态学:R语言的应用—第四章
聚类分析
2-解读和比较层次聚类结果
数量生态学:R语言的应用—第四章
聚类分析
2今天来给大家介绍一下如何解读和比较层次聚类结果由于今天内容比较多,所以我们先来看看思维导图,看看大致有什么解读和比较层次聚类结果这里强调一下,
聚类分析
是一种探索性分析
fafu生信小蘑菇
·
2024-01-04 23:53
聚类分析
8—顺序聚类和模糊聚类(数量生态学:R语言的应用 第四章)
数量生态学:R语言的应用第四章
聚类分析
8—顺序聚类和模糊聚类今天是数量生态学:R语言的应用第四章
聚类分析
最后一部分内容了,不知不觉已经过了一周了,内容还是很多的,不知道你掌握了多少,不会的话的好好理理,
fafu生信小蘑菇
·
2024-01-04 02:50
NCBI的primer picker设计qRT-PCR染色法引物
mRNAandprotein此处有NRxxxxx数字,为NCBI给出的标准mRNA序列,选择一个点进去tips,选择的时候可以去页面上方,看看实际图,对应的mRNA的在基因上的对应位置再向下有NRxxxxx数字,这是非编码
RNA
盘山路
·
2024-01-03 22:34
R语言:一致性聚类 ConsensusClusterPlus
顺手策个文章套路:比较常用到
聚类分析
的就是肿瘤亚型识别的文章吧。
生信频道
·
2024-01-03 20:47
分子生物学知识整理
表观遗传变异定义:是指碱基序列不变,通过DNA甲基化、组蛋白乙酰化、
RNA
编辑、基因沉默在、休眠转座子激活等方式影响了基因的活性,导致基因控制的性状发生改变,这种变化是可逆的,可能遗传。
雪切丝
·
2024-01-03 19:20
国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究
近日,来自美国芝加哥大学、中国科学院、同济大学等多家机构的研究人员合作在《Science》发表了其最新研究成果,揭示了
RNA
的m6A甲基化修饰调控染色质状态和转录活性的重要机制。m6A是什么?
尐尐呅
·
2024-01-03 15:25
易基因|组学研究:人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和
RNA
m5C动态重编程
易基因|组学研究:人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNAm5C动态重编程大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。2022年5月26日,中国科学院研究团队合作以“DynamicDNA5-hydroxylmethylcytosineandRNA5-methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学
易基因科技
·
2024-01-03 15:32
高分文献
人工智能
生物学
经验分享
生物信息学
机器学习
享知行·思维:自我催化,让你的生活像游戏一样上瘾
在生物学中,核酶具有酶的催化活性可在预选位点剪切
RNA
的反义
RNA
又称酶
RNA
。
RNA
具有催化能力的发现,改变了酶都是蛋白质的传统概念。按底物,核酶
java程序员思维
·
2024-01-03 13:07
How to understand Data Mining
什么是数据挖掘为何使用数据挖掘数据挖掘有哪些类型流程挖掘文本挖掘预测挖掘数据挖掘如何运作业务了解数据了解数据准备数据筛选数据变量转换缺失值处理坏数据处理数据标准化主成分分析属性选择数据规约数据建模评估模型部署模型数据挖掘的方法有哪些异常检测(Anomalydetection)
聚类分析
qwfys200
·
2024-01-03 08:13
Reading
数据挖掘
数据库
人工智能
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