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rna聚类分析
RNA
-seq数据库(ChatGPT)
截至我最后更新知识的时间(2022年1月),存在许多
RNA
测序(
RNA
-seq)数据库,这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。
素材积累
·
2023-12-24 07:11
笔记
数据库
RNA-seq
一种具有翻译功能的circRNA在肌细胞生成中的作用
Circ-ZNF609isacircularRNAthatcanbetranslatedandfunctionsinmyogenesis期刊:MolecularCell影响因子:14.248主要技术:
RNA
-Seq
d5c9c866171f
·
2023-12-24 04:04
ImmuCellAI | 免疫浸润计算工具 R包学习
ImmuCellAIImmuCellAI(ImmuneCellAbundanceIdentifier)是一个从基因表达数据集(包括
RNA
-Seq和芯片数据)中估计24种免疫细胞丰度的工具,其中24种免疫细胞由
Aech
·
2023-12-24 03:52
r语言
免疫浸润
ssGSEA
ImmCellAI
小鼠
航空客户分类(附带操作实例)
完成从数据的获取、数据预处理、数据分析到数据可视化几个阶段的工作,运用
聚类分析
的方法对航空客户进行分类,注意其分析模型的建立和分析的步骤,并对数据分析结果给出解释。
xixixi77777
·
2023-12-23 14:11
分类
数据挖掘
人工智能
大数据
python
如何快速了解接触的质粒(三)
---启动子启动子(promoter)顾名思义就是用来启动目的基因表达的一段DNA序列,位于目的基因前端,本身不被转录,是
RNA
聚合酶识别,结合和开始转录的一段序列。
小乔爱科研
·
2023-12-23 04:42
单细胞从理论到实践-这一本书就够了
前面给大家介绍过一些单细胞相关的理论和实践知识BD单细胞测序平台Rhapsody(视频)10X单细胞
RNA
-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ
生信交流平台
·
2023-12-23 03:13
RNA
-seq下游分析之PCA画图
RNA
-seq下游分析之PCA图_欧阳火火的博客-CSDN博客rm(list=ls())mydata1,]head(dds2)rld1<-rlog(dds2)plotPCA(rld1,intgroup=
ECHO1216
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2023-12-22 20:28
NGS Mapping 软件 Bowtie 算法介绍
简介Bowtie是目前流行的一款DNA、
RNA
序列比对软件,开源免费。Bowtie的技术路线基于BWT-FM。BWT-FM法对内存的消耗很小,被很多工具采用。
茄子_0937
·
2023-12-22 18:49
关于numpy库的数学和统计方法
这里,我们用一个正态分布的随机矩阵,统计出它的基本统计量(原文的翻译是
聚类分析
,但是好像不是那么一回事):In[
samoyer
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2023-12-22 17:28
从
RNA
定向互作看基因组组织
我们最近开始了解非编码
RNA
(ncRNA)在此类过程中的原始作用,现在已知几种类型的
RNA
对调节基因表达至关重要:在细胞核中,长非编码RNAs(lncRNAs)、增强子RNAs(eRNAs)、稳定的内含子序列
Ss_y
·
2023-12-22 13:06
案例系列:营销模型_客户细分_无监督聚类
pd.read_csv)/kaggle/input/customer-personality-analysis/marketing_campaign.csv在这个项目中,我将对来自一家杂货公司数据库的客户记录进行无监督
聚类分析
愤斗的橘子
·
2023-12-22 11:13
数据挖掘
聚类
数据挖掘
机器学习
【circRNA】circRNA简介(1)
cirRNA是非编码
RNA
中的一大类,它由一种非经典剪接方式——反向剪接(backsplicing)产生;当反向剪接发生时,下游剪接位点与上游剪接位点共价连接闭合。
jjjscuedu
·
2023-12-22 05:54
Cell:脑肿瘤免疫微环境图谱 | 癌症研究数据资源
通过整合多参数FCM分析、
RNA
序列数据、TME细胞培养分析、蛋白质阵列和空间组织特征,揭示了来自不同
尐尐呅
·
2023-12-22 00:31
关联规则+
聚类分析
+分类算法(数据挖掘)
3.关联规则经典案例:尿布与啤酒的故事;基本概念:设I={i1,i2,....im}是项(Item)的集合。D是事务(transaction)的集合(事务数据库)。事务T是项的集合,且对每个事务具有唯一的标识:事务号,记作TID;设A是I中的一个项集,如果A属于T,那么事务T包含A;关联规则:关联规则是形如A->B的逻辑蕴含式,其中A,B都不为空,且A⸦I,B⸦I,并且AandB=NUll。支持度
ros275229
·
2023-12-21 23:58
class
数据挖掘
分类
人工智能
多切片联合构建3D生物空间图谱
通过对多个切片进行联合建模,将其与单细胞
RNA
测序数据进行整合,STitch3D同时识别出具有一致基因表达水平的3D空间区域,并
tzc_fly
·
2023-12-21 07:47
单细胞多组学分析
3d
2021-10-15
单细胞
RNA
测序显示微生物群的缺失使TME倾向于促肿瘤巨噬细胞。2.从机制上讲,本文发现微生物群衍生的干扰素基因刺激因子(STI
图灵基因
·
2023-12-21 06:47
四价流感疫苗(鼻喷雾)
流感病毒为
RNA
病毒,根据核蛋白和基质蛋白分为甲、乙、丙、丁四型,目前感染人的主要是甲型流感病毒中的H1N1、H3N2亚型及乙型流感病毒中的Victoria和Yamagata系。
Tree_Ye
·
2023-12-21 01:23
Seurat用自定义的 cell type 做差异表达
Rcodemarkers%dplyr::glimpse()Formalclass‘Seurat’[package“SeuratObject”]with13slots…@assays:Listof1……$
RNA
Janine_1991
·
2023-12-21 01:19
R
生物信息
r语言
拭子(痰液)核酸提取中如何高效地分离核酸
3.样本处理:a)拭子:向无
RNA
酶
清风拂面vv
·
2023-12-20 19:29
生物学上描述DNA/
RNA
的长度常用的kb\nt\bp是指什么?
kb=千碱基对kilobase(pair).是kbp的简写nt=核苷酸nucleotidebp=碱基对basepair1Mb=1000kb=1000000bp
大大的世界和小小的人儿
·
2023-12-20 15:08
基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例
DESeq2是一种常用的差异表达基因分析工具,可用于
RNA
-seq数据的差异表达分析。下面是DESeq2的详细使用步骤和全部脚本示例。
小果运维
·
2023-12-20 14:23
R
生信分析-bioinfo
信息可视化
数据分析
数据挖掘
DESeq2
R
案例
生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例
assign_deseq2log2FoldChangecolumnnumeric_combinemean在这里,我们使用
RNA
-Seq数据
小果运维
·
2023-12-20 14:22
R
生信分析-bioinfo
python
算法
开发语言
ggkegg
ggplot
R
案例
2021-01-26基因ID+TMP
TumorProteinP53的简写,RNF180是RingFingerProtein180的简写ID号1.最常见的就是EntrezGene2.在gene数据库里面对于转录本和蛋白的编号是以NM和NP开头的3.非编码的
RNA
小森的生统笔记
·
2023-12-20 00:15
新版TCGA表达矩阵整理简单版
很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的
RNA
-seq数据,只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载,而下载后得到的是一个个文件夹,对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的
医学和生信笔记
·
2023-12-19 20:16
《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1
前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用,这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节:1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.
RNA
-seq
小潤澤
·
2023-12-19 19:08
细胞
RNA
提取的操作步骤
操作步骤(请自行准备无水乙醇、异丙醇、灭菌1.5mL离心管):1.取出洗涤液,按以下操作:a)洗涤液A:按终浓度30%比例加入无水乙醇,如7mL加入3mL无水乙醇;21mL加入9mL无水乙醇,充分混匀。b)洗涤液B:按终浓度70%比例加入无水乙醇,如3mL加入7mL无水乙醇;9mL加入21mL无水乙醇,充分混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀,可在37℃溶解,摇匀后使用。2.取1.5mL离心管,加入
清风拂面vv
·
2023-12-19 18:26
RNA
剪接机制
根据中心法则,DNA编码的遗传信息被转录成
RNA
,然后翻译成蛋白质。在将初级mRNA翻译成蛋白质之前,必须先对其进行修饰和编辑。
阿尔法约塔
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2023-12-19 16:54
《数量生态学:R语言的应用》—第四章
聚类分析
1 概述
数量生态学:R语言的应用—第四章
聚类分析
之前我们了解了关联测度与矩阵,主要是Q模式与R模式。从今天开始给大家带来《数量生态学:R语言的应用》—第四章
聚类分析
。
fafu生信小蘑菇
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2023-12-19 10:09
RNA
-seq数据如何做PCA
PCAworksbestwhentheinputdataisapproximatelynormallydistributedoneachdimension.Itwouldbeagoodideatodosomeinitialdataqualitycheckstoverifythatthisisthecase(andtransformthedataappropriatelyifnot),oratlea
OmicsAcademy
·
2023-12-19 08:49
体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa
众所周知,CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组:规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合,可以在引导
RNA
(gRNA)的指引下,靶向基因组中的特定区域并切割DNA,产生DNA双链断裂
辛晓红
·
2023-12-19 04:19
聚类算法之K-均值聚类
于是,镇长决定采用
聚类分析
的方法来解决这个问题。他首先收集了每个商店的位置信息、营业额和经营类型等数据,然后运用K-均值聚类算法对商店进行聚类。
Uingll
·
2023-12-19 04:41
机器学习
人工智能
生信数据挖掘 单细胞测序
其收稿要求涵盖了癌基因的结构和功能的各个方面,尤其是:细胞癌基因及其激活机制,其编码蛋白的结构和功能,DNA和
RNA
的癌基因,肿瘤病毒,人类肿瘤的分子肿瘤学,肿瘤抑制基因,生长调控基因,细胞周期控制生长
概普生信
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2023-12-18 10:06
2022-03-18
NatComm|非编码
RNA
参与DNA修复调控机制原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制瑞典Karolinska研究所的研究人员发表了一篇论文,展示了某些
RNA
分子如何控制癌细胞中受损DNA
图灵基因
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2023-12-17 21:52
血液微生物
RNA
提取注意事项
操作步骤(请自行准备无水乙醇、异丙醇和1.5mL灭菌RNase-free离心管)1.取出洗涤液,按以下操作:a)洗涤液A:按终浓度30%比例加入无水乙醇,如7mL加入3mL无水乙醇;21mL加入9mL无水乙醇,充分混匀。b)洗涤液B:按终浓度70%比例加入无水乙醇,如3mL加入7mL无水乙醇;9mL加入21mL无水乙醇,充分混匀。2.取1.5mLRNase-free灭菌离心管,加入200μL血液样
清风拂面vv
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2023-12-17 19:58
Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱
通过联合建模多个切片并将其与单细胞
RNA
测序数据整合,S
DrugAI
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2023-12-17 19:06
DrugAI
dnn
人工智能
神经网络
深度学习
机器学习
石蜡包埋组织
RNA
提取步骤有哪些?
操作步骤:1.请自行准备:无水乙醇、异丙醇、灭菌双蒸水、二甲苯及1.5mL离心管。2.取出洗涤液,按以下操作:a)洗涤液A:按终浓度30%的比例加入无水乙醇,如7mL加入3mL无水乙醇,14mL加入6mL无水乙醇,充分混匀。b)洗涤液B:按终浓度70%的比例加入无水乙醇,如3mL加入7mL无水乙醇;6mL加入14mL无水乙醇,充分混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀,可在37℃溶解,摇匀后使用。3.
清风拂面vv
·
2023-12-17 18:00
聚类分析
实例
K-MEANS算法基本概念工作流程K-Means算法实例K值对结果的影响DBSCAN算法算法步骤基本步骤工作流程参数选择层次聚类概述层次聚类(HierarchicalClustering)是一种无监督学习的
聚类分析
方法
llovew.
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2023-12-17 06:45
机器学习
算法
机器学习
人工智能
聚类
python
数据挖掘
逆转录酶性质 – 六个关键注意事项
DNA聚合酶活性RNaseH活性热稳定性持续合成能力保真度末端核苷酸转移酶(TdT)活性逆转录酶是从
RNA
模板合成互补DNA(cDNA)链过程中的必需试剂。
evolisgreat
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2023-12-17 00:17
派森诺转录+代谢组联合分析,4.599分的项目文章
文章题目:MetabolomeandTranscriptomeAnalysisofLiverandOocytesofSchizothoraxo’connoriRaisedinCaptivity技术手段:
RNA
-seq
felix108
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2023-12-16 23:08
我的数据仓库与数据挖掘期末大作业重置版
JupyterNotebook的预设定调整MatPlotLib和Pandas的输出设置任务1:预测问题数据的保存和读取数据的分析和预处理模型的选择和构建线性回归一元多项式回归拟合预测拟合优度的评估任务2:
聚类分析
问题数据的保存和读取数据的分析和预处理聚类的实现聚类结果有效性评估任务
BOXonline1396529
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2023-12-16 17:05
数据仓库
数据挖掘
课程设计
2021-11-17
CanRes|抑制前列腺肿瘤的
RNA
分子原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制尽管许多前列腺癌患者接受了阻断促进肿瘤生长的激素的治疗,但大多数患者对这些治疗产生了耐药性。
图灵基因
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2023-12-16 16:34
[源码和文档分享]python数据分析(6)——挖掘建模(1)分类与预测
经过数据探索与数据预处理,得到了可以直接建模的数据.根据挖掘目标与数据形式可以建立分类与预测、
聚类分析
、关联规则、时序模式和偏差检测等模型。
ggdd5151
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2023-12-16 09:29
【数学建模】《实战数学建模:例题与讲解》第十三讲-相关分析(含Matlab代码)
【数学建模】《实战数学建模:例题与讲解》第十三讲-相关分析(含Matlab代码)基本概念典型相关分析综合评价模型对应分析因子分析
聚类分析
习题10.41.题目要求2.解题过程3.程序习题10.51.题目要求
zhushatong
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2023-12-16 05:53
数学建模
数学建模
matlab
综合评价
对应分析
因子分析
聚类分析
CeRNA才是人生赢家,一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)
首先肯定要先搞清楚ceRNA是个啥,英文名competingendogenousRNAs,咱给翻译成——竞争性内源
RNA
。
医科研
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2023-12-15 19:06
实验1:总
RNA
的提取——Trizol
实验一:细胞中总
RNA
的提取及鉴定一、目的:掌握Trizol提取总
RNA
的原理和步骤,学习电泳鉴定总
RNA
的方法。二、原理:
RNA
是核酸,具有较好的水溶性。
猪莎爱学习
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2023-12-15 14:47
JupyterHub 如何切换 conda 小环境
然后安装conda,方法请见Q4,在conda中创建小环境(这里示例
rna
),并且安装ipykernel# conda 创建 小环境conda creat
生信小博士
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2023-12-15 04:40
服务器
linux
人工智能
尿液
RNA
提取产率高吗?
产品特点◎提取
RNA
纯度高,无抑制剂,A260/A280为1.8-2.0;◎产率高,同样的样本量提取的
RNA
更多;◎提取纯化的
RNA
应用范围广,可应用于Northern杂交、RT-PCR、RealTimeRT-PCR
清风拂面vv
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2023-12-15 03:55
【数学建模】《实战数学建模:例题与讲解》第十二讲-因子分析、判别分析(含Matlab代码)
程序4.结果习题10.6(1)1.题目要求2.解题过程——对应分析3.程序4.结果习题10.6(2)1.题目要求2.解题过程——R型因子分析3.程序4.结果习题10.6(3)1.题目要求2.解题过程——
聚类分析
zhushatong
·
2023-12-15 03:00
数学建模
数学建模
matlab
因子分析
判别分析
贝叶斯分析
Fisher分析
时间分析
【数学建模】《实战数学建模:例题与讲解》第十一讲-因子分析、聚类与主成分(含Matlab代码)
【数学建模】《实战数学建模:例题与讲解》第十一讲-因子分析、聚类与主成分(含Matlab代码)基本概念
聚类分析
Q型
聚类分析
R型
聚类分析
主成分分析因子分析习题10.11.题目要求2.解题过程3.程序4.结果习题
zhushatong
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2023-12-15 03:59
数学建模
数学建模
聚类
matlab
因子分析
PCA
主成分
例题
数学建模算法
算法部分1.评价类模型2.TOPSIS3.线性规划4.
聚类分析
5.预测模型6.拉伊达准则(对异常值进行剔除)7.数据拟合8.图论代码练习1.模拟圆周率2.斐波那契数列3.四只鸭子落在一个圆中概率4.方程
`流年づ
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2023-12-14 23:02
课程学习
数学建模
算法
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