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Linux
rna聚类分析
2022-06-23
单细胞
RNA
测序的研究表明,总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而,目前为止,还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期,美国安德森癌症中心
图灵基因
·
2024-01-25 21:45
文献阅读-2022-11-23-
RNA
结构-5'UTR的review
题目:2018_Functional5′UTRmRNAstructuresineukaryotictranslationregulationandhowtofindthem摘要:
RNA
分子能折叠成复杂的形状
不学无术吗
·
2024-01-25 13:53
2022-11-22
题目:DeterminationofinvivoRNAstructureinlow-abundancetranscripts摘要:
RNA
二级结构在多种生物过程中扮演重要的角色,但是,目前,大部分体内的
RNA
不学无术吗
·
2024-01-25 04:06
Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒
RNA
的新型CRISPR工具问世
图片下载:右键此处另存为可保存此图片Cas13酶沿着
RNA
行走的景象。
PaperRSS
·
2024-01-25 01:09
基于python豆瓣电影评论的情感分析和
聚类分析
,
聚类分析
有手肘法进行检验,情感分析用snownlp
基于Python的豆瓣电影评论的情感分析和
聚类分析
是一种用于探索电影评论数据的方法。情感分析情感分析旨在从文本中提取情感信息,并对其进行分类,如正面、负面或中性。
叫我:松哥
·
2024-01-24 21:17
python
开发语言
信息可视化
数据分析
K-means
聚类分析
(Python)
原理解决将空间中一些点分成K类的问题,K代表样本类别数Kind先假设K=2,即要分为两类:在空间中随机选定两个样本作为分类基准,计算比较其他样本与其距离,离谁近就归为哪一类。迭代,找到两个样本中中心,计算中心点与其他点的距离,按照距离远近再分类。重复迭代直到某次迭代结果与上次完全相同。推广到K就是:K均值聚类算法是先随机选取K个对象作为初始的聚类中心。然后计算每个对象与各个种子聚类中心之间的距离,
Sanchez·J
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2024-01-24 18:43
美赛
python
python
kmeans
机器学习
17β-Estradiol high sensitivity ELISA kit
雌激素能促使细胞合成DNA、
RNA
和相应组织内各种不同的蛋白质。β-雌二醇(17β-Es
Neobioscience
·
2024-01-24 12:18
17β-Estradiol
17β-雌二醇
检测试剂盒
全反式维甲酸(ATAR)诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程
AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊:CellDeath&Disease影响因子:6.044主要技术:Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq、
RNA
-seq
d5c9c866171f
·
2024-01-24 11:45
2021-11-26
丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:珍奇IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析,从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态;通过测序将免疫细胞的单细胞
RNA
图灵基因
·
2024-01-23 22:41
翻译(4)siRNA
siRNAs在植物中,约90%的小
RNA
是来源于双链前体的siRNA。它们的长度可以进一步分为21-nt,22-nt和24-nt类。
Yancey_Yan
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2024-01-23 19:50
TPM、RPKM与FPKM相互转换
RNA
数据下机后,如果处理成readcountsmatrix的话,是一定要进行基于基因长度的标准化的(TMP,RPKM,TPKM等)。
Seurat_Satija
·
2024-01-23 18:39
石蜡包埋组织
RNA
提取步骤
产品特点◎裂解液、消化液经专门优化,无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化基因组
RNA
;◎提取的
RNA
纯度高,A260/A280为1.8-2.0;◎产率高,同样的样本量提取的
RNA
更多
清风拂面vv
·
2024-01-23 17:03
StringTie在注释基因组时的注意事项
在利用
RNA
-seq注释基因组时,有一个问题就是,我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后,那下一步是1)先将这三个比对结果进行合并,然后用StringTie进行预测,还是2)用StringTie
xuzhougeng
·
2024-01-23 14:16
高温季节,植物病毒病如何防治???
植物病毒在寄主细胞中进行核酸(
RNA
或DNA)和蛋白质外壳的复制,组成新的病毒粒体。植物病毒粒体或病
农事巴巴
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2024-01-23 09:23
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS:转录组分析
RNA
-Seq 1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤:Real-TimeQuantita
陆沙
·
2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
研究者通常会涉及到以下三个数据类型,每个都有其独特的角色和应用:Reads(读数):定义:Reads是从原始测序数据(例如Illumina测序的FASTQ文件)中获得的短序列片段,通常包含原始样本中的DNA或
RNA
WDPLA
·
2024-01-22 15:18
生物信息学
组装
linux
转录组测序1-测序原始数据说明
样品制备到产出测序数据过程,是
RNA
提取建库和测序的试验环节。在使用Illumina
纪伟讲测序
·
2024-01-22 08:45
零代码进行转录组数据分析实战(一):质量控制
RNA
提取、片段化、逆转录以及上机测序。生信:生物信息分析阶段。数据质控、比对、定量,以及差异表达基因分析等。从本文开始,着眼于生信阶段,开始带领大家进行转录组实战。首先就是测序数据质控。
简说基因-专业生信合作伙伴
·
2024-01-22 08:49
数据分析
数据挖掘
累⊙﹏⊙
不过我可以做好我自己~《平凡的世界》里晓霞死了,虽然挽回了一个年幼的生命,但还是很令人揪心;《破冰行动》里马雯中弹了,不开心(;_;)说句不好听的,为什么不是陈珂…希望明天提
RNA
一切顺利!
阿喵同鞋
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2024-01-21 23:47
数学建模——经典美赛O奖论文65123研读
65123论文解读一、原题目概述二、论文处理三、论文写作三.数学模型方法部分Ⅰ.K-Means
聚类分析
Ⅱ.主成分分析PCA方法步骤:Ⅲ.模糊评价Ⅳ.熵权法一、原题目概述这是美赛2017E题优秀论文。
清上尘
·
2024-01-21 17:25
数学建模
算法
机器学习--K-means算法优化
目前,聚类问题的研究不仅仅局限于上述的硬聚类(即每一个数据只能被归为一类,数据集中每一个样本都是被100%确定得分到某一个类别中),模糊聚类也是
聚类分析
中研究较为广泛的一个分支。
YCzhao
·
2024-01-21 08:36
机器学习第二十六周周报 ARIMA & Clustering model
3.1ARIMA模型3.2K-means聚类3.3评估标准4.文献解读4.1Introduction4.2创新点4.3实验过程4.3.1数据来源4.3.2使用ARIMA模型预测4.3.3K-means
聚类分析
和相关性分析
沽漓酒江
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2024-01-21 06:48
机器学习
人工智能
机器学习之聚类-2D数据类别划分
方式一:站着或坐着方式二:全身或半身方式三:蓝眼球或不是蓝眼球没有对与错寻找数据的共同点优点:算法不受监督信息(偏见)的约束,可能考虑到新的信息不需要标签数据,极大程度扩大数据样本主要应用:
聚类分析
、关联规则
小旺不正经
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2024-01-21 06:08
人工智能
机器学习
聚类
支持向量机
人工智能
两条命令就跑完
RNA
差异分析
它就是simpleRNA,居然只要两条命令就能跑完复杂的
RNA
差异分析,并生成结果矩阵和结果图!
基因组学研究生
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2024-01-20 18:01
机器学习实验||分类机器学习建模分析
实验目的掌握机器学习建模分析掌握回归分析、分类分析、
聚类分析
、降维等了解各分类器之间的差异实验环境操作系统:作系统:Windows11应用软件:JupyterNotebook实验内容与结果(题目、源程序
小嘤嘤怪学
·
2024-01-20 16:23
机器学习
【卡梅德生物】如何制备纳米抗体?
纳米抗体的制备通常涉及到从动物源(如骆驼、羊驼)提取
RNA
或cDNA,然后通过分子生物学技术将其克隆并表达。
卡梅德生物
·
2024-01-20 12:37
微信开放平台
业界资讯
网络
数学建模学习笔记||绪论
目录比赛时间比赛结果公布时间题目分类奖项设置数学建模论文内容比赛流程建模过程数据处理插值拟合小波分析,
聚类分析
(高斯混合聚类,K-均值聚类)主成分分析,线性判别分析,保留局部投影等均值,方差分析,协方差分析等统计方法关联与分析灰色关联分析
展信佳 :)
·
2024-01-20 00:41
数学建模
【学习笔记】mark一篇推荐系统的文章
在做一道
RNA
中Dropout事件填充的建模题,里面要用到低秩矩阵的填充,基于矩阵分解的填充方法参考了推荐系统的相关算法。mark一篇推荐系统的文章基于矩阵分解的推荐算法
Jweeeeee
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2024-01-19 23:53
2018年认证杯SPSSPRO杯数学建模A题(第二阶段)海豚与沙丁鱼全过程文档及程序
2018年认证杯SPSSPRO杯数学建模基于
聚类分析
的海豚捕食合作策略A题海豚与沙丁鱼原题再现: 沙丁鱼以聚成大群的方式来对抗海豚的捕食。
数模竞赛Paid answer
·
2024-01-19 18:11
认证杯
笔记
数学建模
数学建模
认证杯SPSSPRO数学建模
数学建模数据分析
ceRNA:一种全新的基因表达调控模式
竞争性内源
RNA
(ceRNA)是近几年来备受学术界关注的对象,它代表了一种全新的基因表达调控模式,相比miRNA调控网络,ceRNA调控网络更为精细和复杂,涉及更多的
RNA
分子,包括mRNA、编码基因的假基因
Seurat_Satija
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2024-01-19 08:51
不做WB或免疫组化,也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐
其利用转录组学和蛋白质组学技术,从
RNA
和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达
尐尐呅
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2024-01-19 00:30
新型冠状病毒
1.遗传物质:
RNA
2.作用特点:传染性强、致死率低3.必须寄生生活,无法独立生存。4.防护建议:病毒会从口、眼睛、鼻子等体内与外界相通的地方进入体内,建议出门戴口罩,不用手触碰眼睛。
希望珍贵
·
2024-01-19 00:03
结构变异SV分析(WGS/WES)和融合基因检测(
RNA
)
69种工具检测SV对比https://www.jianshu.com/p/85ff211b4b4ehttps://zhuanlan.zhihu.com/p/87408242?utm_campaign=rss&utm_medium=rss&utm_source=rss&utm_content=title最终决定使用wham和Manta组合,其实最优组合应该是wham,inGAP-SV组合或者inGA
wo_monic
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2024-01-18 16:31
唾液
RNA
提取试剂提取后的
RNA
可用于核酸检测使用?
产品特点◎提取
RNA
纯度高,无抑制剂,A260/A280为1.8-2.0;◎产率高,同样的样本量提取的
RNA
更多;◎可用于唾液样本中
RNA
的提取,提取后的
RNA
可用于核酸检测使用;◎不含苯酚和氯仿等有毒溶剂
清风拂面vv
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2024-01-18 15:19
纯生信分析套路 甲基转移酶相关因子的预后分析
本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱
RNA
测序数据集,通过一
音十千寻
·
2024-01-18 13:04
文献阅读:单细胞
RNA
测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化
文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund(KarolinskaInstitutet)「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10
Tiger Z
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2024-01-18 12:30
程序人生
一文带你读懂单细胞测序
单细胞转录技术(scRNA-seq)非常适合研究样本中各个细胞基因表达的异质性,其经典流程:分离单细胞(核),将
RNA
转换为cDN
生信大碗
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2024-01-18 00:53
2022-07-01
NatureCellBiology|活细胞动态
RNA
成像技术原创苏安图灵基因2022-07-0109:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:苏安IF:28.824推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文的作者带我们回顾了
图灵基因
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2024-01-18 00:28
互联网方法论 之十三——依靠广度感知细微变化
于是再往内在走,通过穿刺获得样本,分析那些核心部位的DNA和
RNA
分子,蛋白质分子。越往内在走,要求的
891e64c433d2
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2024-01-16 20:18
易基因:
RNA
m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用|综述
m7G修饰是
RNA
转录后修饰之一,存在于许多不同类型的
RNA
中。通过对
RNA
中m7G修饰的准确鉴定,揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。
易基因科技
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2024-01-16 13:51
高分文献
技术推介
精准医学
生物学
生物信息学
经验分享
易基因: WGBS+
RNA
-seq揭示黄瓜作物的“源-库”关系受DNA甲基化调控|项目文章
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。作物产量取决于库(sink,获得同化物)的潜力和源(source,供给同化物)的能力,“源—库”关系的优化对作物产量调控具有重要意义。黄瓜(CucumissativusL.)是世界范围内广泛种植的蔬菜,是我国具有巨大经济价值的七大蔬菜之一,叶片和速生果实属于黄瓜的“源”和“库”器官。黄瓜是典型的棉子糖家族系列寡糖(Raffinosefa
易基因科技
·
2024-01-16 13:46
高分文章
项目文章
合作文章
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%
外泌体,40-130nm的膜衍生囊泡,已被鉴定为细胞间遗传物质交换和通信的新载体,包含各种核酸物种,包括mrna、小的非编码
rna
(sncRNAs),特别是miRNAs。
_十三
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2024-01-15 19:08
基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR
换句话说,它主要聚焦于对DNA、
RNA
和蛋白质及它们之间的相互作用。分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。
逐鸿
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2024-01-15 17:57
如何鉴定数据的建库方式(链特异性或非链特异性)
所以在数据处理前明确其建库方式尤为重要什么是链特异性建库在
RNA
-Seq建库的时候,第一步都是进行
RNA
到cDNA的反转录,在反转录以后,普通的
RNA
-Seq就直接使用randomprimer进行第2条链合成
生信助手
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2024-01-15 07:29
哺乳动物器官中基因表达水平的进化
在这里,为了了解哺乳动物转录组进化的动态,我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化
RNA
的测序。我们发现,由于选择压力的
亦是旅人呐
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2024-01-15 04:33
13.时间序列数据分析
www.jianshu.com/p/94520ce07c95转录组时间序列数据处理(软件中利用的一些模型和计算差异基因的方法)https://www.jianshu.com/p/468a8ff9c2eaMfuzz进行时序表达
聚类分析
夏大希
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2024-01-14 21:17
circNet:人类环状
RNA
数据库
circNet是一个环状
RNA
的数据库,不仅收录了cirRNA的基本信息,还提供了环状
RNA
在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络,网址如下http://syslab5
生信修炼手册
·
2024-01-14 19:38
RNA
转染(entranster-R)与mir-155调节胶质瘤细胞增殖和侵袭研究
现分享一篇
RNA
转染(Entranster)与mir-155通过靶向FXO3
实验小助手
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2024-01-14 16:30
RNA
binding protein PCBP1 is an intracellular immune checkpoint for shaping T cell responses i...
在这里,我们发现
RNA
结合蛋白,聚(C)结合蛋白1(PCBP1)是一个细胞内免疫检查点,通过限制Teff细胞固有的Treg承诺程序的表达,在激活的T细胞中上调,以防止效应T(Teff)细胞转变为调节性T
一个没有感情的文献阅读机
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2024-01-14 11:11
RNA
-seq分析流程二:DEseq2做不同组间差异表达分析
使用DEseq2循环做多组间差异表达分析当有多组
RNA
-seq数据时,有时需要对多个组合进行差异表达分析,例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时,我需要得到每个组合间的差异表达情况,
纵纵纵小鸮
·
2024-01-14 06:51
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