rna聚类分析第3页

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

BWT比对算法

简介BWT算法在多款序列比对软件（BWA，bowtie）中都有涉及，那么对于RNA-seq的2代数据，一般建库长度是单端300bp，双端各150bp左右。

小潤澤·2024-02-01 10:11

一文搞懂RNA-seq的链特异性测序和非链特异性测序

RNA-seq实验构建文库时，可以构建非链特异性文库和链特异性文库：非链特异性文库：无法区分打碎的片段转录自正义链还是反义链。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:27

iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

从近100名志愿者中提取3种类型的细胞，并分别进行WGS,WGBS,RNA_seq测序分析，将最终

生信修炼手册·2024-02-01 07:13

RPKM，FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客

RPKM，FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去，当您进行RNA测序时，您以RPKM（ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion

Seurat_Satija·2024-02-01 03:24

python.实战-聚类建模分析

#######################################二维及数据标准化展示###############################################34.1聚类分析导入库

chfing·2024-01-31 18:48

基于聚类分析和因子分析的空气质量研究

摘要如今雾霾天气已经成为困扰我国的严重的环境问题，同时也是公众高度关注的问题之一。工业生产和人类生活排放出大量污染物，导致大气环境被污染，空气质量下降，因此空气质量成为被社会关注和研究的焦点。本文选取PM2.5P{M_{2.5}}PM2.5、PM10P{M_{10}}PM10、SO2S{O_2}SO2、COCOCO、NO2N{O_2}NO2、O3{O_3}O3六项指标浓度和城市常住人口、地区生产总

极客阿宝·2024-01-31 11:27

【细胞通讯】CellTalk

单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成，促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。

jjjscuedu·2024-01-31 10:13

纯生信分析套路 CCR|自测数据+公开数据库结合

文章主要讲的是，通过分析急性髓系白血病（AML）不同预后情况患者之间的RNA-seq数据

音十千寻·2024-01-30 23:28

20201108-RNA剪接过程

id=427549图片.png转录和翻译构成了基因表达的整个过程，而RNA剪接则是这一过程中至关重要的一步，该过程将pre-mRNA中的内含子剪切除去，并将外显子有序链接，最终加工成成熟的mRNA。

野山羊骑士·2024-01-30 23:48

数据挖掘之聚类

聚类一、聚类综述聚类分析提供由个别数据对象到数据对象所指派到簇的抽象。此外，一些聚类技术使用簇原型（即代表簇中其他对象的数据对象）来刻画簇的特征。聚类分析是研究发现最具有代表性的簇原型的技术。

风雪夜归子·2024-01-30 22:54

超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势

文章：Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志：GenomeBiology年份：2021从2016年开始，scRNA-tools数据库（https://www.scrna-tools.org/）不断收集单细胞转录组数据分析软件。截止2021年，已经收集了超过1000个工具，从这些工具中，能够感受到单细胞转

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:16

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

DefaultAssay(immune)<-"RNA"cd_fe

KS科研分享与服务·2024-01-30 09:57

Seurat4.0：空间转录组与scRNA-seq参考整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。

Seurat_·2024-01-29 14:33

RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2

在比较高通量测序分析中，一项基本任务是分析计数数据，如RNA-seq中每个基因的Readcount，以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离

90066456ace6·2024-01-29 12:48

RNA-seq阅读2016年【HISAT, StringTie and Ballgown】笔记

2016StevenLSalzbergNatureProtocolRNAseq总体分析流程分为四步：1）alignmentofthereadstothegenome2)assemblyofthealignmentsintofull-lengthtranscripts3)quantificationoftheexpressionlevelsofeachgeneandtranscript4)calcu

小红楼上的树影·2024-01-28 13:08

算法之K-均值法简介

K-均值算法（K-Means）是一种无监督学习的聚类分析方法，用于将数据集中的样本划分成预设数量（K）的簇（cluster），使得每个簇内的数据点彼此相似度较高，而不同簇之间的数据点差异较大。

skyshandianxia·2024-01-28 00:19

Java聚类分析

聚类聚类1解决什么问题KMean聚类Kmedoids聚类2java实现计算二维点的聚类案例KMean实现输出K-medoids实现输出聚类1解决什么问题假设二维坐标轴上有一些点，现在让你把这些点分个类。于是对我们来说，这个分类似乎就是把距离相近的点画到一类中去。KMean聚类假设要划分N类，坐标点M个从M个坐标点随机选取N个点，作为每个分类的中心点，这N个点的列表记录为centerPointLis

怎么就重名了·2024-01-27 22:32

【现学现卖】实时荧光定量PCR——qPCR

应用很广泛，凡是涉及一条RNA链逆转录为cDNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增都可以叫做RT-PCR，可能应用于定性PCR或者定量PC

乔伊nikkie·2024-01-27 15:38

聚类分析 | 最优K-means聚类算法（Python）

无监督机器学习，特别是聚类(clustering)对各种实际业务分析项目至关重要。但是，部分聚类算法需要设置聚类的数量，这是聚类算法的重要挑战之一。通常，在处理数据时，使用迭代方法来决定最优簇群的数量。这意味着我们要多次进行聚类，每次使用不同数量的集群，并评估相应的结果。虽然这种技术很有用，但它也有局限性。yellowbrick是一个常用的工具，可以轻松识别最优集群的数量。然而，它也有一些缺点。一

天天酷科研·2024-01-27 07:21

看书标记【数据科学：R语言实战 1】

看书标记——R语言Chapter1模式的数据挖掘1.1聚类分析1.1.1k-means聚类用法示例1.1.2k-medoids聚类用法示例1.1.3分层聚类用法示例1.1.4期望最大化（EM）用法示例1.1.5

小胡涂记·2024-01-27 07:50

circRNA研究知多少

circRNAs（CircularRNAs，环状RNA分子）是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成闭合环形结构的非编码RNA分子，在真核生物中广泛存在。

ee00dc6faab7·2024-01-27 04:41

R包VennDiagram的韦恩图绘制及交集元素的提取

例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多分组情况时，常需要展示多组间共享的差异基因数量，这个时候就要使用到韦恩Venn图。

纪伟讲测序·2024-01-26 15:28

一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程

例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？

纪伟讲测序·2024-01-26 12:20

RNA-Seq：差异表达分析案例

白利合子酵母菌在乙酸或铜胁迫下早期反应的转录谱分析摘要：醋酸在食品工业和生物技术中是非常重要的微生物抑制化合物，而非传统酵母种白利合子酵母菌对醋酸有显著的耐受性。Zbhaa1是酿酒酵母haa1基因的功能同源物，是一种能调节白利合子酵母菌对醋酸和铜胁迫的适应性反应的双功能转录因子。在2018年5月发表的一篇文章TranscriptionalprofilingofZygosaccharomycesba

DumplingLucky·2024-01-25 22:35

2022-06-23

单细胞RNA测序的研究表明，总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而，目前为止，还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期，美国安德森癌症中心

图灵基因·2024-01-25 21:45

文献阅读-2022-11-23-RNA结构-5'UTR的review

题目：2018_Functional5′UTRmRNAstructuresineukaryotictranslationregulationandhowtofindthem摘要:RNA分子能折叠成复杂的形状

不学无术吗·2024-01-25 13:53

2022-11-22

题目：DeterminationofinvivoRNAstructureinlow-abundancetranscripts摘要：RNA二级结构在多种生物过程中扮演重要的角色，但是，目前，大部分体内的RNA

不学无术吗·2024-01-25 04:06

Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒RNA的新型CRISPR工具问世

图片下载：右键此处另存为可保存此图片Cas13酶沿着RNA行走的景象。

PaperRSS·2024-01-25 01:09

基于python豆瓣电影评论的情感分析和聚类分析，聚类分析有手肘法进行检验，情感分析用snownlp

基于Python的豆瓣电影评论的情感分析和聚类分析是一种用于探索电影评论数据的方法。情感分析情感分析旨在从文本中提取情感信息，并对其进行分类，如正面、负面或中性。

叫我：松哥·2024-01-24 21:17

K-means聚类分析（Python）

原理解决将空间中一些点分成K类的问题，K代表样本类别数Kind先假设K=2，即要分为两类：在空间中随机选定两个样本作为分类基准，计算比较其他样本与其距离，离谁近就归为哪一类。迭代，找到两个样本中中心，计算中心点与其他点的距离，按照距离远近再分类。重复迭代直到某次迭代结果与上次完全相同。推广到K就是：K均值聚类算法是先随机选取K个对象作为初始的聚类中心。然后计算每个对象与各个种子聚类中心之间的距离，

Sanchez·J·2024-01-24 18:43

17β-Estradiol high sensitivity ELISA kit

雌激素能促使细胞合成DNA、RNA和相应组织内各种不同的蛋白质。β-雌二醇(17β-Es

Neobioscience·2024-01-24 12:18

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊：CellDeath&Disease影响因子：6.044主要技术：Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq

d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

2021-11-26

丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析，从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态；通过测序将免疫细胞的单细胞RNA

图灵基因·2024-01-23 22:41

翻译（4）siRNA

siRNAs在植物中，约90％的小RNA是来源于双链前体的siRNA。它们的长度可以进一步分为21-nt，22-nt和24-nt类。

Yancey_Yan·2024-01-23 19:50

TPM、RPKM与FPKM相互转换

RNA数据下机后，如果处理成readcountsmatrix的话，是一定要进行基于基因长度的标准化的（TMP，RPKM，TPKM等）。

Seurat_Satija·2024-01-23 18:39

石蜡包埋组织RNA提取步骤

产品特点◎裂解液、消化液经专门优化，无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化基因组RNA；◎提取的RNA纯度高，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多

清风拂面vv·2024-01-23 17:03

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie

xuzhougeng·2024-01-23 14:16

高温季节，植物病毒病如何防治？？？

植物病毒在寄主细胞中进行核酸（RNA或DNA）和蛋白质外壳的复制，组成新的病毒粒体。植物病毒粒体或病

农事巴巴·2024-01-23 09:23

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita

陆沙·2024-01-23 00:50

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段，通常包含原始样本中的DNA或RNA

WDPLA·2024-01-22 15:18

转录组测序1-测序原始数据说明

样品制备到产出测序数据过程，是RNA提取建库和测序的试验环节。在使用Illumina

纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。生信：生物信息分析阶段。数据质控、比对、定量，以及差异表达基因分析等。从本文开始，着眼于生信阶段，开始带领大家进行转录组实战。首先就是测序数据质控。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

累⊙﹏⊙

不过我可以做好我自己～《平凡的世界》里晓霞死了，虽然挽回了一个年幼的生命，但还是很令人揪心；《破冰行动》里马雯中弹了，不开心(;_;)说句不好听的，为什么不是陈珂…希望明天提RNA一切顺利！

阿喵同鞋·2024-01-21 23:47

数学建模——经典美赛O奖论文65123研读

65123论文解读一、原题目概述二、论文处理三、论文写作三.数学模型方法部分Ⅰ.K-Means聚类分析Ⅱ.主成分分析PCA方法步骤：Ⅲ.模糊评价Ⅳ.熵权法一、原题目概述这是美赛2017E题优秀论文。

清上尘·2024-01-21 17:25

机器学习--K-means算法优化

目前,聚类问题的研究不仅仅局限于上述的硬聚类（即每一个数据只能被归为一类，数据集中每一个样本都是被100%确定得分到某一个类别中），模糊聚类也是聚类分析中研究较为广泛的一个分支。

YCzhao·2024-01-21 08:36

机器学习第二十六周周报 ARIMA & Clustering model

3.1ARIMA模型3.2K-means聚类3.3评估标准4.文献解读4.1Introduction4.2创新点4.3实验过程4.3.1数据来源4.3.2使用ARIMA模型预测4.3.3K-means聚类分析和相关性分析

沽漓酒江·2024-01-21 06:48

机器学习之聚类-2D数据类别划分

方式一：站着或坐着方式二：全身或半身方式三：蓝眼球或不是蓝眼球没有对与错寻找数据的共同点优点：算法不受监督信息（偏见）的约束，可能考虑到新的信息不需要标签数据，极大程度扩大数据样本主要应用：聚类分析、关联规则

小旺不正经·2024-01-21 06:08

两条命令就跑完RNA差异分析

它就是simpleRNA，居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差异分析，并生成结果矩阵和结果图！

基因组学研究生·2024-01-20 18:01

机器学习实验||分类机器学习建模分析

实验目的掌握机器学习建模分析掌握回归分析、分类分析、聚类分析、降维等了解各分类器之间的差异实验环境操作系统：作系统：Windows11应用软件：JupyterNotebook实验内容与结果（题目、源程序

小嘤嘤怪学·2024-01-20 16:23

推荐频道

rna聚类分析