rna聚类分析第5页

粪便RNA该如何提取？

操作步骤：1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、PBS、1.5mLRNase-free灭菌离心管。2.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：21mL加入9mL无水乙醇；42mL加入18mL无水乙醇，混匀。b)洗涤液B：18mL加入42mL无水乙醇；36mL加入84mL无水乙醇，混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3.取200mg的粪便于1.5mLRNase-free灭菌离心

清风拂面vv·2024-01-06 19:52

聚类分析 | Matlab实现基于RIME-DBSCAN的数据聚类可视化

聚类分析|Matlab实现基于RIME-DBSCAN的数据聚类可视化目录聚类分析|Matlab实现基于RIME-DBSCAN的数据聚类可视化效果一览基本介绍程序设计参考资料效果一览基本介绍1.聚类分析|

机器学习之心·2024-01-06 19:52

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat:YS2310077_T_C_5/SC_RNA_COUNTER_CS

微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

使用Seurat对空间数据集进行分析，可视化和集成1、介绍本教程演示了如何使用Seurat（>=3.2）分析空间分布的RNA-seq数据。

微光**·2024-01-06 14:41

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)

璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

RNA-seq + 下游分析：一条龙代码

这段时间太多事，生信学习耽误了很长一段时间，这几天终于撸完了生信技能树B站的RNA-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜学生信写代码所致，无任何不良嗜好，请大家放心交友。

颗粒神经园·2024-01-06 14:08

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie

微光**·2024-01-06 14:38

从零开始的“RNA-seq“分析（STAR进行mapping)

前言在用trim_galore进行trimming后，要进行RNA-seq分析的核心部分：mapping实验室一直购买着CLCGenomicsWorkbench的版权，用户友好，使用简便，但一年大概要花费

YY生物日记·2024-01-06 14:38

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂

Seurat_Satija·2024-01-06 13:35

NGS基础概念

来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位

问菊22·2024-01-05 22:30

聚类分析--基本原理、方法(Kmeans,层次聚类)

文章目录聚类分析的定义基本原理商业应用场景聚类分析步骤聚类分析方法层次分析法/系统聚类法（小样本）提问：如何选择合适的分类结果K-means疑问：聚类分析的定义聚类分析就是将研究对象根据一些特征指标，把比较相似的研究对象

universe_1207·2024-01-05 18:38

【数据挖掘】聚类趋势估计、簇数确定、质量测定等评估方法详解（图文解释超详细）

聚类评估主要包括以下任务估计聚类趋势对于给定的数据集聚类趋势估计用于评估该数据集是否存在非随机结构，如果盲目地在数据集上使用聚类方法返回一些簇所挖掘的簇可能是误导因为数据集上的聚类分析仅当数据中存在非随机结构时才有意义确定数据集中的划分簇数一些聚类算法需要数据集划分的簇

showswoller·2024-01-05 18:37

聚类分析-K-means、层次聚类、DBSCAN、簇评估

聚类分析基本概念聚类分析定义聚类分析是一种数据分析技术，对大量未知标注的数据集，通过将具有相似数据特性的数据对象分组到一起，使得类别内的数据相似度较大而类别间的数据相似度较小，以便对这些数据对象进行更好的理解和分析

norah2·2024-01-05 18:06

GEE土地分类：土地分类精度评定和分类后影像进行（Kmeans，Gmeans，SNIC (Simple Non-Iterative Clustering）聚类分析和滤波（focal_mode）分析

简介使用聚类分析和滤波分析来进一步处理土地分类后的影像数据。聚类分析可以帮助您识别影像中的相似区域。您可以使用聚类算法，如K均值聚类或层次聚类，将像素分组到具有相似像素值的群集中。

此星光明·2024-01-05 18:07

k-means算法的中文名字是什么，是用来干什么的呢。

这是一种常用于聚类分析的算法，通过将数据分成k个簇，使得每个数据点都属于离其最近的簇的中心。算法的目标是最小化数据点与其所属簇中心之间的平方距离之和。

神笔馬良·2024-01-05 12:26

病毒的威胁

答：病毒分为DNA病毒（以下简称D病毒）和RNA病毒（以下简称R病毒）。

听月_·2024-01-05 04:33

数量生态学：R语言的应用—第四章聚类分析2-解读和比较层次聚类结果

数量生态学：R语言的应用—第四章聚类分析2今天来给大家介绍一下如何解读和比较层次聚类结果由于今天内容比较多，所以我们先来看看思维导图，看看大致有什么解读和比较层次聚类结果这里强调一下，聚类分析是一种探索性分析

fafu生信小蘑菇·2024-01-04 23:53

聚类分析8—顺序聚类和模糊聚类（数量生态学：R语言的应用第四章）

数量生态学：R语言的应用第四章聚类分析8—顺序聚类和模糊聚类今天是数量生态学：R语言的应用第四章聚类分析最后一部分内容了，不知不觉已经过了一周了，内容还是很多的，不知道你掌握了多少，不会的话的好好理理，

fafu生信小蘑菇·2024-01-04 02:50

NCBI的primer picker设计qRT-PCR染色法引物

mRNAandprotein此处有NRxxxxx数字，为NCBI给出的标准mRNA序列，选择一个点进去tips，选择的时候可以去页面上方，看看实际图，对应的mRNA的在基因上的对应位置再向下有NRxxxxx数字，这是非编码RNA

盘山路·2024-01-03 22:34

R语言：一致性聚类 ConsensusClusterPlus

顺手策个文章套路：比较常用到聚类分析的就是肿瘤亚型识别的文章吧。

生信频道·2024-01-03 20:47

分子生物学知识整理

表观遗传变异定义：是指碱基序列不变，通过DNA甲基化、组蛋白乙酰化、RNA编辑、基因沉默在、休眠转座子激活等方式影响了基因的活性，导致基因控制的性状发生改变，这种变化是可逆的，可能遗传。

雪切丝·2024-01-03 19:20

国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究

近日，来自美国芝加哥大学、中国科学院、同济大学等多家机构的研究人员合作在《Science》发表了其最新研究成果，揭示了RNA的m6A甲基化修饰调控染色质状态和转录活性的重要机制。m6A是什么？

尐尐呅·2024-01-03 15:25

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNAm5C动态重编程大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年5月26日，中国科学院研究团队合作以“DynamicDNA5-hydroxylmethylcytosineandRNA5-methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学

易基因科技·2024-01-03 15:32

享知行·思维：自我催化，让你的生活像游戏一样上瘾

在生物学中，核酶具有酶的催化活性可在预选位点剪切RNA的反义RNA又称酶RNA。RNA具有催化能力的发现，改变了酶都是蛋白质的传统概念。按底物，核酶

java程序员思维·2024-01-03 13:07

How to understand Data Mining

什么是数据挖掘为何使用数据挖掘数据挖掘有哪些类型流程挖掘文本挖掘预测挖掘数据挖掘如何运作业务了解数据了解数据准备数据筛选数据变量转换缺失值处理坏数据处理数据标准化主成分分析属性选择数据规约数据建模评估模型部署模型数据挖掘的方法有哪些异常检测（Anomalydetection）聚类分析

qwfys200·2024-01-03 08:13

48个实用的生信在线工具

.Exon-IntronGraphicMaker工具链接：ttp://www.wormweb.org/exonintronimageRNA二级结构2.Mfold工具链接：http://unafold.rna.albany.edu

东风008·2024-01-03 05:49

聚类分析6—指示物种（数量生态学：R语言的应用第四章）

数量生态学：R语言的应用第四章聚类分析6—指示物种今天我们来学习第四章聚类分析中指示物种的内容，本部分内容主要有两个部分：IndVal:指示物种值相关类型的指数1.概念首先我们来大致了解一下：在应用生态学中

fafu生信小蘑菇·2024-01-02 23:00

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

单细胞RNA速率（RNA velocity）

RNA丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。

生信小鹏·2024-01-02 14:33

序列比对简介1

序列比对是生物信息学中非常重要的一部分，它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性，从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起，并逐个字符进行比较。

Bioinfotec·2024-01-01 10:37

哪款试剂盒适合提取FFPE样本核酸？

提取试剂盒的选择一共14个试剂盒，包含了16种提取DNA和RNA的方法，其中RecAll和AllPrep既可以提取RNA又可以提取DNA。

evolisgreat·2024-01-01 08:39

16 RNA-seq原理及应用

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whykm·2024-01-01 07:38

数学建模算法总结

目录一.数据预处理模型1.对于缺失值的补全处理：插值拟合1.插值2.拟合总结：拟合得到的是一条曲线，拟合得到的函数不一定过所有点2.数据降维主成分分析3.数据异常值处查找与删除聚类分析4.数据整体描述性分析二

今日说"法"·2024-01-01 02:31

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

最近在血液中发现的细胞外rna，包括细胞外囊泡(EVs)中的rna，再加上低起始量rna测序的进展，使科学家能够研究它们在人类疾病中的作用。

_十三·2023-12-31 20:13

2019-03-01

图片发自App缺锌将妨碍身体细胞内RNA和DNA的形成，一般人的身体组织中都含有锌，且锌主要集中在眼睛和精液里。他对于体内蛋白质的合成和多种酶发挥功效非常关键。

知识改变生活·2023-12-31 19:00

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

今天我们来讨论下Seurat这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造Seurat的单细胞对象：library(SingleCellExperiment)library(Seurat)library(mclust)library(dplyr)seuse

小潤澤·2023-12-31 13:27

Rosalind 023 Perfect Matchings and RNA Secondary Structures

背景：这个题目是关于RNA二级结构和完美匹配的。题目给出了一个RNA字符串，要求计算在它的键合图中，有多少种可能的完美匹配。

Kyookk·2023-12-31 10:27

九-1.聚类分析

聚类通常作为其他数据挖掘或建模的前奏一.特征认知1.有监督无监督分类:有监督学习（有标签学习）数据特征聚类:无监督学习（没有标签）数据特征2.聚类概念聚类是把各不相同的个体分割为有更多相似性子集合的工作。聚类生成的子集合称为簇3.聚类要求生成的簇内部的任意两个对象之间具有较高的相似度属于不同簇的两个对象间具有较高的相异度二.相似度衡量度量关键:距离1.变量分类1.定量变量：连续变量2.定性变量:性

唐-import-某人·2023-12-31 08:46

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组

不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa

R包安装BiocManager::install("ggplot2")BiocManager::install("ggmsa")DNA多序列比对图#导入内置核酸序列nt_sequences<-system.file("extdata","LeaderRepeat_All.fa",package="ggmsa")ggmsa(nt_sequences,color="Chemistry_AA",font

生信与遗传解读·2023-12-31 08:53

pyrEF双筛系统介绍

基于pyrE基因可实现双向筛选：1)该基因缺失，会造成突变株无法从头合成尿嘧啶，导致细菌死亡；2)该基因存在，可将培养基中5-FOA转化为5-FU，而5-FU可掺入DNA和RNA分子中导致细菌死亡。

自由_95ee·2023-12-31 07:34

R-loop及两种测序技术的介绍

简介：R环是一种特殊的染色体结构，由一条RNA：DNA杂合链和一条单链DNA所组成。

许我少年·2023-12-31 02:15

点成分享丨换个视角认识“核酸”——核酸提取方法及原理

核酸有脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）两大类，DNA主要集中在细胞核、线粒体和叶绿体中，而RNA则主要分布在细胞质中

点成生物科技·2023-12-30 19:44

熵值法确定权重，主成分分析，聚类分析

选自《战略性新兴产业集群梯度差异与协同发展——基于江苏的数据分析》采用主成分分析法对江苏省战略新兴产业集群发展竞争力进行综合评价。（1）数据的标准化Zij=（x－u）/σZij为标准化后的变量值;x为实际变量值;μ为所有样本数据的均值，σ为所有样本数据的标准差。（2）计算第j项指标下第i产业指标值比重pij:（3）计算第j项指标的熵值：（4）计算第j项指标的差异系数：（5）计算评价指标权重。利用熵

Joy19·2023-12-30 17:24

Luna Nanotech—核酸提取纯化试剂

公司基于快速高效的二氧化硅吸附柱和二氧化硅涂层磁珠提取技术，研发出完整的核酸纯化试剂盒产品线，简化并大大加快了核酸纯化过程，为从细菌、酵母、动物细胞、组织、生理体液、琼脂糖凝胶和酶促反应中提取和纯化质粒以及基因组DNA和RNA

Neobioscience·2023-12-30 08:31

机器学习之K-means聚类

概念K-means是一种常用的机器学习算法，用于聚类分析。聚类是一种无监督学习方法，它试图将数据集中的样本划分为具有相似特征的组（簇）。

贾斯汀玛尔斯·2023-12-30 05:34

2022-07-18

CommBio|TAS-Seq提高单细胞测序准确性原创图灵基因图灵基因2022-07-1809:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术日本科学家开发了一种新的DNA扩增和测序方法，可提高单细胞RNA

图灵基因·2023-12-30 00:53

多元正态分析(3):聚类分析

3.1简介3.1.1聚类分析概念将分类对象（样本、指标）分成若干类，相似的归为一类定量的指标之间相似性的度量：统计距离统计距离包括：注意：欧氏距离、绝对值距离、明考斯基距离、切比雪夫距离受量纲的影响！！

Oasis of the World·2023-12-29 08:17

什么时候使用Bismark的non_directional参数

首先，这里的directional是指Illumina平台在测序时是directional的，和通常RNA-seq中directiona

秉聿随记·2023-12-29 03:52

Python-44 用Biopython计算DNA/RNA的GC含量和分子量 2020-08-25

具体实现与解释如下：fromBio.SeqUtilsimportGCdna=("GCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTTATGGGTCGTTGGAAGGGTGGTCGTGCT")dna1=("GACC")CONTENT=GC(dna)#计算GC含量print("GCcontentis")print(CONTENT)fromBio.SeqUtilsimportmole

RashidinAbdu·2023-12-28 20:18

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