E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
rna聚类分析
48个实用的生信在线工具
.Exon-IntronGraphicMaker工具链接:ttp://www.wormweb.org/exonintronimageRNA二级结构2.Mfold工具链接:http://unafold.
rna
.albany.edu
东风008
·
2024-01-03 05:49
聚类分析
6—指示物种(数量生态学:R语言的应用 第四章)
数量生态学:R语言的应用第四章
聚类分析
6—指示物种今天我们来学习第四章
聚类分析
中指示物种的内容,本部分内容主要有两个部分:IndVal:指示物种值相关类型的指数1.概念首先我们来大致了解一下:在应用生态学中
fafu生信小蘑菇
·
2024-01-02 23:00
RNA
-seq最强综述名词解释&思维导图|关于
RNA
-seq,你想知道的都在这(续)
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于
RNA
-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2024-01-02 16:05
单细胞
RNA
速率(
RNA
velocity)
RNA
丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞
RNA
测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示
RNA
丰度。然而,这种方法仅捕获某个时间点的静态快照,这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。
生信小鹏
·
2024-01-02 14:33
算法
人工智能
序列比对简介1
序列比对是生物信息学中非常重要的一部分,它可以帮助我们识别DNA、
RNA
和蛋白质序列中的相似性和差异性,从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起,并逐个字符进行比较。
Bioinfotec
·
2024-01-01 10:37
算法
哪款试剂盒适合提取FFPE样本核酸?
提取试剂盒的选择一共14个试剂盒,包含了16种提取DNA和
RNA
的方法,其中RecAll和AllPrep既可以提取
RNA
又可以提取DNA。
evolisgreat
·
2024-01-01 08:39
16
RNA
-seq原理及应用
image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png
whykm
·
2024-01-01 07:38
数学建模算法总结
目录一.数据预处理模型1.对于缺失值的补全处理:插值拟合1.插值2.拟合总结:拟合得到的是一条曲线,拟合得到的函数不一定过所有点2.数据降维主成分分析3.数据异常值处查找与删除
聚类分析
4.数据整体描述性分析二
今日说"法"
·
2024-01-01 02:31
笔记
数学建模
算法
人工智能
外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试
最近在血液中发现的细胞外
rna
,包括细胞外囊泡(EVs)中的
rna
,再加上低起始量
rna
测序的进展,使科学家能够研究它们在人类疾病中的作用。
_十三
·
2023-12-31 20:13
2019-03-01
图片发自App缺锌将妨碍身体细胞内
RNA
和DNA的形成,一般人的身体组织中都含有锌,且锌主要集中在眼睛和精液里。他对于体内蛋白质的合成和多种酶发挥功效非常关键。
知识改变生活
·
2023-12-31 19:00
Analysis of single cell
RNA
-seq data 学习笔记(七)
今天我们来讨论下Seurat这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念,UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode,这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造Seurat的单细胞对象:library(SingleCellExperiment)library(Seurat)library(mclust)library(dplyr)seuse
小潤澤
·
2023-12-31 13:27
Rosalind 023 Perfect Matchings and
RNA
Secondary Structures
背景:这个题目是关于
RNA
二级结构和完美匹配的。题目给出了一个
RNA
字符串,要求计算在它的键合图中,有多少种可能的完美匹配。
Kyookk
·
2023-12-31 10:27
生物信息
python
开发语言
九-1.
聚类分析
聚类通常作为其他数据挖掘或建模的前奏一.特征认知1.有监督无监督分类:有监督学习(有标签学习)数据特征聚类:无监督学习(没有标签)数据特征2.聚类概念聚类是把各不相同的个体分割为有更多相似性子集合的工作。聚类生成的子集合称为簇3.聚类要求生成的簇内部的任意两个对象之间具有较高的相似度属于不同簇的两个对象间具有较高的相异度二.相似度衡量度量关键:距离1.变量分类1.定量变量:连续变量2.定性变量:性
唐-import-某人
·
2023-12-31 08:46
机器学习
python
机器学习
聚类
癌症基因组重测序第一讲
一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰,由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组,同时基因组也可以按照中心法则衍生出
RNA
和protein,即分别为转录组和蛋白组
不想透明的小透明
·
2023-12-31 08:25
生信软件10 - DNA/
RNA
/蛋白多序列比对图R包ggmsa
R包安装BiocManager::install("ggplot2")BiocManager::install("ggmsa")DNA多序列比对图#导入内置核酸序列nt_sequences<-system.file("extdata","LeaderRepeat_All.fa",package="ggmsa")ggmsa(nt_sequences,color="Chemistry_AA",font
生信与遗传解读
·
2023-12-31 08:53
生信软件实战集合
r语言
java
数据库
pyrEF双筛系统介绍
基于pyrE基因可实现双向筛选:1)该基因缺失,会造成突变株无法从头合成尿嘧啶,导致细菌死亡;2)该基因存在,可将培养基中5-FOA转化为5-FU,而5-FU可掺入DNA和
RNA
分子中导致细菌死亡。
自由_95ee
·
2023-12-31 07:34
R-loop及两种测序技术的介绍
简介:R环是一种特殊的染色体结构,由一条
RNA
:DNA杂合链和一条单链DNA所组成。
许我少年
·
2023-12-31 02:15
点成分享丨换个视角认识“核酸”——核酸提取方法及原理
核酸有脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(
RNA
)两大类,DNA主要集中在细胞核、线粒体和叶绿体中,而
RNA
则主要分布在细胞质中
点成生物科技
·
2023-12-30 19:44
技术文章
生物
生命科学
生物科技
DNA
RNA
熵值法确定权重,主成分分析,
聚类分析
选自《战略性新兴产业集群梯度差异与协同发展——基于江苏的数据分析》采用主成分分析法对江苏省战略新兴产业集群发展竞争力进行综合评价。(1)数据的标准化Zij=(x-u)/σZij为标准化后的变量值;x为实际变量值;μ为所有样本数据的均值,σ为所有样本数据的标准差。(2)计算第j项指标下第i产业指标值比重pij:(3)计算第j项指标的熵值:(4)计算第j项指标的差异系数:(5)计算评价指标权重。利用熵
Joy19
·
2023-12-30 17:24
Luna Nanotech—核酸提取纯化试剂
公司基于快速高效的二氧化硅吸附柱和二氧化硅涂层磁珠提取技术,研发出完整的核酸纯化试剂盒产品线,简化并大大加快了核酸纯化过程,为从细菌、酵母、动物细胞、组织、生理体液、琼脂糖凝胶和酶促反应中提取和纯化质粒以及基因组DNA和
RNA
Neobioscience
·
2023-12-30 08:31
知识图谱
深度优先
大数据
机器学习之K-means聚类
概念K-means是一种常用的机器学习算法,用于
聚类分析
。聚类是一种无监督学习方法,它试图将数据集中的样本划分为具有相似特征的组(簇)。
贾斯汀玛尔斯
·
2023-12-30 05:34
数据湖
python
机器学习
kmeans
聚类
2022-07-18
CommBio|TAS-Seq提高单细胞测序准确性原创图灵基因图灵基因2022-07-1809:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术日本科学家开发了一种新的DNA扩增和测序方法,可提高单细胞
RNA
图灵基因
·
2023-12-30 00:53
多元正态分析(3):
聚类分析
3.1简介3.1.1
聚类分析
概念将分类对象(样本、指标)分成若干类,相似的归为一类定量的指标之间相似性的度量:统计距离统计距离包括:注意:欧氏距离、绝对值距离、明考斯基距离、切比雪夫距离受量纲的影响!!
Oasis of the World
·
2023-12-29 08:17
算法
什么时候使用Bismark的non_directional参数
首先,这里的directional是指Illumina平台在测序时是directional的,和通常
RNA
-seq中directiona
秉聿随记
·
2023-12-29 03:52
Python-44 用Biopython计算DNA/
RNA
的GC含量和分子量 2020-08-25
具体实现与解释如下:fromBio.SeqUtilsimportGCdna=("GCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTTATGGGTCGTTGGAAGGGTGGTCGTGCT")dna1=("GACC")CONTENT=GC(dna)#计算GC含量print("GCcontentis")print(CONTENT)fromBio.SeqUtilsimportmole
RashidinAbdu
·
2023-12-28 20:18
数据挖掘--聚类
2.
聚类分析
应用将相关的文档分组便于浏览将具有相似功能的基因和蛋白质分组将具有相似价格波动的股票分组3.聚类的类型划分聚类(非嵌套层次聚类(嵌套4.聚类算法4.1划分式聚类算
全是头发的羊羊羊
·
2023-12-28 12:10
数据挖掘
数据挖掘
聚类
机器学习
Python遥感影像深度学习指南(4)-利用层次聚类方法实现高分辨率影像分类(水体识别)
聚类分析
是一种非监督技方法,用于识别多维数据空间中的相似样本。在遥感数据中,它主要用于像素分类。
gis收藏家
·
2023-12-28 11:05
Python数据处理
python
深度学习
聚类
文献阅读1
Regulatoryactivitiesoftransposableelements:fromconflictstobenefits摘要:转座子(TEs)是受到严格调节的,具有生物化学活性的非编码元件,如转录因子结合位点和非编码
rna
黑森林深处的小星星
·
2023-12-28 11:43
单细胞分析(五)——使用Harmony进行数据整合和去批次
)——数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次(batchcorrection)是单细胞
RNA
生信小鹏
·
2023-12-28 09:13
生信学习
开发语言
r语言
scenic:单细胞调控网络推理和聚类
摘要我们提出了scenery,一种用于从单细胞
rna
-seq数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法(http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大
生信小鹏
·
2023-12-28 09:42
文献阅读
论文阅读
sc-
RNA
数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis
这本详细的书提供了最先进的计算方法,以进一步探索由单细胞技术带来的令人兴奋的机会。每一章都详细介绍了一个计算工具箱,旨在克服单细胞分析中的特定挑战,如数据规范化、罕见细胞类型识别和空间转录组分析,所有这些都侧重于分析实验数据的计算方法的实际实现。以高度成功的分子生物学方法系列格式编写的章节包括各自主题的介绍、必要材料和试剂的列表、循序渐进的、易于复制的实验室协议,以及关于故障排除和避免已知缺陷的提
周运来就是我
·
2023-12-28 08:31
scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的
RNA
速度
在单细胞中引入
RNA
速率开辟了研究细胞分化的新方法。最初提出的RNAvelocity是通过计算推断的稳态剪接和未剪接的mRNA的比率。
生信编程日常
·
2023-12-27 17:31
生物学重复与技术重复
生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者
RNA
-seq做基因表达分析的时候,经常听说生物学重复和技术重复,这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。
Seurat_
·
2023-12-27 09:13
2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献
的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前,我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析,该文章于2019年7月发表于Nature,研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞
RNA
生信宝典
·
2023-12-27 07:53
那令人困惑的比对工具选择啊~
写在前面的废话我可能不适合做科研,因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~刚开始接触二代测序时,是跟着Jimmy大神从
RNA
-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是HISAT2。
鹿无为
·
2023-12-27 03:57
Python手撕kmeans源码
参考了两篇文章K-Means及K-Means++算法Python源码实现-CSDN博客使用K-means算法进行
聚类分析
_kmeans
聚类分析
结果怎么看-CSDN博客#定义kmeans类fromcopyimportdeepcopyfromsklearn.datasetsimportmake_blobsimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltclassk
cuier520
·
2023-12-26 19:40
每天都要刷算法
kmeans
算法
机器学习
假基因调节mRNA
本文提出的ceRNA假说:PTEN抑癌基因—PTENP假基因—miRNA作者提出了竞争性内源
RNA
(ceRNA)作用机制假说,并且可
奶盐味
·
2023-12-25 22:45
水处理生物学课程作业2 指导老师: 张淑娟
衣原体与病毒相比:1、衣原体相似于细菌,兼有DNA和
RNA
两种核酸。2、以二分裂方式繁殖。3、具有细菌型细胞壁(不含肽聚糖)。4、具有一些代谢酶类。、5、有核糖体。6、炕菌药物可抑制其生长。
给水2103李鑫
·
2023-12-25 20:41
生信格式之fasta、fastq
要点一:fasta格式1、目的蛋白质序列与核酸(DNA/
RNA
)序列研究是生命科学的核心,前者的组成单位为20种氨基酸,后者则是核苷酸(DNA与
RNA
均有四种不同核苷酸);为了便于记录与研究,科学家们分别统一了二者组成单位的字母表示方法
小贝学生信
·
2023-12-25 17:37
喜讯连连捷报传,文章累累创佳绩,平均IF 18分!!!
近期(11月23日-12月4日),高分项目文章频出,涉及物种有梨、腰果、蘑菇、青枯雷尔氏菌和心肌细胞,我们提供的技术支持有ChIP、重测序、
RNA
-seq和代谢组,发表期刊包括PlantJournal、
爱基百客
·
2023-12-25 15:34
全基因组重测序
ChIP-seq
表观代谢
人工智能
体外转录法制备dsRNA
该方案是简单而且得到广泛应用的、利用PCR模板制备双链
RNA
的体外转录反应。该方法制备的dsRNA可以用于在某些细胞或者组织中诱发
RNA
干扰。
英格恩
·
2023-12-25 12:00
聚类分析
"""scipy.cluster是scipy下的一个做聚类的package,共包含了两类聚类方法:1.矢量量化(scipy.cluster.vq):支持vectorquantization和k-means聚类方法2.层次聚类(scipy.cluster.hierarchy):支持hierarchicalclustering和agglomerativeclustering(凝聚聚类)聚类方法实现:k
护国寺小学生
·
2023-12-25 10:39
DNA
蛋白说:"你好,我是
RNA
水解酶。"mRNA沉默了一下,说:"没关系,反正我本来也活不了多久,你就陪陪我吧。"蛋白说:"好"。于是两个人就手拉手默默地站在一起。
文刀侠
·
2023-12-25 07:39
中科院脑智卓越中心新型
RNA
编辑工具
id=1698817729106080048&wfr=spider&for=pc【嵌牛导读】:Nature子刊发表中科院脑智卓越中心关于新型
RNA
编辑工具开发及其优化的研究成果【嵌牛鼻子】:新型
RNA
编辑工具
wangcheng
·
2023-12-25 07:53
sc-
RNA
-seq数据分析|| UMAP与t-NSE的区别
UMAP将会与tsne一样作为高纬数据可视化的利器,并且优于tsne.UMAP与t-SNE均是非线性降维,多用于数据可视化UMAP结构与t-SNE一致UMAP计算更快UMAP能更好地反映高纬结构,比t-SNE有着更好的连续性这种连续性反映到单细胞分析中就是能更好滴可视化细胞的分化状态(UMAPbetterrepresentsthemulti-branchedcontinuoustrajectory
周运来就是我
·
2023-12-25 07:59
中国药科大学齐炼文团队报道:治疗II型糖尿病的新策略
该研究采用了
RNA
体内转染试剂(EntransterTM-invivo,Engreen)注射小鼠尾静脉的新方法,快速高效获得p
实验小助手
·
2023-12-25 02:49
临床开展
RNA
-seq送测序前你应当考虑到几个因素
DNA层面的测序问题已经不能完全满足临床的需要,当下,美国一些医院在临床已经开展DNA测序+
RNA
测序联合分析,更好的为临床服务。
伍鸿荣
·
2023-12-25 01:59
chatgpt告诉你如何设计
RNA
引物?
RNA
引物设计原理是什么?答:
RNA
引物设计是指设计一段短的
RNA
序列,用于在反转录过程中特异性地与目标
RNA
分子结合,并在此基础上进行扩增、检测等操作。
伍鸿荣
·
2023-12-24 19:48
Seurat 基础知识
Seuratobject的名称,我们可以得到类似如下内容:AnobjectofclassSeurat13425featuresacross39233sampleswithin1assayActiveassay:
RNA
c海明威
·
2023-12-24 18:05
研究论文 2022-Oncoimmunology:AI+癌
RNA
-seq数据 识别细胞景观
Wang,Xin,etal."DeeplearningusingbulkRNA-seqdataexpandscelllandscapeidentificationintumormicroenvironment."Oncoimmunology11.1(2022):2043662.https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/2162402X.2022.20
素材积累
·
2023-12-24 07:11
笔记
AI
bulk
RNA-seq
上一页
1
2
3
4
5
6
7
8
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他