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rna聚类分析
机器学习---微博聚类案例
1、微博
聚类分析
要实现广告的精准投放,需要使用聚类找出兴趣一致的用户群体,这样就需要对用户进行聚类找出行为一致的用户,当对所有用户完成聚类之后,再使用关键词分析找出每个聚类群体中的用户的讨论主题,如果主题符合广告内容或者和广告内容相关
30岁老阿姨
·
2023-12-14 22:40
机器学习
机器学习
聚类
人工智能
【生信分析】基因组学导论
祝我成功目标:通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集(
RNA
-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成)进行分析。配置环境if(!
大桃子技术
·
2023-12-06 21:11
生信分析
r语言
AGNES层次聚类
AGNES(AgglomerativeNesting)算法是一种层次聚类算法,它属于
聚类分析
中的一种。该算法通过不断地将最相似的数据
微笑伴你而行
·
2023-12-06 19:17
深度学习/MatLab
聚类
数据挖掘
机器学习
RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、real-time RT-PCR你真的区分的开吗?
在RT-PCR中,一条
RNA
链被逆转录成为互补DNA,再以此为模板通过PCR进行
喵喵456
·
2023-12-06 12:27
2022-09-08
淋巴结靶向递送mRNA癌症疫苗引发强烈的CD8+T细胞反应原创图灵基因图灵基因2022-09-0810:48发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制mRNA技术,特别是癌症疫苗的体内应用面临的挑战仍然是将信使
RNA
图灵基因
·
2023-12-06 12:08
Nature子刊综述帮你总结知识点:癌症中的
RNA
,每个都是研究热点
RNA
对基因表达至关重要,无论是以蛋白编码
RNA
(mRNAs)的形式,还是以参与和调节转录的非编码
RNA
形式(lncRNAs或snRNA)、剪接(snRNAs)和翻译(核糖体RNAs、tRNAs和microRNAs
尐尐呅
·
2023-12-06 07:10
python基因差异分析_差异表达基因的分析(2)
专题一给出了
聚类分析
的示例,本专题主要谈在表达谱芯片分析中如何利用Bioconductor鉴定差异表达基因。鉴定差异表达基因是表达谱芯片分析pipeline中必须的分析步骤。
weixin_39633113
·
2023-12-05 10:45
python基因差异分析
k中心点聚类算法伪代码_第十三篇:K-Means 聚类算法原理分析与代码实现
现实中的
聚类分析
问题-总统大选假设M国又开始全民选举总统了,目前Mr
杨姓美少年
·
2023-12-05 05:03
k中心点聚类算法伪代码
【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq
https://isbscience.org/about/what-is-systems-biology/单细胞
RNA
测序(scRNA-seq)技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识
jjjscuedu
·
2023-12-04 19:44
Analysis of single cell
RNA
-seq data 学习笔记(六)
这一节,我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment)library(pheatmap)library(mclust)#读取数据deng<-readRDS("deng/deng-reads.rds")接下来,我们
小潤澤
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2023-12-04 18:04
利用Biopython来进行序列比对
序列比对一般针对的是两条或者多条序列,可以是DNA、
RNA
或者蛋白序列,来推测序列间的区域的相似度。
生信阿拉丁
·
2023-12-04 13:09
生信流程1 - Nanopore 三代测序生信分析流程简介
Nanopore三代测序技术可以用于研究与DNA、
RNA
和蛋白质相关的各种科学问题。
生信与遗传解读
·
2023-12-04 06:18
数据分析
巜吃的营养科学观》第8天
三、叶酸是身体细胞繁殖和产生遗传物质
RNA
和DNA所必需的。没有叶酸,身体也就无法生长,甚至是头发、精子或指甲也无法生长,身体出现疾病后也无法康复。
贝美康读书会吴老师
·
2023-12-03 23:59
2018-11-09
能量泵满的时刻1.针对老师讲述的
聚类分析
能够比较快的理解并且联想到具体的应用。2.讨论问题的时候能够追根溯源,有意识的回答根本性的问题。
窝边的豆豆
·
2023-12-03 02:50
SAS
聚类分析
介绍
1
聚类分析
介绍1.1基本概念聚类就是一种寻找数据之间一种内在结构的技术。聚类把全体数据实例组织成一些相似组,而这些相似组被称作聚类。处于相同聚类中的数据实例彼此相同,处于不同聚类中的实例彼此不同。
TwcatL_tree
·
2023-12-02 21:23
机器学习
深度学习
人工智能
支持向量机
机器学习
人工智能
RNAvelocity系列教程1:
RNA
速率简介及scVelo安装
(Nature,2018)引入了
RNA
速率的概念,利用新转录的未剪接的前体mRNA和成熟的剪接mRNA可以在常见的单细胞
RNA
-seq流程中区分的事实,可以恢复定向动态信息,前者可通过内含子的存在检测。
Seurat_Satija
·
2023-12-02 17:11
KDE指导
聚类分析
(一)噪声问题
作者在看文献[1]盛魁,马健.基于核密度估计的物联网
聚类分析
模型[J].控制工程,2018,25(06):1098-1102.DOI:10.14107/j.cnki.kzgc.170739.时发现了这句话
Joy T
·
2023-12-02 12:27
综述写作
科研
机器学习
机器学习
人工智能
FlowJo软件的简单介绍 掌控流式细胞分析的科技巨匠 FlowJo10
数据分析:FlowJo10提供了多种强大的数据分析工具,如
聚类分析
、差异分析、细胞周期分析等,可以帮助用户深入挖掘流式细胞数据中的信息。可视化与图形生成:FlowJo10具有强大的可视
Someone_sky
·
2023-12-02 11:11
科技
讲解机器学习中的 K-均值聚类算法及其优缺点
K-均值聚类算法是一种常用于
聚类分析
的无监督学习算法。其基本思想是将数据集分成K个不同的簇,使得同一个簇内的数据点之间的距离尽可能小,不同簇之间的距离尽可能大。
小筱在线
·
2023-12-02 03:22
人工智能
机器学习
人工智能
基于聚类模型的异常值仿真——MathorcupD题航空QAR数据分析实践
思考再三,笔者在本题中所使用的方法为
聚类分析
筛选异常值点。计算软件为Python。感觉做法还是存在很多问题,模型还是有很多漏洞。望读者大佬们提出建议,共同进步。
Dave-Yang
·
2023-12-02 02:02
机器学习
支持向量机
聚类
python
处理ENCORI预测的miRNA-circRNA结果
前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库,相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了☞
RNA
相互作用神器——ENCORI☞starbase(ENCORI)数据库介绍(一)☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系
生信交流平台
·
2023-12-01 21:21
一文读懂LncRNA
RNA
缩略词详解lncRNA:长链非编码
RNA
(longnon-codingRNA)miRNA:微小
RNA
(microRNA)circRNA:环状
RNA
(circularRNA)ncRNA:非编码
RNA
Seurat_Satija
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2023-12-01 19:31
PCR知识点小结
1.引物是DNA还是
RNA
?
雪切丝
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2023-12-01 15:32
学习小组Day3笔记--小黑
链接清华源下载链接bash安装激活conda添加源查看软件image.pngimage.png能打开help即安装成功condaremove软件-ycondainfo--envs查看conda环境创建虚拟环境
rna
-seq
Great_6450
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2023-12-01 11:48
聚类分析
例题 (多元统计分析期末复习)
例一动态聚类,K-means法,随机选取凝聚点(题目直接给出)已知5个样品的观测值为:1,4,5,7,11。试用K均值法分为两类(凝聚点分别取1,4与1,11)解:以1,4为例STEP1确定凝聚点:X1和X5STEP2确定初始分类,G1(0){G_1^{(0)}}G1(0)={x1,x2,x3},G2(0){G_2^{(0)}}G2(0)={x4,x5}STEP3重新计算各类的重心,以其作为新的凝
倒杯Whisky
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2023-12-01 11:34
应用多元统计分析
聚类分析
多元统计分析
k-means
动态聚类法
系统聚类法
最长距离法
类平均法
python TF-IDF,LDA ,DBSCAN算法观影用户的电影推荐
聚类分析
项目源码:https://download.csdn.net/download/qq_38735017/874252571.1语料库的建立进行语料处理时我们会遇到的主要问题之一就是如何将大的数据集读入内存当中然后进行相应的处理。(图中所示的数据集是豆瓣网上5000部电影描述信息的分词结果,每一行的数据是一部电影的所有信息。不过从数据大小上看,该数据集属于小的数据集,大的数据集从容量上讲就是以GB甚
一枚爱吃大蒜的程序员
·
2023-12-01 01:08
自然语言处理
python
tf-idf
算法
django
pygame
浅谈RT-PCR、qRT-PCR原理
1、RT-PCR原理RT-PCR即逆转录PCR,是将
RNA
的反转录(ReverseTranscription,RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术。可用于检测细胞中基因表达水平。
Lee小余
·
2023-11-30 22:44
聚类分析
5—物种集合-数量生态学:R语言的应用 第四章
数量生态学:R语言的应用第四章
聚类分析
5—物种集合在这之前我们学习了
聚类分析
的基本概念、几种计算层次聚类的方法、进一步解读和比较层次聚类结果以及非层次聚类,也学习了基于环境数据来进行
聚类分析
。
fafu生信小蘑菇
·
2023-11-30 11:50
R语言:利用rhdf5包分别创建单组学,多组学.h5文件
最近在跑的方法需要.h5作为输入文件,就学习了一下怎么创建.h5文件,原有数据结构如下:生成单组学.h5文件的代码如下:library(rhdf5)library(dplyr)library(patchwork)
rna
.data
hyena_7
·
2023-11-30 08:04
R
数据分析
r语言
生物信息
基因组学(课程笔记)第十章-表观基因组学
内容提纲内容提纲表观基因组学(Epigenomics)定义:在核苷酸序列不发生改变的情况下,研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科研究内容:1)化学修饰:DNA、
RNA
懒猪曼达
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2023-11-30 05:48
跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控(QC)及合并去除批次效应
构建完Seurat对象之后,我们还需对数据进行一些列的质控,参能进行降维
聚类分析
,QC对于后续的分析影响还是比较大的,所以要重视。
KS科研分享与服务
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2023-11-30 02:34
RNA
-seq可视化之差异分析得到的FC值,我们能做什么?
首先整理数据datadata2colnames(data2)[2]data2data2[data2$value0&data2$value0.58,][,1]<-"C"image.pngggplot2绘制柱状图ggplot(data2,aes(x=value,fill=V1))+geom_histogram(position="stack",binwidth=0.01)+theme_bw()+xla
热衷组培的二货潜
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2023-11-30 02:28
R语言绘制小
RNA
丰度条形图
R语言绘制小
RNA
丰度条形图小
RNA
中的丰度分布十分不均,少数种类小
RNA
的丰度占全部的比例较高,研究重点也都放在丰度较高的小
RNA
上,小
RNA
长度分布图可以有效筛选丰度较高的小
RNA
,我们以文献CharacterizationofmouseserumexosomalsmallRNAcontent
纪伟讲测序
·
2023-11-30 00:09
单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹
单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-
RNA
测序的新兴技术,更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题,为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案,已广泛应用于人类和动物研究
felix108
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2023-11-29 23:18
microRNA提取步骤
一、BIOG特点1、操作简便快速,可在30分钟内获得理想的
RNA
,适用于一次处理较多样本的批量提取;2、提取
RNA
纯度高,无抑制剂,A260/A280为1.8-2.0;3、采用自主研发的改性硅基磁珠,同样的样本量提取的
清风拂面vv
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2023-11-29 19:42
2020转录组
RNA
-SEQ上游分析
文章目录安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组,g
super_qun
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2023-11-29 18:20
生信笔记
生物信息
转录组
数据分析
RNA
bioinforma
RNA
甲基化专题 | 癌症研究篇
研究表明,m6A在不同组织,细胞系中是一个复杂的调控网路,m6ARNA甲基化参与
RNA
的代谢过程,并与肿瘤的发生和发展密切相关。
诺禾致源
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2023-11-29 13:10
Swift 类型属性
static对于类,计算型的类型属性,前面加关键字class可被子类重写overrideoverride忽略重载忽略父类中相同的属性class生命体{staticvar遗传方式:String{return"
RNA
maskerII
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2023-11-29 09:46
链特异性建库
本文转载自:https://www.jianshu.com/p/8b177773ae38
RNA
-seq基本流程image把
RNA
破碎成小片段,然后将
RNA
转变成一条cDNA,这一步需要用到反转录酶reversetranscriptase
村长吃火锅
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2023-11-28 21:34
2021-05-16 scRNA基础分析:差异基因富集分析
此前的分析我们按转录特征把细胞分成了很多类别,例如seurat
聚类分析
得到的按cluster分类,singleR分析得到的按细胞类型分类,monocle分析得到的按拟时状态(state)分类。
学习生信的小兔子
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2023-11-28 18:03
RNA
-seq分析流程
1、质量控制:fastqc-o./-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc./Trimmomatic修剪去掉前端低质量碱基java-jar\$EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic-0.32.jarPE-phred33$
chaos_z
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2023-11-28 04:17
RNA
-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)
前几天,帮师妹分析转录组数据,由于她只需要FPKM,并且我刚好在学snakemake,就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。snakemake简介:snakemake是一款基于python3的软件snakemake的主要功能是快速搭建分析流程官方网址snakemake优势:支持并行运算支持断点运算支持流程控制支持内存控制支持CPU核心控制支持运行时间控制支持。。
李诚0921
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2023-11-27 23:29
Measurement of mRNA abundance using
RNA
-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples
WagnerGP,KinK,LynchVJ.MeasurementofmRNAabundanceusingRNA-seqdata:RPKMmeasureisinconsistentamongsamples[J].TheoryBiosci,2012,131(4):281-285.百度百科:RPKM,ReadsPerKilobaseperMillionmappedreads,代表每百万reads中来自
sunlight_yy
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2023-11-27 02:38
单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵
根据所使用的建库方法,单细胞的
RNA
序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10XGenomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本
生信小博士
·
2023-11-27 02:06
矩阵
线性代数
R语言中确定最佳聚类簇数的方法及聚类优化技术
在
聚类分析
中,确定最佳聚类簇数是一个重要的问题。R语言提供了多种方法来解决这个问题,并且还有一些聚类优化技术可用于提高聚类的效果。本文将介绍一些常用的方法和技术,并提供相应的源代码示例。
FollowMeCode
·
2023-11-26 21:09
r语言
聚类
开发语言
R语言
【社会网络分析第6期】Ucient实操
一、导入数据处理二、核心——边缘分析三、
聚类分析
四、网络密度一、导入数据处理将数据导入Ucinet首先需要对数据进行处理。
温欣2030
·
2023-11-26 20:11
【科研&办公工具】
社会网络分析
机器学习|数学建模|数据挖掘|Data Mining|无监督分类算法|
聚类分析
2022-12-2014:43:58什么是
聚类分析
?
alwaysuzybaiyy
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2023-11-26 20:07
#
数据挖掘
机器学习
数据挖掘
聚类
机器学习
通过转染双链siRNA 在哺乳动物细胞中进行
RNA
干扰
长链dsRNA不能用于多数哺乳动物细胞中,这是由于它能诱导干扰素反应而引发基因表达和细胞凋亡的变化。本方案介绍了一种向哺乳动物细胞中转入短的双链siRNA的方法,双链siRNA因其长度过短而不能引起与dsRNA相关的序列非特异性反应。本方案适用于24孔板中生长的细胞。如果使用了其他规格的多孔板、培养瓶或者培养皿,则需要根据培养孔的表面积换算细胞密度和试剂用量(表1)。试剂转染试剂Dulbecco’
实验小助手
·
2023-11-26 20:22
纯生物信息学SCI文章好发吗?不好意思,很难了
3-4年前,一套完整的
RNA
-seq,而且是很简单的那种套路可以发到3-4分文章,好的
医学程序研究
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2023-11-26 10:34
MAC M1 安装ViennaRNA Python模块
MACM1安装ViennaRNAPython模块ViennaRNA安装包下载安装配置调用
RNA
包ViennaRNA安装包下载快速通道:https://www.tbi.univie.ac.at/
RNA
/index.html
赵仙儿
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2023-11-26 07:39
macos
python
perl
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