rna聚类分析

python TF-IDF，LDA ，DBSCAN算法观影用户的电影推荐聚类分析

项目源码：https://download.csdn.net/download/qq_38735017/874252571.1语料库的建立进行语料处理时我们会遇到的主要问题之一就是如何将大的数据集读入内存当中然后进行相应的处理。(图中所示的数据集是豆瓣网上5000部电影描述信息的分词结果，每一行的数据是一部电影的所有信息。不过从数据大小上看，该数据集属于小的数据集，大的数据集从容量上讲就是以GB甚
一枚爱吃大蒜的程序员·2023-12-01 01:08

浅谈RT-PCR、qRT-PCR原理

1、RT-PCR原理RT-PCR即逆转录PCR，是将RNA的反转录(ReverseTranscription,RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术。可用于检测细胞中基因表达水平。
Lee小余·2023-11-30 22:44

聚类分析5—物种集合-数量生态学：R语言的应用 第四章

数量生态学：R语言的应用第四章聚类分析5—物种集合在这之前我们学习了聚类分析的基本概念、几种计算层次聚类的方法、进一步解读和比较层次聚类结果以及非层次聚类，也学习了基于环境数据来进行聚类分析。
fafu生信小蘑菇·2023-11-30 11:50

R语言：利用rhdf5包分别创建单组学，多组学.h5文件

最近在跑的方法需要.h5作为输入文件，就学习了一下怎么创建.h5文件，原有数据结构如下：生成单组学.h5文件的代码如下：library(rhdf5)library(dplyr)library(patchwork)rna.data
hyena_7·2023-11-30 08:04

基因组学（课程笔记）第十章-表观基因组学

内容提纲内容提纲表观基因组学（Epigenomics）定义：在核苷酸序列不发生改变的情况下，研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科研究内容：1）化学修饰：DNA、RNA
懒猪曼达·2023-11-30 05:48

跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应

构建完Seurat对象之后，我们还需对数据进行一些列的质控，参能进行降维聚类分析，QC对于后续的分析影响还是比较大的，所以要重视。
KS科研分享与服务·2023-11-30 02:34

RNA-seq可视化之差异分析得到的FC值，我们能做什么？

首先整理数据datadata2colnames(data2)[2]data2data2[data2$value0&data2$value0.58,][,1]<-"C"image.pngggplot2绘制柱状图ggplot(data2,aes(x=value,fill=V1))+geom_histogram(position="stack",binwidth=0.01)+theme_bw()+xla
热衷组培的二货潜·2023-11-30 02:28

R语言绘制小RNA丰度条形图

R语言绘制小RNA丰度条形图小RNA中的丰度分布十分不均，少数种类小RNA的丰度占全部的比例较高，研究重点也都放在丰度较高的小RNA上，小RNA长度分布图可以有效筛选丰度较高的小RNA，我们以文献CharacterizationofmouseserumexosomalsmallRNAcontent
纪伟讲测序·2023-11-30 00:09

单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹

单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-RNA测序的新兴技术，更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题，为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案，已广泛应用于人类和动物研究
felix108·2023-11-29 23:18

microRNA提取步骤

一、BIOG特点1、操作简便快速，可在30分钟内获得理想的RNA，适用于一次处理较多样本的批量提取；2、提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；3、采用自主研发的改性硅基磁珠，同样的样本量提取的
清风拂面vv·2023-11-29 19:42

2020转录组RNA-SEQ上游分析

文章目录安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组，g
super_qun·2023-11-29 18:20

RNA甲基化专题 | 癌症研究篇

研究表明，m6A在不同组织，细胞系中是一个复杂的调控网路，m6ARNA甲基化参与RNA的代谢过程，并与肿瘤的发生和发展密切相关。
诺禾致源·2023-11-29 13:10

Swift 类型属性

static对于类，计算型的类型属性，前面加关键字class可被子类重写overrideoverride忽略重载忽略父类中相同的属性class生命体{staticvar遗传方式:String{return"RNA
maskerII·2023-11-29 09:46

链特异性建库

本文转载自：https://www.jianshu.com/p/8b177773ae38RNA-seq基本流程image把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步需要用到反转录酶reversetranscriptase
村长吃火锅·2023-11-28 21:34

2021-05-16 scRNA基础分析：差异基因富集分析

此前的分析我们按转录特征把细胞分成了很多类别，例如seurat聚类分析得到的按cluster分类，singleR分析得到的按细胞类型分类，monocle分析得到的按拟时状态（state）分类。
学习生信的小兔子·2023-11-28 18:03

RNA-seq分析流程

1、质量控制：fastqc-o./-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc./Trimmomatic修剪去掉前端低质量碱基java-jar\$EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic-0.32.jarPE-phred33$
chaos_z·2023-11-28 04:17

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。snakemake简介：snakemake是一款基于python3的软件snakemake的主要功能是快速搭建分析流程官方网址snakemake优势：支持并行运算支持断点运算支持流程控制支持内存控制支持CPU核心控制支持运行时间控制支持。。
李诚0921·2023-11-27 23:29

Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples

WagnerGP,KinK,LynchVJ.MeasurementofmRNAabundanceusingRNA-seqdata:RPKMmeasureisinconsistentamongsamples[J].TheoryBiosci,2012,131(4):281-285.百度百科：RPKM，ReadsPerKilobaseperMillionmappedreads，代表每百万reads中来自
sunlight_yy·2023-11-27 02:38

单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10XGenomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本
生信小博士·2023-11-27 02:06

R语言中确定最佳聚类簇数的方法及聚类优化技术

在聚类分析中，确定最佳聚类簇数是一个重要的问题。R语言提供了多种方法来解决这个问题，并且还有一些聚类优化技术可用于提高聚类的效果。本文将介绍一些常用的方法和技术，并提供相应的源代码示例。
FollowMeCode·2023-11-26 21:09

【社会网络分析第6期】Ucient实操

一、导入数据处理二、核心——边缘分析三、聚类分析四、网络密度一、导入数据处理将数据导入Ucinet首先需要对数据进行处理。
温欣2030·2023-11-26 20:11

机器学习｜数学建模｜数据挖掘｜Data Mining｜无监督分类算法｜聚类分析

2022-12-2014:43:58什么是聚类分析？
alwaysuzybaiyy·2023-11-26 20:07

通过转染双链siRNA 在哺乳动物细胞中进行RNA 干扰

长链dsRNA不能用于多数哺乳动物细胞中，这是由于它能诱导干扰素反应而引发基因表达和细胞凋亡的变化。本方案介绍了一种向哺乳动物细胞中转入短的双链siRNA的方法，双链siRNA因其长度过短而不能引起与dsRNA相关的序列非特异性反应。本方案适用于24孔板中生长的细胞。如果使用了其他规格的多孔板、培养瓶或者培养皿，则需要根据培养孔的表面积换算细胞密度和试剂用量（表1)。试剂转染试剂Dulbecco’
实验小助手·2023-11-26 20:22

纯生物信息学SCI文章好发吗？不好意思，很难了

3-4年前，一套完整的RNA-seq，而且是很简单的那种套路可以发到3-4分文章，好的
医学程序研究·2023-11-26 10:34

MAC M1 安装ViennaRNA Python模块

MACM1安装ViennaRNAPython模块ViennaRNA安装包下载安装配置调用RNA包ViennaRNA安装包下载快速通道：https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/index.html
赵仙儿·2023-11-26 07:39

外泌体多组学21-通过大小排斥色谱分离的细胞外囊泡适用于血浆中的RNomics分析

由于血浆的生物组成复杂，血浆RNA组学分析(RNomics)很容易实现，因此有必要根据性能从现有方法中选择最优策略进行预期的应用在这项研究中，我们进行了四种不同的ev分离策略并进行了比较(即超离心(UC
_十三·2023-11-25 20:58

Smart-seq total 2021

然而，在分析细胞RNA时，大多数研究仍然只关注与蛋白质编码转录物相对应的3%。单个细胞中剩
韧_7e6f·2023-11-25 15:36

科研“出圈”必备——空间组学技术

空间转录组学/RNA成像技术
尐尐呅·2023-11-25 09:50

基因工程实验Ⅱ大肠杆菌质粒DNA的抽提及检测『Protocol』

一、实验原理：质粒的抽提与纯化实质上是将质粒DNA与细菌的基因组染色体DNA、RNA、蛋白质、细胞膜等细胞器及其他大分子物质分离的过程，因此质粒的抽提大致可分为：细菌的培养、收集与裂解；质粒DNA的分离与纯化
生菜小科狗·2023-11-25 00:37

python实现K-Means聚类算法

常用的聚类分析算法有：K-Means：K-均值聚类也称为快速聚类法，在最小化误差函数的基础上将数据划分为预定的类数K。
afansdie·2023-11-24 21:23

4个步骤：聚类分析如何分析用户？

来源：阿萨姆谈AI聚类分析（clusteranalysis）是常见的数据挖掘手段，其主要假设是数据间存在相似性。而相似性是有价值的，因此可以被用于探索数据中的特性以产生价值。
数智物语·2023-11-24 19:02

K-Means

划分一般是基于业务需求或建模需求，也可以是探索数据的分布和自然结构，比如在商业中，如果我们手头有大量的当前和潜在客户的信息，我们可以使用聚类将客户划分为若干组，以便进一步分析和开展营销活动，最有名的客户价值判断模型RFM，就常常和聚类分析共同使用
诗云HSY·2023-11-24 10:31

53.《Bioinformatics Data Skills》之实战：统计落在外显子区域dbSNP数目

寻找区域间的overlap算得上是基因组最常见的操作，貌似简单的寻找overlap追究细节之后也会变得非常复杂，比如为了解决RNA-seq表达定量的问题就衍生出一系列专业的工具或者R包（例如RSEM，TopHat
DataScience·2023-11-24 08:34

空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力

原位杂交原位杂交(ISH)是一种使细胞或组织中特定DNA或RNA分子
尐尐呅·2023-11-24 07:08

TensorFlow实战教程（三十五）-VS Code配置Python编程和Keras环境及手写数字识别（基础篇）

前一篇文章利用Keras构建无监督学习Autoencoder模型并实现聚类分析。
张志翔的博客·2023-11-24 04:34

分享-Spss下载含spss25.spss26.spss27等版本

统计分析：SPSS27支持多种统计方法，包括描述性统计、方差分析、回归分析、聚类分析、因子分析等。数据可视化：SPSS27可以生成多种图表，如条形图、饼图、散点图、箱线图等，
榕先生·2023-11-23 10:46

vmware两台服务器虚拟成一台,VMware使两台windows虚拟机能够互相ping通

K-means聚类算法聚类分析(英语:Clusteranalysis,亦称为群集分析)K-means也是聚类算法中最简单的一种了,但是里面包含的思想却是不一般.最早我使用并实现这个算法是在学习韩爷爷那本数据挖掘的书中
指尖流逝先森·2023-11-23 09:26

Kallisto原理及应用

Kallisto简介首先，这款软件是2016年发表在NBT上的一款RNA-seq的计数软件，文章标题为《Near-optimalprobabilisticRNA-seqquantification》（http
小潤澤·2023-11-23 09:44

学习：StatQuest-RNA-seq

RNA-seq的建库过程image.png上图是RNA建库的步骤RNA测序过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq
小潤澤·2023-11-23 06:32

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。
Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

基于情感分析+聚类分析+LDA主题分析对服装产品类的消费者评论分析

如果文章对你有帮助的话，欢迎评论点赞收藏加关注+目录1.项目背景2.数据集介绍3.技术工具4.实验过程4.1加载数据4.2数据预处理4.3数据可视化4.4情感分析4.5相关性分析4.6特征重要性分析4.7聚类分析
艾派森·2023-11-23 01:31

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

,WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA
掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

[endif]为什么要进行RNA测序机体DNA是一个相对静态的过程，RNA是一个动态变化的过程，其在生理病理或者外在条件下，会发生相应变化，影响调控疾病发生。
不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

生物学重复与技术重复

生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。
wangchuang2017·2023-11-21 22:02

核酸的检测与性质

核酸分脱氧核糖核酸和核糖核酸，包括DNA和RNA，核酸的最小组成成分是核苷酸，包含脱氧核苷酸和不脱氧核糖核酸，基因是DNA的一部分，不同的人DNA不同，核苷酸的含氮碱基包括腺嘌呤，鸟嘌呤等等。
爱你的常青藤·2023-11-21 15:41

spss分析方法-聚类分析

聚类分析是根据研究对象的特征，按照一定标准对研究对象进行分类的一种分析方法。下面我们主要从下面四个方面来解说：[if!
一剑破九州·2023-11-21 12:45

精准测试之过程与实践 | 京东云技术团队

精准测试的核心组件包含的软件测试示波器、用例和代码的双向追溯、智能回归测试用例选取、覆盖率分析、缺陷定位、测试用例聚类分析、测试用例自动生成系统，这些功能完整的构成了精准测试技术体系。
京东云技术团队·2023-11-21 10:30

SPASS-聚类和判别分析

聚类与判别分析概述基本概念聚类分析聚类分析的基本思想是找出一些能够度量样本或指标之间相似程度的统计量，以这些统计量为划分类型的依据，把一些相似程度较大的样本（或指标）聚合为一类，把另外一些彼此之间相似程度较大的样本又聚合为一类
世润·2023-11-21 07:00

2021-02-17 RNA-seq 流程

1前期准备1.1安装conda下载wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh安装bashMiniconda2-latest-Linux-x86_64.shsource~/.bashrc#激活conda添加镜像源condaconfig--addchann
diyidaoguang·2023-11-21 04:40

R语言绘制配对样品箱线图

随后，通过qPCR或RNA-seq等方法定量基因表达后，以箱线图呈现特定基因在肿瘤组织和正常组织中的整体表达水平，并在箱线图中以
纪伟讲测序·2023-11-20 20:40
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