sra

细菌基因组的下载及组装

找一篇细菌基因组文章；我输入的是anthracis,炭疽杆菌的拉丁名，得到第二个是耐青霉素炭疽桿菌菌株的基因组序列，进去看看在这里，最后一句说这个序列的详细数据记录在SRP155512中打开NCBI，点击SRA
小奶包_441a·2023-04-20 06:29

2021-05-23 批量下载sra文件及转换为fastq

数据下载for((i=594;i在reads的首端切除指定的长度；#MINLEN:36，如果reads长度小于36bp则扔掉整条read。LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15HEADCROP:10MINLEN:36
xiaoguolaile·2023-04-17 21:56

高并发大容量NoSQL解决方案探索

本文将基于个推SRA孟显耀先生所负责的DBA工作，和大数据运维相关经验，分享两大方向内容：一、公司在KV存储上的架构演进以及运维需要解决的问题；二、对NoSQL如何选型以及未来发展的一些思考。
java高并发·2023-04-17 19:49

转录组 fastq to counts

hisat2+stringtie转录组###filtertrimmomaticPE-phred33SRR1951884.sra_1.fastq.gzSRR1951884.sra_2.fastq.gzSRR1951884
一直想要成为大牛的科研狗·2023-04-15 21:27

2019-05-02从NCBI SRA下载数据

1.wget方法ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR207/SRR2078288/SRR2078288
laughing_4963·2023-04-15 20:38

2020-01-23 【转录组】二、fastp 批量 质控及过滤

选区_009.pngforiin{52..61};dofastp-i~/1data/01fastq/SRR31837${i}.sra_1.fastq-o~/1data/03fastp/SRR31837$
my_derek·2023-04-15 18:09

第二次RNA-seq实战总结（1）软件的准备

RNA-seq的摸爬滚打之后，我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解，并知道了它们的用法，于是便做了第二次的RNA-seq，然后想做一个总结笔记1.原始数据下载软件AsperaAspera用于下载sra
邱俊辉·2023-04-15 10:08

2020-06-24 prefetch 调用 aspera 下载SRA数据踩坑

最近课题需要，要下载几个SRA数据，没想到小小的更新了一下软件，浪费了我大半天时间除bug。
红豆生南瓜asd·2023-04-14 17:54

2020-06-18 aspera 下载 SRA数据，非常简单！！！

Aspera安装安装asperahttps://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list选合适自己的操作系统的版本下载：下面以Linux系统为例示范安装：tarzxvfibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gzbashibm-aspera-connect-3.9.9.177872-lin
热爱大自然的小和尚·2023-04-14 09:58

aspera下载SRA数据感想

最近学习了生信技能树的《Chip-seq测序数据分析》课程，在下载SRA数据的时候，卡壳了。搞了好几天。
天生励志牛·2023-04-13 01:57

RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗

RNA-seq入门实战整体分析流程本节概览：1.在文章中找到GEOaccessionnumber,从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用fasterq-dump
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 12:16

细菌基因组的组装

1.上GenomeAnnouncements网站找一篇细菌基因组文章，找到文章记载的SRA号文章截图现在用SRR9209163这个SRA号做基因组的组装2.从SRA数据库上用prefetch下载该文件SRA
空泠棱·2023-04-12 09:03

蛋白和转录组联合分析数据库推荐

CancerRNA-SeqNexus）数据库网址：http://syslab4.nchu.edu.tw数据库说明：这个数据库收录了来自于TheCancerGenomeAtlas(TCGA),SequenceReadArchive(SRA
bioyangyang·2023-04-12 03:13

RNA-seq从入门到自闭（数据下载）

接下来就是下载SRA文件。sra文件的下载方式有很多种，你可以用迅雷离线拖，百度离线下载，也可以用选择网页下载。在这里我简单介绍上述方法外的三种下载方式。
邵扬_Barnett·2023-04-11 18:24

2021-01-06利用Aspera从ENA上下载SNP数据

www.jianshu.com/p/ff826d6591f5--服务器1参考(相对可以用较高版本)https://github.com/indexofire/bac-ngs-book/blob/master/chapter_1/sra.md
bcl_hx·2023-04-10 18:56

在Mac 和windows上用 Aspera Connect下载NCBI Sra数据

做生信分析在NCBI上下数据是第一步，不一定非要用linux下，装好sratools和AsperaConnect和都没问题。在这里NCBISRAToolkit找属于你版本的sratools吧。在这里AsperaConnect找属于你版本的的ascp客户端如果下载太慢，可以私信我，我给你网盘链接。用sratools的prefetch命令是最快的。基本用法都是需要告诉prefetch，ascp的程序在
Ray钱·2023-04-09 22:15

学生信的那些事儿之十二 - RNAseq 分析流程之用aspera工具下载SRA数据

在Linux系统下安装了conda，配置了镜像，创建了分析环境，并且在环境下下载了常用的分析软件，那么接下来做什么呢？锅碗瓢盆、油盐酱醋都已准备妥当，准备开火煮饭却发现没有米！生信分析的米是啥，是数据，数据从哪里来？一种途径是可以把样本送到测序公司，然后测序公司交付数据，比如说你给我样本（和钱），我交付数据，这是一手的“资料”。另一个途径就是用别人的，而且不用花钱，真的就有这么好的事儿。NCBI是
李白爱吃橙子·2023-04-09 15:26

CellRanger初探

公共数据库中的SRA单细胞转录组数据究竟包含了哪些数据？CellRanger怎样利用10x平台下机数据进行下游一系列分析？这篇文章简单记录CellRanger包括的主要分析步骤，纯理论。
新欣enjoy·2023-04-09 05:27

STM32介绍

此外，它们还具有较大的Flash存储器和SRA
(～￣▽￣)～凤凰涅槃·2023-04-08 14:29

（收藏贴）微生物多样性测序原始数据（SRA）上传到NCBI实操

我们知道，给SCI期刊投稿的时候，往往要上传原始数据，今日，笔者正好在做这份工作，就学习记录，供大家参考。操作步骤太多了。。。读者感兴趣可以去公众号查看。
龙star180·2023-04-08 06:09

SRA数据库简介及使用方法

来源于SRA官网介绍SRA是NIH高通量测序数据的主要存档，并且是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，该数据库包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）以及日本（DDBJ
正经昵称征集中·2023-04-06 10:13

SRA数据库简介

简介SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库。日本（DDBJ）。
Forest_Lee·2023-04-06 07:32

2019-04-16 SRA数据批量下载

批量下载SRA数据#!
WILLWILLWIN·2023-04-05 20:51

GEO数据分析之必备基础知识

数据分析之必备基础知识本节主要介绍GEO分析开始之前的准备工作和推荐学习以下非常优秀的推文，学习之后GEO分析就春暖花开了：生信技能树GEO数据挖掘相关的课程解读GEO数据存放规律及下载，一文就够解读SRA
天涯清水·2023-04-05 14:19

aspera下载

home/shen/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l100manonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:sra
苏牧传媒·2023-04-05 01:42

conda 卸载_conda第一步，你确定安装成功了吗？

安装列表bwagatk4sra-
weixin_39563823·2023-04-04 04:44

转录组实战之SRA数据下载（上） 2019-05-07

数据下载两种方式打开链接，下载id：https://www.ncbi.nlm.nih.gov//geo/query/acc.cgi?acc=GSE52778微信图片_20190507093416.png微信图片_20190507093422.png微信图片_20190507093428.png即可下载id号利用perfetchid号下载数据首先记住命令：catid|whilereadid;doec
Bio小盼·2023-04-03 19:17

细菌基因组的组装

一、获取SRA号登录GenomeAnnouncements网站（https://mra.asm.org/），搜索关键词“bacteriagenomeSRA”，在搜索到的细菌基因组文章中选择一篇，找到文章记载的
々不发呆·2023-04-03 02:27

chip-seq数据分析流程

chip-seq数据分析流程1.chip-seq数据下载及更换名称1.1.根据文献提供的ncbi的编号，下载sra数据。1.2.更换文件名：更换后的文件名能表明数据所对应的实验组。
梁兄_小白·2023-04-01 17:46

linux学习100篇36：转录组分析用软件及安装sra-tools

安装(rnaseq)root11:41:39~$condainstall-ysra-tools=2.10.7Collectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:failedwithinitialfrozensolve.Retryingwithflexiblesolve.Collectingpackageme
Seurat_·2023-04-01 15:31

SRA Toolkit下载SRA数据

1.下载https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
lms9095·2023-04-01 13:34

C++火车头优化

pragmaGCCoptimize("inline")#pragmaGCCoptimize("-fgcse")#pragmaGCCoptimize("-fgcse-lm")#pragmaGCCoptimize("-fipa-sra
不怕困难的博客·2023-04-01 11:45

从0开始的RNA-seq教程

从SRA下载了rawdata，质控很多人用fastq
五香可达鸭·2023-04-01 06:40

如何上传转录组数据到NCBI的SRA数据库

由于我的数据太差了，还是传到NCBI吧~第一步：打开NCBI主页，如下图第二步：选择SequenceReadArchive(SRA)，如图。
纤蹄马·2023-03-30 00:32

RNA-seq实战分析流程

一、下载测序数据①SRA数据库[存储二代测序的原始数据]②在进行上游分析时，数据格式转换过程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts③质控处理的相关软件：•fastqc•cutadapt•TrimGalore
ShanSly·2023-03-29 04:58

Aspera

据说是在去年，prefetch（这个是SRA-Toolkits里面的插件）已经不能和aspera联用了。所以就直接下载Aspera就好。
felixhell·2023-03-28 05:08

上传序列数据到SRA

笔记内容：SRA是什么，点解要向它上传序列数据上传之前的准备如何上传SRA是什么，点解要向它提交序列数据SRA官方document.SequenceReadArchive(SRA)存储了NCBI上各研究所用到的序列数据
GPZ_Lab·2023-03-27 08:57

禾谷镰刀菌转录组分析--准备数据

1、准备数据：测序数据和参考基因组测序数据：NCBI中SRA数据库，Accession:PRJNA522013ASPERA，类似下载加速器，要安装在个人目录才能使用wgethttp://download.asperasoft.com
马连洼小法师·2023-03-25 21:07

SRA数据(2)------SRA数据处理

上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据，今天就开始对SRA进行处理（以SRR5489805为例）。
护旗小能手·2023-03-25 12:24

【国产FPGA】国产FPGA搭建图像处理平台

20k.htmlFPGA主要参数:FPGA型号参数GW2A-LV18PG256C8/I7逻辑单元(LUT4)20736寄存器(FF)15552分布式静态随机存储器S-SRAM(bits)41472块状静态随机存储器B-SRA
碎碎思·2023-03-24 00:29

RNA-seq上游流程

1.数据下载在ncbi找到要下载的sra样本，点击AccessionList下载所需要样本名，会生成SRR_Acc_List.txt的文件，将这个文件上传到linux端，再用prefetch下载ncbiprefetchcatSRR_Acc_List.txt
FANHONGZENG·2023-03-22 05:10

转录组练习（一）

mod=viewthread&tid=24083进行rna_seq练习数据下载数据下载.png代码段sudoaptinstallaxel#安装aselbashsra_down.shls*.sra|whilereadid
简单点lili·2023-03-22 04:14

conda安装软件后怎么确认软件安装成功

安装列表bwagatk4sra-
Amy_Cui·2023-03-21 03:33

关于SRT个案收费的乱象

Ta还不是咨询师，咨询师需要有至少75个个案经验，并且通过SRA协会考核才可以拿到证。目前国内的咨询师不多，绝大多数都是执行师。
光行者Stella·2023-03-15 21:20

2019-11-08

.sra格式变为.fastqnohupfastq-dump--split-3SRR7881539.sra--gzip-Odata>log.txt&hisat2reads对比参考基因组nohuphisat2
小三的后一位小四·2023-03-13 01:35

GEO数据挖掘（三）— 基因通路富集全套代码分享

前几次教程“GEO数据挖掘（一）简单快速下载GEO数据”、“GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据”、“GEO数据挖掘（二）--基因差异表达分析及可视化全套代码分享”已经分享过下载数据、基因差异分析等步骤
诺禾致源科技服务·2023-03-12 07:15

sratoolkit安装（2018-07-15）

1参考https://www.plob.org/article/11368.html2下载curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit
简单点lili·2023-02-19 06:22

单细胞测序分析上游cellranger软件入门介绍

公共数据库中的SRA单细胞转录组数据究竟包含了哪些数据？CellRanger怎样利用10x平台下机数据进行下游一系列分析？这篇文章简单记录CellRanger包括的主要分析步骤，纯理论。
Seurat_Satija·2023-02-19 02:53

sralite.1文件的拆分

最近从SRA下载的好几个转录组数据的原始数据后缀名都是sralite.1，不管是windows还是Linux下，用sratoolkit转化格式的过程中会导致出错，提示：“columnnotfoundwhileopeningtablewithinshortreadarchivemodule-failedSRR4031577
佳名·2023-02-19 02:16

MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据

本期和大家分享科研菌在使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。
科研菌·2023-02-17 16:04
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