sra

都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧

但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump--gzip--split-3--defline-qual'+'--defline-seq'@$ac-$si/$ri'SRRXXXXX|SRRXXXX.sra
weixin_33691700·2020-09-16 16:28

sratoolkit 的使用

一.主要功能有两个：1.下载分析所需的测序数据SRR2.将sra后缀的文件格式转换为fastq文件二：具体用法如下：1.下载数据：prefetchSRR35899502.文件格式转化：fastq-dump
weixin_30732487·2020-09-16 16:18

【只要有ENA千万别用NCBI】拆分SRA文件，通过SRAtoolkits

最近开始分析网上Download的数据，一开始用人家现成的GWAS数据，后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的，出来混早晚是要还的，所以就开始从头分析一些SRA的数据，我以为会很简单，事实证明是我简单了
weixin_30492601·2020-09-16 16:35

下载 NCBI sra 文件

NCBI提供了SRA数据库存储这些数据。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra为了方便更好的分析这些数据，NCBI提供了下载的命令行工具：sra-toolkit。
探索者v·2020-09-16 16:26

批量下载 NCBI sra 文件

tanzuozhev/article/details/51078460前文http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222介绍了如何采用sra-toolkit
探索者v·2020-09-16 16:26

安装和使用SRA toolkit

进入软件安装目录cd~/local/app/下载SRAtoolkit(确保你的下载链接对应的软件版本是跟你的系统一致的）curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra
sunchengquan·2020-09-16 16:49

Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具

上次写了在linux环境下从ncbi下载sra文件，这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/
铭&婵旭·2020-09-16 15:55

请教Linux中使用SRA Toolkit下载sra数据失败的原因

请教Linux中使用SRAToolkit下载sra数据失败的原因安装SRAToolkit完成后，使用nohup&命令进行数据的下载。
niaozhizhi·2020-09-16 15:29

SRA数据下载以及转换格式

数据下载NCBI上下载SRA数据，首先要知道SRA号，找到sra编码的submission,之后就可以直接在NCBI上的sra选项上搜索如图，点击Runinfo会得到excel文件，里面有各个sra文件的下载链接
mym_74·2020-09-16 15:56

菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用

sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fstaq.gz文件的工具。1.下载/调用SRAToolkit可以直接在linux里在线下载，要根据自己的系统选择合适的安装版本。
hs6605015·2020-09-16 15:39

使用fastq-dump下载SRA数据

使用fastq-dump下载SRA数据环境和配置请见系列博文1.下载：fastq-dump-ZDRR047093然后会显示信息：如果文件过大会有很多可以显示制定条数fastq-dump-X5-ZDRR047093
KeepLearningBigData·2020-09-16 14:21

SRAtoolkit使用

SRAtoolkit使用1.下载安装：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
KeepLearningBigData·2020-09-16 14:21

下载 sra-toolkit

下载ncbi的数据从ncbi下载sra-toolkit（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/）选择你的系统版本下载并解压下载sra序列SRR_Acc_List.txt
俩美好·2020-09-16 14:09

SRA数据下载

SRA数据下载##SRA_TOOLKIT使用方法fastq-dump--defline-seq‘@KaTeXparseerror:Expectedgroupafter'_'atposition4:sn[
肉乎乎乎乎乎乎~~·2020-09-16 14:47

转录组入门3：了解fastq测序数据

目的：用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量。
Duke_of_Connacht·2020-09-16 14:00

sra 数据转成 fastq并改名

把sra数据移动到我们工作目录后，我们开始sra转faq。正式运行代码之前，必须先拿一个样品测试下代码能否运行成功，这点很关键，因为这步就算成功运行也特别慢，要是代码再出错了就更浪费时间了。
醉月伐桂戏嫦娥·2020-09-16 14:03

sra文件下载及解析的问题

昨天在NCBI上下载了一份sra文件，使用fastq-dump提取fastq文件时遇到报错：2019-12-24T08:59:08fastq-dump.2.9.6sys:timeoutexhaustedwhilereadingfilewithinnetworksystemmodule-mbedtls_ssl_readreturned
Q.1·2020-09-16 14:00

老曹的作业本之sra转fastq

如何让sra转fastq快一点由于之前下载的数据比较大，转fastq从财务跑了一趟回来还没转完一半，想着有没有快点的办法，人老了，心浮气躁。
玉树林峯·2020-09-16 14:12

本地blast的使用及SRA转fastq，解决sra转换成fastq后bwa无法识别的问题

BLASTinstaliiation直接下载编译好的balst，加入PATH导入PATH，使其在任何terminal中均可使用exportPATH=$PATH:yourdirectory/ncbi-blast-2.9.0+/bincd~vim~/.bash_profilesource~/.bash_profile使用命令建立数据库makeblastdb-inSRR5799563.fasta-out
XH生信ML笔记·2020-09-16 14:41

Fastq-dump: 一个神奇的软件

现在可以用fasterq-dump,速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生
weixin_33734785·2020-09-16 14:56

如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式)

sra是NCBI推出的存储高通量数据的格式，而平常我们工作用得多是fastq格式。
weixin_33901641·2020-09-16 14:25

SRA数据转成fastq

DownloadingandinstallingtheSRAToolkitstep1：下载并安装SRAtoolkit（DownloadtheToolkitfromtheSRAwebsite）Ifyouareusingawebbrowser,thefollowingpagecontainsdownloadlinkstothemostcurrentversionofthetoolkitforeacho
weixin_30687811·2020-09-16 14:22

使用sratoolkit转换SRA文件格式

1.单端：fastq-dump--fastaSRR6470965.sra结果生成：SRR6470965.fastafastq-dumpSRR6470965.sra结果生成：SRR6470965.fastq2
飘羽·2020-09-16 14:38

生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

文章目录1.介绍2.安装2.1Conda安装2.2传统安装3.使用3.1下载SRA3.2抽取fastq文件1.介绍Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA(readsandreferencealignments
白墨石·2020-09-16 14:37

Linux下把sra文件转成fastq文件

记录下自己在安装sratoolkit和转换文件的摸索步骤转换文件需要使用sratoolkit软件，所以首先要下载，先说下下载、解压、安装这个软件。我事先在我的Linux目录下新建一个文件夹software用来存放下载的软件，新建文件夹命令：mkdirsoftware，然后就在这个文件夹下载软件了。1.在Linux下直接用wget来下载，输入如下命令：wgethttp://ftp-trace.ncb
铭&婵旭·2020-09-16 14:15

ncbi下载数据sra和转换fastq流程

https://www.cnblogs.com/chenpeng1024/p/9166988.htmlnohupprefetch--option-fileSRR_Acc_List.txt&$wget-ifilename.txt此命令常用于批量下载的情形，把所有需要下载文件的地址放到filename.txt中，然后wget就会自动为你下载所有文件了。$wget-chttp://example.com
qq_39306047·2020-09-16 14:43

菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用

菜鸟自学之——SRAToolkit的下载和使用第一次写博客，必须mark一下：2018.07.27sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fstaq.gz文件的工具。
guguaihezi·2020-09-16 13:55

sra转fastq格式

NCBI上下载的原始数据为SRA数据，而适用于大部分生物软件的是fastq格式，所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。
dingsheng56656·2020-09-16 13:18

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件：环境：ubuntu14.04sratoolkit.2.5.5-ubuntu641.下载下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov
KeepLearningBigData·2020-09-16 13:39

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq并将fastq转换成fasta文件1.ncbi下载sra文件ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant
KeepLearningBigData·2020-09-16 13:09

HDU-3642-Get The Treasury(扫描线+线段树,三维)

ACCode：#include#include#include#include#include//sra
永远鲜红の幼月·2020-09-16 12:11

MIPS 指令集(31)

.0R-typeoprsrtrdshamtfuncadd000000rsrtrd00000100000add$1,$2,$3$1=$2+$3rd>10rd>shamt；(logical)，其中rt=$2,rd=$1sra00000000000rtrdshamt000
跟包叔一起学习·2020-09-16 02:57

MIPS 指令集速查

.0R-typeoprsrtrdshamtfuncadd000000rsrtrd00000100000add$1,$2,$3$1=$2+$3rd>10rd>shamt；(logical)，其中rt=$2,rd=$1sra00000000000rtrdshamt000
weixin_30699235·2020-09-16 01:07

SRA解密报错：Data must start with zero

项目背景：要对打印地址进行加密，用公钥加密后会乱码需要base64decode一下，但是在解密时报错：javax.crypto.BadPaddingException:Datamuststartwithzero解决办法：1.加解密时KeyFactorykeyFactory=KeyFactory.getInstance("RSA");2.将加解密的Ciphercipher=Cipher.getIns
wuwujian111·2020-09-15 05:01

SRA toolkit下载数据

wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gztar-zxvfsratoolkit
生信编程日常·2020-09-14 22:31

C++ 魔法优化

pragmaGCCoptimize("inline")#pragmaGCCoptimize("-fgcse")#pragmaGCCoptimize("-fgcse-lm")#pragmaGCCoptimize("-fipa-sra
rising_sun2233·2020-09-14 04:09

可能是下载公共数据fastq.gz最快的方法【new】

参考：批量下载SRR数据从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据最近下载了一些比较大数据，自己感觉下载公共数据，最快的方法用ascp下载EBIsra数据，再使用faster-dump解压，如果需要压缩使用
caokai001·2020-09-12 01:44

mips下的汇编指令集

.0R-typeoprsrtrdshamtfuncadd000000rsrtrd00000100000add$1,$2,$3$1=$2+$3rd>10rd>shamt；(logical)，其中rt=$2,rd=$1sra00000000000rtrdshamt000
S5林风·2020-09-10 18:51

SRA数据库的各种编号

SRA数据库，最初的命名为ShortReadArchive，现已改为SequenceReadArchive。
宁生信·2020-09-10 17:43

C语言编程 产生一个随机数

利用sra
chaidao7207·2020-09-10 12:07

SpringBoot自带定时器

有的人说自带的功能不够强大,不过我这里能满足,所以记录一下首先是启动类需要加注解@EnableScheduling然后到自己需要定时任务的service方法中,我之前放到controller方法中,会遇到下图中sra.getRequest
蟲蟲侠·2020-08-26 14:13

2020-02-19

Chip-seq流程sra-tools下载安装#加压包tarzxfsra-tools.tar.gz#将来需要调用的命令都在bin文件夹中，更改环境变量(全局)，>>的意思是追加不是覆盖，以下路径需要自己主动变更
DrLyo·2020-08-25 15:24

fastq-dump并行版pfastq-dump的使用

fastq-dump转换SRA文件到fastq文件很慢，并行版本成为趋势；无论怎么换，先要打好基础，使用并行版本的前提是要保证NCBI的fastq-dump可以在服务器上正常运行。
dulunar·2020-08-24 16:45

从文章中获取测序数据

AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034很容易在文章里面找到数据地址GSE81916这样就可以下载sra
莫讠·2020-08-24 11:36

使用seqtk来分割混合的fastq序列

前几天从SRA数据库下载的.sra数据在解压的时候没有使用fastq-dump--split-filesDRR**来分割两个文件，而是直接生成了一个fastq文件然而我使用trimming来过滤的时候，
螺旋挖矿·2020-08-24 05:00

下载 SRA 原始数据

第一步：安装SRAToolkit软件包下载地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
Weiyx·2020-08-22 21:06

sratoolkit_fastq-dump

软件包下载：wgetftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz解压：tar-xzfsratoolkit.current-centos_linux64
J_Fun·2020-08-21 18:10

洛谷 O2优化源码

pragmaGCCoptimize("inline")#pragmaGCCoptimize("-fgcse")#pragmaGCCoptimize("-fgcse-lm")#pragmaGCCoptimize("-fipa-sra
天亮就睡觉·2020-08-20 21:06

MIPS 指令集(共31条）

.0R-typeoprsrtrdshamtfuncadd000000rsrtrd00000100000add$1,$2,$3$1=$2+$3rd>10rd>shamt；(logical)，其中rt=$2,rd=$1sra0000000000
Follow_My_Heart·2020-08-20 01:38

如何从NCBI下载SRA数据

1.找到需要的sra数据，找到对应的sampleAccession，或者叫做：ExperimentAccession。
SicongFu·2020-08-19 16:49
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