sra

下载NCBI SRA数据的最佳方法

高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（SequenceReadArchive）数据库。当我们需要用到这些数据的时候，就需要合适的方法来下载。
亮亮就是亮·2023-02-17 05:01

转录组分析1 各种生信数据格式fq、fa、sam、bam等

sra和fq1sra或fq（fastq），都是测序格式的文件。通俗理解：sra是把双端测序的2个文件合成了1个，而fq文件是2个。
八段锦1134·2023-02-17 03:45

NCBI原始SRA数据下载

下载NCBI数据，使用ascp命令是最快的，但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据，查阅了百度上的各种参数，最后还是没有成功，可能是有个“墙”存在的原因，小编后来有一段时间使用迅雷下载，但是迅雷找SRA
geneonto·2023-02-05 00:47

如何上传测序数据至NCBI？

文章发表一般要求将测序数据上传至NCBI的SRA（SequenceReadArchive）数据库。上传到NCBI的数据可归纳为两大类：测序原始数据和分析数据。
husy_·2023-02-01 20:49

NGS数据下载

BypassingNegativeEpistasisonYieldinTomatoImposedbyaDomesticationGene，但是在下载数据的时候，遇到了一个大坑，萌生了对现有下载NGS数据总结的一个想法，归纳如下：NGS数据下载的几种方式NGS数据的存储方式一般有两种，SRA
杨亮_SAAS·2023-01-30 02:38

生信 使用SRA Toolkit下载SSR数据

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/srasoftware--download下载了NCBISRAToolkit解压后得到2进制的exe工具包快捷键win+R，sysdm.cpl，打开配置path，环境变量，系统变量-path，新建，把存放sratoolkit的路径复制黏贴加上在powershell中cdD:\sratoolkit.3.0.0-win64\b
zky___·2023-01-19 08:50

RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结

转录组测序数据分析简书：RNA-seq(1):用conda安装RNA-seq所需要的工具-简书RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法-简书RNA-seq(2)-2:下载数据-简书RNA-seq(3):sra
Dzfly..·2023-01-18 18:09

【直播问答精选】湿热灭菌和冻干验证主题研讨会——让灭菌和验证变的简单！

在风险评估过程中，尤其是SRA过程中，会有对应的输出，所有的调试和确认都是根据这些输出来的，RA中有对应的TM输出矩阵，输出是明确的，我们主要关注的是输出的方法。
虹科电子科技·2023-01-11 16:30

RNA-seq——上游分析练习2（数据下载+trim-galore+hisat2+samtools+featureCounts）

主要包含四个步骤：数据下载（包括sra数据、参考基因组、参考基因组注释文件）质控过滤（使用trim-galore进行质控，使用fastqc、multiqc
Dzfly..·2023-01-09 13:10

RISC-V单周期处理器设计（指令和控制器）（二）

1.指令首先说明一下我准备设计的这一款单周期处理器支持的指令：1.基本R型指令add，sub（加减），sll，srl，sra（移位），and，or，xor（逻辑运算）R型指令：主要就是一些基本的寄存器中数据过
小张爱学习哦·2023-01-04 21:25

用conda下载sratoolkit（sra-tools）

下面介绍一个万能解决的方法：1.搜索sra-tools版本，选择最新的condasearchsra-tools之前安装2.x.x的版本都失败了，看到最新的有3.0.0版本的，于是尝试下载。
一只红天蛾·2022-12-28 22:01

各种常用的处理命令

●在fastq-dump拆分SRA文件时遇到报错image.png解决方案：因为NCBI上的下载链接从http变为了https，所以安装最新版sratoolkit即可解决问题●使用fasterq-dump
千万别加香菜·2022-12-26 12:00

基于modelsim软件进行仿真简易CPU指令的实现

2.3设计思想2.3.1流水线2.3.2模块化三、指令实现详情及仿真3.1逻辑操作类指令：ORI、ANDI、AND、XORI、XOR、NOR、OR3.2移位操作类指令：SLL、SLLV、SRL、SRLV、SRA
李霁明·2022-12-21 11:09

《自己动手写CPU》学习记录（6）——第5章/Part 2

目录引言致谢指令说明逻辑指令and、or、xor、norandi、xorilui移位指令sll、sllv、sra、srav、srl、srlv空指令nop、ssnop、sync、pref指令实现宏定义添加指令译码模块修改指令执行模块修改功能验证逻辑运算验证代码仿真波形移位运算验证代码仿真波形引言随章节进度继续推进
在路上，正出发·2022-12-16 11:22

Ubuntu18 查看CUDA的CUDA_ARCH_BIN

/deviceQuery如上，运行后输出信息如下 nvidia@nvidia-X10SRA:/usr/loca
元宇宙MetaAI·2022-12-16 00:03

RNA-seq数据分析

SINGLEorPAIRED)及分组信息可以点击AccessionList下载对应的SRR_Acc_List.txt二、RNA-seq处理流程使用HISAT,StringTieandBallgown处理流程下载并解压SRA
yiyaaaaaaaa·2022-12-12 14:29

[论文评析] ArXiv-2021,Pyramid Vision Transformer A Versatile Backbone for Dense Prediction without Convo

PyramidVisionTransformerAVersatileBackboneforDensePredictionwithoutConvolutions基础知识动机贡献PVTarchitecturePatchEmbeddingSpatialreductionattention(SRA
MasterQKK 被注册·2022-12-04 00:41

SRAM和DRAM的比较

SRAM的特点静态随机存储器（SRA）的存储元是用双稳态触发器来记忆信息的，因此即使信息被读出后，它仍保持其原状态而不需要再生（非破坏性出）。
云隐雾匿·2022-11-30 02:22

iOS15真机调试包(14 - 16)

链接:https://pan.baidu.com/s/1BNGt6SrA1JNpdyMpdRb6-w提取码:4gdu一、复制真机调试包路径：/Applications/Xcode.app/Contents
llIIIllIllII·2022-10-11 10:38

小王的ChIP-seq傻瓜学习教程(纠错更新中)

一翻邮件交流发给我了一套H3K27ac的数据，GSE165809，单端single，有inputH3K4me3H3K27ac1、使用SRA-Toolkit转换SRA为fastq并压缩moduleloadSRA-Toolkitfastq-dumpSRR
pudding815·2022-10-07 15:01

使用Aspera，wget和 prefetch下载SRA数据

下载Accessionlist进入NCBI——进入SRA数据库——输入物种拉丁名——选择Sendto中的RunSelector——Goimage.png点击Accessionlist即可下载，用于后续下载原始数据的输入文件
17号小行星·2022-07-30 10:53

RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读

一、质控前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。
生信开荒牛·2022-07-23 09:27

一步步教你NCBI_SRA上传测序数据

然后登陆到SRA数据库的官方网址：https://submit.ncbi.
谢俊飞·2022-07-20 14:27

STM32与FPGA通讯——FSMC

文章目录STM32与FPGA通讯——FSMC@[TOC](文章目录)一、FMSC简介FSMC框图剖析FSMC的地址映射FSMC控制SRA
涛涛呐～·2022-06-26 07:34

【深度学习】（ICCV-2021）PVT-金字塔 Vision Transformer及PVT_V2

遗留的问题2.2引入金字塔结构3.PVT的设计方案3.1Patchembedding代码3.2positionembedding3.3Encoder3.2Spatial-reductionattention（SRA
sky_柘·2022-05-21 10:42

sra toolkit 下载、安装和使用

1.官网下载压缩包wgethttp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz2
Jerry刘·2022-05-18 15:16

单细胞转录组之从fastq到counts

1原始数据下载及转换从GEO下载原始数据需要使用官方工具SRA-tools，安装SRA-toolscondainstall-ysra-tools1.1原始数据下载进入NCBISRA数据库，输入GSE编号
青青青山·2022-05-12 13:57

Day3-单细胞数据fastq及cellranger

SRA-fastq-cellranger1.conda安装和管理#下载Miniconda3安装wget-chttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86
Sun506·2022-05-10 16:11

NCBI，sra数据获取以及处理：生成fastq文件

获取方法一：从NCBI获取需要的SAR序列号screen-SGSE136447#创建后台程序（可以写shell脚本，存在问题“/r”可以利用空格;解决换行问题，可以使用nohupXXX.sh&）cat/data/shift/GSE136447/GSE136447.txt|whilereadi#存放的为SAR序列号do/data/biosoft/software/sratoolkit.2.9.6-1
Shift_shift·2022-04-15 10:16

生信理论及操作

dobsubtest_re_com.faseqkitseqb73.fa-w0>b73_out.faRNA-seq【系列】转录组入门（1）：软件准备https://www.plob.org/article/11457.htmlSRA下载SRA
豆沙了·2022-03-22 19:37

单细胞测序上游1-数据下载

既往主要下载方法3种，wget、ascp，sra-tools(prefetch).ascp:速度快wget：不稳定sra-tools(prefetch)：官方工具，但速度慢但在使用过程中发现ascp对于某些数据无法下载
科研小徐·2022-03-11 16:23

TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

高通量数据库的数据，下载方法有三种：常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget下载数据速度很慢，比较容易断。wget-c下载地址保持断点下载ENA数据下载方法汇总https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/retrieval/file-download.html#using-wget下载数据库优先选择快速下载
wo_monic·2022-02-24 16:09

GEO的SRA|fastq下载

GEO的各种英文缩写GPLGEOPlatform平台GSEGEOSeriesSRA-----SequenceReadArchive存档来自高通量测序平台的原始测序数据和比对信息，包括Roche454GSSystem®，IlluminaGenomeAnalyzer®，AppliedBiosystemsSOLiDSystem®，HelicosHeliscope®，CompleteGenomics®和P
Juan_NF·2022-02-18 12:18

组装细菌基因组

一：细菌基因组下载上GenomeAnnouncements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号**这里找了一篇文章：https://mra.asm.org
邹劲鲲·2022-02-17 06:34

分析流程

基因组重测序数据目的：需要检测基因组中的变异，找到并定位这些突变位点条件：参考基因组、重测序数据、分析流程：SSStep1下载sra文件使用软件：AsperaAspera用法：ascp[参数]目标文件保存路径步骤
古月福_·2022-02-16 23:34

RNA-seq分析实战

一、软件安装准备1.原始数据下载软件Aspera2.解压文件SRA-toolkit3.比对软件hisat24.基因表达量软件htseq-count(这是一个Python包，需要在Python2的环境下下载
Akuooo·2022-02-14 14:21

2019-07-20

condacreate-nrna-seqsra-toolsfastqccutadapttrimmomaticstarhisat2samtoolssubreadhtseq以上命令为创建名称为rna-seq的虚拟环境，并安装sra-tools
南山布谷·2022-02-12 14:43

RNA-seq摸索：2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→IGV可视化结果

上游数据分析RNA-seq一般流程转录组入门：序列比对RNA分析简洁版序列比对我觉得这个作者这样的分类特别清晰，值得学new_workflow/│└──annotation/1ls你放fastq数据的路径/sra
没有猫但是有猫饼·2022-02-10 10:22

WES 分析（从下载数据到IGV）

1.数据下载SRP077971选取其中三个wes下载cat>list.txtSRR5943131SRR5943132SRR5943133下载sra数据，每个耗时～25mincat>download.shcatlist.txt
dandanwu90·2022-02-09 07:20

使用Aspera高速下载ENA/SRA测序数据

批量下载EBI数据1、获取ascp下载地址EBI网站首页输入检索号，分别选择显示条目samplename和FASTQfiles(Aspera)，点击TEXT进行下载，生成文件:sample_alias.txt和fastq_aspera.txt[EBI网址]https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB78882、下载测序数据catfastq_aspera.txt
husy_·2022-02-07 13:21

关于利用脚本批量下载、转换、质控

首先我们明确一下操作流程1、利用Aspera批量下载文件2、利用FastQC语需要.fastq.gz文件，所以我们需要利用SRA-toolkits做格式转换3、利用FastQC做质控我的需要批量下载的序列放在
Better_man1·2022-02-05 05:27

秘籍 | 惊了，使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s

一、安装AsperaConnect安装Linux版的AsperaConnect#上面链接是最新版，因此下载的时候去官网复制最新的链接地址下载，否则可能会报错wgethttps://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect-3.11.2.63-linux-g2.12-64.tar.gztar-zvxf
生信卷王·2022-01-25 17:59

Aspera 下载SRA数据

之前提到Aspera上传基因组数据到NCBI，本次学习如何利用Aspera快速下载SRA数据。
斩毛毛·2021-11-30 21:32

组装细菌基因组

1.上GenomeAnnouncements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号z1.pngz2.pngSRR为145815982.从SRA数据库上用
福悦子·2021-11-19 19:19

生信 | scATAC-Seq数据获取（超快sra转fq）

、如何超快速从sra跑出来R1234？，不过还是解释一下整体流程吧，不想看的可以直接往下翻！1.1软件安装1）服务器硬件与软件要求硬件要求：>8核CPU，>64G运行内存，>1TB
生信卷王·2021-11-09 17:31

组装细菌基因组

1.上GenomeAnnouncements网站(https://mra.asm.org/)找到一篇细菌基因组文章，并记录文章的SRA号。SRA号2.从SRA数据库上用prefetch下载该文件。
qyl·2021-10-23 12:15

转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理

rawdata可以是从公司直接获得的测序数据或者是网上下载的数据，网上下载数据的流程参考使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，新出的
惊鸿影·2021-09-27 19:40

下载已发表文章原始数据之SRA Toolkit（Fastq转换bam）

根据系统选择版本，下载即可5、查看自己系统6、centos和redhed使用软件一致因此选择：7、[root@PC3test]#wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra
Dr家硕的科研之路·2021-09-21 15:29

linux025 SRA数据下载工具ascp的安装及使用

参考链接http://bioinfostar.com/2017/12/23/How-to-download-SRA-data-zh_CN/1NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive
caoqiansheng·2021-09-13 11:09

下载公共测序数据的另一种姿势（kingfisher）

写在前面一般在进行公共测序数据挖掘的时候，需要从公共数据库中（SRA、ENA、DDBJ等）下载自己所需的测序数据。
老饕_Ljw·2021-08-03 16:21
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