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Fastq文件的获取

Fastq文件的获取Fastq文件的获取linux下安装SRAToolkit工具使用SRAToolkit工具下载SRA数据Fastq文件的获取author:CYH-BIdate:2023.10.25Fastq

CYH-BI·2023-10-25 12:37

2021-09-30-day6-重点是

我昨天已经学习了dplyr的部分功能，今天就前两天搜集到的关于SRA数据的下载方式。

重点是·2023-10-25 11:44

MultiQC安装及运行

.将下载的文件转换成fastq格式fastq-dump--gzip--split-filesSRR9111834.srafastq-dump--gzip--split-filesSRR6232298.sra2

er_2c10·2023-10-24 02:44

GEO、SRA和Bioproject这几个是什么关系呢？以及数据下载方法

image.pngBioproject一般是这个数据的一个大的集合，或者说是一个上层的概念，你可以认为就是项目。使用ebi下载geo数据？使用bioproject编号下载即可。网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/image.pngimage.pngGEOID一般指代的是NCBI基因数据上传后的ID代号，一般都是一个页面，这个页面一般提供的都是中间文件

村长吃火锅·2023-10-23 08:59

用IGV判断NGS链特异性

现在很多人都从NCBI上下载高通量测序的SRA文件重新分析利用，想要更加准确地利用这些数据，首先要明确SRA的特征。测序的目的是一方面，建库的类型是一方面，链特异性也是很重要的一方面。

木制品_1125·2023-10-23 00:49

单细胞SRR数据拆分

10X单细胞转录组测序数据的SRA转fastqfastq-dumpSRA转fastq#10xSRR需要加--split-file和--include-technical参数fasterq-dump-O.

Zee_李海海·2023-10-14 09:12

生信笔记1-NCBI下载SRR并转为fastq文件

SequenceReadArchive:NCBI/NLM/NIH安装过程非常简单：cd/local/txm/softwarewgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra

江湾青年·2023-10-11 18:45

GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据

这些困扰都可以通过挖掘SRA数据库的测序数据来解决，例如通过检索整理高分文章的热点基因、下载其原始数据进行深度挖掘分析、再辅助湿实验进行验证，便是一套简单完整的生信研究思路。

ee00dc6faab7·2023-10-11 16:35

The pipeline of RNA-seq（菜鸟教学）

一、准备工作1.1设置好专门的用于RNA分析的环境在SRA中下载目标序列，使用wget指令使用conda激活rna分析环境1.2工作目录管理##示例如下：├──database#数据库存放目录，包括参考基因组

理想吃饭没·2023-10-11 04:00

SRA:基于多指标的多目标优化随机排序算法

SRA:基于多指标的多目标优化随机排序算法参考文献《BingdongLi,StudentMember,IEEE,KeTang,SeniorMember,IEEE,JinlongLi,Member,IEEE

贪心的葡萄·2023-10-09 03:19

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）这是本人的第一篇文章，欢迎浏览提问，我会在最快时间内答复，谢谢大家。本文主要是针对新手下载SRA数据过程，我本人已亲自实践有效。

彼岸花128·2023-10-08 08:59

使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据

安装Aspera软件Aspera软件的安装和详细使用教程，查看我的另一篇博文——SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）这里简述一下官网：https://

彼岸花128·2023-10-08 08:29

数据上传到NCBI

ea2cbf68a3cehttps://www.jianshu.com/p/6d5f735dafcc学习链接第一步，先注册账号https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra

Clouddong·2023-10-07 23:03

转录组分析笔记（4）质量控制

fastq-dump将sra数据转换成fastq格式for((i=59;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--split-3-Arawdata/SRR35899$i.sra-O

韦巍_e3f3·2023-10-06 10:44

耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。

生信宝典·2023-10-03 01:10

GEO数据挖掘（二）-- 基因差异表达分析及可视化全套代码分享

前两次教程“GEO数据挖掘（一）简单快速下载GEO数据”、“GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据”已经分享过如何下载数据，本次将分享如何将geo数据内的差异基因提取出来，进行差异化分析，找到上调下调基因

诺禾致源·2023-09-29 11:36

如何向Sequence Read Archive (SRA) 提交未组装的高通量测序reads？

基本简介原始数据（Rawdata)指测序下机后未经处理的全部原始数据文件，SRA是NCBI中收录原始数据的主要数据库，有454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos和CompleteGenomics

唯问生物·2023-09-26 22:41

获取登录号Accession Number之完整解决方案|组学数据上传NCBI

目前NCBI中的SRA上传流程有精简与优化，可以不需要单独申请BioSample与BioProject。因为SRA提交步骤中就包含了创建BioProject和BioSample，可以直接一步到位。

江南神韵·2023-09-26 10:18

2018-12-18

利用Aspera下载Sra文件Aspera的下载wgethttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-

8e493059363d·2023-09-18 07:40

DipC 构建基因组 3D 结构（学习笔记）

目录下载SRA数据使用SRAToolkit转换SRA数据为Fastq格式使用bwa比对测序数据使用Hickit计算样本的基因组3D结构使用散点图展示3D结构计算3D结构重复模拟的稳定性其他步骤1.下载SRA

浓香鸭腿面·2023-09-18 06:24

根据SRA登录号从NCBI下载原始数据

prefetch、fastq-dump和sam-dump2.AsperaConnect软件3.下载NCBISRA数据的最佳方法不同的方法或简单，或复杂不考虑，我最习惯的只是其中的一种wget方案，只需要提供SRA

wangsb_2020·2023-09-10 22:54

2020-09-29 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

来源：https://www.plob.org/article/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget

__一蓑烟雨__·2023-09-10 14:41

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

1、NCBI-原始SRA数据的下载只会下到电脑上通过WinSCPC传到服务器，其他方法还没试过！

pudding815·2023-09-09 02:57

NCBI的SRA数据下载

第一步安装sratool，https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.

dashan1928·2023-09-07 22:40

使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据教程

SRAtoolkit是NCBI开发的一个用于SRA文件处理的软件包，包含许多有用的工具。

惊鸿影·2023-08-31 12:07

【生信基础】根据SRA号批量下载fastq文件的一种实现方法

一、思路分析：百度一下，看看有没有没有现成的批量下载方法二、查到的一种比较简介的可以直接下载fastq文件的方法从ncbi下载sra数据的几种种方式用的是prefetch方法，但是好像用不了。

Geekero·2023-08-31 06:19

RISC-V(1)——RISC-V是什么，有什么用

的寄存器描述5.指令5.1算数运算—add/sub/addi/mul/div/rem5.2逻辑运算—and/andi/or/ori/xor/xori5.3位移运算—sll/slli/srl/srli/sra

口袋里のInit·2023-08-25 07:50

NCBI上下载SRA数据

以下内容主要参考了教程：https://www.jianshu.com/p/0694fcb77157什么是SRA？sra数据就是NCBI网站上能够下载到的二代测序的原始数据。

xiaoxianyu·2023-08-17 16:38

挖掘SRA的辅助小工具（NCBI高通量测序数据收录库）

SRA数据检索与查看中遇到的问题通常，我们会先进入SRA数据库进行检索，如其中，总共可看到菠萝可能有381个已收录的测序数据。对这些数据进行信息筛选，如我们需要的是菠萝，果实，RNAse

生信石头·2023-08-11 09:00

STM32学习笔记（一）

复位电源管理备用电源输入端口输入输出逻辑电源输入模拟电源输入二、内部重要功能低功耗模式睡眠模式：停机模式关ARM内核关闭所有内部功能关闭PLL分频器,HSE振荡器待机模式关ARM内核关闭所有内部功能关闭PLL分频器,HSE振荡器SRA

Emiyasama555·2023-08-07 04:27

在windows系统下解压ncbi下载的man后缀文件（找到很慢的原因了）

软件安装手动在ncbi下载了一些sra文件，一看后缀.man，查了下发现是一个压缩包，双端测序文件，解压后可以得到两个fastq文件。那么问题来了，怎么解压？第一种：直接尝试改后缀为.7z，解压失败。

一只红天蛾·2023-08-05 13:45

RISC-V基础指令之shift移动指令slli、srli、srai、sll、srl、sra

RISC-V的shift指令是用于对一个寄存器或一个立即数进行位移运算，并将结果存放在另一个寄存器中的指令。位移运算就是把一个操作数的每一位向左或向右移动一定的位数，得到一个新的位。RISC-V的shift指令有以下几种：slli：左逻辑位移立即数，将一个寄存器中的值向左移动一个立即数指定的位数，并用0填充空出的位。srli：右逻辑位移立即数，将一个寄存器中的值向右移动一个立即数指定的位数，并用0

管二狗赶快去工作！·2023-08-03 17:48

15个SRT 公益个案名额，预约中...

使用Xenia老师补充的SRA协会资料之外的内容和表格，进行全面深入清理。收费是1500元/个案。15个个案之后恢复按照小时收费。全面清理就是对我们的灵魂进行大扫除，这是人人都需要的。

光行者Stella·2023-08-02 23:48

昌平厄齐尔·2023-08-01 23:56

SRA批量下载及转为Fastq格式

NCBI中会将测序等数据压缩成sra格式。本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。下载SRA文件sratoolkit从NCBI官网下载sratoolkit选择合适的版本进行下载。

jlyq617·2023-07-30 12:54

sra安装后使用报错问题vdb-config --interactive

Thissratoolkitinstallationhasnotbeenconfigured.Beforecontinuing,pleaserun:vdb-config--interactiveFormoreinformation,seehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra

SnorkelingFan凡潜·2023-07-23 22:03

SRA数据库及下载二代测序原始数据转换为fastq文件

感谢作者分享，我只是Mark下来给自己看，再次申明，不是原创：自己补充概括三点：1.下载AccessionList；2.下载RunInfoTable，里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息；3.将SRA

胡杨奋进·2023-07-20 01:28

个人电脑上SRR数据下载

://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home常规转录组可能直接找到下载R1,R2网站信息，复制R1R2的链接即可下载第二种，从NCBI的ftp服务器直接下载，ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk

小鹏_哒哒哒·2023-07-19 14:44

sra与fastq数据简介及下载

这里的数据主要针对有SRA号的测序数据，这些数据是已发表文献中的高通量测序数据，因为作者也是一枚生信小白，所以记录成分更多。目录NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库SRA数据库的各

Seurat_·2023-07-18 15:10

记录一个异步任务丢失request的坑，RequestContextHolder.setRequestAttributes(sra, true)；异步线程中会丢失

ServletRequestAttributessra=(ServletRequestAttributes);RequestContextHolder.setRequestAttributes(sra,

黄卷青灯957·2023-07-17 20:31

如何下载SRA存放在AWS的原始数据

但遗憾的SRA的数据是原数据的有损压缩，比如说我19年参与发表的文章里单细胞数据上传的是3个文件，但是当时的faster-dump/fastq-dump只能拆出2份（目前可以顺利拆出三份）。

徐洲更hoptop·2023-07-17 15:40

fastq-dump的安装及使用方法

fastq-dump是大家经常使用的，主要是由于从NCBI中下载的数据格式大部分是SRA格式，此时就需要使用fastq-dump将SRA格式转换成为fasta格式fastq-dump是sratoolkit

生信学习小达人·2023-07-15 04:11

windows下载SRA数据--NCBI单细胞测序数据

NCBI数据库下载单细胞测序原始SRA数据如果想要分析数据库中的数据，可以从文献中获得数据的GSE号，举个例子：image.png然后到NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation

生信小白花·2023-06-27 16:41

GEO数据高速下载工具ascp的安装及使用

像NCBI(GEO/sra)就是在用，总之两个字：真香！。今天来教大家如何安装ascp以及如何利用ascp从GEO下载数据。在这里呢，我已经给大家下载好了，在下面网盘中下载就行了，设置的永久有效哦。

沉迷工作的我·2023-06-21 03:09

GEO和SRA

GEO（GeneExpressionOmnibusdatabase）：是一个储存芯片、二代测序以及其他高通量测序数据的一个数据库。GPL（GEOPlatform）：测序时使用芯片的平台。GSM（GEOSample）：单个样本的数据。GSE（GEOSeries）：一个完整的研究中所使用的的全部数据，包括多个GSM。图一箭头从上往下依次是：芯片平台、样本编号、ENA数据库中对应的编号(有时会还会有SR

啊吧啊吧鸭·2023-06-17 18:51

sratoolkit下载sra数据库的微生物数据及转为Fastq格式

Linux安装sratoolkitNCBI查看安装帮助NCBISRAToolkit下载、解压安装wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/

星空_2739·2023-06-14 09:07

下载NCBI GEO 数据的方法

第一步：用conda安装SRA-toolscondainstallsra-tools第二步建立文件夹存储数据第三步数据下载方法一：fast-dump下载nohupfastq-dump-v--split-

小马过河686·2023-06-14 08:51

srand(static_cast＜unsigned＞(time(NULL)))

在C++中，rand函数生成伪随机数，sra

mortalོ ·2023-06-12 15:29

Chip-Seq 分析过程二

Export路径写到bin,alias路径写到可执行文件的绝对路径）fastq-dump-I--split-3SRR948800.sra-O/outp

Htt_1996·2023-06-12 08:02

Windows安装Aspera和sratoolkit

放假返校发现NCBI的SRA数据库不能下载测序数据了，尝试使用EMBL的ENA数据库，但下载太慢。

佳名·2023-05-06 09:48

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