sra

SRA 数据的下载

1.推荐ascp下载2.NCBI下载地址ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR799/SRR799662/SRR799662
线断木偶人·2021-06-25 03:24

NCBI 子数据库SRA/EMBL子数据库ENA的高级检索及数据下载

参考：https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413NCBI子数据库SRA是存储高通量原始测序数据的数据库，发测序类文章，审稿人都会要求你在NCBI提交原始测序数据，有助于后续有人继续分析
佳名·2021-06-23 03:06

SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

这是个简短的教程，目的是介绍几种比较方便快捷的下载SRA、SAM及Fastq文件的方法。
Seurat_·2021-06-22 00:03

SRA-toolkit使用

之前下载SRA的数据，使用prefetch-vSRA--max-size100G下载数据，经常会出现下到一半就断网的情况；后来尝试使用wget下载，但wget下载后的SRA数据，在用fastq-dump
生信汪·2021-06-21 00:37

RNA-seq从入门到自闭（前言+数据获取）

这个周末前，CJ大神终于完成了RNA-seq流程中从原始SRA数据获取到RNA-seq定量的一系列插件。具体文章见链接。
邵扬_Barnett·2021-06-20 17:03

如何在NCBI下载SRA文件？

1.什么是GEO数据库？GEO数据库全称GeneExpressionOmnibusdatabase，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。2.GEO提供的数据类型有那些呢？GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型：GSE数据编号(Series)GPL数据编号(GEOplatforms)GSM数据编号(Samples)GDS数据编号(Datasets)一篇文章可以有一个或者
Htt_1996·2021-06-19 17:51

GEO与SRA数据库|编号的对应与数据批量下载

一、GEODatasets各种编号的意义首先需要捋清楚GEODatasets中的各种编号。GPL，platformID。记录测序或芯片的平台，对于芯片平台，其包含基因-探针对应关系的表格。关于平台的描述由厂家提供，ID由数据上传者提供。GSE，SeriesID。记录实验项目，即包含所有有关联的样品形成的有目的的研究。这个ID及对应的描述均由上传者提供，包括文章的摘要（若发表）、整体实验设计思路等。
FU·2021-06-19 17:23

2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据

记录下下载过程，为自己和后人避坑。1.Conda连接不上镜像源问题首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。CondaHTTPError:HTTP000CONNECTIONFAILEDforurl
bioin·2021-06-19 00:21

2019.1.14 aspera下载和md5check

今天学习一下下载sra文件：1）ENA上找到fastqfiles（ftp）2）下载txt3）aspera下载：ascp-k1-QT-l300m-P33001-i/Users/bcl/Applications
KK_f2d5·2021-06-15 10:48

2019-12-11

找到SRA号image.png在右上角的搜索框中输入bacteriagenomeimage.png随便选择一篇文章image.png有一句话说SRA号在Table1找到Table1image.png随便选一个
Scarlett_6445·2021-06-09 00:30

根据SRR号下载sra数据

本文主要介绍下载sra的常用的方式，并且经历多重磨炼才得到自认为较为可靠的方式1.wget下载：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/
叮铛_07a6·2021-06-07 20:50

RNA-seq流程[sra->bam]

一：启动conda环境sourceactivateapa二：将sra转化为fastq格式ls*sra|whilereadid;do(nohupfastq-dump--split-3$id&);done三
Alex_cactus·2021-06-05 14:21

2020-11-13

以RNA-SeqofHippopotamusamphibius:adultmaleskin——SRR8270566为例#####prefetchSRR8270566#下载SRA数据库的reads数据，另
Wu_tz·2021-06-05 07:46

RNA-seq(3):sra到fastq格式转换并进行质量控制

把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量，理解各指标的意义。
Y大宽·2021-05-15 08:19

fastq-dump安装及使用

fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能，首先安装sratoolkit1：安装Linux：curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk
二傻吧·2021-05-07 08:59

SRA数据(1)------SRA数据下载

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
护旗小能手·2021-05-06 15:57

1.23 不需要修改 BOOT 引脚从SRAM仿真

假如您使用的硬件平台中BOOT0和BOOT1引脚电平已被固定，设置为内部FLASH启动，不方便改成SRA
断雁孤鸿·2021-04-28 18:29

双端测序的mRNA-seq处理过程

1.从SRA数据库选择原始测序数据并下载【下载之前看一眼是single还是paired】.
也少女·2021-04-27 22:53

Aspear下载NCBI SRA数据

之前一直用wget远程下载NCBISRA的测序数据，但是不知怎么回事网速巨慢（<1kb）；网上查了下用Aspear下载貌似还挺快，速度可达10M/S。linux版下载地址：百度网盘https://pan.baidu.com/s/1jH9Kd1O安装步骤：1.解压之后shaspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh2.上述命令之后，home目录下会出现.aspera
bio_橡树·2021-04-26 02:33

sratoolkit安装和简单使用

[TOC]安装环境Ubuntu18.10sratoolkit2.9.2-ubuntu64安装过程1、从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/
少年英雄小猪熊·2021-04-22 04:46

NCBI-SRA数据下载的3种方法

SRA数据库，为SequenceReadArchive的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。
组学大讲堂·2021-04-22 01:21

(Smartseq2) single cell RNA-seq分析练习

课程里是从下载sra文件开始的，但是由于这篇文章的数据实在是太大了。。。都下载下来的
生信start_site·2021-04-20 09:24

WES(全外显子)分析(上)

2condainfo--envssourceactivatewes1.2需要软件：ascp,samtools,vcftools,bcftools,fastqc,multiqc,trim_galore,bwa,sra-tools
dandanwu90·2021-04-19 22:00

SRA数据下载

http://zhaohuanan.cc/2020/04/15/11.bioinfo/bioinfo-SRA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD/应用场景：如果自己没有测序数据
RachaelRiggs·2021-04-19 20:14

SRA数据库及其数据的下载（GEO、SRA）

SRA数据库SequenceReadArchive(SRA)是NCBI旗下的数据库之一，其作用是存储包括Illumina、454、IonTorrent、CompleteGenomic、PacBio和OxfordNanpores
波波在敲代码·2021-04-19 12:23

使用Windows系统高速下载SRA数据库中原始数据

官方推荐使用SRATOOLKIT，那义无反顾的就用它吧准备篇首先：打开官网NCBISRAToolKit下载最新的SRA版本软件，有四种平台软件可选。注意自己下的版本是否符合自己的操作系统。
实验狗的简书·2021-04-19 00:47

教你3种方法下载NCBI GEO数据

1.常规下载方式：prefetch    对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fastq-dump来解压数据。
BioGou·2021-04-18 05:28

细菌全基因组测序数据构建SNP系统发育树

整个数据处理过程包括如下步骤：数据下载及转化：包括NCBI下载sra数据以及候选的参考基因组数据；数据预处理参考基因组选择callSNP
涤生生·2021-04-17 17:14

SRA数据下载

追加评论：sratoolkit真垃圾！！！！！不要用了。不推荐，完全不推荐！！！！最近开始了参与另外一个方向，所以需要学习新东西啦。下载sratoolkit工具，用于从NCBI下载数据。第一次下载了最新版本（sratoolkit.2.10.9-centos_linux64），但是运行的时候报错：./fastq-dump:/lib64/libc.so.6:version`GLIBC_2.14'not
谢京合·2021-04-13 17:11

2021-03-22 转录组原始测序数据-ascp下载原始数据

因为GEO和SRA数据库互通，GEO不存fastq数据，只存别人定量好的下游的FPKM的值；TCGA原始的fastq数据需要有权限申请，但count数据是会有的；所以下载原始数据需要到SRA（美国的NCBI
乔帮主_d2ac·2021-04-11 00:10

转录组分析——一、工作目录搭建及SRA文件下载

mkdirrnacdrnamkdirbiosoftdatabasepiplineprojectproject_backup一句命令同时创建多个同级别文件夹，规律存放，方便溯源几个文件的作用分别为“软件安装，数据库存放，流程搭建目录，项目分析，数据备份”二、数据下载流程：tsv文件——获取sra.url
A西方不亮东方亮·2021-03-29 10:07

RNA-seq分析-数据库

声明：不是原创，我只是方便自己学习，原文指路NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库所有已发表文献中的高通量测序数据大多会上传到某个数据库中方便其他人的下载学习与再研究，这其中受众最广的自然是出身NCBI
峰峰love典典·2021-02-07 17:15

数据：如何在国内高速下载SRA

如何在国内高速下载SRA下载公共测序数据，一般是通过在NCBI上搜索到study的RunSRA号，然后使用NCBI提供的prefetch下载数据，但因NCBI国内访问较为缓慢导致下载速度巨慢，因此推荐使用
华仔少年·2021-01-30 11:48

C++生成随机数

#includeusingnamespacestd;#includeintmain(){coutusingnamespacestd;#include#includeintmain(){sra
Wecccccccc·2021-01-29 02:09

转录组 Day 1 背景介绍，测序原理，工作准备，数据下载

projectBackup3.数据下载Aim：airway数据下载由文献得到GEOaccession：GSE52778image.pngGEO数据库内搜索得到BioProject：PRJNA229998SRA
Tina_e4a6·2021-01-28 11:34

高通量数据上传SRA

注：不同类型数据上传不同数据库，此处微生物多样性的上传SRA。测序报告书上有。
聆听小倩·2021-01-18 22:24

【转录组03】报错分析&数据质控和过滤

数据质控背景知识数据量的统计方式image.pngsra转换成fastqimage.png#定义文件夹fqdir=~/project/Human_16-Asthma-Trans/data/rawdata/sra
呆呱呱·2020-12-15 17:40

fasterq-dump 人多力量大

界面作为小白用户，感觉还是很方便的（颜色真的不会改），主要是和windows本身文件互通，在/mnt下直接可以查看其它盘的文件小姐姐的家今天发现sra转fastq时候，使用
nanyisk2017·2020-12-13 20:43

windows 下在NCBI批量下载SRR 数据

1.NCBISRA检索结果sendtoRunInfo可以在SRA数据库中通过SRP检索得到所有相关的SRR列表。【而后可以将下载路径放入到TXT文件，通过本地安装的wget工具，设
新欣enjoy·2020-11-24 13:55

2020-11-08 SRA上那些奇怪的10x Genomics数据

写这个记录的缘由，是我在生信技能树上看到这样一篇文章：生信技能树-文章的最高境界-让人无法重复出来？？？在《Single-cellanalysesrevealincreasedintratumoralheterogeneityaftertheonsetoftherapyresistanceinsmall-celllungcancer》这篇文章中，作者将10xGenomics单细胞测序的数据上传到了
Yuchen_Li·2020-11-09 01:58

nohup中怎么用 for/for 中怎么用nohup

nohupsh-c'命令行'&nohupsh-c'foriin*sra;dofasterq-dump--split-3${i};done'&foriin{00..19};doecho"nohupRscript
杨康chin·2020-11-03 19:57

RNA-Seq数据分析流程

文章目录RNA-seq数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据质控数据质控，过滤低质量reads，去接头比对首先下载参考基因组及注释文件，建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引
高美玲·2020-11-03 13:43

转录组练习（3）

原文地址：https://www.jianshu.com/p/1174a53abe7d作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量
苏慕晨枫·2020-10-09 18:07

最新版SRA 数据库上传操作说明

作者：童蒙编辑：amethyst审稿：Arno最近NCBI在SRA数据上传方面改版了操作过程，较之前的操作而言，方便了很多，也明确了很多。
生信阿拉丁·2020-10-06 10:53

##规划##

5，数据可视化6，数据库构建——————mysqla)生信基础软件(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit
这是李金辉呀·2020-09-29 16:47

sra文件转为fastq

利用软件sratoolkit，下载地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
zhang_xiang_li·2020-09-16 17:18

sra数据下载

sra数据下载1.SRATookit2.aspera结合SRATookit3.迅雷4.wget5.NCBI-sra数据链接汇总6.EBI数据下载1.SRATookitcatsrr.txt|whilereadid
hachi_dl·2020-09-16 17:30

下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）

sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRAToolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。
欧哎的人·2020-09-16 16:05

高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法

#linux中进入https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloadswgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk
Decen Wang·2020-09-16 16:00

sra-tool 中的prefetch更改下载文件的保存路径

（一切皆是命令行操作）首先找到你安装sra-toolkit的路径，然后打开bin文件夹，在当前文件夹输入如下命令：./vdb-config-i接着查看官方的操作（点击转到官方链接）。
Decen Wang·2020-09-16 16:00
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