illumina测序

深度学习入门（六十五）循环神经网络——序列到序列学习（seq2seq）

序列到序列学习（seq2seq）前言循环神经网络——序列到序列学习（seq2seq）课件机器翻译seq2seq编码器-解码器细节训练衡量生成序列的好坏的BLEU总结教材1编码器2解码器3损失函数4训练5预测6预测序列的评估
澪mio·2022-12-21 14:29

基于炼丹神器深度学习下的生命科学冷冻电镜单细胞基因分析的解决方案

生命科学|冷冻电镜|蛋白质结构深度学习|基因测序|卷积神经网络当前随着冷冻电镜、蛋白质组学、深度学习、基因测序、卷积神经网络、高性能计算、单细胞基因、数据挖掘、数据分析、靶点发现、晶体预测、AlphaFold
高性能服务器·2022-12-21 09:32

Informer: Beyond Efficient Transformer for Long Sequence Time-Series Forecasting（2020-12-14）

模型介绍对于长序列时间预测一直是研究的热点，随着预测序列长度增加，预测难度越来越高，LSTF需要模型提高预测能力，本文设计了一个高效的基于Transformer的LSTF模型，名为Informer。
不负韶华ღ·2022-12-20 17:37

隐马尔可夫模型 (hidden Markov model, HMM)

本文为《统计学习方法》的读书笔记目录隐马尔可夫模型的基本概念隐马尔可夫模型的定义观测序列的生成过程隐马尔可夫模型的3个基本问题概率计算算法直接计算法前向算法(forwardalgorithm)后向算法(
连理o·2022-12-20 07:38

隐马尔可夫模型HMM模型笔记1--前向后向算法

HMM模型中，包含两种序列，分别为状态序列和观测序列。其中状态序列我们不可见，而观测序列可见，并且观测序列以概率的形式，由状态序列生成。比如语音识别中，
Longlongaaago·2022-12-20 07:01

蛋白质功能预测

蛋白质功能预测相关概念：1．重叠群（contig）：基因组测序中将许多序列片段经过比对找到重叠区，从而连接成长片段，称重叠连续群，简称重叠群。
AquilaEAG·2022-12-19 19:09

生物信息学基本知识笔记

header头文件@HD是必须的标准头文件；@SQ参考序列染色体信息，顺序必须和参考序列一致；@RG重要Readgroup信息，通常包含测序平台测序文库和样本id等信息；@PG有用
bannerDr·2022-12-19 13:52

生物信息学Bioinformatics学习笔记（四）- Data analysis-16sRNA

Dataanalysis-16sRNA常用V3V4区域进行扩增子测序Basicanalyticalprocedure1.原始数据处理·去除接头序列，并将双端测序序列拼接成单条序列。
cling5899·2022-12-19 13:50

生物信息学Bioinformatics学习笔记（一）

文章目录生物信息学第一章绪论History（根据19年的一份综述）生物信息学的研究内容生物信息学的应用领域第二章模式生物和生物信息学数据库资源第一节模式生物测序第二节三大核酸数据库第三节蛋白质数据库第三章生物信息学数据库查询第一节生物信息数据库的储存第二节
cling5899·2022-12-19 13:18

【机器学习】【隐马尔可夫模型-2】前向算法：算法详解+示例讲解+Python实现

这是为了表示一些无法编辑出来的数学公式而本博自己想出来的表示方法，不是专业使用，在离开此博客时请忘记他们~~1.隐马尔可夫模型简介隐马尔可夫模型的详细讲解，请详见：【机器学习】【隐马尔可夫模型-1】基本概念+观测序列的生成算法
CV_ML_DP·2022-12-18 16:18

机器学习算法 10 —— HMM模型(马尔科夫链、前向后向算法、维特比算法解码、hmmlearn)

经典举例2HMM简介2.1简单案例2.2案例进阶问题二解决问题一解决问题三解决3HMM模型基础3.1什么样的问题需要HMM模型3.2HMM模型的定义4前向后向算法评估观察序列概率4.1回顾问题一：求观测序列的概率
来一碗锅巴洋芋·2022-12-18 16:16

机器学习（王衡军）练习题及答案

解：4.在6.5.2节的示例中，用前向算法计算观测序列10、11、7的概率。解：5.在6.5.2节的示例中，用维特比算法计算观测序列为10、11、7时最大可能的状态序列。解：
Katelalala·2022-12-18 16:34

基因大数据的集成分析

基因大数据的集成分析胡湘红1,彭衡2,杨灿3,张纵辉1,万翔1,罗智泉11深圳市大数据研究院，广东深圳5181722香港浸会大学数学系，香港9990773香港科技大学数学系，香港999077摘要：随着生物科技（如基因芯片和测序技术
唐名威·2022-12-18 16:53

【AI with ML】第 10 章 ：创建 ML 模型以预测序列

大家好，我是Sonhhxg_柒，希望你看完之后，能对你有所帮助，不足请指正！共同学习交流个人主页－Sonhhxg_柒的博客_CSDN博客欢迎各位→点赞+收藏⭐️+留言系列专栏-机器学习【ML】自然语言处理【NLP】深度学习【DL】foreword✔说明⇢本人讲解主要包括Python、机器学习（ML）、深度学习（DL）、自然语言处理（NLP）等内容。如果你对这个系列感兴趣的话，可以关注订阅哟文章目录
Sonhhxg_柒·2022-12-17 16:19

亚马逊云科技re:Invent推出高性能服务器芯片Graviton 3E

亚马逊旗下云计算部门亚马逊云科技宣布推出全新基于ARM架构、自研的高性能计算服务器CPU芯片Graviton3E，同时发布第五代Nitro网络芯片硬件，借此提升云端虚拟机的计算效率，并支持天气预报、基因测序等场景任务
ZN海景房·2022-12-17 12:49

TCGA学习笔记一

1.背景介绍重要数据外显子数据表达数据小RNA测序数据拷贝数芯片甲基化数据蛋白质组学数据临床信息癌症背景知识网页工具大全GDCcbioportal：按照paper来分类的UCSCFIREHOSEoncolncgepiatanric
你真的不能替我学吗·2022-12-17 11:24

易基因｜一文读懂精准简化基因组甲基化测序(RRBS+oxRRBS)分析怎么做

本期，我们讲讲精准简化基因组甲基化测序（RRBS+oxRRBS）怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。
易基因科技·2022-12-17 07:43

易基因科技｜单细胞甲基化测序低至2500元/样

单细胞甲基化测序低至2500元/样！
易基因科技·2022-12-17 07:11

易基因｜RNA m7G甲基化测序（m7G-MeRIP-seq）

N7-甲基鸟苷（N7-methylguanosine，m7G）是真核生物tRNA、rRNA和mRNA5'cap中最丰富的修饰之一。作为一种重要的表观遗传修饰，m7GRNA甲基化在基因表达、加工代谢、蛋白质合成、转录稳定等方面发挥着重要的作用，参与疾病发生发展等多种生命过程。对于m7GRNA甲基化修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的m7G-MeRIP-seq，利用m7G特异性抗体富集发生m7G甲基化
易基因科技·2022-12-17 07:41

易基因｜染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验全流程

本期，易基因小编给您讲讲染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。
易基因科技·2022-12-17 07:10

NLP - 基于 BERT 的中文命名实体识别（NER)

序列标注任务是中文自然语言处理（NLP）领域在句子层面中的主要任务，在给定的文本序列上预测序列中需要作出标注的标签。常见的子任务有命名实体识别（NER）、Chunk提取以及词性标注（POS）等。
javastart·2022-12-17 07:24

RNA-seq全流程分析

RNA-seq数据处理记录（2）原始数据的处理去除adapter找到接头序列可以通过建库的试剂盒在Illumina官网查找，也可以通过trim_galore自动找到接头并去除。
SD道法自然·2022-12-15 23:41

隐马尔科夫模型（HMM）

HMM定义2.1HMM的两个基本性质2.2HMM的确定3.HMM的三个基本问题3.1概率计算问题3.1.1直接计算（暴力算法）3.1.2前向算法和后向算法3.2参数估计/学习3.2.1若训练数据包括观测序列和状态序列
zhao_crystal·2022-12-14 07:58

自然语言处理-2-隐马尔科夫模型(公式推导)

给定观测序列集合，如何从中估计模型参数？4、EM算法估计模
weixin_42515907·2022-12-14 06:52

Real-Time DNA Sequencing from Single Polymerase Molecules

Real-TimeDNASequencingfromSinglePolymeraseMolecules单聚合酶分子的实时DNA测序Abstract①Wedetectedthetemporalorder(
wangchuang2017·2022-12-14 06:51

HMM经典介绍论文【Rabiner 1989】翻译（十六）——放大

这一节我们会讨论HMM的实现问题，包括放大、多观测序列、初始参数估计、数据丢失、模型大小以及类型的选择。对其中一些实现问题，我们可得到精确解析解；而对于其他问题，我们只能给出一些经验建议。
Vic时代·2022-12-14 06:17

HMM经典介绍论文【Rabiner 1989】翻译（十七）——多观测序列

5.2多观测序列在第4节我们讨论了左右HMM（Bakis模型），这种模型中状态按序从t=1时的状态1移动到t−T时的状态N。
Vic时代·2022-12-14 06:17

使用HMM与osmnx进行地图匹配

获取路网2.利用osmnx包获得距离gps点较近的几条边（或者几个点）3.将hmm利用到map-matching中获得最佳边4.将gps点投影到路网上gps数据预处理思路：已知观察变量，即给定模型和观测序列
the_new_zz·2022-12-14 03:52

马尔科夫系列——三、隐马尔可夫模型 - 学习问题 - Baum-Welch算法

目录一、训练数据包含观测序列和状态序列1、初始概率的计算2、转移概率的计算3、发射概率二、训练数据中只有观测序列Baum-Welch算法-π求解Baum-Welch算法-A求解Baum-Welch算法-
colourmind·2022-12-13 20:39

LSTM序列预测问题

序列预测问题(SequencePredictionProblems)序列预测问题可以分为以下四种：序列预测序列分类序列生成序列到序列的预测1.序列预测：从给出的序列预测下一个值如:InputSequence
Justin*X·2022-12-13 12:44

【菜鸟笔记|机器学习】隐马尔可夫模型

一、定义隐马尔可夫模型就是根据马尔科夫链生成一组状态随机序列，然后根据每一个状态得到一组观测序列，下图比较直观地描述了马尔可夫模型：数学描述如下：二、两个基本假设齐次马尔可夫假设：it只与it-1有关观测独立性假设
武咏歌·2022-12-13 08:09

AGS测序下游分析一条龙

1.表达矩阵ensembl_matrix.Rdata,原始矩阵rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(stringr)a1=read.table('/mnt/AGS_RNA-seq/featureCounts/all.counts.txt',header=T)dim(a1)a1[1:4,1:4]mat=a1[,7:ncol(a1)]rowna
璐璐璐璐璐952·2022-12-12 14:57

DESeq2归一化算法详解

对于RNA_Seq而言，得到基因/转录本的定量结果仅仅是第一步，只是对测序数据的汇总，相同的工作也可以通过芯片直接得到。
生信修炼手册·2022-12-12 14:55

RNA分析流程

要理解整个流程，个人觉得可以按数据的四个流程来拆分：高通量测序，准备工作，上游分析，下游分析【什么是高通量转录组测序】所谓高通量测序技术是什么？
wangchuang2017·2022-12-12 14:23

在B站学习大名鼎鼎的StatQuest 系列统计和生信分析视频（中文字幕）- 也见证助理教授到创业者的华丽转身...

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-12 14:49

245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-12 02:47

python和R写出表达矩阵为稀疏矩阵matrix.mtx.gz的方法

pandasfromscipy.ioimportmmreadimportpandasaspdimportnumpyasnp读取10X单细胞矩阵文件：matrix.mtx.gz（coo_matrix格式的sparse矩阵）、barcodes.tsv.gz（构成单细胞密集表达矩阵的列名，对应测序的细胞样本
Nh_code·2022-12-10 19:33

机器学习 HMM

HMM原理HMM模型综上描述起来就是五个要素：两个序列：隐藏序列和观测序列三个矩阵：初始状态矩阵，发射状态矩阵以及状态转移矩阵参考B站手写AI一、中文分词已分好的词每个词的状态已分好的词：麻辣肥牛真好吃
RuiJie_Wang_·2022-12-10 14:10

机器学习基础 HMM模型（隐马尔科夫）

文章目录一、马尔科夫链1.简介2.经典举例3.小结二、HMM简介1.简单案例2.三个基本问题三、HMM模型基础1.什么样的问题需要HMM模型2.HMM模型的定义3.一个HMM模型实例4.HMM观测序列的生成
落花雨时·2022-12-10 14:05

机器学习HMM模型

经典举例1.3小结2HMM简介2.1简单案例2.2案例进阶2.2.1问题阐述2.2.2问题解决3HMM模型基础3.1什么样的问题需要HMM模型3.2HMM模型的定义3.3一个HMM模型实例3.4HMM观测序列的生成
赵广陆·2022-12-10 14:05

bam 格式 | 测序比对文件探究（STAR 比对 + pysam 包操作）

bam共11列+12列的可选tag。每一列的意义见此前的总结,sam格式详解。1.bam中第10列保存的序列是原始fastq中的序列吗？做一个测试，(1)一段序列，及其反向互补序列$vimtest.fq@seq001_plusCAGTTGAAGAACTGGAACCAACATTAAGTGACGAAGAACAACTTCCATCTAAATCATCATAAAAATGTTTAAGTAAAAAAAAAAAAA
生物慕课·2022-12-10 10:04

Briefings in Bioinformatics | 王秀杰/裴小兵合作开发单细胞组学细胞标记基因鉴定算法COSG...

在单细胞测序数据分析中，对细胞进行准确分类是数据分析的重要基础。在利用聚类算法将细胞进行分组后，需要通过鉴定不同细胞群特异表达的标记基因来注释细胞类型。
生信宝典·2022-12-10 06:22

从FASTA文件中批量提取指定序列【Python脚本】

文章目录前言一：读取含特定字符的序列并输出演示二：读到某一个字符之前的全部输出使用方法三：输出前n条序列使用方法总结前言背景：学测序流程的时候，做到mapping的时牛的基因组有两个多G，因为是在个人PC
twocanis·2022-12-10 04:19

利用CIBERSORT免疫细胞类群分析详细教程

利用CIBERSORT免疫细胞类群分析详细教程现在最火的组学技术是什么，无疑便是单细胞测序了。通过单细胞测序，科研人员可以获得比原来更为精细的细胞图谱。
LazyHaokj·2022-12-09 21:40

深度学习下的脑机接口BCI究竟有多远？

BCI|ECoG|脑机接口LFP|CMRR|生物计算随着生命科学、医药研发、数据分析、数据挖掘、LFP、生物计算、靶点发现、基因测序等技术的快速发展，脑科学逐渐出现在人们的视野中，随之而来的脑机接口技术同时得到快速发展
高性能服务器·2022-12-09 09:05

HMM & MEMM & CRF

在预测序列时假设①当前观测值只和当前状态有关，并且②序列中状态之间相互独立，这两点都不合理，于是改进②提出HMM；后来又改进①提出MEMM。
Hanjieee·2022-12-08 14:54

SCS【9】单细胞转录组之构建细胞轨迹 (Monocle 3)

首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生
桓峰基因·2022-12-07 17:59

SCS【11】单细胞ATAC-seq 可视化分析 (Cicero)

首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生
桓峰基因·2022-12-07 17:59

IF：8+ 单细胞测序揭示肝细胞癌的免疫抑制概况

点击关注，桓峰基因桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦！公司英文名称：KyohoGeneTechnology(Beijing)Co.,Ltd.这期分享一篇2022年7月发表在FrontImmunol（IF=8
桓峰基因·2022-12-07 17:59

SCS【8】单细胞转录组之筛选标记基因 (Monocle 3)

点击关注，桓峰基因Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS
桓峰基因·2022-12-07 17:29
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