molecular

英文-理化生

氯化物leakage泄漏conductance电导permeability渗透性refractoryperiod不应期capacity电容ionic离子的equilibrium平衡potential势能molecular

ignorantimt·2024-09-05 23:22

阅读笔记7：Molecular mechanisms of ovulation: co-ordination through the CC

Molecularmechanismsofovulation:co-ordinationthroughthecumuluscomplex作者：DarrylL.Russell,RebeccaL.Robker发表期刊：HumanReproductionUpdate发表时间：22January2007排卵的分子机制：通过卵丘复合体的协调摘要部分研究背景：成功的排卵需要在适当的时间从卵巢囊泡释放发育成熟的

盲人骑瞎马5555·2024-02-03 07:07

NO008.20190105.Cell.Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumor...

原文链接：Cell-of-OriginPatternsDominatetheMolecularClassificationof10,000Tumorsfrom33TypesofCancer

arookiea·2024-02-02 12:25

【论文阅读】Can Large Language Models Empower Molecular Property Prediction?

文章目录0、基本信息1、研究动机2、创新性3、方法论4、实验结果0、基本信息作者：ChenQian,HuayiTang,ZhiruiYang文章链接：CanLargeLanguageModelsEmpowerMolecularPropertyPrediction?代码链接：CanLargeLanguageModelsEmpowerMolecularPropertyPrediction?1、研究动机

鲸可落·2024-01-20 08:53

Molecular Biology and Evolution发布匙吻鲟基因组染色体图谱

2020年12月，华大海洋联合中国水产科学研究院长江水产研究所，首次成功破译了鲟形目、匙吻鲟科、现存唯一物种匙吻鲟（Polyodonspathula）的全基因组序列，构建了首个匙吻鲟高质量染色体图谱，揭示了鲟鱼特有的全基因组复制事件、早期脊椎动物的染色体进化和骨骼矿化机制[1]。相关研究成果已发表于生物学顶级期刊《MolecularBiologyandEvolution》。这是合作小组继2019年

尐尐呅·2024-01-05 08:01

The morphology, molecular development and ecological function of pseudonectaries on Nigella damas...

植物有时会通过形成拟态对传粉者进行具有欺骗性的吸引。假蜜腺（pseudonectaries或falsenectaries）是一类外形上模拟蜜腺或蜜滴但不具备分泌功能的特殊结构，广泛分布于被子植物的多个支系中，并在大小、数目、位置、颜色和形状上展现出丰富的多样性。但目前为止，人们对其形态学本质、发育机制和生态功能知之甚少。中科院植物所孔宏智研究组发现毛茛科黑种草属（Nigella）植物是研究假蜜腺形

Yancey_Yan·2024-01-01 15:11

Molecular Cancers|胰腺癌中PARP抑制剂分子机制

我们今天要看的是3月份发表在MolecularCancer（IF=10.6）杂志上的一篇文章，作者详细阐述了合成致死和同源重组的概念，为我们解释了PARP抑制剂的作用机制，列举了目前PARP抑制剂在胰腺癌中的应用，并且讨论了耐药性等问题。下面，小编带大家详细地看一下文章内容吧。PARPinhibitorsinpancreaticcancer:molecularmechanismsandclinic

概普生信·2023-12-02 18:02

论文阅读：Molecular subtypes classification of breast cancer in DCE-MRI using deep features

论文标题：MolecularsubtypesclassificationofbreastcancerinDCE-MRIusingdeepfeatures翻译：基于深部特征的DCE-MRI对乳腺癌分子亚型的分类摘要利用乳腺DCE-MRI识别分子亚型本研究使用了1359张DCE-MRI图像的人工注释数据集，其中70%用于训练，其余用于测试。从该数据集中提取了12个深度特征。数据集首先由具有乳腺MRI解

小源0·2023-11-23 17:02

文献笔记|分子性质预测|Motif-based Graph Self-Supervised Learning for Molecular Property Prediction

Motif-basedGraphSelf-SupervisedLearningforMolecularPropertyPrediction题目：基于模体的图自监督学习用于分子性质预测来源：NeurIPS2021单位：中国科学技术大学挑战然而，大多数现有的GNNs自监督预训练框架只关注节点级或图级任务。这些方法不能捕捉子图或图模体中的丰富信息。例如，官能团(分子图中经常出现的子图)通常携带有关分子性

江城暮·2023-10-30 06:18

Molecular Oncology|黑色素瘤免疫微环境+DNA甲基化

不知不觉小编的假期已经被延长到了四月，什么迎春花、丁香花、海棠花都陆陆续续的开了，却迟迟等不到复学的通知，小编真的是没想到自己竟然会有期待开学的那么一天(在家学习真的是太不方便、太考验定力啦)！有没有小伙伴一篇文章看了一周就只读了个摘要的，或者是课题卡在那进展不下去的，哈哈，那就赶快随小编来看一下这篇3月份发表在MolecularOncology(IF：5+)杂志上的文章吧，说不定会有收获吆！An

概普生信·2023-10-26 02:25

kaggle竞赛报告：Predicting Molecular Properties

该比赛2019年8月28日结束。在这个比赛之前一直在打GenerativeDogImages的比赛，但是每天只能提交3次结果，于是在提交完3次，以及试过结果和一些想法后，开始打这个比赛。原因是按照时间来的，因为我参加了如下比赛：GenerativeDogImages，2019年8月9日结束PredictingMolecularProperties，2019年8月28日结束SIIM-ACRPneum

深度学习模型优化·2023-10-19 12:16

Molecular Cancer|CDK9抑制诱导表观遗传重编程，揭示了规避淋巴瘤耐药性的策略

细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）蛋白家族在细胞周期进程（如CDK1/2/4/6）和RNA转录（如CDK7/8/9/11）的调控中起着不可或缺的作用。由于染色体区域易位或基因扩增导致的CDKs表达失调与肿瘤发生有关。在淋巴瘤细胞中，如何通过ATAC-seq和ChIP-seq揭示CDK9抑制诱导表观遗传重编程？看看今天带来的这个文章。发表单位：美国希望之城国家医疗中心期刊：MolecularCance

爱基百客·2023-09-27 18:53

Epigenetics文献阅读：The molecular hallmarks of epigenetic control

这篇文献是表观领域“大牛”C.DavidAllis和Thomas在2016年发表的一篇综述。文章里讲述了表观遗传学的发展历程，以及一些研究进展。这篇文献我没有自己翻译，因为找到了一篇翻译的很好的文章了：NatRevGenet|20年来表观遗传领域核心进展之全景解读我只是把阅读过程中个人认为比较重要的知识点摘抄下来。“大佬”的文章，建议直接看英文原版更有感觉~文献题目：Themolecularhal

生信start_site·2023-09-24 17:13

2018-07-04

ANSYSfluentporous_zoneporous_resistance测试代码：realCUNNINGHAN_CORRECTION(realparticle_diam,realmolecular_free_path){if(particle_diam>2*molecular_free_path

刘侃_2e33·2023-08-20 04:59

2022《Molecular Plant》同源四倍体马铃薯单倍型分型和四倍体遗传

导读马铃薯(Solanumtuberosum)是消费最多的非谷类粮食作物。大多数商业化的马铃薯栽培品种为同源四倍体，具有高度杂合的基因组，严重阻碍了遗传分析和改良。利用最先进的测序技术和多倍型图形binning，此研究完成了一种马铃薯栽培品种Cooperative-88(C88)的染色体规模的单倍型分型基因组组装。单倍型内比较分析显示，该四倍体基因组具有广泛的序列和表达差异。此研究在染色体上发现了

生信师姐·2023-08-16 09:06

Molecular Generative Model Based on an Adversarially Regularized Autoencoder

SeungHwanHong，SeongokRyu，JaechangLim，WooYounKimJournalofChemicalInformationandModeling2019if=4.72简介基于VAE的模型常常产生无效的分子，原因是VAE使用一个预定义的先验(代理分布)近似后验分布，因此他们可以很容易地估计潜在变量的分布，但真实的后验分布可能不能很好地用一个给定的先验来近似，比如多元高斯分

酌泠·2023-07-30 12:25

跟着Molecular Systems Biology学作图：R语言ggplot2多图拼接工具patchwork

论文Agenome-scaleTF-DNAinteractionnetworkoftranscriptionalregulationofArabidopsisprimaryandspecializedmetabolismhttps://www.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.202110625image.png论文中提供了figure1中4个柱形图的数据和代

小明的数据分析笔记本·2023-07-19 01:15

Molecular Cell（回顾）｜Lck的磷酸化位点调节CD45对Lck的激活

导语：2017年8月3日，来自美国旧金山加州大学的AdamH.Courtney等在MolecularCell上发表了题为“APhosphositewithintheSH2DomainofLckRegulatesItsActivationbyCD45”的研究文章，该研究鉴定了蛋白激酶Lck的SH2结构域中的Y192磷酸化位点对于Lck活化及TCR信号的重要作用。该Y192位点的突变会阻断TCR信号，

LifeScienceMed·2023-06-10 22:35

[Paper] || SkipGNN: Predicting Molecular Interactionswith Skip-Graph Networks

一句话总结：【边预测问题】结合二阶相邻图网络预测分子间相似性Motivation一般的图神经网络只计算了相邻节点的相似性，但在生物网络中，不直接相连的节点的相似性也会对预测结果产生重要影响。图1：直接相似性和跳跃相似性如图1，一般来说，节点A和节点B之间有边相连说明它们是相似的，反之亦然。但是在分子交互网络中，直接相连的实体不是一定相似。不直接交互的节点之间的间接相似性（比如二阶相邻的），已被证明

葵sunshine·2023-04-14 20:51

MolTrans: Molecular Interaction Transformer for drug–target interaction prediction

1.Introduction随着大量生物医学数据和知识的收集与利用以及在许多应用领域取得巨大成功的深度学习技术的进步，药物发现过程，特别是DTI预测得到了显著增强。最近，各种深度模型在DTI预测中显示出令人鼓舞的表现。它们通常将药物和蛋白质数据作为输入，将DTI视为一个分类问题，并通过深度学习模型对输入进行预测。尽管做出了这些努力，一下挑战仍然存在：交互机制建模不足。现有的研究学习分子表征并基于药

NLP菜鸟·2023-04-14 02:07

Conditional Molecular Design with Deep Generative Models

SeokhoKang，KyunghyunChoJournalofChemicalInformationandModeling2019IF=4.72简介给定分子x及其属性y，现今的分子设计模式主要有以下4种:a.传统的方法是建立一个预测模型来估计给定分子的性质。通过这个预测模型，筛选出一组可能的候选分子，然后选择具有期望性质的分子。b.这种方法将分子映射到潜在空间，再从这个空间中随机生成新的分子，这

酌泠·2023-03-28 02:10

Molecular dynamics simulations of the Debye-Waller effect in shocked copper论文翻译

题目：MoleculardynamicssimulationsoftheDebye-Wallereffectinshockedcopper受冲击铜中德拜-沃勒效应的分子动力学模拟作者：WilliamJ.Murphy,AndrewHigginbotham,andJustinS.WarkDOI:10.1103/PhysRevB.78.014109本文分析了静态压缩和冲击铜单晶的非平衡分子动力学模拟所预

Verethragna7·2023-03-20 02:22

[文献分享]Molecular phylogenetics: principles and practice

首段放文章链接：https://www.nature.com/articles/nrg3186最近在帮一个师姐做直系同源基因的物种进化树，补充一些进化方面的基础知识是很有必要的，毕竟没有生物学背景的分析特别危险（https://mp.weixin.qq.com/s/5HXUH4lWVc70d1CKJOQ73g）。Abstract这篇文章主要总结了进化分析的一些主要方法，包括parsimony,di

巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-15 21:30

MindSpore社区群组介绍系列之三——WG- Molecular Modeling

分子动力学[0]最早在20世纪50年代由物理学家提出，是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠计算机来模拟分子、原子体系的运动，是一种多体模拟方法。分子动力学如今被广泛应用于广泛应用于物理、化学、生物、材料、医学等领域：通过研究石墨烯中的离子输运来了解石墨烯的机械性质，从而为创造新材料做好基础；在新冠肺炎病毒变异研究中利用分子动力学来预测药物靶位，从而研制出高效的疫苗。可以说是当之无愧的基础核心技术。

昇思MindSpore·2023-02-04 23:41

Chemical Science | Img2Mol+： accurate SMILES recognition from molecular graphical depictions

GitHub-bayer-science-for-a-better-life/Img2Mol一、问题提出Img2Mol能够正确地将高达88%的分子描述转化为他们的SMILES表示。大多数与药物挖掘相关的刊物以图片和表格的形式在文章中包含化学和生物测定数据，在新药物发现项目的开始阶段，研究人员面临着一个令人不快的事实，即最新的和相关的数据仍然作为原始数据隐藏在文章和专利中。能够从图像中自动识别正确的

羊飘·2023-01-29 12:02

Accurate prediction of molecular targets using a self-supervised image rep...（代码理解）

GitHub-HongxinXiang/ImageMol:ImageMolisamolecularimage-basedpre-trainingdeeplearningframeworkforcomputationaldrugdiscovery.我在windows上下载并测试的首先是其中每个文件夹中文件的意义：1.preparingdataset在第一步“1.preparingdataset”中，

马鹏森·2023-01-29 12:02

molecular-graph-bert（一）

_森罗万象·2023-01-23 13:49

Mol Cell Proteomics. | Integration and analysis of CPTAC proteomics data in the context of cancer ge...

文献名：IntegrationandanalysisofCPTACproteomicsdatainthecontextofcancergenomicsinthecBioPortal期刊名：Molecular

weixin_30949361·2023-01-19 08:47

ImportError: Missing optional dependency ‘openpyxl‘. Use pip or conda to install openpyxl.

importpandasaspddata=pd.read_excel(open('Molecular_Descriptor.xlsx','rb'),sheet_name='training')

弓早早o_O·2023-01-05 03:11

2019 ICLR | Learning Multimodal Graph-to-Graph Translation for Molecular Optimization

Paper:https://arxiv.org/pdf/1812.01070Code:https://github.com/wengong-jin/iclr19-graph2graph2019ICLR|LearningMultimodalGraph-to-GraphTranslationforMolecularOptimization作者把分子优化看作是一个图到图的平移问题。目标是学习从一个分子图

发呆的比目鱼·2022-12-31 08:19

2022-LCLR-DIFFDOCK: DIFFUSION STEPS, TWISTS, AND TURNS FOR MOLECULAR DOCKING

2022-LCLR-DIFFDOCK:DIFFUSIONSTEPS,TWISTS,ANDTURNSFORMOLECULARDOCKINGPaper:https://arxiv.org/abs/2210.01776Code:https://github.com/gcorso/DiffDock预测小分子配体与蛋白质的结合结构(称为分子对接)是药物设计的关键。最近的深度学习方法将对接视为一个回归问题，与

发呆的比目鱼·2022-12-31 08:56

2018 ICML | Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph Generation

2018ICML|JunctionTreeVariationalAutoencoderforMolecularGraphGenerationPaper:https://arxiv.org/pdf/1802.04364Code:https://github.com/wengong-jin/icml18-jtnn2018ICML|用于分子图生成的连接树变分自动编码器本文是WengongJin团队201

发呆的比目鱼·2022-12-31 08:51

使用自监督图像表示学习框架精确预测分子性质和药物靶点（Accurate prediction of molecular properties and drug targets using a sel）

Accuratepredictionofmolecularpropertiesanddrugtargetsusingaself-supervisedimagerepresentationlearningframework（使用自监督图像表示学习框架精确预测分子性质和药物靶点）原文链接：Accuratepredictionofmolecularpropertiesanddrugtargetsusin

未觉时·2022-12-27 11:46

【语言模型生成分子更好】Language models can learn complex molecular distributions

Languagemodelscanlearncomplexmoleculardistributions【NatureCommunications】语言模型可以学习复杂的分子分布paper:Languagemodelscanlearncomplexmoleculardistributions|NatureCommunicationsDataavailability：Theprocesseddatau

马鹏森·2022-12-14 23:22

Molecular Sets（MOSES）: A Benchmarking Platform for Molecular Generation Models，AI制药领域，分子生成必读文章

MolecularSets，MOSES:ABenchmarkingPlatformforMolecularGenerationModels1研究背景2分子表示方法2.1字符表示2.2分子图表示3评判标准3.1valid&unique3.2Novelty3.3Filters3.4Fragmentsimilarity（Frag）3.5Scaffoldsimilarity（Scaff）3.6Simila

啊啦灯神叮·2022-12-14 09:53

论文详解-MolGPT: Molecular Generation Using a Transformer-Decoder Model

本篇文章来自2021年10月发表在JournalofChemicalInformationAndModeling上的MolGPT:MolecularGenerationUsingaTransformer-DecoderModel。文章提出了一个来预测分子生成的SMILES标记序列。该模型利用了掩蔽的自我注意机制，使学习字符串标记之间的长期依赖关系变得更简单。这对于学习满足配价和环闭包的有效字符串的

qiqi985·2022-12-14 09:46

Pharmacol | Molecular Sets (MOSES): A Benchmarking Platform for Molecular Generation Mod

18December2020Paper:https://arxiv.org/abs/1811.12823Code:https://github.com/molecularsets/moses2020Front.Pharmacol|Molecular

发呆的比目鱼·2022-12-14 08:42

Briefings in bioinformatics2021 | QSAR模型中，传统表征要优于molecular embedding？

论文标题：UsingmolecularembeddingsinQSARmodeling:doesitmakeadifference?GitHub-VirginiaSabando/MolecularEmbeddings:Officialsitefor"UsingMolecularEmbeddingsinQSARmodeling:DoesitMakeaDifference?"(BriefingsinB

羊飘·2022-12-10 06:51

Molecular Psychiatry:默认网络与创造性思维的因果关系

《本文同步发布于“脑之说”微信公众号，欢迎搜索关注~~》创造性思维是一种主要的进化机制，对人类物种的快速发展做出了巨大贡献。人们认为，产生新颖有用的想法或原创思维的能力，与几个大规模、分散的皮层网络(如默认网络(DN))的意外、同步激活密切相关。尽管有大量的相关证据，但默认网络与创造力之间的因果关系尚未得到证实。在患者清醒时，对靠近语言相关区域的脑肿瘤进行手术切除，以绘制暴露的皮层表面的语言功能图

悦影科技·2022-11-23 20:38

Molecular Psychiatry：海马及其相关网络在电休克抗抑郁中的机制研究

抑郁症是一类以抑郁心境为主要特点的情感障碍。它主要包括：重度抑郁症、持续性抑郁症、季节性抑郁症。它们的共同表现为：长时间持续的抑郁情绪，并且这种情绪明显超过必要的限度，缺乏自信，避开人群，甚至有罪恶感，感到身体能量的明显降低，时间的感受力减慢，无法在任何有趣的活动中体会到快乐。这类障碍还会造成患者的躯体功能失调，如睡眠紊乱或食欲暴进或减退、痛觉等。生物学、心理学和社会因素对这类疾病的发病都有影响。

思影科技·2022-11-23 20:00

Molecular Psychiatry：对四种主要精神疾病间的白质微结构改变的大型mega分析

明确精神障碍患者大脑结构的共性和差异对于理解精神疾病的病理生理学具有重要意义。最近，ENIGMA精神分裂症DTI工作组进行了大规模的荟萃分析，并指出精神分裂症中存在广泛白质微结构改变；然而，迄今为止还没有进行过类似的精神障碍间的研究。本研究对健康对照（HCS；N=1506）与精神分裂症（N=696）、双相情感障碍（N=211）、自闭症谱系障碍（N=126）及抑郁障碍（N=398；12个地点总N=2

思影科技·2022-11-23 20:29

Molecular Psychiatry:神经成像预测模型在心理健康领域的未来趋势

使用神经成像数据的预测建模有潜力提高我们对精神障碍的神经生物学基础和推定的信息干预的理解。因此，有大量的文献回顾了已发表的研究，机器学习的数学基础，以及使用这些方法的最佳实践。随着我们在心理健康和机器学习方面的知识不断发展，我们的目标是展望和预测我们认为在当前和未来的研究中重要的主题。机器学习中讨论最多的一些话题，如偏倚和公平，脏数据的处理，以及可解释模型，可能对使用基于神经成像的精神病学预测建模

悦影科技·2022-11-23 20:59

Geometry-enhanced molecular representation learning for property prediction|GeoGNN|将几何增强分子表示用于分子性质预测

这周读了一篇有关分子性质的文章《Geometry-enhancedmolecularrepresentationlearningforpropertyprediction》，文章于2022.2.7发表在NatureMachineIntelligence期刊上，期刊属于计算机人工智能1区，3年平均IF为15.508。文章的创新点在于将3D信息（键长、键角、原子之间的距离）应用到分子表示当中。文章源码

啊啦灯神叮·2022-11-21 19:48

Today2022 | Deep learning methods for molecular representation and property prediction

一、分子表征分子表征形式：1D：SMILES、Fingerprints(ECFP)、molecularaccesssystem(MACCS)、mathematicalrepresentationSMILES：字符串虽然简单、快速，但仍然不能全面捕捉原子之间的空间关系。如图1所示，在C=C5苯环上，5个碳原子被分组为C5;然而，不同的碳原子与其他原子有不同的关系，并且位于分子中不同的位置。此外，它们

羊飘·2022-11-21 18:43

arxiv202210 | cTransformer：基于Transformer的De Novo Molecular Design生成模型

Preprint。原文标题：ATransformer-basedGenerativeModelforDeNovoMolecularDesign地址：https://arxiv.org/abs/2210.087492022年10月17挂到arxiv上的。新鲜出炉的，有点启发，单目标控制生成。一、问题小分子药物设计旨在识别具有所需化学性质的新化合物。从计算的角度来看，作者认为这是一个优化问题，在化学空

羊飘·2022-10-28 05:58

Chapter9 : De Novo Molecular Design with Chemical Language Models

readingnotesof《ArtificialIntelligenceinDrugDesign》文章目录1.Introduction2.Materials2.1.ComputationalMethods2.2.Data3.Methods3.1.SMILESNotation3.2.RecurrentNeuralNetworks3.2.1.RecurrentNeuralNetworks3.2.2.

_森罗万象·2022-10-12 10:39

Molecular Simulation：Chain-Molecule Sampling Techniques

转载于:https://www.cnblogs.com/Simulation-Campus/p/8794374.html

ditigao0965·2022-10-12 10:00

Chapter23: Molecule Ideation Using Matched Molecular Pairs

readingnotesof《ArtificialIntelligenceinDrugDesign》文章目录1.Introduction2.MMPAlgorithms3.BioDig:TheGSKTransformDatabase4.LargeScaleMoleculeIdeationUsingMMPs5.QuantifyingtheValueofanMMP-BasedKnowledgeBase6

_森罗万象·2022-10-12 10:15

2021年华为杯数学建模研赛D题思路

下面是几问的分析：第一问第一问，ERα_activity中一般采用pIC50来表示生物活性值，看这一列就好，Molecular_Descriptor有729个指标，给出关联程度前Top20，数据都是实验数据

DS F君·2022-05-28 07:23

基因组文章 | 茶树《Molecular Plant 》2020

转自：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NzE1MTYwMw==&mid=2650849497&idx=1&sn=0831fe0dc984fd8b0aaae5bc451f3f35&chksm=8b515fc5bc26d6d35020392d2ea035602916f02a322592cad38d291c947a386f787250f7455c&scene=2

生信师姐·2022-05-11 09:44

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