multiqc

2018-12-12 软件安装

conda没有的用官网下载；1，先加载condaRNA环境图片.png2，sratoolkit，conda没有找到；3，blatcondainstall-yblat图片.png4，fastqc图片.png5，multiqc
悦时光_·2024-01-27 20:06

MultiQC软件安装运行

安装步骤如下：一、安装MultiQCcondainstall-cbiocondamultiqc发现之前安装的conda用不了了，出现下面的问题image.png于是我去搜索了一下解决办法，以下解决方法借鉴https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d1.删除原有安装包rm-rfanaconda32.重新下载condashAnaconda3-5.2.0-Linux-x8
努力再努力_cf77·2024-01-14 15:56

学习分析质控软件时搜索用到的网站

multiqc英文说明https://multiqc.info/https://multiqc.info/docs/https://www.regular-expressions.info/quickstart.html
小梦游仙境·2024-01-12 15:45

2022-05-14 multiqc时 解决ImportError: cannot import name 'OrderedDict' from 'typing_extensions'报错

image.png今天在做转录组测序数据multiqc时，出现这个错误，反复用condainstallmultiqc问题还是得不到解决。
小孟在充电·2023-12-16 05:44

2020转录组RNA-SEQ上游分析

文章目录安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在
super_qun·2023-11-29 18:20

RNA-seq分析流程

/-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc
chaos_z·2023-11-28 04:17

报错：pkg_resources.VersionConflict

在用MultiQC软件中，遇到Python的报错，具体如下：报错内容：pkg_resources.VersionConflict:(PyYAML3.11(/home/GGG/software/python
笺牒九州的怪咖·2023-11-19 23:10

MultiQC安装及运行

1.MultiQC安装pipinstallmultiqc1.PNG2.从网上下载fastq文件prefetchSRR9111834prefetchSRR62322983.将下载的文件转换成fastq格式
er_2c10·2023-10-24 02:44

MultiQC软件安装及其运行过程

这个实验做了两个下午，失败了n多次，卡在一个地方不动所以重启好多次，好多过程没有截屏就打字略过了。1.condainstall-cbiocondamultiqc，输入此命令直接安装时，会出现sourceenvironment./然后就卡在这里，等半个多小时也没有反应。在搜索了conda相关安装使用说明，参照这篇文章https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d删除了原
ptao_4504·2023-09-18 15:16

linux学习100篇34：转录组分析用软件及安装mutiqc

错了multiqc少了l$condainstall-ymutiqcCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment
Seurat_·2023-09-16 16:21

day46 转录组 质控

学习资料：B站jimmy大神的视频一、质控命令用到的fastqc是北鲲云上自带的，multiqc是在conda的py3.7环境里自己装的。
meraner·2023-07-22 19:13

MultiQC软件安装运行的过程

1.MultiQC介绍不少生信工具都可以给样品生成一个评估结果，如FastQC、Qualimap和RSeQC等(39个转录组分析工具，120种组合评估)。
千万英里·2023-06-16 21:06

2020-01-21 测序数据的质控和过滤

二代测序数据下机后一般为rawdata，这时候含有一些低质量测序数据和街头污染数据，我们要将低质量数据过滤掉获得cleandata用于后续分析；本过程涉及到的软件Fastqc(用于测序数据质控)，MultiQC
xiaoguolaile·2023-04-19 04:01

RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗

linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用fasterq-dump/fastq-dump命令将SRA文件转为FASTQ格式，pigz软件多线程压缩（可选）4.使用fastqc和multiqc
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 12:16

生信星球转录组培训第一期Day1——卖萌哥

在我之前的认知里，转录组的上游分析只是跑跑软件，fastqc、multiqc、fastp、trimmomatic、catadapter瞎怼一通，再到后面无参的用
卖萌哥·2023-04-11 05:31

从0开始的RNA-seq教程

然后使用fastqc对测序数据进行质控，multiqc可以聚合多个qc结果进行展示。双端测序文件一般是两个，命名时一般会在末尾加上1,2加以区分。从SRA下载了rawdata，质控很多人用fastq
五香可达鸭·2023-04-01 06:40

MultiQC软件安装及其运行过程

安装multiqc最简单的方式是用conda进行安装condainstall-cbiocondamultiqc报错image.png原因如下：Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系
adventure_89eb·2023-02-06 08:57

转录组分析流程：比对（有参）及统计Counts矩阵

1.质控fastqc*multiqc*trimmomatic_run.sh#去掉前9个碱基trimmomatic_run.sh#!
Gossie·2023-02-03 20:28

RNA-seq——上游分析练习2（数据下载+trim-galore+hisat2+samtools+featureCounts）

主要包含四个步骤：数据下载（包括sra数据、参考基因组、参考基因组注释文件）质控过滤（使用trim-galore进行质控，使用fastqc、multiqc
Dzfly..·2023-01-09 13:10

16S多样性ASV分析-低氧区ODZ水层分析

此部分内容来自https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/76903998一、初步看下测序质量首先，安装fastqc先把原始数据做fastqc,结果放进multiQC
???514·2022-11-23 01:52

转录组数据分析——原始数据质量控制（QC）

方法可以于检验fastq文件质量的软件有很多，例如FastQC、fastp、multiQC等。本文主要介绍应用最多的FastQC。FastQC是一款基于Java的软件，须在linux环境下使用命
生信助手·2022-11-07 08:01

2021-10-26 RNA-seq分析个人记录帖

a.整体流程及相关软件数据资源下载，参考基因组及参考注释组数据质控及相关软件fastp(代替fastqc，multiqc，trimmomatic，cutadapt,trim_galore)比对及相关软件
xiaoguolaile·2022-03-15 09:27

RNA-seq转录组差异分析及可视化

通过conda安装fastqc(质控),hisat2(比对),multiqc(质控合并),samtools(sam文件转bam文件),subread(featureCounts集合在其中)。
不会生信·2022-03-02 17:23

生信软件（2018-05-28）

（2）使用condainstall命令安装各类生物信息学软件数据预处理的软件：fastqc，multiqc质量过滤软件：trimmomatic无参转录组的比对软件：Trinity（提供转录组分析思路和流程
简单点lili·2022-02-17 02:50

3 wes测序质量的控制

原视频6:测序质量的控制首先建立文件夹$cd~/project/wes/$mkdir{raw,clean,align,mutation,qc}这部分包括fastqc和multiqc两个软件查看测序质量，
Y大宽·2022-02-10 09:47

debug-conda下载multiqc时packages wheel conflict

python版本3.7，因项目需要，安装multiqc，结果报错，显示：Packagewheelconflictsfor:multiqc->python=3.5->pip->wheelpython=3.7
RachaelRiggs·2022-02-05 23:51

RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）

fastq.gz文件检查fastq.gz是否完整md5sumsample.fastq.gz>md5.txtmd5sum-cmd5.txt#结果为OK既可，否则再次准备RNA-seq文件二、fastqc生成质量报告（multiqc
清零2000·2021-12-14 15:00

用conda来安装大部分python/R/JAVA的软件包

昨天发现了神器multiqc来整合分析一个目录下所有文件的qualitycontrol结果，今天来试着装了一下。然后又发现了conda这个使得生活更美好的packagemanger软件。
傅小潇·2021-06-27 13:55

fastqc质控及multiqc整合使用记录

fastqc使用比较方便的可以设置线程批量操作，可以使用MultiQC综合报告查看。
土豆_leah·2021-06-27 07:53

【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files

一个样本生成一个报告，当样本量过多时，逐一查看样本质量就稍显不方便，multiqc是一个基于Python的模块,用于整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量
RachaelRiggs·2021-06-20 05:43

FastQC及MultiQC整合使用

FastQCFastQC是一个基于Java写的测序数据质量评估软件。因为是用跨平台的语言Java写的，自然而然FastQC应是可以在不同系统运行的了。不过也许大多时候我们还是在Linux服务器上用的多吧。安装安装软件，方便的还是通过conda了，一行命令：$condainstall-cbiocondafastqc-y当然这需要你已经安装了anaconda的前提下。若没有的安装anaconda的话，
何物昂·2021-06-07 16:30

整合QC质控结果的利器——MultiQC

一、MultiQC介绍NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。
生信宝典·2021-05-12 06:14

WES(全外显子)分析(上)

condacreate-nwespython=2condainfo--envssourceactivatewes1.2需要软件：ascp,samtools,vcftools,bcftools,fastqc,multiqc
dandanwu90·2021-04-19 22:00

multiqc运行中的坑

multiqc无限报错PermissionError:[Errno1]Operationnotpermitted毫无头绪，原来用的好好的，现在不知道怎么就不行了谷歌了一大堆，都没解决这个问题，为此1.更改
leoxiaobei·2021-04-13 21:02

使用Python统计文件下代码行数

#/usr/bin/envpython#-*-coding:utf-8-*-#Author:Wangjimportosimporttimebasedir='H:/python/MultiQC/'filelists
菲宇·2020-08-20 09:20

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估

，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

整合QC质控结果的利器——MultiQC

一、MultiQC介绍NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

2019-11-23

一、安装MultiQC依赖conda安装condainstall-cbiocondamultiqc二、安装fastqcwget[http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk
奈丝_32e8·2020-07-10 03:16

生信小白学习日记Day2-2——NGS基础 NGS分析

NGS基础——NGS分析NGS分析步骤1.质量分析fastqc、multiqc、SolexaQA测序数据的质量好坏会影响我们的下游分析。但不同的
weixin_42953727·2020-07-08 21:17

整合QC质控结果的利器——MultiQC

一、MultiQC介绍NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。
生信宝典·2020-07-07 19:12

生信小白学习日记Day3——NGS基础 NGS分析注解（质量分析软件）

NGS基础NGS分析注解1.质量分析软件昨天提到，拿到数据后可以通过一些软件来评估测序质量的好坏，包括fastqc、multiqc、SolexaQA等。
weixin_42953727·2020-07-06 19:00

宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC

本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1.背景知
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战4.基因注释Prokka

，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:55

数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1.背景知
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

宏基因组实战4. 基因注释Prokka

，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23
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