基因组信息学

甲基化倍性问题新思路

在传统的甲基化分析中，我们往往利用的是单倍型参考基因组来检测甲基化位点，这样的话对于特殊的等位基因区段是无法区分在同源染色体中具体是哪一条染色体的哪一个位点发生甲基化了。倍性问题今天分享的文献是今年才
小潤澤·2023-12-25 21:28

基因组与群体进化，解析物种进化历程-03

案例四研究背景异源四倍体芥菜（AABB）属于十字花科芸薑属，是重要经济作物，主要包括菜用和油用芥菜两大类群，种植范围较广，经济价值较大。菜用芥菜主要分布在中国等东亚国家和地区，油用芥菜主要分布在印度等南亚国家和地区。芥菜是“禹氏三角”中重要的一员，由白菜和黑芥杂交后加倍而来，至少发生了三次古多倍化事件，因此非常具有研究价值。方法流程研究结果芥菜基因蛆组装注释选取菜用芥菜的一个变种（榨菜），使用二代
百迈客生物·2023-12-25 16:57

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

表观基因组学分析是解释非编码基因组功能的重要方法之一。表观基因组学特征作为肿瘤细胞的基本特征，对发病机制、临床行为和治疗具有影响。
爱基百客·2023-12-25 15:34

从CNS封面文章中找数据 | Science：人类原发性肿瘤染色质可及性图谱

今天给大家分享的ATAC-seq数据资源来自2018年的Science封面文章，美国斯坦福大学研究人员绘制了23种癌症全基因组染色质可及性图谱，为癌症研究提供基础数据资源。
尐尐呅·2023-12-25 07:46

Kmer评估基因组

参考使用kmer来评估基因组特征-知乎，https://www.jianshu.com/p/94da86093843,用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理_生信技工的博客-CSDN博客1.基本定义
qq_54867493·2023-12-25 04:48

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

在临床病理方面，对于肉瘤的诊断，不是很明确的话，最好是送全基因组+RNAseq,不建议先就开一大堆免疫组化及分子，最后还是没有结果。1、首先你应当知道，RNA-seq测序能做什么？
伍鸿荣·2023-12-25 01:59

信息学奥赛一本通switch2057

#includeusingnamespacestd;intmain(){inta;cin>>a;switch(a){case1:{cout<<"Monday";break;}case2:{cout<<"Tuesday";break;}case3:{cout<<"Wednesday";break;}case4:{cout<<"Thursday";break;}case5:{cout<<"Friday
zslwxzzb·2023-12-24 22:09

信息学奥赛一本通2058

#includeusingnamespacestd;intmain(){doublea,b,s;charc;cin>>a>>b>>c;if((c=='/')&&(b==0)){cout<<"Dividedbyzero!"<
zslwxzzb·2023-12-24 22:09

信息学奥赛一本通1158

#includeusingnamespacestd;intn,m;intj(intx);intmain(){cin>>n;m=j(n);cout<<m;return0;}intj(intx){inta=0;for(inti=1;i<=n;i++){a+=i;}returna;}
zslwxzzb·2023-12-24 22:08

组学无参比对教程

转录组无参比对教程当作物是没有参考基因组时，需要无参进行比对。Trinity是现在使用最广泛的转录组Denovo组装软件。
小杜的生信筆記·2023-12-24 17:43

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。
生信石头·2023-12-24 17:22

少儿编程究竟应该以应试升学为主，还是以兴趣为导向呢？

随着行业的发展，少儿编程在升学中变得越来越重要，例如信息学奥赛获奖可以直通清北，或者走科技
@小码农·2023-12-24 14:52

2021-12-06

Nature丨细胞类型由染色质拓扑学编码原创珍奇图灵基因2021-12-0610:56收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：珍奇IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究报告了与基因表达模式相关的多个基因组尺度的细胞类型特化
图灵基因·2023-12-24 10:34

本周最新文献速递2020-08-09

本周最新文献速递一文献题目：KoreanGenomeProject:1094Koreanpersonalgenomeswithclinicalinformation不想看英文题目：韩国基因组计划：拥有临床信息的
橙子牛奶糖·2023-12-24 10:07

人类基因组版本：hg19和hg38

hg19（人类基因组版本19）和hg38（人类基因组版本38）都是人类基因组的版本号。
素材积累·2023-12-24 07:40

遗传算法求解函数最大值----python代码实现

遗传算法基本原理：编码个体：在遗传算法中，解决方案（也称为个体）被编码成染色体或基因组，通常使用二进制串、实数编码、排列等不同的方式来表示问题的解空间。初始化种群：初始阶段，
筱筱西雨·2023-12-24 07:37

恶魔奶爸课程-规律21天的收获复盘

不会觉得自己只是接收信息学生，而是课程参与者，习惯培养坚持者。21天的不间断记录打卡，21天点评官的文字鼓励，21天的坚持的运动习惯，平均每天输出突破1500字，每天运动累计一小时。
willllli·2023-12-24 06:23

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本

介绍：MetaWRAP是一个宏基因组学分析工具库，用于分析宏基因组测序数据。它提供了一套功能强大的工具，用于进行宏基因组数据的装配、注释和功能分析。
小果运维·2023-12-24 02:01

PCAWG | 泛癌全基因组分析

发表期刊：Nature发表日期：2020.02影响因子：42.778癌症是全球第二大常见死因，每年超过800万人因癌症丧命。预计在未来十年，癌症发生率将增加50%以上。癌症是体细胞亚克隆自主发展和扩散类疾病的总称。癌症克隆控制多个细胞通路，打破正常细胞的生长和调控等限制，获取自主发展和扩散的特征。单个细胞通路改变不足以引发癌症。每个癌症由潜在的致病异常“池”中的多个异常通路组合而引发。肿瘤异质性来
诺禾致源·2023-12-23 23:36

信息学奥赛一本通 1329：【例8.2】细胞

题目【题目描述】一矩形阵列由数字00到99组成,数字11到99代表细胞,细胞的定义为沿细胞数字上下左右还是细胞数字则为同一细胞,求给定矩形阵列的细胞个数。如:阵列4100234500067103456050020456006710000000089有44个细胞。【输入】第一行为矩阵的行n�和列m�;下面为一个n×m�×�的矩阵。【输出】细胞个数。【输入样例】41002345000671034560
pystraf·2023-12-23 23:49

信息学奥赛一本通（1329：【例8.2】细胞）

1329：【例8.2】细胞时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:13978通过数:7845【题目描述】一矩形阵列由数字0到9组成,数字1到9代表细胞,细胞的定义为沿细胞数字上下左右还是细胞数字则为同一细胞,求给定矩形阵列的细胞个数。如：阵列4100234500067103456050020456006710000000089有4个细胞。【输入】第一行为矩阵的行n和列m;下面为一个n
橙子教师·2023-12-23 23:48

信息学奥赛一本通 1307：【例1.3】高精度乘法

1307：【例1.3】高精度乘法时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:62624通过数:24533【题目描述】输入两个高精度正整数M和N（M和N均小于100位）。求这两个高精度数的积。【输入】输入两个高精度正整数M和N。【输出】求这两个高精度数的积。【输入样例】363【输出样例】108代码：#includeusingnamespacestd;inta[205],b[205],ans
菡LOVE蕾·2023-12-23 23:47

决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了超多DCA的实现方法，基本上常见的方法都包括了，代码和数据获取方法也给了大家。
医学和生信笔记·2023-12-23 21:29

探针寻找之旅（2）——与探针匹配的基因组序列的提取

目的是根据现有探针，匹配到转座子，在转座子与探针匹配的位点的相邻区间寻找重复次数高的序列。步骤1stblast提取匹配序列ID#打点当前目录参数cd$(pwd)#建库makeblastdb-incsi.chromosome.fa-dbtypenucl-outcsi.chromosome.fa-parse_seqids#blastn比对1个cpublastn-queryfish.fa-dbcsi.c
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-12-23 18:18

信息学奥赛一本通 第一部分 第二章 顺序结构程序设计 第一到三节

第一节运算符和表达式1006A+B问题【题目描述】大部分的在线题库，都会将A+B问题作为第一题，以帮助新手熟悉平台的使用方法。A+B问题的题目描述如下：给定两个整数A和B，输出A+B的值。保证A、B及结果均在整型范围内。现在请你解决这一问题。【输入】一行，包含两个整数A，B，中间用单个空格隔开。A和B均在整型范围内。【输出】一个整数，即A+B的值。保证结果在整型范围内。#includeusingn
Hu_2022·2023-12-23 16:11

GDAS003-Bioconductor与基因组级数据分析简介

title:GDAS003-Bioconductor与基因组级数据分析简介date:2019-09-0312:0:00type:"tags"tags:Bioconductorcategories:GenomicsDataAnalysisSeries
backup备份·2023-12-23 14:37

3D基因组—实验技术

一、3D基因组之ChIP-seq基因组的三维立体结构的主要组成是DNA和蛋白质。研究基因组的三维立体结构就是研究DNA与蛋白之间的互作。ChIP一直是研究蛋白与DNA互作的重要方法。
Ray钱·2023-12-23 13:18

信息学奥赛一本通例9.13 庆功会

我的个人博客例9.13庆功会来自信息学奥赛一本通【题目描述】为了庆贺班级在校运动会上取得全校第一名成绩，班主任决定开一场庆功会，为此拨款购买奖品犒劳运动员。
五行缺知识·2023-12-23 12:00

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

利用基因组重测序技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记，可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。
百迈客生物·2023-12-23 03:06

区别大盘点：信息学竞赛、信息学奥赛、NOIP、NOI和IOI傻傻分不清楚

信息学（Informatics）一词在很多场合是计算机科学（ComputerScience）的代称。
小猫学编..·2023-12-22 21:56

R语言里做基因组共线性可视化R包~GENESPACE

论文GENESPACE:syntenicpan-genomeannotationsforeukaryoteshttps://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.09.483468v1还没有发表github主页https://github.com/jtlovell/GENESPACE详细介绍https://htmlpreview.github.io/?ht
小明的数据分析笔记本·2023-12-22 21:51

从实践角度优化数据库设计：深入解析三范式的应用

第一范式(1NF)属性不可再分以下是一个不符合1NF的示例：不符合1NF的表格：学生信息学生ID姓名爱好1张三篮球
数据与后端架构提升之路·2023-12-22 16:26

从RNA定向互作看基因组组织

从染色质可及性到远距离基因组组织，细胞使用了多种机制来控制基因表达。
Ss_y·2023-12-22 13:06

3D基因组学在白血病中的研究进展——分子分型、诊断、预后

该研究从各方面比较了AML病人与健康人体内CD34+造血干祖细胞的3D基因组结构。其重要发现包括：一、整体3D基因组结构的差异该研究发现，病人的造血细胞，其三维染色质结构发生了显著的改变。
基因组学研究生·2023-12-22 11:42

有史以来25个最伟大的Java应用程序

从太空探索到基因组学，从反向编译器到机器人控制器，Java都是当今世界的核心编程语言。
SOWORD科技言·2023-12-22 08:35

Mybatis3系列课程5-配置数据源

,并且表里已经添加了部分数据今天的任务就是在昨天的基础上,继续学习mybatis的配置,并完成查询全部的功能学习任务1.学习mybatis的配置文件中属性的写法及文件所在文职2.查询全部年级信息及学生信息学习步骤
射手座的程序媛·2023-12-22 06:27

基因组学 II

ReadGenome在获得基因组序列后，需要对它包含的基因进行解读和注释，这部分是对基因图谱的"内容“进行介绍。含基因的数目，基因的分类，基因的结构，基因的表达，基因簇，基因组的“暗物质”等部分。
KXie·2023-12-21 23:52

范德制造-宽口吸头

宽口吸头也专为研究大分子过程中使用，比如：基因组DNA研究，同时宽口吸头利于转移脆弱的细胞株样品，如：巨噬细胞，杂交瘤细胞，肝细胞等细胞样品。#实验检验耗材#阔口吸头
范德biofount·2023-12-21 22:48

Genewise简介及安装

Genewise是Wise2软件的核心程序，在官网上自我介绍时说自己是Ensembl的pipeline程序，有网友提到这是一个非常老的软件，最新版本开发出来也有10多年了，但是目前还是有很多公司用他进行基因组注释
吕强强学生信·2023-12-21 19:12

TCGA数据库详解

TCGA（Thecancergenomeatlas，癌症基因组图谱）由NationalCancerInstitute(NCI，美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute
-麦_子-·2023-12-21 16:10

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态
生信云笔记·2023-12-21 13:08

2022的七大热点技术： 靶向基因治疗、空间多组学……

1.完全基因组在去年5月发表的预印本中，人类共有基因组序列GRCh38添加了近2亿个新碱基对，并撰写了人类基因组的最后一章。GRCh38于2013年首次发布，一直是一个有价值的工具，但也存在漏洞。
英格恩·2023-12-20 19:27

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg介绍ggkegg是一个用于生物信息学研究的工具，可以用于分析和解释基因组学数据，并将其与已知的KEGG数据库进行比较。
小果运维·2023-12-20 14:22

抱紧大腿玩投资

1.ChinaLedger技术委员会主任2.中科院计算机所、信工所博导3.中国中文信息学会常务理事4.全国金融标准化委员会证券分委员会副主任委员5.中国区块链研究及应用领域奠基人之一1.W
智子社区·2023-12-20 12:02

WISECONDOR NGS 检测CNV 介绍

研究表明，约3.4%~6.2%的胎儿cfDNA会出现在母亲的血浆中，且在整个基因组中呈现均一分布。这些片段已经足够用于检测胎儿的染色体异常。
茄子_0937·2023-12-20 09:35

2021-10-12每日刷题打卡

一、信息学oj-1357：车厢调度(train)(1)题目描述有一个火车站，铁路如图所示，每辆火车从A驶入，再从B方向驶出，同时它的车厢可以重新组合。
追求卓越&·2023-12-20 06:32

2021-10-13每日刷题打卡

一、信息学OJ-1358：中缀表达式值(expr)（1）题目描述输入一个中缀表达式（由0-9组成的运算数、加+减-乘*除/四种运算符、左右小括号组成。
追求卓越&·2023-12-20 06:32

2021-10-14每日刷题打卡

一、信息学oj-1355：字符串匹配问题(strs)(1)题目描述字符串中只含有括号(),[],,(),[],{}，例如。输入:[()]输出:YES，而输入([])，([)]都应该输出NO。
追求卓越&·2023-12-20 06:32

chemoinformatics&python | 化学信息学软件包安装方法集合

rdkit化学信息学condainstall-cconda-forgerdkitcondainstall-crdkitrdkitpipinstallrdkit-pypi谷歌colab上安装rdkit!
ASKCOS·2023-12-20 04:01

2021-01-26基因ID+TMP

基因ID总参考-医学生物信息学数据库常用：基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字，是这个基因功能+编号的简写。
小森的生统笔记·2023-12-20 00:15
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