BAM

转录组入门(5)： 序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。生信技能树参考基因组及注释
宇天_ngs·2020-02-21 09:24

Python 入门之文件操作（一）

文件读写在日常的生物信息学分析中，我们一般都是直接面对一些文件进行操作的，比如测序数据fastq文件，在比如比对结果bam或者sam文件，还有gtf或者gff3格
正踪大米饭儿·2020-02-21 08:47

高通量测序数据处理学习记录（四）：DeepTools学习笔记

现有资源比对完成后的bam文件，参考基因组：hg19,基因位置注释文件：RefGeneReg.bed，涉及到数据保密，不使用自己的数据进行演示安装好的deeptools（使用anaconda，此处
面面的徐爷·2020-02-19 10:34

bam2rpkm by bedtools

比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据genomicfeatures进行计数，但是htseq-counts或者featureCounts这样的软件一般都是做到计数，并没有计算rpkm值。
生信技能树·2020-02-16 15:35

转录组入门五（mac 版）：序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。下载indexaxelft
thinkando·2020-02-16 12:53

sam和bam格式文件的shell小练习

题目来源：http://www.bio-info-trainee.com/3578.html正式开始做练习题：#1)统计共多少条reads(pair-endreads这里算一条)参与了比对参考基因组cattmp.sam|grep-v'^@'|wc#左右两个序列算作一条，所以为10000#2)统计共有多少种比对的类型(即第二列数值有多少种)及其分布。cattmp.sam|grep-v'^@'|awk
weixinsuoxian·2020-02-15 21:15

《独宠》一

《独宠》01长连载*段×你*兄妹*林×你/Bam×你/金×你/王×你*你叫做段瑾*1997.5.5*段宜恩的亲生妹妹灵感自《哥哥太爱我怎么办》by苏燏start！！！！
苏燏仙女嘿·2020-02-15 10:35

samtools的安装和使用

---------------Nickier2018-12-21---------------samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。
Nickier·2020-02-14 14:49

bam文件出错行(takes from 3 to 5 positional arguments but 6 were given）

自己追踪问题出错文件bam用samtoolsview看放大，有几处列间粘连换了一个样本的bam文件重新跑htseq-count还是报同样的错用sed查找了错误行和临近行各种查看都没有看出文件行哪里有不合理的地方
ZG_N1·2020-02-13 16:44

sam和bam格式文件的shell小练习

经过一段时间的学习，不断的逛生信菜鸟团和生信技能树对RNA-SEQ有个基本的了解，于是静下心来做下作业。1.统计共多少条reads(pair-endreads这里算一条)参与了比对参考基因组第一步先按照要求下载数据less-SNtmp.sam|grep-v'^@'|wc结果显示为20000，但由于是双端测序，所以答案为10000.2.统计共有多少种比对的类型(即第二列数值有多少种)及其分布。les
鱼啸九天·2020-02-13 14:10

根据比对后的bam文件来计算外显子的RPKM

bam2rpkmbybedtools比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据genomicfeatures进行计数，但是htseq-counts或者featureCounts这样的软件一般都是做到计数
生信技能树·2020-02-12 08:56

处理SAM、BAM你需要Samtools

一般把测序reads比对到参考基因组以后，通常得到的就是sam文件，全称是sequencealignment/mapformat，BAM就是SAM的二进制文件(B即：Binar
刘小泽·2020-02-11 13:20

【万科Vlearn 小西妈双语启蒙第201708期 NO. 019 Sandy 2018.6.7打卡 】打卡

Fieldtrip.Andi'mtree,topickthePinkPeach.图片发自App图片发自AppThreesetsadressfryingonthepad,thepaingotheartand,onewhen,bam
LuLu_0df7·2020-02-11 13:09

2019-12-19 学习记录1

binning分箱Metabat2Metabat2分箱的步骤：建索引；2.比对；3.sam2bam；4.bam2sorted.bam；5.计算contig深度；6.分箱；7.结果。
o迷幻天使o·2020-02-10 09:01

根据比对后的bam文件来计算外显子的RPKM

bam2rpkmbybedtools比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据genomicfeatures进行计数，但是htseq-counts或者featureCounts这样的软件一般都是做到计数
生信技能树·2020-02-09 09:02

样本量重要，还是测序深度重要? 生物信息工程师可以分为多少种类型? |《解螺旋技术交流圈》精华第3期

1.请问对于同一份BAM文件使用samtoolsdepth和用samtoolsmpileup跑出来的位点的depth有何差异？
黄树嘉·2020-02-07 15:53

如何从BAM文件中提取fastq

虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。
徐洲更hoptop·2020-02-06 14:41

perl error：Substitution replacement not terminated at (user-supplied code)

rename"s/_.bam/.bam"*哈哈哈哈，正则表达式掉了/，各种正则表达式，有点乱Perl正则表达式初步http://blog.chinaunix.net/uid-20638738-id
风槿如画_7847·2020-02-06 10:45

sam转bam文件报错

在做BWA比对到参考基因组后，得到sam文件，在进行sam转bam时候遇到一个报错：[W::sam_read1]parseerroratline1[main_samview]truncatedfile打开
M78_a·2020-02-03 13:22

【CV中的Attention机制】语义分割中的scSE模块

scSE模块与之前介绍的BAM模块很类似，不过在这里scSE模块只在语义分割中进行应用和测试，对语义分割准确率带来的提升比较大。
pprp·2020-01-16 11:00

bam diff-bowtie2&bwa结果比较-2020-01-09

BamUtil:_diff安装BamUtil：condainstall-cbiocondabamutil或condainstall-cbioconda/label/cf201901bamut准备文件{bam2
爬山小虎·2020-01-09 22:03

coltron

/python2.7/site-packages/coltroncoltron-eENCFF906WKZ_peaks_AllEnhancers.table.txt-bENCLB080OEI.sort.bam-SACC_atac.bed-gHG19
清晨起床满满正能量_Go·2020-01-08 06:52

2018-09-24 wes流程文件解读2

上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中callvariant。
凤凰_0949·2020-01-08 01:45

WGS实战分析（四）----Shutdown in progress

接着上一篇讲，已经完成了samtools的sort操作，得到了sorted.bam文件。接下来可以用picardMarkDuplicates进行标记并且可以去除这些duplication。
liu_ll·2020-01-07 20:25

GATK4.0找SNP

GRCm38snp和indelvcf文件####ftp://ftp-mouse.sanger.ac.uk/REL-1303-SNPs_Indels-GRCm38/###hisat比对，samtoolssort生成bam
njmujjc·2020-01-07 09:57

拆分，合并染色体序列

512Mb的染色体，原因前面我略微讲了一下，见bedtools的一个报错：ReceivedillegalbinnumberxxxxxfromgetBincall，更权威的说法如下，即比对软件可以生成sam/bam
presentlife·2020-01-05 15:18

【CV中的Attention机制】CBAM的姊妹篇-BAM模块

CBAM被ECCV18接受，BAM被BMVC18接收。CBAM可以看做是通道注意力机制和空间注意力机制的串联（先通道后空间），BAM可以看做两者的并联。
pprp·2020-01-03 20:00

samtools addreplacerg 报错 The supplied RG line lacks an ID tag

你得保证-r后面ID作为primarykey不在最后一项出现，但如果在-r后批量写RGtext，比如samtoolsaddreplacerg-rID:xxxSM:xxx-oxxxx.bamxxxxxxx.bam
荷包蛋酱·2020-01-03 19:57

RNASEQ分析入门笔记7- HTSeq定量基因表达水平

HTseq统计基因reads数HTseq是用于分析基因表达量的软件，能够根据基因结构注释GTF文件对排序过的SAM/BAM文件进行基因reads数的统计。
括囊无誉·2020-01-03 15:50

几款计算测序深度和覆盖度的软件或模块

1.BAMStatsBAMStats是一款从BAM文件中计算覆盖度和其他数据，并生成这些数据的描述性统计的工具1.1安装wgethttps://jaist.dl.sourceforge.net/project
presentlife·2020-01-03 01:20

提问|如何批量统计区间测序覆盖度？

项目背景对bam文件按多种自定义的划窗来统计区间的测序覆盖度。我的需求对于同一个bam文件，根据不同分割条件产生的多个bed文件，循环批量计算测序覆盖度。
Steven潘·2019-12-28 22:19

Sam和bam文件说明

参考资料：http://starsyi.github.io/2016/05/24/SAM%E6%96%87%E4%BB%B6%E6%A0%BC%E5%BC%8F%E8%AF%B4%E6%98%8E/http://www.chenlianfu.com/?p=1399http://boyun.sh.cn/bio/wp-content/uploads/2012/07/SAM1.pdfSAM文件SAM(S
井底蛙蛙呱呱呱·2019-12-26 10:08

WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用

写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。
Dawn_WangTP·2019-12-25 08:11

SAMtools: SAM格式的处理利器

无论是重测序，还是转录组，还是表观组，几乎所有流程都会产生SAM/BAM文件作为中间步骤，然后是后续专门的分析过程。以一个简单的例子介绍.第一幅图表示read和参考基因组比对可能出现的情况。
徐洲更hoptop·2019-12-24 14:22

chipseq 分析中macs2安装的一个debug过程

condacreate-nchipseqpython=2sourceactivatechipseqcondainstallmacs2smacs2callpeak-cIgGold.bam-tRYBP.bam-q0.05
labrador1986·2019-12-23 23:04

samtools，bedtools

无论是重测序，还是转录组，还是表观组，几乎所有流程都会产生SAM/BAM文件作为中间步骤，然后是后续专门的分析过程。
nnlrl·2019-12-22 19:18

ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据

#2.ngs.plot数据处理流程如下bam文件建立索引根据功能原件的基因组坐标索引bam文件计算
_eason_·2019-12-22 17:21

GDAS007-管理与处理大量BED文件

:"tags"tags:Bioconductorcategories:GenomicsDataAnalysisSeries前言我们已经通过ExpressionSet类和BamFileList文件（含有BAM
backup备份·2019-12-22 11:09

Pisces变异检测

输入文件为BAM，输出文件为VCF或GVCF格式。可以进行tumor/normal样本分析，但需要过滤掉胚系突变Illumina的Strelka可以做这件事情。该软件包含如下几个执行程序：
浩渺予怀·2019-12-20 18:09

比对文件BAM/CAM深度检测好用工具：Mosdepth

今天就给大家推荐一款我觉得非常好用，速度很快的比对文件BAM/CAM深度检测好用工具，Mo
lakeseafly·2019-12-20 12:08

如何使用MACS进行peak calling

最简单的用法就是#常规的peakcallingmacs2callpeak-tChIP.bam-cControl.bam-fBAM-ghs-ntest-B-q0.01#较宽的peakcallingmacs2callpea
徐洲更hoptop·2019-12-20 08:57

使用GATK合并比较多个vcf文件

这个时候的合并，要从bam文件开始，同一个坐标在某个样本既可能是野生型，杂合或者纯合突变，也有可能是该位点并没有任何reads覆盖。如果不想自己写脚本去探究，那么gatk的H
生信技能树·2019-12-20 07:10

RNA-seq(5):序列比对：Hisat2

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再
Y大宽·2019-12-16 08:07

csvtk——CSV_TSV文本处理万能工具

学习生物信息的分析流程过程中，需要处理各种格式的文件类型，如gtf/gff、vcf、bam等，其实
Dawn_天鹏·2019-12-15 03:25

STEP4: 得到表达矩阵的流程

SRA—>FASTQ—>BAM—>COUNTS这几个步骤而已，中间穿插一些质控的手段，每个步骤选择好合适的软件即可。
六六_ryx·2019-12-13 08:16

【生信技能树】VCF格式文件的shell小练习

基础和RNA-seq实战演练:预告：12月28-30长沙站广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班题目来源：【生信技能树】VCF格式文件的shell小练习首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam
猫叽先森·2019-12-09 10:15

常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)

前言在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。了解这些是进行后续生物信息学分析的必备知识，有些人虽说是在做生物信息学分析，但是到现在可能还不知道什么是GFF3格式等。fastafasta格式是最基本的表示序列信息（核苷酸或者蛋白质）的格式。http://genetics.b
天涯清水·2019-12-08 06:15

WGS分析笔记（3）—— bam文件的处理

  上一篇记录了mapping这一步的软件选择，也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤，这篇我主要想记录一下bam文件在进行callvariation之前的处理。  
十三而舍·2019-12-06 18:35

计算 bam 的覆盖度

对bed文件中的每个区间计算平均覆盖深度：bedtoolscoverage-aBED-b[BAM]-mean>MeanCoverageBED.bedgraph如果想要计算总体的覆盖深度，可以使用下面的管道
王诗翔·2019-11-30 02:52

使用 samtools 批量构建 bam 索引

今天要用下IGV，查看bam需要有索引，所以记录下方法吧。
王诗翔·2019-11-29 03:54
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