cytoscape

cytoscape windows&Linux下载方法

Windows下载Linux下载尝试过的办法：1.从官网link下载Linux版本结果：网络错误推测理由：可能是外网软件，无法下载2.在linux中使用wgetwgethttps://github.com/cytoscape
马昕怡·2020-06-29 13:21

cytoscape---插件clueGO的使用

这里我简单介绍一下clueGO的使用首先需要下载clueGO的插件app—AppManager—clueGO安装需要进行注册，才可以使用，这也是为什么我不太喜欢用这个插件的原因之一下面就是使用clueGO，先apps----clueGO，打开这个插件选择合适的物种，这里我用的是人的，粘贴Genesymbol分别勾选CC、MF。BP是默认选中的在富集过程中，会通过超几何的方法计算p值，这里可以选择p
木之如水·2020-06-29 11:31

vue内使用 cytoscape.js学习（一)

看了一些文档和demo决定用cytoscape.js来实现，因为之前也没接触个这个库，也是第一次用，所以记录一下，也给需要用到的朋友提供一些帮助。
Yàο耀耀·2020-06-29 09:39

数据可视化之cytoscape.js

因为数据要展示双向关系，最终选用了cytoscape.js。效果如图，echarts只能显示单项数据关系。据我理解，这个插件分两种，一种是基于jquery的，另一种是原声的。
godnan_kk·2020-06-28 20:03

vue中cytoscape.js的使用

“jquery”:“^3.4.1”,“cytoscape”:“^3.8.2”,“cytoscape-context-menus”:“^3.0.0”,“cytoscape-cose-bilkent”:“^
一个女程序媛·2020-06-28 20:08

vue-cli2使用cdn方式引入cytoscape

1.index.html头部引用2.修改webpack.base.cong.jsmodule.exports={...externals:{cytoscape:"cytoscape"}...}3.在相关组件的
weixin_34194379·2020-06-28 13:01

Cytoscape——实例

本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图Cytoscape所支持的数据格式：1.*.sif格式：nodeAnodeBnodeCnodeD…即文件分为三列，第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等
weixin_30680385·2020-06-27 23:44

关系分析可视化插件-Cytoscape

官网地址http://js.cytoscape.org/案例DemosCytoscape概念（1）Nodes（节点，类似地铁图里的一个地铁站）（2）Edges（关系，类似两个相邻地铁站之间路线）（3）Styles
风流三月1·2020-06-27 05:38

RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图

Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件基于RDKit和Cytoscape绘制分子的相似图。
qq2648008726·2020-06-27 03:23

cytoscape study

入门Cytoscape.jscytoscape/cytoscape.js:Graphtheory/networklibraryforanalysisandvisualisation(supportsCommonJS
夺宝奇兵·2020-06-26 12:26

复杂网络分析软件小结

好久没更新博客了，水一篇：名称项目链接属性Cytoscapehttp://www.cytoscape.org/开源软件Gephihttps://gephi.org/开源软件Pajekhttp://vlado.fmf.uni-lj.si
蛐蛐蛐·2020-06-26 04:46

cytoscape.js制作数据展示网络图

开始直接上效果图不墨迹直接上代码htmlAnimatedBFSjs://造数据varlist1=[{data:{id:'a',name:'TomCruiseTomCruiseTomCruise',label:'Person'}},]varlist2=[{data:{id:'aa',weight:1,source:'a',target:'a1',relationship:'连长'}},]for(va
每逢佳节掉三根.·2020-06-25 22:49

Cytoscape作图，边和节点的颜色设置

Step1:导入数据。数据至少有三行其中第列行和第二列为基因名称（SNP名称），第三列为权重。在同一行中表示第一列和第二列相互作用，而且权值为第三列的数据，如下图，第一列选source第二列选target，第三列选edgeattribute。step2：导入进来后自动画出图如下step3：将上图进行美化style选项卡里选择自己虚幻的样式step4：改变节点大小作为权重，节点的连通度越高，节点越大
qq_37200550·2020-06-25 12:07

Cytoscape.js 网络图

这是基于vue框架的网络图案例，只实现了一部分功能，要想深入了解参考：Cytoscape.js1、安装cytoscape.jsnpm:npminstallcytoscapenpm:npminstallcytoscape-panzoom2
Li-gm·2020-06-24 14:27

在cytoscape.js画板上放置颜色说明 （在div上放置一个div）

1.需求最近项目在做一个关系图谱的展示，于是使用了cytoscape.js来画关系图谱，后面想到对不同节点设置不同的颜色好进行区分，于是需要放置一个颜色说明模块来对每个颜色进行说明，如下图。
fufu_good·2020-06-23 09:00

Cytoscape中文教程（3）

下面讲描述三种和这些基因相关的输入网络数据到cytoscape的方法：A：querying相互作用数据库B：通过文本挖掘计数建立关系网络C：加载自己的网络数据（从texttile）究竟选取哪一种方式基于那种是最适合你的案例的
Y大宽·2020-06-23 08:41

Cytoscape插件5：DisGeNET(2)应用实例

1.在CTD里，哪些基因被注释到哮喘病相关广泛的定义为“对于一个给定的基因集来说，哪些基因和某疾病相关？”哮喘病是一个严重的慢性疾病，有时会威胁生命，这种病肺部发生病变。哮喘的病因很复杂包括遗传和环境因素。对化学物的过敏对哮喘关系很大，但机制不明。因此，对毒理学家来说，因为化学物质引起的哮喘的关键生理过程对毒理学家很重要。为了回答这个问题，我们限制搜索条件为comparativetoxicogen
Y大宽·2020-06-23 01:25

Cytoscape插件1：Centiscape

Cytoscape的插件或多或少都有一些弊端，Centiscape是目前（文章时间2009）唯一一个可以一次计算多个中心值的插件（相对于networkanalysis等）.它可以根据拓扑和生物学属性寻找最显著差异的基因
Y大宽·2020-06-22 11:27

vue中使用cytoscape.js支持边的颜色自定义

如下：根据类型定义边的颜色1.定义边的样式edge定义多组selector样式根据指定的type值匹配self.cy=cytoscape({container:document.getElementById
一个女程序媛·2020-06-21 12:58

Cytoscape中文教程（2）

7支持的网络文件格式Cytoscape可以读取一下格式的文件，这些文件实际是提供了cytoscape和其他一些工具的接口。
Y大宽·2020-06-21 11:38

sif格式

但这种格式的缺点也是显而易见的，其中不包含布局信息，这使得cytoscape不得不在每次加载网络时都重新计算网络的布局。sif文件中的每行都由起点、相互作用类型（或边的类型）和一个或若干个重点构成。
quan575·2020-04-13 07:20

cytoscape及APP(插件)使用手册

cytoscape就给我们提供了一种这种分子地图的可能性，即蛋白互作网络，当然这种网络可以由多种定义形
Y大宽·2020-04-08 08:49

Cytoscape插件6：CluoGO+Cluepedia

A:ClueGO:破译富集GO和通路大多数的富集工具都是以列表和复杂等级树显示。Cluoego可视化归纳相似的过程或通路。主要是GO和KEGG,并且作者可以设置自己的阈值动态改变网络。Cluego有两个主要的特征：1.根据基因列表，可以用于terms的可视化，2，两个clusters的功能解释的比较。具体的步骤方法1数据输入基因标识数据集可以以简单的text文本文档上传，也可以来于cytoscap
Y大宽·2020-03-24 22:55

数据分析网站汇总

数据分析网站汇总微信大数据分析工具新媒体指数：http://www.gsdata.cn数据可视化工具：百度ECharts：http://echarts.baidu.com/Cytoscape：http:
NIEYAXIONG·2020-03-21 07:39

知识图谱可视化工具选型

目录背景选型原则筛选D3.js优点缺点cytoscape.js优点缺点AntvG6优点缺点networkx优点缺点最终选择后续参考资料背景本人作为大一狗，有幸参加了老师的工业大数据知识图谱可视化研究的项目
bruuuuuuuuno·2020-03-16 23:24

cytoscape介绍

官网:http://www.cytoscape.org/googlebaidu各版本下载地址：http://www.cytoscape.org/download_old_versions.htmlAPPS
quan575·2020-03-14 01:04

cytoscape 3.6.1 简单操作笔记

构建网络导入数据构建网络1、File->Import->Network-->File;或者直接点击快捷选项.2、选择你要建立连接的两列，Source列为自身id，target列为当前id所在的簇3、设置好之后点击OK导入Lable文件（也就是后面提到的Column选择的对象）1、导入节点属性File->Import->Table选择需要导入的属性文件（如选择每个节点对应的簇）点击import，或者
爱睡觉的秋刀鱼·2020-03-12 02:12

network3D 交互式网络生成

Cytoscape教程1Cytoscape之操作界面介绍新出炉的Cytoscape视频教程Cyto
生信宝典·2020-03-01 01:35

Cytoscape基础教程笔记测序-转

文章目录第一课新手上路第三课获取外部数据第四课表达分析第五课使用AgilentLiteratureSearch插件第六课GO分析第七课模块和复合物第八课整合网络服务提供的注释和相互作用网络昨天开始学用Cytoscape
浪客剑心_2224·2020-02-13 03:38

GEO数据挖掘小尝试：（二）蛋白质互作网络分析

在上一篇文章《GEO数据挖掘：（一）寻找共同差异基因》中我们通过两个实验的数据寻找到了一些差异基因，本篇文章将对这些差异基因的互作关系进行简单的分析，用到的工具主要有String和Cytoscape.1
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-09 03:05

ClueGO：用Cytoscape做富集分析的插件

富集分析是了解一个基因集功能倾向性的一个方式，在组学研究领域应用广泛。常见的有基于差异基因的Over-representation分析，也就是常说的GO、KEGG富集分析和Functionalclassscoring分析，如GSEA。这两种富集分析算法不同，但可以都支持同样的注释集，如GO、KEGG或其他类型的注释。基本原则只有一个：基因集的基因名字与注释集的基因名字能匹配。剩下的就是了解下原理去
生信义博·2020-01-02 07:37

ceRNA network构建笔记

三步：靶向TSP1(THBS1)的miRNA预测靶向miRNA的lncRNA的预测cytoscape网络构建靶向TSP1的miRNAmiRTarBase7.0预测starBase预测#=========
Stone_Stan4d·2019-12-30 03:50

TCGA-识别哪些是lncRNA，各种类型的RNA差异分析

本文内容本文为笔者个人的学习笔记，包括以下内容TCGAcount数据下载count数据预处理，标准化差异mRNA,miRNA,lncRNA绘制热图,火山图ceRNA网络分析，输出文件到cytoscape
白介素2·2019-12-26 11:24

Cytoscape插件3：Enrichment Map(1)

富集分析早期的基因列表解释依赖于选择一系列高得分的基因，然后建立相当主观奇怪的关系。富集分析是一个自动的，基于严格的统计学的方法来分析和解释很大的基因列表，使用的是先验知识。富集分析来评估输入的基因列表在一个已知功能基因集的上调或下调情况。如果一个基因列表中的基因在这个已知功能集中出现的基因数目显著很多，这很可能预示这，这个生物学过程在作者研究的状况下扮演着重要角色。这个分析可以被其他已知的功能基
Y大宽·2019-12-20 08:03

掌握这个Python小技巧，轻松构建cytoscape导入文件

今天小编和大家分享如何借助Python脚本轻松构建cytoscape导入文件。Cytoscape是一个非常适合展示各种相互作用关系的可视化软件。
妄心xyx·2019-12-20 08:02

Cytoscape插件4：iRegulon

对所有生物过程来说，基因表达的精确调控对基因表达是非常重要的。序列特异性的转录因子结合在DNA识别区域（cis调控元件），并且因此控制目标基因的转录起始速率，通过与其他比如co-factors的相互作用，染色体修饰和转录工厂等。人基因组编码大概1800个序列特异性转录因子，其中每一个都调控几百个目标基因。因为，TF在基因表达中扮演重要角色，他们经常被认为是细胞过程的真正调控者。因此，这些TF的靶基
Y大宽·2019-12-17 08:56

【12.20-22 上海】R 语言与表达数据挖掘培训 | 报名仅剩下 3 天

语言与表达数据挖掘培训班2019/12/20-22上海三天教学内容：1.获得比较扎实的R语言基础；2.能够用R语言进行数据分析；3.能够使用ggplot2绘制常见图形；4.掌握PCA、共表达、聚类、Heatmap、富集、Cytoscape
丁香园·2019-12-16 00:00

【12.13-15 北京 12.20-22 上海】R 语言与表达数据挖掘培训 | 报名即将截止

北京2019/12/20-22上海三天教学内容：1.获得比较扎实的R语言基础；2.能够用R语言进行数据分析；3.能够使用ggplot2绘制常见图形；4.掌握PCA、共表达、聚类、Heatmap、富集、Cytoscape
丁香园·2019-12-09 00:00

【12.13-15 北京 12.20-22 上海】R 语言与表达数据挖掘培训 | 报名即将截止

北京2019/12/20-22上海三天教学内容：1.获得比较扎实的R语言基础；2.能够用R语言进行数据分析；3.能够使用ggplot2绘制常见图形；4.掌握PCA、共表达、聚类、Heatmap、富集、Cytoscape
丁香园·2019-12-04 00:00

STRING-Cytoscape

以下用大量截图展示1.不明觉厉TheSTRINGdatabasein2017:quality-controlledprotein–proteinassociationnetworks,madebroadlyaccessible蛋白的关系包括直接的（物理上的binding）和间接的相互作用；STRING的证据来源主要有7个ExperimentsDatabaseTextminingCoexpressi
Juan_NF·2019-11-29 22:10

【11.16-18 武汉】R 语言与数据表达培训班火爆招生中！

北京2019/12/20-22上海三天教学内容：1.获得比较扎实的R语言基础；2.能够用R语言进行数据分析；3.能够使用ggplot2绘制常见图形；4.掌握PCA、共表达、聚类、Heatmap、富集、Cytoscape
丁香园·2019-11-04 00:00

基于cytoscape.js 、 d3.js实现的关系图谱初级版本 (收藏)

这个老哥感觉是全博客中写的比较全的了效果图：          111111    exportdefault{    mounted(){      /**网页当前状态判断(解决没布局完就切换页面造成点聚集在一起)*/      varhidden,state,visibilityChange;      if(typeofdocument.hidden!=="undefined"){     
每逢佳节掉三根.·2019-10-31 10:56

年底了还没有文章？是时候学点数据挖掘了 | 武汉最后 18 名额

北京2019/12/20-22上海三天教学内容：1.获得比较扎实的R语言基础；2.能够用R语言进行数据分析；3.能够使用ggplot2绘制常见图形；4.掌握PCA、共表达、聚类、Heatmap、富集、Cytoscape
丁香园·2019-10-28 00:00

【11.16-18 武汉】R 语言与数据表达培训班火爆招生中！

北京2019/12/20-22上海三天教学内容：1.获得比较扎实的R语言基础；2.能够用R语言进行数据分析；3.能够使用ggplot2绘制常见图形；4.掌握PCA、共表达、聚类、Heatmap、富集、Cytoscape
丁香园·2019-10-24 00:00

【重要通知】R 语言零基础培训班场次调整，12 月再来北京！

北京2019/12/20-22上海三天教学内容：1.获得比较扎实的R语言基础；2.能够用R语言进行数据分析；3.能够使用ggplot2绘制常见图形；4.掌握PCA、共表达、聚类、Heatmap、富集、Cytoscape
丁香园·2019-10-10 00:00

cytoscape绘制互作网络图（一）

目前很多人可能都在考虑如何绘制一个好看的互作网络图，绘制这样的图是一件很难事情，下面我会分几次来分别讲述，如何绘制：一、基本互作图的绘制首先，需要一个绘制互作网络的软件，cytoscape，该软件是用Java
木之如水·2019-09-29 11:19

面对妖艳的配置文件，python小技巧来帮你！

今天小编和大家分享如何借助Python脚本轻松构建cytoscape导入文件。Cytoscape是一个非常适合展示各种相互作用关系的可视化软件。
Python热爱者·2019-05-18 21:22

一篇零代码的富集分析流程文献

Pathwayenrichmentanalysisandvisualizationofomicsdatausingg:Profiler,GSEA,CytoscapeandEnrichmentMap使用g：Profiler，GSEA，Cytoscape
小洁忘了怎么分身·2019-01-29 23:38

「nature protocols」组学数据的通路富集分析和可视化: g:Profiler, GSEA, Cytoscape 和 EnrichmentMap

natureprotocols上发了一篇文章，题目为"Pathwayenrichmentanalysisandvisualizationofomicsdatausingg:Profiler,GSEA,CytoscapeandEnrichmentMap",手把手将哪些只会实验的人如何通过点击鼠标的方式学会通路分析，挖掘他们高通量测序结果，包括转录组,基因组和蛋白组学。文章用到的软件为：g:Profi
徐洲更hoptop·2019-01-25 10:34

最全的数据分析平台整理

转自：https://blog.csdn.net/j2iayu7y/article/details/79825305数据可视化工具：百度ECharts：http://echarts.baidu.com/Cytoscape
cling60·2018-04-09 09:23
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