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rna
纯生信分析套路 甲基转移酶相关因子的预后分析
本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱
RNA
测序数据集,通过一
音十千寻
·
2024-01-18 13:04
文献阅读:单细胞
RNA
测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化
文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund(KarolinskaInstitutet)「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10
Tiger Z
·
2024-01-18 12:30
程序人生
一文带你读懂单细胞测序
单细胞转录技术(scRNA-seq)非常适合研究样本中各个细胞基因表达的异质性,其经典流程:分离单细胞(核),将
RNA
转换为cDN
生信大碗
·
2024-01-18 00:53
2022-07-01
NatureCellBiology|活细胞动态
RNA
成像技术原创苏安图灵基因2022-07-0109:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:苏安IF:28.824推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文的作者带我们回顾了
图灵基因
·
2024-01-18 00:28
互联网方法论 之十三——依靠广度感知细微变化
于是再往内在走,通过穿刺获得样本,分析那些核心部位的DNA和
RNA
分子,蛋白质分子。越往内在走,要求的
891e64c433d2
·
2024-01-16 20:18
易基因:
RNA
m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用|综述
m7G修饰是
RNA
转录后修饰之一,存在于许多不同类型的
RNA
中。通过对
RNA
中m7G修饰的准确鉴定,揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。
易基因科技
·
2024-01-16 13:51
高分文献
技术推介
精准医学
生物学
生物信息学
经验分享
易基因: WGBS+
RNA
-seq揭示黄瓜作物的“源-库”关系受DNA甲基化调控|项目文章
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。作物产量取决于库(sink,获得同化物)的潜力和源(source,供给同化物)的能力,“源—库”关系的优化对作物产量调控具有重要意义。黄瓜(CucumissativusL.)是世界范围内广泛种植的蔬菜,是我国具有巨大经济价值的七大蔬菜之一,叶片和速生果实属于黄瓜的“源”和“库”器官。黄瓜是典型的棉子糖家族系列寡糖(Raffinosefa
易基因科技
·
2024-01-16 13:46
高分文章
项目文章
合作文章
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%
外泌体,40-130nm的膜衍生囊泡,已被鉴定为细胞间遗传物质交换和通信的新载体,包含各种核酸物种,包括mrna、小的非编码
rna
(sncRNAs),特别是miRNAs。
_十三
·
2024-01-15 19:08
基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR
换句话说,它主要聚焦于对DNA、
RNA
和蛋白质及它们之间的相互作用。分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。
逐鸿
·
2024-01-15 17:57
如何鉴定数据的建库方式(链特异性或非链特异性)
所以在数据处理前明确其建库方式尤为重要什么是链特异性建库在
RNA
-Seq建库的时候,第一步都是进行
RNA
到cDNA的反转录,在反转录以后,普通的
RNA
-Seq就直接使用randomprimer进行第2条链合成
生信助手
·
2024-01-15 07:29
哺乳动物器官中基因表达水平的进化
在这里,为了了解哺乳动物转录组进化的动态,我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化
RNA
的测序。我们发现,由于选择压力的
亦是旅人呐
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2024-01-15 04:33
circNet:人类环状
RNA
数据库
circNet是一个环状
RNA
的数据库,不仅收录了cirRNA的基本信息,还提供了环状
RNA
在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络,网址如下http://syslab5
生信修炼手册
·
2024-01-14 19:38
RNA
转染(entranster-R)与mir-155调节胶质瘤细胞增殖和侵袭研究
现分享一篇
RNA
转染(Entranster)与mir-155通过靶向FXO3
实验小助手
·
2024-01-14 16:30
RNA
binding protein PCBP1 is an intracellular immune checkpoint for shaping T cell responses i...
在这里,我们发现
RNA
结合蛋白,聚(C)结合蛋白1(PCBP1)是一个细胞内免疫检查点,通过限制Teff细胞固有的Treg承诺程序的表达,在激活的T细胞中上调,以防止效应T(Teff)细胞转变为调节性T
一个没有感情的文献阅读机
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2024-01-14 11:11
RNA
-seq分析流程二:DEseq2做不同组间差异表达分析
使用DEseq2循环做多组间差异表达分析当有多组
RNA
-seq数据时,有时需要对多个组合进行差异表达分析,例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时,我需要得到每个组合间的差异表达情况,
纵纵纵小鸮
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2024-01-14 06:51
干扰
RNA
-基因沉默
干扰
RNA
进行基因沉默的原理和方法:越来越多的实验室利用siRNA敲低技术来评估细胞内蛋白质的功能。这项技术常被用于确定从细胞中去除蛋白质之后所产生的影响:是否导致细胞死亡?是否为致死敲除?
期待未来
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2024-01-12 20:19
叶酸怎样吃才科学合理
叶酸能维持细胞遗传基因,调节细胞分裂,合成DHA、
RNA
等胎儿发育必不可缺的物质。早期胚胎发育过程中,存在着快速的细胞分裂和生长过程,对叶酸的需求增加。叶酸怎么“工作”?叶酸在
欧贝尔曼
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2024-01-12 13:36
觉得
RNA
研究太普通了?来探索一下增强子吧!
Comprehensivelandscapeofepigenetic-dysregulatedlncRNAsrevealsaprofoundroleofenhancersincarcinogenesisinBCsubtypes表观遗传失调lncRNAs的综合景观揭示了增强子在BC亚型致癌中的深刻作用发表期刊:molthernucleicacids发表日期:2021Jan1影响因子:7.032DOI
生信学霸
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2024-01-12 03:13
单细胞测序文献阅读及补充
Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract:单个细胞是生物的基本构件,并且每个细胞都是唯一的,单细胞
RNA
瞌睡斋主人
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2024-01-11 06:33
2021-08-04 mRNA display
在体外利用T7
RNA
聚合酶将DNA转录成
RNA
,把
RNA
的3′端和带有嘌昤霉素的
RNA
NAome
·
2024-01-11 05:18
生命的演化5——真核生物的繁荣
非细胞构成的生命即病毒,它只有一条DNA(或
RNA
)长链,外面包裹着一层蛋白质。因此,病毒既不能自己进行新陈代谢,也无法自我繁殖,它必须借助宿主的细胞来完成这些功能。
数元
·
2024-01-11 01:34
昨天-今天-明天
图片发自App昨天是个好日子,转运
RNA
行使职权的好日子。这一天我一般都会从容不迫的淡定从容的打开“国库”,浏览一下一个月的收获,喜怒不显于色的进行着调拨工作。
栗栋炜
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2024-01-10 13:20
10X单细胞(10X空间转录组)数据分析之图神经网络框架
单细胞
RNA
测
单细胞空间交响乐
·
2024-01-09 22:25
RNA
-seq,Ribo-seq数据分析(上)
TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献,从GEO数据库下载原始测序文件,
RNA
-seq
1yon
·
2024-01-09 18:21
累计IF>5000 | m6A
RNA
甲基化文章2021上半年发表汇总
RNA
甲基化作为近年的研究热点,为科研人员解读生物学问题提供了新的观察角度,其相关研究受到国自然科学基金的青睐,同时,文章成果频发。此前,我们分享了“研究思路”和“生信分析流程”等内容。
ee00dc6faab7
·
2024-01-08 21:37
RNA
_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组
比对参考基因组的2种软件:hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引:官网下载:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引:(不推荐)2、关于hisat2:Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。使用--help查看选项和参数hisat2主要参数:-x##索
javen_spring
·
2024-01-08 15:16
氨基酸密码子表及偏好性(2022-05-03)
密码子(codon)是指信使
RNA
(mRNA)分子中每相邻的三个核苷酸编成一组,在蛋白质合成时,代表某一种氨基酸的规律。信使
RNA
在细胞中能决定蛋白质分子中的氨基酸种类和排列次序。
会飞的老猫
·
2024-01-07 18:42
外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量
目前市面上有很多公司外泌体
RNA
测序推荐的数据量很少,为了合理评价一个合适的有说服力的有效数据量,我们对公开发表的相关外泌体文章和数据进行检索和信息收集,此次文章如下:文章信息文献标题:Characterizationofprotein
_十三
·
2024-01-07 05:24
真核原核生物常用的启动子分类
常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途
RNA
转录本描述表达备注1CMV常规表达用m
巩翔宇Ibrahimovic
·
2024-01-07 00:18
粪便
RNA
该如何提取?
操作步骤:1.请自行准备:无水乙醇、异丙醇、PBS、1.5mLRNase-free灭菌离心管。2.取出洗涤液,按以下操作:a)洗涤液A:21mL加入9mL无水乙醇;42mL加入18mL无水乙醇,混匀。b)洗涤液B:18mL加入42mL无水乙醇;36mL加入84mL无水乙醇,混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀,可在37℃溶解,摇匀后使用。3.取200mg的粪便于1.5mLRNase-free灭菌离心
清风拂面vv
·
2024-01-06 19:52
cellranger处理单细胞数据的一些错误记录
不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat:YS2310077_T_C_5/SC_
RNA
_COUNTER_CS
微光**
·
2024-01-06 14:11
数据库
前端
服务器
空间转录组分析流程(使用Seurat对空间数据集进行分析)
使用Seurat对空间数据集进行分析,可视化和集成1、介绍本教程演示了如何使用Seurat(>=3.2)分析空间分布的
RNA
-seq数据。
微光**
·
2024-01-06 14:41
r语言
Bulk-
RNA
-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)
2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)
璐璐璐璐璐952
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2024-01-06 14:40
RNA-seq
linux
ubuntu
RNA
-seq + 下游分析:一条龙代码
这段时间太多事,生信学习耽误了很长一段时间,这几天终于撸完了生信技能树B站的
RNA
-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜学生信写代码所致,无任何不良嗜好,请大家放心交友。
颗粒神经园
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2024-01-06 14:08
Bioinformatics
r语言
大数据
python
ggplot2
bulk-
RNA
seq测序数据分析流程
假如有bulk-
RNA
测序的数据:TH1,TH2,TH3三个重复(实验组),TW1,TW2,TW3三个重复(对照组)准备工作需要安装的软件(如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**
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2024-01-06 14:38
数据分析
数据挖掘
从零开始的“
RNA
-seq“分析(STAR进行mapping)
前言在用trim_galore进行trimming后,要进行
RNA
-seq分析的核心部分:mapping实验室一直购买着CLCGenomicsWorkbench的版权,用户友好,使用简便,但一年大概要花费
YY生物日记
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2024-01-06 14:38
RNA-seq
STAR
ubuntu
体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa
众所周知,CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组:规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合,可以在引导
RNA
(gRNA)的指引下,靶向基因组中的特定区域并切割DNA,产生DNA双链断裂
Seurat_Satija
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2024-01-06 13:35
NGS基础概念
来源自:华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子(DNA、
RNA
、蛋白质、代谢物或其他分子)的所有组成内容,称之为“组学”(-omics),”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位
问菊22
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2024-01-05 22:30
病毒的威胁
答:病毒分为DNA病毒(以下简称D病毒)和
RNA
病毒(以下简称R病毒)。
听月_
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2024-01-05 04:33
NCBI的primer picker设计qRT-PCR染色法引物
mRNAandprotein此处有NRxxxxx数字,为NCBI给出的标准mRNA序列,选择一个点进去tips,选择的时候可以去页面上方,看看实际图,对应的mRNA的在基因上的对应位置再向下有NRxxxxx数字,这是非编码
RNA
盘山路
·
2024-01-03 22:34
分子生物学知识整理
表观遗传变异定义:是指碱基序列不变,通过DNA甲基化、组蛋白乙酰化、
RNA
编辑、基因沉默在、休眠转座子激活等方式影响了基因的活性,导致基因控制的性状发生改变,这种变化是可逆的,可能遗传。
雪切丝
·
2024-01-03 19:20
国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究
近日,来自美国芝加哥大学、中国科学院、同济大学等多家机构的研究人员合作在《Science》发表了其最新研究成果,揭示了
RNA
的m6A甲基化修饰调控染色质状态和转录活性的重要机制。m6A是什么?
尐尐呅
·
2024-01-03 15:25
易基因|组学研究:人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和
RNA
m5C动态重编程
易基因|组学研究:人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNAm5C动态重编程大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。2022年5月26日,中国科学院研究团队合作以“DynamicDNA5-hydroxylmethylcytosineandRNA5-methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学
易基因科技
·
2024-01-03 15:32
高分文献
人工智能
生物学
经验分享
生物信息学
机器学习
享知行·思维:自我催化,让你的生活像游戏一样上瘾
在生物学中,核酶具有酶的催化活性可在预选位点剪切
RNA
的反义
RNA
又称酶
RNA
。
RNA
具有催化能力的发现,改变了酶都是蛋白质的传统概念。按底物,核酶
java程序员思维
·
2024-01-03 13:07
48个实用的生信在线工具
.Exon-IntronGraphicMaker工具链接:ttp://www.wormweb.org/exonintronimageRNA二级结构2.Mfold工具链接:http://unafold.
rna
.albany.edu
东风008
·
2024-01-03 05:49
RNA
-seq最强综述名词解释&思维导图|关于
RNA
-seq,你想知道的都在这(续)
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于
RNA
-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞
生信宝典
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2024-01-02 16:05
单细胞
RNA
速率(
RNA
velocity)
RNA
丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞
RNA
测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示
RNA
丰度。然而,这种方法仅捕获某个时间点的静态快照,这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。
生信小鹏
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2024-01-02 14:33
算法
人工智能
序列比对简介1
序列比对是生物信息学中非常重要的一部分,它可以帮助我们识别DNA、
RNA
和蛋白质序列中的相似性和差异性,从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起,并逐个字符进行比较。
Bioinfotec
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2024-01-01 10:37
算法
哪款试剂盒适合提取FFPE样本核酸?
提取试剂盒的选择一共14个试剂盒,包含了16种提取DNA和
RNA
的方法,其中RecAll和AllPrep既可以提取
RNA
又可以提取DNA。
evolisgreat
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2024-01-01 08:39
16
RNA
-seq原理及应用
image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png
whykm
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2024-01-01 07:38
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