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NIH
生信分析常用基因组数据库汇总
【原创】生信分析常用基因组数据库汇总一、综合性基因组数据库1、NCBIAssembly目前最常用的综合性基因组数据库,没有之一(毕竟NCBI~)网址:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov
枫狂灬呆子
·
2021-06-20 11:59
dengue virus
https://www.nature.com/scitable/topicpage/dengue-viruses-22400925https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/pmc/articles
zhoujj2013
·
2021-06-20 03:01
基于inferCNV+机器学习预测ScRNA肿瘤细胞的尝试
数据1.数据来源GEO下载肠癌的单细胞数据,GSE132465(https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/geo/query/acc.cgi?
QXPLUS
·
2021-06-17 17:14
2019-04-26会议收获
RutgersIjobs是
NIH
赞助的组织,学校申请了五年的资助计划用来针对博士或博士后举办活动或者培训,目的是更好地找到工作或建立职业生涯。
kuangxuyuan
·
2021-06-15 07:59
RNA_seq笔记
Non_codingRNAchip_seq蛋白参考基因组:文章里的出处RNA_seq流程https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67下载数据https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov
zs_fighter
·
2021-06-15 00:17
ggplot2:如何优雅地绘制箱线图
数据来源:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/geo/query/acc
MC学公卫
·
2021-06-14 09:26
黑曲霉转录组实战
hisat2,samtools,htseq2下载基因组序列和基因组注释文件黑曲霉N402基因组:EnsemblFungi或者NCBI:Aspergillusniger(ID429)-Genome-NCBI(
nih
.gov
佳名
·
2021-06-13 23:53
利用GEO数据库进行芯片数据检索
GEO数据库网址:http://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/geo相信大家看到这个网址http://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/都不会陌生,我们经常使用pubmed进行英文文献的检索
翾格格
·
2021-06-11 02:44
解惑基因的命名
NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)`是指美国国立生物技术信息中心第一步进入NCBI进行搜索:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov
NoviceWitch
·
2021-06-11 00:50
深入理解RNA-seq
RNA-seq数据介绍学习RNA-seq文章https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/pmc/articles/pmid/20436464/https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov
zhoujj2013
·
2021-06-10 21:38
结网读后感--持续更新ing~
拙劣的艺术家模范伟大的艺术家偷取从现有的各种产品中将别人的概念窃为己有是一条捷径不要重新发明轮子原因世界上没几个人可以发明出来重新发明并没有创造出新的价值马太效应强者愈强弱者越弱某一方面获得成功就会获得积累效应
NIH
柠檬不萌_630
·
2021-06-09 00:53
根据SRR号下载sra数据
本文主要介绍下载sra的常用的方式,并且经历多重磨炼才得到自认为较为可靠的方式1.wget下载:wgetftp://ftp.ncbi.nlm.
nih
.gov/sra/sra-instant/reads/
叮铛_07a6
·
2021-06-07 20:50
2020-11-13
——SRR8270566为例#####prefetchSRR8270566#下载SRA数据库的reads数据,另:wget-chttps://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.
nih
.gov
Wu_tz
·
2021-06-05 07:46
101条UX原则 - #25 把菜单划分成子项,这样用户就不用记住太长的列表
(《神奇的数字七加减二:我们处理信息的能力有限》,GeorgeA.Miller(1956)(https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/pubmed/13310704))。这项
Tomi_Wong
·
2021-06-05 04:01
BLAST的简单使用教程
,即基于局部比对算法的搜索工具BLAST包括blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda安装即可,亦可使用源码(https://ftp.ncbi.nlm.
nih
.gov
大海龟啦啦啦
·
2021-05-26 20:30
2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载
数据库背景介绍TCGA,全称:Thecancergenomealtas官网:https://cancergenome.
nih
.gov/是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所
学习生信的小兔子
·
2021-05-21 16:55
PubMed的基本检索:实例一
PubMed的网址是:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/pubmed抗生素的过度使用带来了一些列的医疗问题,但是具体产生了什么威胁我不是很清楚,那我可以通过查阅相关文献来解答自己的疑惑
宜无声
·
2021-05-19 21:21
fastq-dump安装及使用
fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能,首先安装sratoolkit1:安装Linux:curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.
nih
.gov/sra/sdk
二傻吧
·
2021-05-07 08:59
SRA数据(1)------SRA数据下载
https://trace.ncbi.nlm.
nih
.gov/Traces/sra/sra.cgi?
护旗小能手
·
2021-05-06 15:57
每日文献: 2018-01-14
The2018NucleicAcidsResearchdatabaseissueandtheonlinemolecularbiologydatabasecollection原文地址:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov
xuzhougeng
·
2021-05-03 19:55
数据库 | NCBI nt nt tax, uniprot, 物种基因组获取
一、NCBI库1下载基因组1.1方法:NCBIftpgenomedownload1.2reviewedgenome完整列表:ftp://ftp.ncbi.nlm.
nih
.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS
胡童远
·
2021-04-28 10:24
blast数据库文档说明(2018-06-03)
blast数据库说明地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.
nih
.gov/blast/documents/blastdb.html更新于2017年3月6日文档中主要描述NCBI-FTP站点下可用的
简单点lili
·
2021-04-23 06:38
“人造眼”临床试验报告
原文链接:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/pubmed/27676329文章出处:KlinMonblAugenheilkd.2016Sep27DOI:10.1055/s-0042
先进医疗信息
·
2021-04-22 11:27
sratoolkit安装和简单使用
[TOC]安装环境Ubuntu18.10sratoolkit2.9.2-ubuntu64安装过程1、从https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/sra/docs/toolkitsoft/
少年英雄小猪熊
·
2021-04-22 04:46
科普笔记16 minor allele frequency 次等位基因频率
引用自NCBI的概念(https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf)Globalminorallelefrequency
珜守約
·
2021-04-21 20:12
解读一篇病原微生物相关的文章
Laboratoryvalidationofaclinicalmetagenomicsequencingassayforpathogendetectionincerebrospinalfluid链接:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov
晓佥
·
2021-04-20 04:08
SRA数据下载
SRA数据库介绍https://www.ncbi.nlm.
nih
.go
RachaelRiggs
·
2021-04-19 20:14
使用misa查找ssr位点
1.下载基因组文件,ftp://ftp.ncbi.nlm.
nih
.gov/genomes/all/GCA/002/864/125/GCA_002864125.1_ASM286412v1/GCA_002864125.1
EZ
·
2021-04-19 11:19
生物数据库部分合集
转载自-----https://www.jianshu.com/p/963343b5e135核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation
本人正在思考中
·
2021-03-10 14:33
引物设计
以ZFAND4为例:在https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/里选择Gene,搜索ZFAND4:ZFAND4选择跟人相关的(第一个,Homosapiens)。
cHarden13
·
2021-02-07 20:06
GEO数据挖掘(1)引出
要知道的背景知识GEO=GeneExpressionOmnibus一个基因对应一个GSE编号,根据编号在NCBI-GEO中找http://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/geo/query/acc.cgi
峰峰love典典
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2021-01-28 09:16
数据库
植物科学常用数据库和生物信息学工具2020
MolPlant植物科学通用数据库http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/国家基因库下属数据库,涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov
峰峰love典典
·
2021-01-14 20:31
数据库
基因家族鉴定流程(一)数据准备
NCBI高级搜索以及序列下载参照https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/books/NBK49540/以及https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/books/NBK3837
精神秃头生信小伙儿
·
2021-01-07 20:21
ImageJ下载安装使用
ImageJ下载安装使用前言1下载安装2使用2.1图片导入2.2预处理2.3二值化3.其它前言ImageJ是一款基于java的,由NationalInstitutesofHealth(
NIH
)开发的一款功能强大的图像处理软件
Patrick_HL
·
2020-11-04 17:06
智能计算
医学影像
人工智能
图像处理
Python单细胞测序分析教程 - 2| 下载测序数据并处理为scanpy可读取的格式
第一步:GEO数据库下载单细胞数据NCBI:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/GEO:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/geo/query/acc.cgi
切瓜少年
·
2020-10-23 09:50
Seurat包基本分析实战
一、背景知识文献:https://www.aging-us.com/article/103695/textGSE:https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/geo/query/acc.cgi
小贝学生信
·
2020-10-20 12:59
最新版SRA 数据库上传操作说明
总结来说可以分为三步:1、注册与登陆2、填信息(填写BioProject、BioSample、Run)3、上传数据1.创建帐号在上传数据之前,需要先注册一个NCBI账号,登陆https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov
生信阿拉丁
·
2020-10-06 10:53
阿尔茨海默病治疗的新曙光
在这项由美国国立卫生研究院(
NIH
)资助临床研究中,sumifilam可显著改善阿尔茨海默病(AD)患者多种生物标志物水平。
神经小迷妹
·
2020-09-21 07:10
原始数据上传 NCBI最新攻略(扩曾子)
为了避免多走弯路,下面就给大家介绍一下扩曾子数据上传NCBI的步骤:1.打开网站,找到提交处,并注册登录https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/登录后,新提交第一步
醉月伐桂戏嫦娥
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2020-09-16 17:26
NCBI
SRA
数据库
sra文件转为fastq
利用软件sratoolkit,下载地址:http://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/Traces/sra/sra.cgi?
zhang_xiang_li
·
2020-09-16 17:18
数据处理
向NCBI上传16S rDNA数据的操作详解
正文登录NCBI上传网页https://submit.ncbi.nlm.
nih
.gov/登录这个网页可以看到NCBI现在做的比较人性化
月司
·
2020-09-16 17:37
生信
生物信息
NCBI
SRA
数据库
ncbi
生物
16S
rDNA细菌
高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法
#linux中进入https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloadswgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.
nih
.gov/sra/sdk
Decen Wang
·
2020-09-16 16:00
sratoolkit
下载 NCBI sra 文件
http://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/sra为了方便更好的分析这些数据,NCBI提供了下载的命令行工具:sra-toolkit。包括以下命令:官方文档:http:/
探索者v
·
2020-09-16 16:26
NGS
安装和使用SRA toolkit
进入软件安装目录cd~/local/app/下载SRAtoolkit(确保你的下载链接对应的软件版本是跟你的系统一致的)curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.
nih
.gov/
sunchengquan
·
2020-09-16 16:49
bioinformation
Windows系统下载SRA数据,使用sratoolkit工具
上次写了在linux环境下从ncbi下载sra文件,这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.
nih
.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/
铭&婵旭
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2020-09-16 15:55
SRA下载
windows
生物学
SRAtoolkit使用
SRAtoolkit使用1.下载安装:http://trace.ncbi.nlm.
nih
.gov/Traces/sra/sra.cgi?
KeepLearningBigData
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2020-09-16 14:21
云计算
下载 sra-toolkit
下载ncbi的数据从ncbi下载sra-toolkit(https://www.ncbi.nlm.
nih
.gov/sra/docs/toolkitsoft/)选择你的系统版本下载并解压下载sra序列SRR_Acc_List.txt
俩美好
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2020-09-16 14:09
转录组入门3:了解fastq测序数据
作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程一.SRAToolkit官方文档https://trace.ncbi.nlm.
nih
.gov/Traces
Duke_of_Connacht
·
2020-09-16 14:00
生物信息学
生物信息学
SRA
Toolkit
fastqc
multiqc
如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式)
如果需要把sra转成fastq,从http://trace.ncbi.nlm.
nih
.gov/Traces/sra/sra.cgi?
weixin_33901641
·
2020-09-16 14:25
sra转fastq格式
1、下载软件wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.
nih
.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gztarzxfsrato
dingsheng56656
·
2020-09-16 13:18
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