RCSB

PDBx/mmCIF 文件格式(三)

PDB-101:Learn:GuidetoUnderstandingPDBData:MissingCoordinatesandBiologicalAssemblies(rcsb.org)MissingCoordinatesandBiologicalAssemblies
WuYankang·2024-02-07 14:42

分子动力学模拟-gromacs的基本使用

由pdb文件生成拓扑文件本文档转写自gromacs教程，用以记录学习过程gromacs推荐使用conda安装:condainstall-cbiocondagromacs下载pdb文件：从RCSB其检索号为
独木小舟去大海·2023-12-02 03:36

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）

常用查询数据库:PDB数据库：https://www.rcsb.org/CATH：http://ca
穆易青·2023-11-14 01:12

linux使用wget 批量下载PDB文件

下载一个PDB文件，可以用wgethttp://www.rcsb.org/pdb/files/XXXX.pdb很多文件的下载把这个命令写到一个sh文件中，#!
xiaolan39·2023-10-28 03:55

根据txt文件从数据库中批量下载指定pdb文件

首先创建一个保存pdb文件的文件夹打开txt文件，获取要下载的pdb信息，生成下载pdb文件的网址下载pdb保存到创建的文件夹中importosimportrequestsURL=r"https://www.rcsb.org
python加油爬·2023-10-28 03:53

使用 PDB Alignment Tool 对 PDB 中多个蛋白结构进行比对

0.说明：利用PDB提供的在线工具PDBAlignmentTool(https://www.rcsb.org/alignment)对PDB中多个蛋白进行结构比对，并将比对结果输出，用于后续计算不同链上氨基酸之间的距离
@ZyuanZhang·2023-10-17 13:57

pymol安装使用；vscode蛋白质可视化插件 protein viewer；rcsb pdb，fasta蛋白wget下载

pdb文件字段说明学习：1、pymol安装使用参考：https://blog.csdn.net/eternalapple/article/details/110263296官网：https://pymol.org/安装：1、可以直接conda安装，一条命令condainstall-cschrodingerpymol-bundle安装成功后输入pymol即可调出窗口2、也可以直接下载安装包安装***
loong_XL·2023-08-16 04:23

PDB Database - RCSB PDB 数据集 (2023.8) 的多维度信息统计

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/132297736RCSBPDB数据集是一个收集了蛋白质的三维结构信息的数据库，是世界蛋白质数据库（wwPDB）的成员之一，也是生物学和医学领域第一个开放访问的数字数据资源库。RCSBPDB数据集不仅提供了来自蛋白质数据银行
SpikeKing·2023-08-16 04:52

PDB Database - 高质量 RCSB PDB 蛋白质结构筛选与过滤

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/132307119ProteinDataBank(PDB)是一个收集和存储三维结构数据的公共数据库，主要包括蛋白质和核酸分子。PDB由美国、欧洲和日本三个机构共同管理，每周更新一次。PDB的目的是为生物学、生物化学、生物物理
SpikeKing·2023-08-16 04:22

NCBI、UniProt、RCSB PDB的部分功能使用（蛋白质晶体结构、蛋白质氨基酸序列、基因序列、序列比对等）

NCBI、UniProt、RCSBPDB三个数据库是在生物医学领域非常重要的数据库。本帖主要为自己学习记录，可供大家学习参考。目录一、简介与网址1.NCBI2.UniProt1）UniProtKB2）UniRef3）UniParc3.RCSBPDB二、操作使用1.PDB中，找蛋白晶体结构2.蛋白/多肽序列比对2.1网页版2.2软件版一、简介与网址1.NCBI网址：https://www.ncbi.
笙箫一曲唱元璞·2023-04-15 05:06

PDB药物综合数据库必备8大类非付费网址80个

蛋白质结构数据库是美国Brookhaven国家实验在1971年创建，由结构生物信息学研究合作组织(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformatics,简称RCSB
Yiyaoshujuku·2023-04-15 05:36

AI制药 - RCSB PDB 数据集的多维度分析与整理 (1)

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130089781整体：RCSBPDB数据集是一个收集了蛋白质的三维结构信息的数据库，是世界蛋白质数据库（wwPDB）的成员之一，也是生物学和医学领域第一个开放访问的数字数据资源库。RCSBPDB数据集不仅
SpikeKing·2023-04-15 05:35

学习discovery studio对对接结果进行分析

或者输入rcsb网站的蛋白数据库里蛋白ID，可以直接打开该蛋白。选择图①位置【OpenURL...】，在打开的窗口里输入对应的蛋白ID，就可以加载该蛋白。
黄思博呀·2023-02-06 09:46

PDBx/mmCIF 文件格式(二)

原文传送门：PDB-101:Learn:GuidetoUnderstandingPDBData:DealingwithCoordinates(rcsb.org)Atomic-levelData一个典型的
WuYankang·2022-09-12 20:58

蛋白质内部氨基酸之间的相互作用①（python、R语言）

https://www.rcsb.org/structure/4TWU
柳叶刀与小鼠标·2021-06-21 07:13

用http协议在rcsb.org自动下载pdb文件

请参考rcsb官方提供文档接口由于python提供接口简单,所以选择了它程序流程1.从thefile.txt文件中读取蛋白序列2.然后从rcsb查询,获取查询XML数据3.解析XML文件4.下载pdb文件
liu-yonggang·2020-08-20 13:46

用C4D和ePmv/pdb服务器导出FBX文件的正确方法

步骤一，打开http://ligand-expo.rcsb.org/，输入三字母名，如，甘氨酸，gly找到后下载PDBideal.pdb文件步骤二，打开C4D，打开ePmv插件，导入刚下载好的文件，选择显示球棍模型步骤三
monodev·2020-08-15 21:11

Molecular Dynamics

来自实验数据或者某些化学软件工具1】第一步:获取并处理pdb文件从ProteinDataBank下载小肽的pdb文件1OMB.PDB(或点击这里下载).在Linux下你可使用如下命令:wgethttp://www.rcsb.org
diantong2260·2020-07-09 15:11

PDB文件说明

PDB文件说明转载自科研路上的小曹蛋白质数据库ProteinDataBank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库，网址是http://www.rcsb.org。
天明豆豆·2020-07-09 05:03

如何从 PDB 文件中提取氨基酸序列 |（自学生信Python第十二天）

如何从PDB文件中提取氨基酸序列蛋白质数据库ProteinDataBank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库，网址是http://www.rcsb.org。
天明豆豆·2020-07-09 02:24

利用VMD在Unity中展示蛋白质的球棍模型和飘带模型

首先，在PDB数据库（http://www.rcsb.org/）中下载你想要的蛋白质，主要，下载蛋白质的PDB文件，然后导入VMD中，
一棵橙子树·2020-07-09 02:37

蛋白-小分子对接

2.计算方法从RCSBProteinDataBank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB编号：4RV6，分辨率：3.19Å），以第一个构象作为受体结构。
weixin_44887662·2020-06-29 14:59

Gromacs——蛋白质-配体复合物教程翻译

1.准备从RCSB网站下载T4溶菌酶pdb文件（代号3HTB）,删除水。或下载已经准备好的pdb文件。
csdndscs·2020-06-23 00:26

PDB文件说明

蛋白质数据库ProteinDataBank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库，网址是http://www.rcsb.org。
科研路上的小曹·2018-06-01 14:33

XML包使用

cangfengzhe.github.comhtmlParse(url)解析网页，或XMLxml转换成data.frame“`rlibrary(XML)library(plyr)url_path_pre<-‘http://www.rcsb.org
tanzuozhev·2015-06-17 18:00
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