RNA甲基化第29页

单细胞RNA测序揭示小鼠肺纤维化中注射的ADSCs与肺源细胞的相互作用

用流式细胞术成功地回收气管内注射的ADSCs，并与肺源细胞一起进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）。ADSC治疗显著改变了肺细胞，尤其是巨噬细胞的转录组特征和组成。

yingyonghui·2022-11-30 09:34

常用数据库ID

最近在学GEO数据库和RNA-seq，一直都有关于id转换的步骤，一直搞不清楚，今天参考常用数据库的基因ID，归纳整理一下。

你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:33

2022-11-29 RNA-seq数据处理

之前用hisat2尝试处理RNA-seq数据，这里使用tophat21.使用前建立index使用bowtie2建立indexbowtie2-buildgenome.fabowtie2index/genomegenome.fa

Zheng_xy·2022-11-29 16:56

艾美捷双链RNA定量试剂盒试验方案

艾美捷双链RNA定量试剂盒基本参数：品名：双链RNA（dsRNA），ELISA试剂盒同义词名称：dsRNAELISA试剂盒仅供研究使用。不适用于诊断程序。

Sylvia_sc·2022-11-29 12:27

Seurat包分析单细胞转录组数据代码

Seurat对象#install.packages('Seurat')rm(list=ls())#表达矩阵来自CellRanger分析结果data_dir500& nFeature_RNA

qq_27390023·2022-11-28 20:16

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq实验

目录第五课RNAseq样品提取与处理第六课RNAseq建库测序第7课链特异性文库第五课RNAseq样品提取与处理RNA-Seq实验流程总RNA提取样品检测(主要检测样品是否合格,是否发生降解等)样品要求合格的样品

Drone_xjw·2022-11-28 04:04

StatQuest学习笔记23——RNA-seq简介

StatQuest学习笔记23——RNA-seq简介前言——主要内容这篇笔记是StatQuest系列笔记的第58节，主要内容是讲RNA-seq的原理。

wangchuang2017·2022-11-28 04:01

第五章 RNA-seq分析

第五章RNA-seq分析主要为RNA-seq相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。

wangchuang2017·2022-11-28 04:00

RNA-seq 详细教程：分析流程介绍（1）

学习目标了解从RNA提取到获取基因表达矩阵，既RNA-seq分析的整个流程。1.workflow进行差异表达基因分析的前提是，获取代表基因表达水平的矩阵。

冷冻工厂·2022-11-28 04:00

RNA-seq数据分析(HISAT2+featureCounts+StringTie)

RNA-seq数据分析简介1生物基础1.1中心法则1.2RNA-seqProtocol1.3RNA-seq总的路线图2数据分析2.1前期准备2.1.1创建目录&安装conda2.1.2常用文件格式简介2.2

生信小菜鸟啊·2022-11-28 04:29

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2022-11-28 04:28

转录组RNA-seq分析前沿进展综述

RNA测序（RNA-seq）已经成为分析基因差异表达和mRNAs差异剪接不可或缺的工具。随着下一代测序技术的发展，RNA-seq也在发展。

生物数据处理小白·2022-11-28 04:57

RNA-seq Review：RNA-seq数据分析

文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查本次阅读GenomeBiology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为：AsurveyofbestpracticesforRNA-seqdataanalysis

我是大南瓜·2022-11-28 04:57

RNA-seq中的生物学重复

生物学重复：经过相同方式处理相同样品（不是同一个体）。指样本重复，比如3只小鼠，同时做一种处理，就是三个生物学重复。消除组内误差：生物学重复可以测量变异程度。增强结果可靠性：测序的样本数越多，越能够降低背景差异。检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过计算样本间的相关性可以发现异常样本，将其排除。没有生物学重复实验发文章困难，如确实无法设置生物学重复。就得结合强有力的实验数据

bannerDr·2022-11-28 04:57

RNA-seq 详细教程：实验设计（2）

学习目标了解设置重复对于RNA-seq分析的重要性了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系了解如何设计RNA-seq实验，以避免批次效应1.注意事项了解RNA提取和RNA-seq文库制备实验过程中的步骤

冷冻工厂·2022-11-28 04:55

【大规模应用】2021年SC戈登贝尔奖paper思路

TwentyMicrosecondsofMolecularDynamicsSimulationBeforeLunch效果：64节点2W4原子基准比通用超级计算机快120倍，512节点在220W原子的核糖体系统上快460倍，使得超过5000万原子成为了可能应用：模拟生物大分子（如蛋白质、DNA、RNA

午夜研究院·2022-11-28 00:57

一招解决Conda安装卡在solving environment这一步！

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2022-11-27 19:52

单细胞数据分布 ZINB的理解

单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation)。

Maria254·2022-11-27 03:09

TACOS：一种用于准确预测细胞特异性长的非编码RNA亚细胞定位的新方法

《TACOS：一种用于准确预测细胞特异性长的非编码RNA亚细胞定位的新方法》《TACOS:anovelapproachforaccuratepredictionofcell-specificlongnoncodingRNAssubcellularlocalization

R1celee·2022-11-26 19:24

收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-11-26 13:41

R语言pheatmap包绘制热图

废话不多说，我们先导入数据和R包library(pheatmap)bc<-read.csv("E:/r/test/heatmap.csv",sep=',',header=TRUE)这是一个西红柿的RNA

天桥下的卖艺者·2022-11-26 13:49

RNA 治疗---小核酸药物有哪些？| MedChemExpress

图1.小核酸药物的发展历程传统药物VS.RNA药物然而RNA治疗有望扩大药物靶点的范围，包括传

qq_31985525·2022-11-26 08:10

Front Microbiol | 广东药科原丽红/水科院南海所姜敬哲-RNA病毒最新分类标准的讨论...

基于2020年ICTV报告再认识RNA病毒的分类标准AdiscussionofRNAvirustaxonomybasedonthe2020InternationalCommitteeonTaxonomyofVirusesreportArticle

刘永鑫Adam·2022-11-26 08:34

单细胞测序原理10X UMI Barcode

什么是单细胞测序单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的transcriptionalprofiling。

hs6605015·2022-11-25 15:06

QQ plot 的解读

这个图形的形式非常简单，有点类似RNA-seq中评价两个样本相关性的散点图（图1）。这类图形为什么那么相似呢？因为它们本质上就是做两组数据的比较，判断它们是否基本一致。

hs6605015·2022-11-25 15:29

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

单细胞转录组数据分析（二）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得-限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC得到单细胞RNA-seq

生信宝典·2022-11-25 13:33

RNA 23. SCI文章中表达基因Cox模型的风险因子关联图（ggrisk）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你130篇原创内容公众号桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们

桓峰基因·2022-11-25 11:35

IF: 8+ m6A调控因子与m6A相关的lnc/mRNA作为结直肠癌预后因子的综合性分析

系统命令，Python遇见更好的你86篇原创内容公众号这期分享21年12月发表在MolecularTherapy:NucleicAcid杂志（IF：8.86）文章，本文研究m6A调控因子与m6A相关的RNA

桓峰基因·2022-11-25 11:34

UNIX痛恨者手册

它们并不复杂：它们没有为呼吸，新陈代谢，肌体活动等功能提供什么，只有足够的DNA或RNA以供繁衍。比如，肺炎病毒比起它们入侵的细胞要小得多，但它们在每个肺炎流行季节都能够产生新的变种，造成无数人死亡。

scwinter·2022-11-25 09:12

MGF6mARice：利用分子图特征和残差块预测水稻DNAn6-甲基腺嘌呤位点

期刊：BriefingsinBioinformatics代码链接：https://github.com/zhlSunLab/MGF6mARice摘要DNAN6-甲基腺嘌呤(6mA)是由腺嘌呤的N6位置被甲基化产生的

HXH@·2022-11-25 09:33

2022.04.14【读书笔记】|WGCNA分析原理和数据挖掘技巧

文章目录背景RNA-seq分析一般逻辑局限性基因表达和调控方式与网络相关的基础概念无尺度网络模块以及模块特征值连通性非权重网络权重网络核心基因WGCNA网络原理和构建过程简介哲学理念网络构建的两个核心步骤基因的过滤去除低丰度的基因去除没有变化的基因最终期望

穆易青·2022-11-25 01:55

差异表达基因提取limma+WGCNA分析全代码

用limma包和WGCNA包进行RNA-seq数据分析#数据提取#GE512*0.8){re=0#去除在少于50%的样本中表达的基因}else{re=1}})table(tag)exprSet=1&FDRp-value

Shannon.Y·2022-11-25 01:20

FASTQ文件质控

首先我们要明白质控的目的：(1)去除含接头的reads；(2)过滤去除低质量值数据，确保数据质量；(3)去除含有N（无法确定碱基信息）的比例大于5%的reads；同时我们也可以主要排除是否核糖体RNA过多

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

Featurecounts 表达定量得到下游分析的原始数据

/Expression/featureCounts##定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

CHIP-seq 全流程

转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:15

Linux做RNA-seq上游分析基本流程

本机处理器两核心两线程（多核心多线程在比对时占优），操作系统是Linux，发行版是deepin20.1社区版参考http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177一、安装minicondaminiconda相对于anaconda更为便捷和容易上手，a

Senoh.·2022-11-24 16:39

二代测序技术之illumina测序技术原理简介

现今的生信领域几乎就是和无数的序列打交道，而这些序列的来源就是如今风靡的高通量测序技术，现今的测序不论是测RNA、DNA、miRNA还是ChIP-Seq等等，都是基于NGS(二代测序，next-generationsequencing

你大佬来啦·2022-11-24 09:37

RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较

本节概览：1.DESeq2、edgeR、limma的使用2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图3.选取差异基因绘制火山图和热图承接前期文章：RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查一

嘿嘿嘿嘿哈·2022-11-24 01:51

非因解读| Reverse Phase Protein Array（RPPA）蛋白组学技术在外泌体分析中的应用

蛋白组学技术在外泌体分析中的应用外泌体（Exosome）是一种能被大多数细胞分泌的微小膜泡，也是细胞外囊泡（EV）的一种主要类型，直径大约40-160nm，具有脂质双层膜结构，能很好的保护其包被的物质，内含大量的核酸，包括DNA、RNA

BroH·2022-11-23 07:03

rna聚类分析_单细胞聚类分析之resolution选择

年末促销倒计时：50天百迈客推出年末活动促销，发文有礼、推广有礼以及多种产品钜惠来袭，百迈客为您倾情打造科研福利，您还在等什么？快快行动起来领取您的超级奖励吧！(详情请见“决战2020！品类全，力度大，仅此一次！”)单细胞亚群鉴定过程中resolution参数至关重要。resolution参数不同，细胞聚类得到的亚群数目也会有所不同。那么，不同参数下细胞cluster之间的转换关系是怎样的呢？我们

Lucky 龙·2022-11-21 15:26

利用m7Ghub数据库查询并使用iRNA-m7G软件预测RNA m7G修饰位点

什么是RNAm7G甲基化？m7GRNA甲基化是在甲基转移酶的作用下，在鸟嘌呤（G）第七位N上加上甲基的一种化学修饰。

余丁，微生信·2022-11-21 14:43

R语言小技巧

当一个探针对应多个基因名时，取第一个rownames(RNA)<-gsub("(.*?)

多啦A梦詹·2022-11-21 11:40

单细胞转录组数据分析专题

singlecellRNAsequencing,简称scRNA_seq,指的是针对单个细胞的RNA进行分析。

生信修炼手册·2022-11-20 22:51

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（二）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。

冷冻工厂·2022-11-20 21:19

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）