rna聚类分析第9页

普通PCR、原位PCR、反向PCR和反转录PCR的基本原理和操作步骤（四）

天明豆豆·2023-11-20 06:08

python实现KMeans算法聚类分析

一，KMeans概述KMeans算法将数据集中的数据点随机生成k组,把每组的均值作为中心点。计算每个数据点与各组的中心点的相似性,根据数据点相似性的度量准则,把每个数据点重新分组,计算每组新的均值作为中心点。不断重复上述过程,直到中心点的均值收敛,停止迭代过程。二，代码fromcollectionsimportCounterimportnumpyasnpimportpandasaspdimport

whqyh·2023-11-20 04:00

python 三维数组聚类分析_python.实战-聚类建模分析

#######################################二维及数据标准化展示###############################################34.1聚类分析导入库

嘉丽丽·2023-11-20 04:29

python 对图像进行聚类分析

importcv2importnumpyasnpfromsklearn.clusterimportKMeansimporttime#中文路径读取defcv_imread(filePath,cv2_falg=cv2.COLOR_BGR2RGB):cv_img=cv2.imdecode(np.fromfile(filePath,dtype=np.uint8),cv2_falg)returncv_img

小文大数据·2023-11-20 04:27

单细胞分析最佳实践

单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（上）单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（中）单细胞RNA-s

FionaMoon·2023-11-20 03:02

出版级PCA美图，轻松拿捏（主成分分析利器，建议收藏备用）

工具位置UseGalaxy.cn>RNA-seq>PCAplotwithFactoMineR数据准备文件1：矩阵文件第1列：特征，如基因。第2-最后一列：样本的值，如表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 20:51

SPASS-距离分析

这些相似性或距离测度可以用于其他分析过程，例如因子分析、聚类分析或多维定标分析，有助于分析复杂的数据集。

世润·2023-11-19 17:50

富集分析原理和clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析详细说明

概念：基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。

Tian問·2023-11-19 15:49

国科大数据挖掘期末复习——聚类分析

聚类分析将物理或抽象对象的集合分组成为由类似的对象组成的多个类的过程被称为聚类。由聚类所生成的簇是一组数据对象的集合，这些对象与同一个簇中的对象彼此相似，与其他簇中的对象相异。

终成大师·2023-11-19 14:56

Exosomal long noncoding RNA LNMAT2 promotes lymphatic metastasis in bladder 1 cancer

我们鉴定了外泌体长非编码RNA（lncRNA）

一个没有感情的文献阅读机·2023-11-19 13:17

用Seurat做RNA Velocity

介绍：https://www.jianshu.com/p/63071b368be5安装：注意：velocyto需要python版本>=3.6.0gitclonehttps://github.com/velocyto-team/velocyto.py.gitcdvelocyto.pypipinstall-e.#notethetrailingdot其他安装方式https://velocyto.org/

生信编程日常·2023-11-19 06:01

测序原理碎碎念

加接头的示意图如上图所示大致步骤如下：用酶或者激光或者超声波将GenomicDNA或者由RNA反转组得到的双链cDNA打断成小片段；打断是随机打断，有可能末端不平整，还需要用酶补平；补平之后，需要在3’

BINBINCC·2023-11-19 04:12

数据挖掘基础知识收集

聚类分析又称群分析，它是研究（样品或指标）分类问题的一种统计分析方法。聚类分析起源于分类学，在古老的分类学中，人们主要依靠经验和专业知识来实现分类，很少利用数学工具进行定量的分类。

SHANDINGQUAN·2023-11-15 23:31

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法

Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

R语言-聚类分析

第一步：对数据集进行初步统计分析检查数据的维度>dim(iris)[1]1505显示数据集中的列名>names(iris)[1]"Sepal.Length""Sepal.Width""Petal.Length""Petal.Width""Species"显示数据集的内部结构>str(iris)'data.frame':150obs.of5variables:$Sepal.Length:num5.1

小丁丁_ddxdd·2023-11-13 09:44

SPSS距离分析

距离分析的目的是为了衡量这些对象在多维空间中的相对位置，通常用于聚类分析、分类、维度缩减等多种应用场景。

抱抱宝·2023-11-11 07:10

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析方法

排在外侧，碱基排列在内侧；两条链上的碱基通过氢键想结合，形成碱基对于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶©配对，这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的中心法则遗传信息从DNA传递给RNA

JamSlade·2023-11-11 06:11

5+m6A+预后模型+WGCNA，简单又高效，学习下这篇思路吧

结果解读：在训练集中，基于3个与m6A相关的长非编码RNA建立了一个预后标志在基于276个m6A相关lncRNA的表达水平对EC

生信风暴·2023-11-10 19:12

讲解机器学习中的 K-均值聚类算法及其优缺点

可用于数据预处理和聚类分析。缺点：初始质心的选取随机性较大，可能会影响最终聚类效果。对初始值的敏感度较高，可能会得到不同的聚类

weixin_45098537·2023-11-10 19:41

讲解机器学习中的 K-均值聚类算法及其优缺点。

K-均值聚类算法是一种无监督学习算法，常用于对数据进行聚类分析。其主要步骤如下：首先随机选择K个中心点（质心）作为初始聚类中心。

m0_黎明·2023-11-10 19:36

RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具-学习笔记

之前我用cufflink系列进行了一次RNA-seq分析，这一次是在学习了一种新的分析方法。在整个过程中，也参照了一些生信宝典公众号（这真的对于生信小白来说很nice，强烈推荐）的许多知识。

leo12354·2023-11-10 00:09

基因工程-7-基因表达谱研究技术

基因表达谱研究技术胚胎原位杂交技术胚胎抗体染色技术基因芯片技术蛋白质组学技术.7.1.1胚胎原位杂交技术原位杂交（insituhybridization,ISH），是利用碱基互补配对的原理，用带有标记的目的DNA或RNA

_玻璃晴朗_·2023-11-09 10:23

Android 多语言对照表 \ 国际化语言

Android多语言对照表语言地区文件夹名称南非荷兰语南非values-af-rNA南非荷兰语纳米比亚values-af-rZA阿肯语加纳values-ak-rGH阿姆哈拉语埃塞俄比亚values-am-rET

Mars-xq·2023-11-08 01:16

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供

爱基百客·2023-11-07 22:54

羊驼免疫流程及技巧

单域抗体普遍通过免疫羊驼获得，羊驼体内免疫系统自身的抗体成熟后，分离B淋巴细胞，提取RNA，反转录获取cDNA，以cDNA为底物PCR扩增获取多样化纳米抗体基因片段，然后将多样化纳

卡梅德生物·2023-11-07 20:28

python数据分析与基础实战_《python数据分析与挖掘实战》基础概念

数据建模.png数据挖掘的基本任务:利用分类与预测、聚类分析、关联规则、时序模式、偏差检测、智能推荐等方法，帮助企业提取数据中蕴含的商业价值，提高企业竞争力。

weixin_39800387·2023-11-07 05:10

2019-10 文献阅读报告

这篇文献详细介绍了一个典型的单细胞RNA-seq分析

xianmao123·2023-11-06 16:19

聚类分析

一、概念1、DTW(1)引入【DTW部分转载自https://blog.csdn.net/zouxy09/article/details/9140207】在大部分的学科中，时间序列是数据的一种常见表示形式。对于时间序列处理来说，一个普遍的任务就是比较两个序列的相似性。在时间序列中，我们通常需要比较两端音频的差异。而这两段音频的长度大部分是不相等的。在语音处理领域上表现为不同人的语速不同。即时同一个

Not found·2023-11-05 18:16

时间序列数据的python处理--可视化、数据分析、聚类分析

数据使用数据集courses.txt读取数据importpandasaspd#导入文本文件，原数据集是使用逗号分割的,第一行为列名courses_ori=pd.read_csv('courses.txt',sep=',',header=0)#预览DataFrame前5行courses_ori.head()数据中有时间列，做时间序列分析。将时间列变为索引列#时间数据变为DatetimeIndex格式

海星？海欣！·2023-11-05 18:14

可变剪接文章套路（一）

PSI(Percent-spliced-in，拼接百分比)可以针对isoform,exon,ASE进行计算，对于ASE来说，PSI=splice_in/(splice_in+splice_out),在RNA-seq

cHarden13·2023-11-05 17:04

上游分析学习笔记

RNA-seq数据分析我们对工具和技术的评估落脚点在它们鉴定出的差异基因的准确性。为了完成这个评估，至少需要四个不同的分析阶段（图2;表2）。第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。

jiarf·2023-11-05 16:56

RPKM, FPKM 和 TPM

在RNA-seq中，某一段基因区域内的readcounts取决于测序的深度和基因的长度；基因越长、测序深度越深，比对到该基因所在区域的readcounts数目就会相对越多。

顺昕如意·2023-11-05 15:25

谷歌AlphaFold模型迎来重大突破！可以预测生物分子、配体

据悉，AlphaFold可以对蛋白质数据库(PDB)中的几乎所有分子进行预测，包括配体、蛋白质、核酸（DNA和RNA）以及含有翻译后修饰(PTM)的分子，达到原子精度实验室级别水准，这对于医药研究至关

RPA中国·2023-11-04 22:50

python机器学习——实现Kmeans算法

K-means算法比较适合用来做聚类分析，而不是用来预测，换句话来说，K-means算法不擅长预测K-means算法的主要思想是通过迭代优化来找到最佳簇中心，使得簇内的数据点相似度最大化，而不同簇之间的相似度最小化

EchoToMe·2023-11-04 14:40

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。

飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

二代测序之SNV基础知识笔记总结

DNA（codingDNA）c.2.非编码DNA（non-codingDNA）n.3.基因组（genomic）g.4.线粒体（mitochondrial）m.5.环形DNA（circularDNA）：o.RNA

唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

测序是测量你的遗传信息

原来的科学家们通过老鼠死没死，最终得到的结论是DNA是主要的遗传物质，部分物种的遗传物质是RNA。

wangchuang2017·2023-11-04 09:32

[高中生物]必修一知识点（超全！）

病毒的遗传物质：DNA或者RNA（一种病毒只含一种核酸）。2.细胞是生物体结构和功能的基本单位。除病毒外，生物界的生物体都是由细胞构成的；包括病毒在内，生物的各项生命活动都

文木木happiness·2023-11-04 02:17

2022-03-03

NatBiotech|环状向导RNA募集内源性ADAR进行高效RNA编辑原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学技术RNA编辑技术作为治疗遗传性疾病的基因疗法具有巨大的前景。

图灵基因·2023-11-04 01:51

2022-04-17

图灵基因·2023-11-03 18:45

生信分析结合湿实验构建ccRCC预后模型发8+SCI

本文作者基于ccRCC患者的RNA-seq数据构建预后模型，可以准确预测ccRCC患者的总生存期和对抗PD-1的反应。

概普生信·2023-11-03 18:53

RNA-seq 分析流程 —— 概述

前言接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程，根据RNA-seq测序技术的不同，可以分为三种：Starketal.NatRevGenet(2019)short-readlong-readdirectRNA-seq

名本无名·2023-11-03 17:45

16S和ITS(internal transcribed spacer)

一、16S16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。

小王的学习杂记·2023-11-03 06:56

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片

单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图

DimPlot(b,reduction="umap",label=TRUE,group.by="RNA_snn_res.0.4")还可以根据ident画图等等

小羊小羊，遇事不难·2023-11-03 01:22

Seurat对象数据结构整理-1

#Seurat对象中的Assay:RNA数据槽：@counts:未作任何处理的原始RNA表达矩阵。

Nh_code·2023-11-03 01:06

关于RNA-SEQ中GO分析的几个名词

问题一：GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment）如何计算见链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/264504322问题二：如何利用EXCEL计算Q值BH算法的公式为：Qvalue=p*(m/k)其中，m是检验的次数，k是这次检验的pvalue在所有检验中的排名。例如，我们对10000个基因进行表达差异分析。那么每个基因都会得到一个pvalue。现在，我要估算

ShanSly·2023-11-02 19:29

生物情话

的能量你的嘴唇像叶绿体一样吸着光吐气芬芳你的鼻子像高尔基体一样顺面、反面、小巧、好看你就是那半乳糖呀扯走了我启动子前的阻遏蛋白爱你的基因将要表达一万年多想成为一条互补链和你旋转成一条美妙双螺旋多想成为一个抗体你就是我生命中唯一的抗原可你的心呀却像RNA

米兰_9076·2023-11-02 12:53

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