sratoolkit

安装和使用SRA toolkit

进入软件安装目录cd~/local/app/下载SRAtoolkit(确保你的下载链接对应的软件版本是跟你的系统一致的）curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/
sunchengquan·2020-09-16 16:49

sratoolkit

执行之前先配置。Thissratoolkitinstallationhasnotbeenconfigured.Beforecontinuing,pleaserun:vdb-config--interactive
red_west·2020-09-16 16:57

Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具

一、工具下载1.从ncbi下载sratoolkit工具，打开ncbi，到这个界面根据系
铭&婵旭·2020-09-16 15:55

请教Linux中使用SRA Toolkit下载sra数据失败的原因

请教Linux中使用SRAToolkit下载sra数据失败的原因安装SRAToolkit完成后，使用nohup&命令进行数据的下载。
niaozhizhi·2020-09-16 15:29

SRA数据下载以及转换格式

Runinfo会得到excel文件，里面有各个sra文件的下载链接，用windows的下载软件或者linux下的wget,axel下载sra转fastq格式do/data1/tangx/software/sratoolkit
mym_74·2020-09-16 15:56

菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用

sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fstaq.gz文件的工具。1.下载/调用SRAToolkit可以直接在linux里在线下载，要根据自己的系统选择合适的安装版本。
hs6605015·2020-09-16 15:39

使用fastq-dump下载SRA数据

SRA数据环境和配置请见系列博文1.下载：fastq-dump-ZDRR047093然后会显示信息：如果文件过大会有很多可以显示制定条数fastq-dump-X5-ZDRR047093文件位置：自己安装sratoolkit
KeepLearningBigData·2020-09-16 14:21

SRAtoolkit使用

SRAtoolkit使用1.下载安装：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
KeepLearningBigData·2020-09-16 14:21

转录组入门3：了解fastq测序数据

目的：用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量。
Duke_of_Connacht·2020-09-16 14:00

SRA数据转成fastq

DownloadingandinstallingtheSRAToolkitstep1：下载并安装SRAtoolkit（DownloadtheToolkitfromtheSRAwebsite）Ifyouareusingawebbrowser
weixin_30687811·2020-09-16 14:22

使用sratoolkit转换SRA文件格式

1.单端：fastq-dump--fastaSRR6470965.sra结果生成：SRR6470965.fastafastq-dumpSRR6470965.sra结果生成：SRR6470965.fastq2.双端：fastq-dump--split-3DRR002018.sra结果生成DRR002018_1.fastq；DRR002018_2.fastq
飘羽·2020-09-16 14:38

Linux下把sra文件转成fastq文件

记录下自己在安装sratoolkit和转换文件的摸索步骤转换文件需要使用sratoolkit软件，所以首先要下载，先说下下载、解压、安装这个软件。
铭&婵旭·2020-09-16 14:15

菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用

菜鸟自学之——SRAToolkit的下载和使用第一次写博客，必须mark一下：2018.07.27sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fstaq.gz文件的工具。
guguaihezi·2020-09-16 13:55

sra转fastq格式

1、下载软件wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gztarzxfsrato
dingsheng56656·2020-09-16 13:18

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件：环境：ubuntu14.04sratoolkit.2.5.5-ubuntu641.下载下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov
KeepLearningBigData·2020-09-16 13:39

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq并将fastq转换成fasta文件1.ncbi下载sra文件ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant
KeepLearningBigData·2020-09-16 13:09

SRA toolkit下载数据

1.sratoolkit的安装首先在ncbi下载对应系统的sratoolkit安装包，解压之后添加到环境变量。
生信编程日常·2020-09-14 22:31

2020-02-19

加压包tarzxfsra-tools.tar.gz#将来需要调用的命令都在bin文件夹中，更改环境变量(全局)，>>的意思是追加不是覆盖，以下路径需要自己主动变更，因为是我自己的系统，你只要找到你存放sratoolkit
DrLyo·2020-08-25 15:24

fastq-dump并行版pfastq-dump的使用

首先安装Sratoolkit的最新版(v.2.9.2)：mkdir-p/path-to-Sratoolkit/&&cd/path-to-Sratoolkit/wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm
dulunar·2020-08-24 16:45

下载 SRA 原始数据

第一步：安装SRAToolkit软件包下载地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
Weiyx·2020-08-22 21:06

sratoolkit_fastq-dump

软件包下载：wgetftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz解压：tar-xzfsratoolkit.current-centos_linux64
J_Fun·2020-08-21 18:10

Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法

[email protected]#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit
minus_yao·2020-08-10 18:09

SRA Toolkit

一、简介：SRAToolkit是将ncbi上.sra文件（文献中的各种数据，如：Chip、Rna-seq等一般都以sra格式储存在ncbi数据库中https://www.ncbi.nlm.nih.gov
DL_ec5d·2020-07-30 19:37

NGS小技能（2）：如何进行SRA到fastq格式的快速转换

方法1、NCBIsratoolkit工具的fastq-dump命令1）下载sratoolkit$wget-chttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2
魚晨光·2020-07-29 19:01

11.1 RNA-seq数据分析-下载软件和数据

https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe1、首先安装需要使用的软件：sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio2
KK_f2d5·2020-07-07 21:07

从ncbi下载sra数据的几种种方式

为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容下载sratoolkit加环境变量下载EDirect用yeast的几个数据说明1.直接用runidprefetchSRR15536102.写入文件下载
Y大宽·2020-07-01 17:21

如何从NCBI下载SRA数据

www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，详情参考本博客《Chip-seq流程报告》二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件，这个时候就只能下载SRA文件，然后用sratoolkit
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:20

高通量测序数据分析：RNA-seq

本文围绕RNA-seq学习路线进行生信入门，主要内容有：☆RNA-seq方法原理☆RNA-seq的生物信息分析1.数据获取测序数据下载与处理（SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对
精分大神·2020-06-20 15:56

sra-toolkit新版本和fasterq-dump命令笔记

最高版本说明所以下载了sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64这个版本image.png在该版本中，添加了fasterq-dump工具：这是对更老的“fastq-dump”工具的替代
海岛眠·2020-04-17 09:14

SRA Toolkit 的下载和使用

第一次写博客，必须mark一下：2018.07.27sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fastq.gz文件的工具。
guguaihezi·2020-03-31 22:02

下载sra数据

第1选择--AsperaConnect如果asperaconnect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。
记号晴系·2020-03-10 00:46

转录组入门(3)：了解fastq测序数据

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
宇天_ngs·2020-02-28 02:29

转录组入门（1）：计算机及软件安装

需要安装的软件包括sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php
lxmic·2020-02-14 12:43

SRA Toolkit的使用和安装

从NCBI上下载SRA原始数据，使用SRATOOLKIT进行下载和转化。
PriscillaBai·2020-02-06 03:21

转录组学习三（数据质控）

reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析）转录组学习八（功能富集分析）对原始测序fq文件数据进行质量控制任务了解fastq测序数据需要用安装好的sratoolkit
Dawn_WangTP·2019-12-30 12:26

转录组入门三（mac 版）：了解fastqc测序数据

作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
thinkando·2019-11-01 01:09

Linux系统下安装C软件

此次安装的有：sratoolkit,hisat,和NCBIblast习惯将安装包放在~/src下，将解压缩的内容放在~/op/biosoft因此，新建biosoft文件夹mkdir-p~/opt/biosoftmkdir-p
PriscillaBai·2019-06-02 09:23

ncbi下载sra数据

避免再次出现下载SRA数据找不到下载链接，记录一下1，下载sra工具，去官网上下载sratoolkit最新版本https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi
爱笑的小牙·2019-03-22 13:50

基因组数据的重测序分析

1.需要的软件软件名：Aspera版本号：3.6.2.117442软件名：sratoolkit版本号：2.9.2软件名：FastQC版本号：
lizg·2019-01-03 11:36

SRA 数据下载自救指南

SRAToolkit网址：https://trace.ncbi.nl
思考问题的熊·2018-09-05 22:55

SRA Toolkit - prefetch

SRAToolkit:prefetchSRAToolkitDocumentationBacktoListoftheToolsTool:prefetchUsage:prefetch[options]FrequentlyUsedOptions
Cs_mary·2017-10-28 19:57

转录组入门(3)：了解fastq测序数据

转录组入门(3)：了解fastq测序数据需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
_eason_·2017-09-11 22:40

RNA-seq分析服务器安装生信工具过程

home目录下vim~/.bashrc#在文件中加入以下行后保存退出cd/home2.新建RNAseq_tool文件夹，存放各工具mkdirRNAseq_tool二.各生信工具在测试服务器下的安装1.sratoolkit
寂桐·2017-08-31 14:03

转录组（3）：了解fastq测序数据

学习目标：前面下载了SRR3589956.sra-SRR3589962.sra的RNA-seq数据，本次用sratoolkit.2.6.3软件解压，并查看fastq数据的格式，用fastqc软件检验其数据质量
Richard_Zhou·2017-08-04 18:19

转录组入门（3）：了解fastq测序数据

作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
lxmic·2017-07-23 09:23

转录组入门（3）：质量控制

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
徐洲更hoptop·2017-07-11 18:35

使用fastq-dump下载SRA数据

SRA数据环境和配置请见系列博文1.下载：fastq-dump-ZDRR047093 然后会显示信息：如果文件过大会有很多可以显示制定条数fastq-dump-X5-ZDRR047093文件位置：自己安装sratoolkit
bob601450868·2016-01-13 19:00

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件：环境：ubuntu14.04sratoolkit.2.5.5-ubuntu641.下载下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov
bob601450868·2016-01-13 13:00

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq并将fastq转换成fasta文件1.ncbi下载sra文件ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant
bob601450868·2016-01-12 22:00

SRAtoolkit使用

SRAtoolkit使用1.下载安装：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
bob601450868·2016-01-12 22:00
上一页 1 2 3 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他